BMKCloud Log in
条形banner-03

Өнімдер

ДНҚ/РНҚ секвенирлеуі - PacBio Sequencer

PacBio секвенирлеу платформасы - бұл үшінші буынды реттілік (TGS) технологияларының бірі ретінде де белгілі, ұзақ оқылатын секвенирлеу платформасы.Негізгі технология, бір молекулалық нақты уақыттағы (SMRT) ұзындығы ондаған кило-базамен оқуды генерациялауға мүмкіндік береді.«Синтез бойынша реттілік» негізінде бір нуклеотидті ажырату нөлдік режимді толқын өткізгіші (ZMW) арқылы қол жеткізіледі, мұнда тек төменгі жағында (молекула синтезі орны) шектеулі көлем жарықтанады.Сонымен қатар, SMRT секвенциясы NGS жүйесіндегі реттілікке тән ауытқуларды болдырмайды, өйткені кітапхананы құру процесінде ПТР күшейту қадамдарының көпшілігі талап етілмейді.

 

Платформа: жалғасы II, Revio


Қызмет мәліметтері

Демо нәтижелері

Ерекше өзгешеліктері

PacBio секвенсеріндегі екі реттілік режимі: үздіксіз ұзақ оқу (CLR) және айналмалы консенсусты оқу (CCS)

Тізбектеу режимі Кітапхана өлшемі Теориялық деректерӨнімділік (әр ұяшыққа) Бір негіздіДәлдік Қолданбалар
CLR 20Кб, 30Кб және т.б. 80 Гб-тан 130 Гб-қа дейін Шамамен85% De novo, SV қоңырауы және т.б.
CCS 15-20 Кб

14-40 Гб/ұяшық (II жалғасы)

70-110 Гб/ұяшық (Revio)

Үлгілерге байланысты

Шамамен99% De novo, SNP/Indel/SV шақыру, Iso-Seq,

Revio және Sequel II өнімділігі мен ерекшеліктерін салыстыру

Шарттар

II жалғасы жүйесі

Revio жүйесі

Арттыру

Жоғары тығыздық

8 миллион ZMW

25 миллион ZMW

3x

Тәуелсіз кезеңдер

1

4

4x

Қысқа жұмыс уақыттары

30 сағат

24 сағат

1,25x

30X HiFi адам геномы/жылына

88

1300

1жалпы 5 есе

Қызметтің артықшылықтары

● Түрлі түрлермен мыңдаған жабық жобалары бар PacBio секвенирлеу платформасында 8 жылдан астам тәжірибе.

● Жеткілікті реттілік өткізу қабілетіне кепілдік беру үшін ең соңғы PacBio Sequencing платформаларымен, Revioмен толық жабдықталған.

● Жылдамырақ өңдеу уақыты, жоғары деректер шығымы және дәлірек деректер.

● PacBio негізіндегі әсерлі жүздеген жарияланымдарға үлес қосты.

Үлгіге қойылатын талаптар


Үлгі түрі Сома Концентрация (Qubit®) Көлемі Тазалық Басқалар
Геномдық ДНҚ Деректер талабына байланысты ≥50 нг/мкл ≥15мкл OD260/280=1,7-2,2;
OD260/230=1,8-2,5;
Мөлдір шыңы 260 нм,ластанулар жоқ
Концентрацияны Qubit және Qubit/Nanopor = 0,8-2,5 арқылы өлшеу керек.
Жалпы РНҚ ≥1,2 мкг ≥120 нг/мкл ≥15мкл OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230=0,5-2,5;ластанулар жоқ

RIN мәні ≥7,5

5≥28S/18S≥1

 

Қызметтің жұмыс процесі

үлгіні дайындау

Үлгіні дайындау

Кітапханаға дайындық

Кітапхана құрылысы

Тізбектеу

Тізбектеу

Деректерді талдау

Деректерді талдау

QC үлгісі

Жобаны жеткізу


  • Алдыңғы:
  • Келесі:

  • 1.Үйдегі деректер кірісі

    63 CCS жасушаларынан алынған деректер (26 түрден)

    ДЕРЕКТЕР-PacBio-CCS-15 Кб Орташа Макс Мин Медиана
    Шығарылым - қосалқы оқулар (Гб) 421.12 544,27 221.38 426,58
    Yiled - CCS(Гб) 25.93 38,59 10.86 25.43
    Полимераз N50 145 651 175 430 118,118 144 689
    N50 қосымша оқулары 17 509 23 924 12 485 17 584
    CCS N50 14 490 19 034 9 876 14 747
    Орташа ұзындық – Полимераз 67 995 89 379 49 664 66 433
    Орташа ұзындық-Қосымшалар 15 866 21 036 11 657 16 012
    Орташа ұзындық-CCS 14 489 19 074 8 575 14 655

    16 CLR ұяшықтарынан алынған деректер (76 түрден)

    DATA-PacBio-CLR-30Кб Орташа Макс Мин Медиана
    Шығарылым - қосалқы оқулар (Гб) 142.20 291,40 50,55 142,49
    Полимераз N50 39 456 121,191 15 389 35 231
    N50 қосымша оқулары 28 490 41 012 14 430 29 063
    Орташа ұзындық – Полимераз 22 063 48 886 8 747 21 555
    Орташа ұзындық-Қосымшалар 17 720 27 225 8 293 17 779

    2.Data QC – ДемоДеректер шығымы туралы статистика

    Үлгі

    ccs Оқу саны

    Жалпы ccs негіздері (bp)

    ccs оқулары N50 (bp)

    ccs Орташа ұзындық (bp)

    ccs Ең ұзақ оқу (bp)

    қосымша оқулар Негіздер (bp)

    ccs мөлшерлемесі(%)

    PB_BMKxxx

    3 444 159

    54,164,122,586

    15 728

    15 726

    36 110

    863,326,330,465

    6.27

     

    дәйексөз алыңыз

    Хабарламаңызды осы жерге жазып, бізге жіберіңіз

    Хабарламаңызды бізге жіберіңіз: