Hi-C негізіндегі геномдық ассамблея
Hi-C - жақындыққа негізделген өзара әрекеттесулерді және жоғары өткізу қабілеттілігін секвенирлеуді біріктіру арқылы хромосома конфигурациясын түсіруге арналған әдіс. Бұл өзара әрекеттесулердің қарқындылығы хромосомалардағы физикалық қашықтыққа теріс байланысты деп саналады. Сондықтан, Hi-C деректері геном жобасында жинақталған тізбектерді кластерлеуге, ретке келтіруге және бағдарлауға және оларды хромосомалардың белгілі бір санына бекітуге арналған. Бұл технология популяцияға негізделген генетикалық карта болмаған кезде хромосома деңгейіндегі геномды жинақтау мүмкіндігін береді. Әрбір геномға Hi-C қажет.
Қызмет мүмкіндіктері
● PE150 көмегімен Illumina NovaSeq жүйесінде секвенирлеу.
● Қызмет формальдегидпен қиылысу және ДНҚ-ақуыз әрекеттесуін сақтау үшін алынған нуклеин қышқылдарының орнына тін үлгілерін қажет етеді.
● Hi-C эксперименті жабысқақ ұштарды биотинмен шектеуді және жөндеуді қамтиды, содан кейін өзара әрекеттесулерді сақтай отырып, нәтижесінде пайда болған доғал ұштарды айналдыру. Содан кейін ДНҚ стрептавидин моншақтарымен тартылып, келесі кітапхананы дайындау үшін тазартылады.
Қызметтің артықшылықтары
Hi-C шолуы
(Либерман-Айден Е және т.б.,Ғылым, 2009)
●Популяцияның генетикалық деректеріне қажеттілікті жою:Hi-C контигті бекіту үшін қажетті маңызды ақпаратты алмастырады.
●Маркердің жоғары тығыздығы:90%-дан жоғары контигті бекіту коэффициентіне әкеледі.
●Кең көлемдегі сараптама және жарияланым жазбалары:BMKGene 1000 түрлі түрлерден және әртүрлі патенттерден тұратын 2000-нан астам Hi-C геномдық ассамблеясы бойынша үлкен тәжірибеге ие. Жарияланған 200-ден астам істің жинақтаушы импакт-факторы 2000-нан асады.
●Жоғары білікті биоинформатика командасы:Hi-C эксперименттері мен деректерді талдауға арналған ішкі патенттермен және бағдарламалық құралдың авторлық құқықтарымен, өздігінен әзірленген визуализация деректерінің бағдарламалық құралы блокты қолмен жылжытуға, кері қайтаруға, күшін жоюға және қайта жасауға мүмкіндік береді.
●Сатудан кейінгі қолдау:Біздің міндеттеме сатылымнан кейінгі 3 айлық қызмет көрсету мерзімімен жобаны аяқтағаннан кейін де кеңейеді. Осы уақыт ішінде біз нәтижелерге қатысты кез келген сұрауларды шешу үшін жобаны бақылауды, ақаулықтарды жою бойынша көмекті және сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.
●Толық аннотация: біз анықталған вариациялары бар гендерді функционалды түрде аннотациялау және бірнеше зерттеу жобалары туралы түсініктерді қамтамасыз ету үшін сәйкес байыту талдауын орындау үшін бірнеше дерекқорды пайдаланамыз.
Қызмет сипаттамалары
| Кітапхананы дайындау | Тізбектеу стратегиясы | Ұсынылған деректер шығысы | Сапаны бақылау |
| Hi-C кітапханасы | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Үлгіге қойылатын талаптар
| Мата | Қажетті сома |
| Жануарлардың ішкі ағзалары | ≥ 2 г |
| Жануарлардың бұлшық еті | |
| Сүтқоректілердің қаны | ≥ 2 мл |
| Құс еті/балық қаны | |
| Өсімдік - жаңа піскен жапырақ | ≥ 3 г |
| Мәдени жасушалар | ≥ 1x107 |
| Жәндік | ≥ 2 г |
Қызметтің жұмыс ағыны
Эксперимент дизайны
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
1) Шикі деректер QC
2) Hi-C кітапханасының QC: жарамды Hi-C әрекеттесулерін бағалау
3) Hi-C жинағы: контигтерді топтарда кластерлеу, одан кейін әр топ ішінде контигтерді ретке келтіру және контиг бағдарларын тағайындау
4) Hi-C бағалауы
Hi-C Library QC – Hi-C жарамды өзара әрекеттесу жұптарын бағалау
Hi-C Ассамблеясы – статистика
Құрастырудан кейінгі бағалау – бункерлер арасындағы сигнал қарқындылығының жылу картасы
BMKGene компаниясының Hi-C құрастыру қызметтері септігін тигізетін жетістіктерді таңдалған басылымдар жинағы арқылы зерттеңіз.
Тиан, Т. және т.б. (2023) «Геномдық жинақ және көрнекті құрғақшылыққа төзімді жүгері ұрықтарының генетикалық диссекциясы», Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), 496-506 беттер. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Ван, ЗЛ және т.б. (2020) 'Азия бал арасының Apis cerana геномының хромосомалық-шкалалық ассамблеясы', Генетикадағы шекаралар, 11, б. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Чжан, Ф. және т.б. (2023) 'Solanaceae тұқымдасындағы екі геномды талдау арқылы тропан алкалоид биосинтезінің эволюциясын ашу', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), 1-18 беттер. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Чжан, X. және т.б. (2020) «Баньян ағашының және тозаңдандырғыш араның геномдары інжір арасының коэволюциясы туралы түсінік береді», жасуша, 183(4), 875-889.e17 бет. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
