Өнімдер

Эволюциялық генетика

Эволюциялық генетика – SNPs, InDels, SVs және CNVs қоса алғанда, генетикалық вариацияларға негізделген берілген материалдардың эволюциялық ақпаратына жан-жақты интерпретация беруге арналған жинақталған секвенирлеу қызметі.Ол эволюциялық өзгерістерді және популяциялардың генетикалық ерекшеліктерін сипаттау үшін қажетті барлық іргелі талдауды қамтамасыз етеді, мысалы, популяция құрылымы, генетикалық әртүрлілік, филогениялық қатынастар және т.б. Ол сонымен қатар популяцияның тиімді мөлшерін, дивергенция уақытын бағалауға мүмкіндік беретін гендер ағыны бойынша зерттеулерді қамтиды.

Бізбен хабарласыңы

Қызмет мәліметтері

Демо нәтижелері

Кейс зерттеу

Қызметтің артықшылықтары

Такаги және т.б.Өсімдік журналы, 2013 ж

● Нуклеотидтер мен аминқышқылдар деңгейіндегі өзгерістерге негізделген түрлердің дивергенция уақыты мен жылдамдығын бағалау
● Конвергентті эволюция мен параллель эволюцияның әсері азайған түрлер арасындағы неғұрлым сенімді филогенетикалық қатынасты ашу
● Генетикалық өзгерістер мен фенотиптер арасында белгілерге байланысты гендерді ашу үшін байланыстарды құру
● Түрлердің эволюциялық әлеуетін көрсететін генетикалық әртүрлілікті бағалау
● Жылдамырақ өңдеу уақыты
● Үлкен тәжірибе: BMK жүздеген түрлерді және т.б. қамтитын популяциялық және эволюциялық байланысты жобаларда 12 жылдан астам ауқымды тәжірибе жинақтады және Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal және т.б. жарияланған 80-нен астам жоғары деңгейдегі жобаларға үлес қосты.

Қызмет сипаттамалары

Материалдар:

Әдетте, кем дегенде үш қосалқы популяция (мысалы, кіші түр немесе штамм) ұсынылады.Әрбір субпопуляцияда 10-нан кем емес даралар болуы керек (Өсімдіктер ＞15, сирек түрлер үшін азайтылуы мүмкін).

Тізбектеу стратегиясы:

* WGS жоғары сапалы анықтамалық геномы бар түрлер үшін қолданылуы мүмкін, ал SLAF-Seq сілтеме геномы бар немесе онсыз түрлерге немесе сапасыз сілтеме геномына қолданылады.

Геном өлшеміне қатысты	WGS	SLAF-тегтер (×10 000)
≤ 500 Мб	10×/жеке	WGS көбірек ұсынылады
500 Мб - 1 Гб		10
1 Гб - 2 Гб		20
≥2 Гб		30

Биоинформатикалық талдаулар

● Эволюциялық талдау

● Таңдамалы тазалау

● Ген ағыны

● Демографиялық тарих

● Дивергенция уақыты

Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу

Үлгіге қойылатын талаптар:

Түрлер	Мата	WGS-NGS	SLAF
Жануар	Висцеральды ұлпа	0,5~1г	0,5 г
	Бұлшық ет тіні
	Сүтқоректілердің қаны	1,5 мл	1,5 мл
	Құс еті/балық қаны
Өсімдік	Жаңа піскен жапырақ	1~2г	0,5~1г
	Жапырақ/сабақ
	Тамыр/тұқым
Жасушалар	Мәдени жасуша

гДНҚ

Шоғырлану
(ng/ul)

Сома

(ug)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1,6

1,6-2,5

WGS-NGS

≥1

≥0,1

Қызметтің жұмыс ағыны

Эксперимент дизайны

Үлгіні жеткізу

Кітапхана құрылысы

Тізбектеу

Деректерді талдау

Сатудан кейінгі қызметтер

Алдыңғы: Көлемді сегрегант талдауы

Келесі: Метаболомика

*Мұнда көрсетілген демонстрациялық нәтижелердің барлығы BMKGENE компаниясымен жарияланған геномдардан алынған

1. Эволюциялық талдау генетикалық вариацияларға негізделген филогенетикалық ағашты, популяция құрылымын және ПСА құрылысын қамтиды.

