Толық ұзындықтағы мРНҚ секвенциясы - PacBio
Ерекше өзгешеліктері
● поли-А мРНҚ-дан кДНҚ синтезі, содан кейін кітапхананы дайындау
● CCS режимінде секвенирлеу, HiFi оқуларын жасау
● Толық метражды транскрипттердің реттілігі
● талдау анықтамалық геномды қажет етпейді; дегенмен, оны пайдалануға болады
● Биоинформатикалық талдау lncRNA изоформасының транскрипттерін, гендердің синтезін, полиаденилденуін және ген құрылымын талдауға мүмкіндік береді.
Қызметтің артықшылықтары
●Жоғары дәлдік: HiFi дәлдігі >99,9% (Q30) оқиды, NGS-пен салыстыруға болады
● Альтернативті қосу талдауы: бүкіл транскрипттердің реттілігі изоформаны анықтауға және сипаттауға мүмкіндік береді
●Кең тәжірибе: 1100-ден астам PacBio толық метражды транскриптомдық жобаларды аяқтау және 2300-ден астам үлгілерді өңдеу тәжірибесі бар біздің команда әрбір жобаға бай тәжірибе әкеледі.
●Сатудан кейінгі қолдау: біздің міндеттеме сатылымнан кейінгі 3 айлық қызмет көрсету мерзімімен жобаны аяқтағаннан кейін де кеңейеді. Осы уақыт ішінде біз нәтижелерге қатысты кез келген сұрауларды шешу үшін жобаны бақылауды, ақаулықтарды жою бойынша көмекті және сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.
Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу
| Кітапхана | Тізбектеу стратегиясы | Деректер ұсынылады | Сапаны бақылау |
| PolyA байытылған мРНҚ CCS кітапханасы | PacBio жалғасы II PacBio Revio | 20/40 Гб 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Үлгіге қойылатын талаптар:
Нуклеотидтер:
● Өсімдіктер:
Тамыр, сабақ немесе жапырақша: 450 мг
Жапырақ немесе тұқым: 300 мг
Жемістер: 1,2 г
● Жануарлар:
Жүрек немесе ішек: 300 мг
Ішкі ағзалар немесе ми: 240 мг
Бұлшық ет: 450 мг
Сүйектер, шаш немесе тері: 1 г
● Буынаяқтылар:
Жәндіктер: 6 г
Шаян тәрізділер: 300 мг
● Тұтас қан: 1 түтік
● Ұяшықтар: 106 жасушалар
| Конс.(нг/мкл) | Мөлшері (мкг) | Тазалық | Тұтастық |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Гельде ақуыз немесе ДНҚ ластануы шектеулі немесе жоқ. | Өсімдіктер үшін: RIN≥7,5; Жануарлар үшін: RIN≥8,0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; шектелген немесе жоқ бастапқы биіктік |
Ұсынылатын үлгіні жеткізу
Контейнер: 2 мл центрифуга түтігі (қаңылтыр фольга ұсынылмайды)
Үлгі таңбалау: Топ+қайталау, мысалы, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
жөнелту:
1. Құрғақ мұз: үлгілерді қаптарға салып, құрғақ мұзға көму керек.
2. РНҚ тұрақты түтіктер: РНҚ үлгілерін РНҚ тұрақтандыру түтігінде (мысалы, RNAstable®) кептіруге және бөлме температурасында жөнелтуге болады.
Қызметтің жұмыс ағыны
Эксперимент дизайны
Үлгіні жеткізу
РНҚ экстракциясы
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Келесі талдауды қамтиды:
● Шикі деректер сапасын бақылау
● Баламалы полиаденилдену талдауы (APA)
● Фьюжн транскрипциясын талдау
● Альтернативті қосу талдауы
● Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) салыстыру талдауы
● Жаңа транскрипт талдауы: кодтау ретін болжау (CDS) және функционалдық аннотация
● lncRNA талдауы: lncRNA және нысаналарды болжау
● MicroSatelite идентификациясы (SSR)
BUSCO талдауы
Альтернативті сплайсинг талдауы
Баламалы полиаденилдену талдауы (APA)
Жаңа транскрипттердің функционалды аннотациясы
Осы таңдаулы басылымда BMKGene компаниясының Nanopore толық метрлік мРНҚ секвенирлеу қызметтері көмектесетін жетістіктерді зерттеңіз.
Ма, Y. және т.б. (2023) 'Nemopilema Nomurai уын анықтау үшін PacBio және ONT РНҚ секвенирлеу әдістерінің салыстырмалы талдауы', Геномика, 115(6), б. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Чао, Q. және т.б. (2019) 'Populus дің транскриптомының даму динамикасы', Өсімдік биотехнологиясы журналы, 17(1), 206–219 беттер. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) «Актинидия latifolia (аскорбатқа бай жеміс дақылы) жемісінің дамуы және пісуі кезіндегі аскорбин қышқылының құрамындағы динамикалық өзгерістер және байланысты молекулалық механизмдер', Молекулалық ғылымдардың халықаралық журналы, 23(10), б. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Хуа, X. және т.б. (2022) «Париж полифилласындағы биоактивті полифиллиндерге қатысатын биосинтетикалық жол гендерінің тиімді болжамы», Коммуникациялар биологиясы 2022 5:1, 5(1), 1-10 беттер. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Лю, М. және т.б. (2023) 'Tuta absoluta (Meyrick) транскриптомы және цитохром P450 гендерінің біріктірілген PacBio Iso-Seq және Illumina RNA-Seq талдауы', Жәндіктер, 14(4), б. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Ван, Лицзюн және т.б. (2019) 'Ricinus communis-те рицинол қышқылы биосинтезін жақсырақ түсіну үшін Illumina РНҚ реттілігімен біріктірілген PacBio бір молекулалы нақты уақыттағы талдауды қолдану арқылы транскриптом күрделілігіне шолу', BMC Genomics, 20(1), 1-17 беттер. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
