Метаболомика
Ерекше өзгешеліктері
●Емесмақсатты метаболомика (Discovery Metabolomics)
Сұйық хроматография-масс-спектрометрия (LC-MS) технологиясына негізделген, нысанаға алынбаған метаболомика жасушалар, тіндер, органдар немесе дене сұйықтықтары сияқты биологиялық үлгілерде мүмкіндігінше көп шағын молекулалық метаболиттерді объективті түрде анықтауға мүмкіндік береді. Ол тәжірибелік және бақылау топтары арасында салыстырмалы талдау жүргізеді, статистикалық талдау арқылы дифференциалды метаболиттерді іріктейді.
● Липидтерге бағытталған емес метаболомика
Сұйық хроматография-масс-спектрометрия (LC-MS) технологиясын пайдалану,nЛипидтерге арналған мақсатты метаболомика жасушаларды, тіндерді, мүшелерді немесе дене сұйықтықтарын қоса алғанда, биологиялық үлгілерде мүмкіндігінше көп липид молекулаларын объективті түрде анықтауға қол жеткізеді.
● Кең-Мақсатты метаболомика
Бұл қызмет мақсатты емес технологияның жоғары ажыратымдылықтағы және кең қамтудағы артықшылықтарын мақсатты MRM (Multiple Reaction Monitoring) технологиясының жоғары сезімталдығы мен дәл сандық анықтау мүмкіндіктерімен тамаша үйлестіреді. Жұмыс процесі келесідей: Біріншіден, жоғары ажыратымдылықтағы масс-спектрометрия «барлық» метаболиттердің MS² спектрлерін алу үшін үлгілерде ультра жоғары қамтудағы MS² сканерлеуді орындау үшін қолданылады. Содан кейін, жоғары ажыратымдылықтағы MS² кітапханасымен (әрбір метаболит үшін бірнеше стандартты жоғары ажыратымдылықтағы MS² спектрлері бар 25 000-нан астам метаболиттерді қамтитын) біріктіру арқылы метаболиттерді дәл анықтау жүргізіледі. Әрі қарай, үлгілер үшін арнайы кітапхана құру үшін масс-спектрлерден MRM ион жұбы туралы ақпарат алынады. Соңында, дәл сандық анықтау үшін MRM технологиясымен үштік квадрупольді масс-спектрометрия қолданылады.
● Мақсатты метаболомика
Мақсатты метаболомика белгілі бір жолға қатысатын бірнеше нысаналы қосылыстарға немесе толық/ішінара метаболиттерге бағытталған. Стандартты заттарды пайдалана отырып, ол нысаналы қосылыстарды сандық анықтау және талдау үшін күшті ерекшелігі, жоғары сезімталдығы және жақсы қайталанымдылығы бар анықтау әдісін белгілейді. Ол абсолютті сандық анықтау үшін сыртқы стандартты ішкі стандартпен біріктіріп қабылдайды, стандартты қисықтың сызықтығы 0,99-дан асады және сезімталдығы нг/мл деңгейіне дейін жетеді.
Артықшылықтары
●Кеңейтілген анықтау платформасы
-Мыңдаған метаболиттерді бір уақытта анықтауға және талдауға мүмкіндік беретін жоғары деңгейлі жоғары ажыратымдылықтағы масс-спектрометрлермен және үштік квадрупольді масс-спектрометрлермен жабдықталған.
●Кешенді дерекқорлар
- Жалпыға қолжетімді дерекқорлар: METLIN, KEGG, HMDB, NP Atlas және Lipidmaps қамтитын 500 000-нан астам метаболиттерді қамтиды.
- ІшкіӨсімдіктерге тән дерекқор: Бастапқы және екінші реттік метаболиттерді қоса алғанда, 25 000-нан астам метаболиттер бар.
- ІшкіЖануарларға/медицинаға арналған дерекқор: 12 000-нан астам метаболиттерді қамтиды.
●Қатаң сапаны бақылау жүйесі
-Деректердің сенімді сапасын қамтамасыз ету үшін құралдың тұрақтылығын, зат қалдығын, сапаны бақылау үлгісінің PCA және корреляциялық талдауды қамтитын қатаң сапаны бақылау.
●Метаболиттерді анықтаудың жоғары мүмкіндігі
- ЕмесМақсатты метаболомика: Әр айналымда орта есеппен 4200-ден астам метаболитті анықтайды, бұл үлгілердегі белгісіз метаболиттерді зерттеу және күрделі үлгілердегі метаболиттерді анықтау үшін өте қолайлы.
- Кең-Мақсатты метаболомика (өсімдік): бастапқы және қайталама метаболиттерді қоса алғанда, әрбір айналымда орта есеппен 2410-нан астам метаболитті анықтайды.
- Кең-Мақсатты метаболомика (жануарларға): Бір айналымда орта есеппен 1250-ден астам метаболитті анықтайды.
- Мақсатты метаболомика: Панельдерүшінметаболиттердің бірнеше санаттары.
●Кешенді талдау
-10-нан астам талдау элементтерін және 20-дан астам визуализация диаграммаларын ұсынады.
●Сатудан кейінгі мұқият қызмет көрсету
-Сатудан кейінгі кеңес беру және қорытынды есепті түсіндіру бойынша қолдау көрсетеді.