Филогенетикалық ағаш ата-тегі ортақ түрлер арасындағы таксономиялық және эволюциялық қатынастарды білдіреді.
PCA қосалқы популяциялар арасындағы жақындықты визуализациялауға бағытталған.
Популяция құрылымы аллель жиіліктері бойынша генетикалық ерекшеленген субпопуляцияның болуын көрсетеді.

3-1Филогенетикалық-ағаш 3-2PCA 3-3Популяция-құрылым

Чен және т.т.б.,PNAS, 2020

2. Таңдамалы сыпыру

Таңдамалы сыпыру тиімді сайт таңдалатын және байланыстырылған бейтарап тораптардың жиілігі ұлғайып, байланысы жоқ сайттардың жиілігі төмендетілетін процеске жатады, нәтижесінде аймақтық азаяды.

Селективті тазарту аймақтарында геномды анықтау белгілі бір қадамда (10 Кб) жылжымалы терезе (100 Кб) ішіндегі барлық SNP-тердің популяциялық генетикалық индексін (π，Fst, Tajima's D) есептеу арқылы өңделеді.

Нуклеотидтердің әртүрлілігі (π）
4нуклеотидтік әртүрлілік(π）

Таджиманың Д
5Таджима-Д

Бекіту индексі(Fst)

6 Бекіту индексі(Fst)

Ву, т.б.т.б.,Молекулярлық өсімдік, 2018 ж

3.Ген ағыны

7Гендік ағын

Ву, т.б.т.б.,Молекулярлық өсімдік, 2018 ж

4.Демографиялық тарих

8Демографиялық-тарих

Чжан және т.т.б.,Табиғат экологиясы және эволюциясы, 2021

5. Дивергенция уақыты

9 Дивергенция-уақыт

Чжан және т.т.б.,Табиғат экологиясы және эволюциясы, 2021

BMK ісі

Геномдық вариация картасы көктемгі қытай қырыққабаты (Brassica rapa ssp. Pekinensis) таңдауының генетикалық негізі туралы түсінік береді.

Жарияланды: Молекулярлық өсімдік, 2018 ж

Тізбектеу стратегиясы:

Қайталау: реттілік тереңдігі: 10×

Негізгі нәтижелер

Бұл зерттеуде 194 қытай қырыққабаттары орташа тереңдігі 10 × қайта секвенирлеу үшін өңделді, бұл 1 208 499 SNP және 416 070 InDels берді.Осы 194 жолға филогенетикалық талдау жүргізгенде бұл сызықтарды көктем, жаз және күз деп үш экотипке бөлуге болатынын көрсетті.Сонымен қатар, популяция құрылымы мен PCA талдауы көктемгі қытай қырыққабатының Қытайдың Шаньдун қаласындағы күзгі қырыққабаттан шыққанын көрсетті.Олар кейіннен Корея мен Жапонияға әкелінді, жергілікті сызықтармен кесілді және олардың кейбір кеш болтталған сорттары Қытайға қайтарылды және ақырында көктемгі қытай қырыққабатына айналды.

Көктемгі қытай орамжапырақтары мен күзгі қырыққабаттарды іріктеу бойынша геномдық сканерлеу күшті іріктеуден өткен 23 геномдық локустарды анықтады, олардың екеуі QTL-картасына негізделген болттау уақытын басқаратын аймақпен қабаттасқан.Бұл екі аймақта BrVIN3.1 және BrFLC1 гүлденуді реттейтін негізгі гендер бар екені анықталды.Бұл екі геннің транскриптомды зерттеу және трансгендік тәжірибелер арқылы болттау уақытына қатысы бар екендігі расталды.

PB-толық метражды-РНҚ-реттеу-жағдай-зерттеу

Қытай қырыққабатындағы популяция құрылымын талдау

Қытай қырыққабатының селекциясы туралы генетикалық ақпарат

Анықтама

Тонгбинг және т.б.«Геномдық вариация картасы көктемгі қытай қырыққабатының (Brassica rapa ssp.pekinensis) таңдауының генетикалық негізі туралы түсінік береді.»Молекулалық өсімдіктер,11(2018): 1360-1376.