Эволюциялық генетика
Қызметтің артықшылықтары
Такаги және т.б.Өсімдік журналы, 2013 ж
●Кешенді биоинформатикалық талдау:түрлердің эволюциялық әлеуетін көрсететін генетикалық әртүрлілікті бағалауға мүмкіндік береді және конвергентті эволюция мен параллель эволюцияның минималды әсерімен түрлер арасындағы сенімді филогенетикалық байланысты анықтау
●Қосымша теңшелген талдау: мысалы, нуклеотидтер мен аминқышқылдар деңгейіндегі вариацияларға негізделген дивергенция уақыты мен жылдамдығын бағалау.
●Кең көлемдегі сараптама және жарияланым жазбалары: BMKGene мыңдаған түрлерді және т.б. қамтитын популяциялық және эволюциялық генетика жобаларында 15 жылдан астам үлкен тәжірибе жинақтады және Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal және т.б. жарияланған 1000-нан астам жоғары деңгейдегі жобаларға үлес қосты.
● Жоғары білікті биоинформатика командасы және қысқаша талдау циклі: озық геномикалық талдауда үлкен тәжірибесі бар BMKGene командасы жылдам өңдеу уақытымен жан-жақты талдаулар береді.
● Сатудан кейінгі қолдау:Біздің міндеттеме сатылымнан кейінгі 3 айлық қызмет көрсету мерзімімен жобаны аяқтағаннан кейін де кеңейеді. Осы уақыт ішінде біз нәтижелерге қатысты кез келген сұрауларды шешу үшін жобаны бақылауды, ақаулықтарды жою бойынша көмекті және сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.
Қызмет көрсету сипаттамалары мен талаптары
| Тізбектеу түрі | Ұсынылатын популяция масштабы | Тізбектеу стратегиясы | Нуклеотидтерге қойылатын талаптар |
| Тұтас геномды реттілік | ≥ 30 дара, әрбір кіші топтан ≥ 10 дара
| 10x | Концентрация: ≥ 1 нг/ мкл Жалпы сома≥ 30 нг Шектеулі немесе тозу немесе ластану жоқ |
| Арнайы локусты күшейтілген фрагмент (SLAF) | Тег тереңдігі: 10x Тегтер саны: <400 Мб: WGS ұсынылады <1Гб: 100K тегтер 1 Гб >2Гб: 300K тегтер Ең көбі 500 мың тег | Концентрация ≥ 5 нг/мкл Жалпы сомасы ≥ 80 нг Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Агароза гелі: деградация немесе ластану жоқ немесе шектеулі
|
Қызметтің жұмыс ағыны
Эксперимент дизайны
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Қызмет популяция құрылымын талдауды (филогенетикалық ағаш, ТҚА, популяцияның стратификациялық диаграммасы), популяцияның әртүрлілігін және популяцияларды таңдауды (байланыстың тепе-теңдігі, тиімді учаскелерді таңдаулы сыпырып таңдау) қамтиды. Қызмет сонымен қатар теңшелген талдауды қамтуы мүмкін (мысалы, дивергенция уақыты, ген ағыны).
*Мұнда көрсетілген демонстрациялық нәтижелердің барлығы BMKGENE компаниясымен жарияланған геномдардан алынған
1. Эволюциялық талдау генетикалық вариацияларға негізделген филогенетикалық ағашты, популяция құрылымын және ПСА құрылысын қамтиды.
Филогенетикалық ағаш ата-тегі ортақ түрлер арасындағы таксономиялық және эволюциялық қатынастарды білдіреді.
PCA қосалқы популяциялар арасындағы жақындықты визуализациялауға бағытталған.
Популяция құрылымы аллель жиіліктері бойынша генетикалық ерекшеленген субпопуляцияның болуын көрсетеді.
Чен және т. т.б.,PNAS, 2020
2. Таңдамалы сыпыру
Таңдамалы сыпыру тиімді сайт таңдалатын және байланыстырылған бейтарап тораптардың жиілігі ұлғайып, байланысы жоқ сайттардың жиілігі төмендетілетін процеске жатады, нәтижесінде аймақтық азаяды.
Селективті тазарту аймақтарында геномды анықтау белгілі бір қадамда (10 Кб) жылжымалы терезе (100 Кб) ішіндегі барлық SNP-тердің популяциялық генетикалық индексін (π，Fst, Tajima's D) есептеу арқылы өңделеді.
Нуклеотидтердің әртүрлілігі (π）
Таджиманың Д
Бекіту индексі(Fst)
Ву, т.б. т.б.,Молекулярлық өсімдік, 2018 ж
3.Ген ағыны
Ву, т.б. т.б.,Молекулярлық өсімдік, 2018 ж
4.Демографиялық тарих
Чжан және т. т.б.,Табиғат экологиясы және эволюциясы, 2021
5. Дивергенция уақыты
Чжан және т. т.б.,Табиғат экологиясы және эволюциясы, 2021
BMKGene эволюциялық генетика қызметтері септігін тигізетін жетістіктерді таңдалған басылымдар жинағы арқылы зерттеңіз:
Хасаняр, А.К. және т.б. (2023) «Тұтас геномды қайта секвенирлеу арқылы Apis cerana cerana личинкаларында Sacbrood вирусына төзімділікпен байланысты SNP молекулалық маркерлері мен кандидат гендерінің ашылуы»,Молекулалық ғылымдардың халықаралық журналы, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Чай, Дж. және т.б. (2022) «Жабайы, генетикалық таза қытайлық алып саламандрды табу табиғатты сақтаудың жаңа мүмкіндіктерін тудырады»,Зоологиялық зерттеулер, 2022, том. 43, 3-басылым, беттер: 469-480, 43(3), 469-480 беттер. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Хан, M. және т.б. (2022) 'Цинхай-Тибет үстіртіндегі жергілікті Elymus sibiricus L. филогеографиялық үлгі және популяция эволюциясының тарихы',Өсімдіктанудағы шекаралар, 13, б. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Ван, Дж. және т.б. (2022) «Хромосома деңгейіндегі геномдық жиыннан лонган эволюциясына геномдық түсініктер және лонган қосылуларының популяция геномикасы»,Бау-бақша шаруашылығын зерттеу, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
