Эволюциялық генетика
Қызмет көрсетудің артықшылықтары
Такаги және т.б.,Өсімдік журналы, 2013 ж.
●Кешенді биоинформатикалық талдау:түрлердің эволюциялық әлеуетін көрсететін генетикалық әртүрлілікті бағалауға мүмкіндік береді және конвергентті эволюция мен параллель эволюцияның минималды әсерін ескере отырып, түрлер арасындағы сенімді филогенетикалық байланысты анықтайды.
●Қосымша теңшелген талдау: мысалы, нуклеотидтер мен аминқышқылдары деңгейіндегі вариацияларға негізделген дивергенция уақыты мен жылдамдығын бағалау.
●Кең ауқымды сараптама және жарияланым жазбаларыBMKGene 15 жылдан астам уақыт бойы популяция және эволюциялық генетика жобаларында мыңдаған түрді қамтитын мол тәжірибе жинақтады және Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal және т.б. басылымдарда жарияланған 1000-нан астам жоғары деңгейлі жобаларға үлес қосты.
● Жоғары білікті биоинформатика тобы және қысқа талдау цикліBMKGene командасы озық геномдық талдау саласында үлкен тәжірибесімен жан-жақты талдауларды жылдам орындау уақытында жүргізеді.
● Сатудан кейінгі қолдау:Біздің міндеттемеміз жобаны аяқтаудан тыс, сатудан кейінгі 3 айлық қызмет көрсету мерзімін қамтиды. Осы уақыт ішінде біз жобаны бақылау, ақаулықтарды жою бойынша көмек және нәтижелерге қатысты кез келген сұрақтарға жауап беру үшін сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.
Қызмет көрсету сипаттамалары мен талаптары
| Реттік реттеу түрі | Ұсынылған популяция шкаласы | Реттік стратегия | Нуклеотидке қойылатын талаптар |
| Тұтас геномдық секвенирлеу | ≥ 30 адам, әр кіші топтан ≥ 10 адам
| 10x | Концентрациясы: ≥ 1 нг/мкл Жалпы сома≥ 30 мг Шектеулі немесе ыдырауы немесе ластануы жоқ |
| Арнайы локустық күшейтілген фрагмент (SLAF) | Тег тереңдігі: 10x Тегтер саны: <400 Мб: WGS ұсынылады <1 ГБ: 100 мың тег 1 ГБ >2 ГБ: 300 мың тег Ең көбі 500 мың тег | Концентрациясы ≥ 5 нг/мкл Жалпы сома ≥ 80 нг Нанотамшы OD260/280=1.6-2.5 Агароз гелі: ыдырау немесе ластану жоқ немесе шектеулі
|
Қызмет көрсету жұмыс ағыны
Тәжірибелік дизайн
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Реттік реттеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Қызметке популяция құрылымын талдау (филогенетикалық ағаш, PCA, популяцияның стратификация диаграммасы), популяцияның әртүрлілігі және популяцияны іріктеу (байланыс теңгерімсіздігі, тиімді учаскелерді селективті түрде іріктеу) кіреді. Қызметке сондай-ақ жекелендірілген талдау (мысалы, дивергенция уақыты, ген ағыны) кіруі мүмкін.
*Мұнда көрсетілген демо нәтижелерінің барлығы BMKGENE арқылы жарияланған геномдардан алынған
1. Эволюциялық талдау генетикалық вариацияларға негізделген филогенетикалық ағашты, популяция құрылымын және PCA құруды қамтиды.
Филогенетикалық ағаш ортақ ата-бабасы бар түрлер арасындағы таксономиялық және эволюциялық қатынастарды білдіреді.
PCA субпопуляциялар арасындағы жақындықты визуализациялауға бағытталған.
Популяция құрылымы аллель жиіліктері тұрғысынан генетикалық тұрғыдан ерекшеленетін субпопуляцияның бар екенін көрсетеді.
Чен және т.б.,PNAS, 2020 ж.
2. Таңдамалы сыпыру
Іріктеуші тазарту дегеніміз - тиімді сайт таңдалатын және байланысқан бейтарап сайттардың жиілігі артатын, ал байланыспаған сайттардың жиілігі азаятын, нәтижесінде аймақтық деңгейдің төмендеуіне әкелетін процесс.
Селективті сыпыру аймақтарындағы геном деңгейін анықтау белгілі бір қадамда (10 Кб) сырғымалы терезеде (100 Кб) барлық SNP популяциясының генетикалық индексін (π, Fst, Tajima's D) есептеу арқылы өңделеді.
Нуклеотидтердің әртүрлілігі (π)
Таджиманың D
Фиксация индексі (Fst)
Ву және т.б.,Молекулалық өсімдік, 2018 ж.
3. Ген ағыны
Ву және т.б.,Молекулалық өсімдік, 2018 ж.
4. Демографиялық тарих
Чжан және т.б.,Табиғат экологиясы және эволюциясы, 2021 ж.
5. Дивергенция уақыты
Чжан және т.б.,Табиғат экологиясы және эволюциясы, 2021 ж.
BMKGene эволюциялық генетика қызметтерінің жетістіктерін басылымдардың арнайы жинақтары арқылы зерттеңіз:
Хассаняр, А.К. және т.б. (2023) «Толық геномды қайта секвенирлеу арқылы Apis cerana cerana дернәсілдеріндегі қырыққабат вирусына төзімділікпен байланысты SNP молекулалық маркерлері мен кандидат гендерін ашу»,Халықаралық молекулалық ғылымдар журналы, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Чай, Дж. және т.б. (2022) «Жабайы, генетикалық таза қытайлық алып саламандраның табылуы жаңа табиғатты қорғау мүмкіндіктерін тудырады»,Зоологиялық зерттеулер, 2022, 43-том, 3-шығарылым, Беттер: 469-480, 43(3), 469–480 беттер. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Хан, М. және т.б. (2022) «Цинхай-Тибет үстіртіндегі байырғы Elymus sibiricus L. өсімдігінің филогенеографиялық үлгісі және популяция эволюциясының тарихы»,Өсімдіктанудағы шекаралар, 13, 882601-бет. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Ван, Дж. және т.б. (2022) «Хромосома деңгейіндегі геном жиынтығынан лонган эволюциясына геномдық түсініктер және лонган түрлерінің популяциялық геномикасы»,Бау-бақша шаруашылығын зерттеу, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
