Жоғары-C негізіндегі хроматин өзара әрекеттесуі
Қызмет көрсету мүмкіндіктері
● PE150 көмегімен Illumina NovaSeq құрылғысында секвенирлеу.
● Қызмет формальдегидпен айқаспалы байланыс орнату және ДНҚ-ақуыз өзара әрекеттесуін сақтау үшін экстракцияланған нуклеин қышқылдарының орнына тін үлгілерін қажет етеді.
● Hi-C эксперименті жабысқақ ұштарын биотинмен шектеуді және қалпына келтіруді, содан кейін өзара әрекеттесулерді сақтай отырып, алынған доғал ұштарды дөңгелектеуді қамтиды. Содан кейін ДНҚ стрептавидин моншақтарымен жұлынып, кейінгі кітапхана дайындау үшін тазартылады.
Қызмет көрсетудің артықшылықтары
●Оңтайлы рестрикциялық фермент дизайны: әртүрлі түрлерге 93%-ға дейінгі жарамды өзара әрекеттесу жұптарымен жоғары Hi-C тиімділігін қамтамасыз ету.
●Кең ауқымды сараптама және жарияланым жазбалары:BMKGene 800 түрлі түрлерден және әртүрлі патенттерден алынған 2000-нан астам Hi-C секвенирлеу жобаларында мол тәжірибеге ие. 900-ден астам жинақтаушы импакт-факторы бар 100-ден астам жарияланған жағдайлар.
●Жоғары білікті биоинформатика тобы:Hi-C эксперименттері мен деректерді талдауға арналған ішкі патенттермен және бағдарламалық жасақтаманың авторлық құқықтарымен, сондай-ақ өздігінен жасалған визуализация деректер бағдарламалық жасақтамасымен.
●Сатудан кейінгі қолдау:Біздің міндеттемеміз жобаны аяқтаудан тыс, сатудан кейінгі 3 айлық қызмет көрсету мерзімін қамтиды. Осы уақыт ішінде біз жобаны бақылау, ақаулықтарды жою бойынша көмек және нәтижелерге қатысты кез келген сұрақтарға жауап беру үшін сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.
●Кешенді аннотацияБіз анықталған вариациялары бар гендерді функционалды түрде аннотациялау және тиісті байыту талдауын жүргізу үшін бірнеше дерекқорларды пайдаланамыз, бұл бірнеше зерттеу жобалары бойынша түсінік береді.
Қызмет көрсету сипаттамалары
| Кітапхана | Реттік стратегия | Ұсынылған деректер шығысы | Жоғары C сигнал ажыратымдылығы |
| Hi-C кітапханасы | Illumina PE150 | Хроматин ілмегі: 150x TAD: 50x | Хроматин циклі: 10Kb TAD: 40Kb |
Қызмет көрсету талаптары
| Үлгі түрі | Қажетті сома |
| Жануар тіндері | ≥2 г |
| Тұтас қан | ≥2 мл |
| Саңырауқұлақтар | ≥1 г |
| Өсімдік - жас тін | 1 г/аликвот, 2-4 аликвот ұсынылады |
| Өсірілген жасушалар | ≥1x107 |
Келесі талдауды қамтиды:
● Шикі деректердің сапасын бақылау;
● Карталау және Hi-C кітапханасының QC: жарамды өзара әрекеттесу жұптары және өзара әрекеттесу ыдырау көрсеткіштері (IDE);
● Геном бойынша өзара әрекеттесуді профильдеу: цис/транс талдауы және Hi-C өзара әрекеттесу картасы;
● A/B бөлімінің таралуын талдау;
● TAD және хроматин ілмектерін анықтау;
● Үлгілер арасындағы 3D хроматин құрылымының элементтері бойынша дифференциалды талдау және байланысты гендердің тиісті функционалдық аннотациясы.
Cis және транс пропорцияларының таралуы
Үлгілер арасындағы хромосомалық өзара әрекеттесулердің жылу картасы
А/В бөлімшелерінің геном бойынша таралуы
Хроматин ілмектерінің геном бойынша таралуы
TAD-тарды визуализациялау
BMKGene компаниясының Hi-C секвенирлеу қызметтерінің арқасында қол жеткізілген зерттеу жетістіктерін басылымдардың жинақталған жиынтығы арқылы зерттеңіз.
Менг, Т. және т.б. (2021) «Салыстырмалы интеграцияланған мультиомика талдауы CA2-ні хордоманың жаңа нысанасы ретінде анықтайды»,Нейро-онкология, 23(10), 1709–1722 беттер. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. және т.б. (2021) «Геномның 3D дезорганизациясы және қайта құрылуы интеграцияланған Hi-C, Nanopore және РНҚ секвенирлеуі арқылы NAFLD патогенезіне түсінік береді»,Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), 3150–3164 беттер. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
