Толық метражды мРНҚ секвенирлеуі -PacBio
Ерекше өзгешеліктері
● поли-А мРНҚ-дан кДНҚ синтезі, содан кейін кітапхана дайындау
● CCS режимінде секвенирлеу, HiFi оқуларын жасау
● Толық мәтіндердің тізбегін анықтау
● Талдау үшін анықтамалық геном қажет емес; дегенмен, ол қолданылуы мүмкін
● Биоақпараттық талдау транскрипттердің изоформасын, lncRNA, гендердің бірігуін, полиаденилденуін және ген құрылымын талдауға мүмкіндік береді
Қызмет көрсетудің артықшылықтары
●Жоғары дәлдікHiFi >99,9% дәлдікпен оқиды (Q30), NGS-пен салыстыруға болады
● Балама сплайсинг талдауы: бүкіл транскрипттерді секвенирлеу изоформаны анықтауға және сипаттауға мүмкіндік береді
●Кең ауқымды сараптама1100-ден астам PacBio толықметражды транскриптом жобаларын аяқтау және 2300-ден астам үлгіні өңдеу тәжірибесімен біздің командамыз әрбір жобаға бай тәжірибе әкеледі.
●Сатудан кейінгі қолдауБіздің міндеттемеміз жобаны аяқтаудан тыс, сатудан кейінгі 3 айлық қызмет көрсету мерзімін қамтиды. Осы уақыт ішінде біз жобаны бақылау, ақаулықтарды жою бойынша көмек және нәтижелерге қатысты кез келген сұрақтарға жауап беру үшін сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.
Үлгі талаптары және жеткізу
| Кітапхана | Реттік стратегия | Ұсынылатын деректер | Сапаны бақылау |
| PolyA байытылған мРНҚ CCS кітапханасы | PacBio жалғасы II PacBio Revio | 20/40 Гб 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Үлгі талаптары:
Нуклеотидтер:
● Өсімдіктер:
Тамыр, сабақ немесе гүлшоғыр: 450 мг
Жапырақ немесе тұқым: 300 мг
Жеміс: 1,2 г
● Жануар:
ЖҮРЕК немесе Ішек: 300 мг
Ішкі мүшелер немесе ми: 240 мг
Бұлшықет: 450 мг
Сүйектер, шаш немесе тері: 1 г
● Буынаяқтылар:
Жәндіктер: 6 г
Шаян тәрізділер: 300 мг
● Тұтас қан: 1 түтік
● Ұяшықтар: 106 жасушалар
| Конц. (нг/мкл) | Мөлшері (мкг) | Тазалық | Тұтастық |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Гельде ақуыз немесе ДНҚ ластануы шектеулі немесе мүлдем жоқ. | Өсімдіктер үшін: RIN≥7.5; Жануарлар үшін: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; базалық биіктік шектеулі немесе мүлдем жоқ |
Ұсынылған үлгі жеткізу
Контейнер: 2 мл центрифуга түтігі (қалайы фольга ұсынылмайды)
Үлгі таңбалау: Топ+көшірме, мысалы, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Жеткізу:
1. Құрғақ мұз: Үлгілерді пакеттерге салып, құрғақ мұзға көму керек.
2. РНҚ-тұрақты түтіктер: РНҚ үлгілерін РНҚ-тұрақтандыру түтігінде (мысалы, RNAstable®) кептіріп, бөлме температурасында жеткізуге болады.
Қызмет көрсету жұмыс ағыны
Тәжірибелік дизайн
Үлгіні жеткізу
РНҚ экстракциясы
Кітапхана құрылысы
Реттік реттеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Келесі талдауды қамтиды:
● Шикі деректердің сапасын бақылау
● Балама полиаденилдену талдауы (APA)
● Біріктіру транскриптін талдау
● Балама сплайсинг талдауы
● Әмбебап бір дана ортологтарды (BUSCO) салыстырмалы талдау
● Жаңа транскрипт талдауы: кодтау тізбегін (CDS) болжау және функционалды аннотация
● lncRNA талдауы: lncRNA және нысаналарды болжау
● МикроСателит идентификациясы (SSR)
BUSCO талдауы
Балама сплайсинг талдауы
Балама полиаденилдену талдауы (APA)
Роман транскрипцияларының функционалдық аннотациясы
Осы басылымда BMKGene компаниясының Nanopore толық метражды мРНҚ секвенирлеу қызметтерінің жетістіктерін зерттеңіз.
Ma, Y. және т.б. (2023) «Немопилема Номураи уларын анықтау үшін PacBio және ONT РНҚ секвенирлеу әдістерін салыстырмалы талдау», Genomics, 115(6), б. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. және т.б. (2019) «Populus дің транскриптомының даму динамикасы», Plant Biotechnology Journal, 17(1), 206–219 беттер. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. және т.б. (2022) 'Actinidia latifolia (аскорбатқа бай жеміс дақылы) жемісінің дамуы мен пісуі кезіндегі аскорбин қышқылының құрамындағы динамикалық өзгерістер және онымен байланысты молекулалық механизмдер', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), 5808 бет. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Хуа, Х. және т.б. (2022) «Париж полифилласындағы биоактивті полифиллиндерге қатысатын биосинтетикалық жол гендерінің тиімді болжамы», Communications Biology 2022 5:1, 5(1), 1–10 беттер. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. және т.б. (2023) 'Tuta absoluta (Meyrick) транскриптомы мен цитохром P450 гендерінің PacBio Iso-Seq және Illumina RNA-Seq біріктірілген талдауы', Insects, 14(4), 363-бет. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Ван, Лижун және т.б. (2019) «Ricinus communis-тегі рицинол қышқылының биосинтезін жақсы түсіну үшін PacBio бір молекулалы нақты уақыт режиміндегі талдауды Illumina РНҚ секвенирлеуімен біріктіріп, транскриптом күрделілігіне шолу», BMC Genomics, 20(1), 1–17 беттер. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