Қызмет көрсету сипаттамалары
| Шешім | Платформа | Ұсынылатын биологиялық көшірмелер |
|---|---|---|
| Мақсатты емес метаболомика | UHPLC-TOF-MS (Waters Xevo G2-XS QTof) | Өсімдік және микробтық үлгі: ≥ 6 Жануарлар үлгісі: ≥ 10 Клиникалық үлгі: ≥ 30 Барлық биологиялық қайталанатын үлгілер тәуелсіз талданды. |
| Кең мақсатты метаболомика | Су Xevo G2-XS QTOF + AB Sciex QTRAP 6500+ | Өсімдік үлгісі: ≥ 3 |
| Мақсатты метаболомика | UHPLC-QQQ-MS (AB Sciex QTRAP 6500+) GC-MS (Agilent 7890-5977, Agilent 7820-5977) | Өсімдік үлгісі: ≥ 3 Жануарлар үлгісі: ≥ 6 |
Үлгі талаптары
Үлгілеріңіз біздің критерийлерге сәйкес келетініне күмәнданып жүрсіз бе? Біздің алу үшін мына жерді басыңызсоңғы үлгі талаптары.
Қызмет көрсету жұмыс ағыны
Үлгі жинағы
Метаболит экстракциясы
Деректерді жинау
Деректерді талдау
Деректерді жеткізу
1. Фондық шу және шикі деректерді өңдеудің сапасының төмендігі
2. Деректер сапасын бағалау
2.1 Негізгі компоненттерді талдау
2.2 Қайталанымдылықты бағалау
3. Метаболит аннотациясы
3.1 KEGG дерекқорының аннотациясы
3.2 HMDB дерекқорының аннотациясы
3.3 Lipidmaps дерекқорының аннотациясы
4. Үлгілерді топтастыру Деректерді талдау (биологиялық қайталаулар)≥3)
4.1 Топтың негізгі компоненттерін талдау
4.2 Ортогоналды ішінара ең кіші квадраттар дискриминант талдауы (OPLS-DA)
4.3 Топтық дифференциалды метаболиттерді талдау
5. Дифференциалды метаболиттерді іріктеу (биологиялық репликалар)≥3)
5.1 Дифференциалды қатпар өзгерісін талдау
5.2 Дифференциалды метаболит жанартауының графигі
5.3 Дифференциалды метаболиттердің кластерлік жылу картасы
5.4 Дифференциалды метаболит корреляциясының графигі
5.5 Дифференциалды метаболиттің Z-балл графигі
5.6 Дифференциалды метаболиттердің радарлық диаграммасын талдау
5.7 Дифференциалды метаболит скрипкасының сызбасы
5.8 Дифференциалды метаболиттердің қораптық диаграммасы
5.9 KEGG дифференциалды метаболиті функционалды аннотациясы және байыту талдауы
5.10 ROC қисығын талдау
5.11 Дифференциалды метаболит k-орташа кластерлеу
5.12 Дифференциалды метаболит Венн диаграммасы
1. Деректер сапасын бағалау
↑Cкорреляциялық талдау(Сынақ үлгісі/сапаны бақылау үлгісі)
↑Негізгі компоненттерді талдау ↑Метаболиттерді кластерлеуді талдау
2. Метаболит аннотациясы
↑KEGG дерекқорының аннотациясы↑HMDB дерекқорының аннотациясы
↑Lipidmaps дерекқорының аннотациясы
3. Үлгілерді топтастыру Деректерді талдау (биологиялық қайталаулар)≥3)
↑Топтың негізгі компоненттерін талдау(2D/3D)
↑Ортогоналды ішінара ең кіші квадраттар дискриминант талдауы (OPLS-DA)
4. Дифференциалды метаболиттерді іріктеу (биологиялық репликалар)≥3)
↑Дифференциалды қатпар өзгерісін талдау↑Дифференциалды метаболит жанартауының графигі
↑Дифференциалды метаболиттердің кластерлік жылу картасы↑Дифференциалды метаболит корреляциясының графигі
↑Дифференциалды метаболиттің Z-баллдық графигі↑Дифференциалды метаболиттердің радарлық диаграммасын талдау
↑Дифференциалды метаболит скрипкасының сызбасы↑Дифференциалды метаболит қорабының графигі
↑KEGG дифференциалды метаболиті функционалды аннотациясы және байыту талдауы
↑ROC қисығын талдау↑Дифференциалды метаболит k-орташа кластерлеу
↑Дифференциалды метаболит Венн диаграммасы
Wang X, Wang D, Liu X, Zhang H, Chen G, Xu M, Shen X, You C. Malus domestica өсімдігіндегі BEL1 тәрізді гомеодомен транскрипция факторы SAWTOOTH1 (MdSAW1) трансгенді алма мен Arabidopsis өсімдіктерінің мырыштың артық стрессіне төзімділігін арттырады. Int J Biol Macromol. 2025 мамыр;307(Pt 3):141948. doi: 10.1016/j.ijbiomac.2025.141948. Epub 2025 наурыз 10. PMID: 40074134.
Айн К.У., Хуссейн Х.А., Рахман Л., Чжан К., Рехман А., Хуссейн С., Уддин С., Имран А. Moringa oleifera жасыл нанобөлшектері мен арбускулярлық микориза саңырауқұлақтарының жүгерідегі өсуіне, тамыр жүйесінің архитектурасына және қоректік заттардың сіңуіне интерактивті әсері (Zea mays L.). Plant Physiol Biochem. 2025 қыркүйек;226:110063. doi: 10.1016/j.plaphy.2025.110063. Epub 2025 мамыр 24. PMID: 40441096.
Wang X, Luo J, Wang Q, Zhang Q, Zhao T, Liu Y, Li T, Liu X, Jiang J. Жасмонат қызанақтың төмен K+ стрессіне жауап ретінде K+ сіңуін реттейтін SlJAZ2/3-SlMYC3 тәрізді модульді белсендіреді. J Integr Plant Biol. 2025 тамыз;67(8):2058-2077. doi: 10.1111/jipb.13941. Epub 2025 мамыр 28. PMID: 40432500.
