Нанопоралық толық ұзындықтағы транскриптом

Нанопоралық транскриптомдық секвенирлеу - толық ұзындықтағы кДНҚ-ларды секвенирлеудің, транскрипт изоформаларын дәл анықтаудың және сандық бағалаудың қуатты әдісі. BMKCloud Nanopore толық ұзындықтағы транскриптомдық құбыржолы Nanopore платформасында жасалған РНҚ-Seq деректерін жоғары сапалы, жақсы аннотацияланған анықтамалық геномға қарсы талдауға арналған, бұл ген мен транскрипт деңгейінде сапалық және сандық талдауды қамтамасыз етеді. Сапаны бақылаудан кейін толық ұзындықтағы химерлік емес (FLNC) тізбектер алынады және артық транскрипттерді алып тастау үшін консенсус тізбектері анықтамалық геномға картаға түсіріледі. Бұл транскрипт жиынтығынан экспрессия сандық түрде анықталады және дифференциалды түрде экспрессияланған гендер мен транскрипттер анықталады және функционалды түрде аннотацияланады. Құбыржолы сонымен қатар балама полиаденилдену (APA) талдауын, балама сплайсинг талдауын, қарапайым тізбекті қайталау (SSR) талдауын, lncRNA және сәйкес нысаналарды болжауды, кодтау тізбектерін (CDS) болжауды, гендік тұқымдастық талдауын, транскрипция факторын талдауды, жаңа гендерді болжауды және транскрипттердің функционалды аннотациясын қамтиды.