Нанопора Толық ұзындықтағы транскриптом

Нанопоралы транскриптомды секвенирлеу толық ұзындықтағы cDNA-ларды секвенирлеудің, транскрипт изоформаларын дәл анықтаудың және санын анықтаудың қуатты әдісі болып табылады. BMKCloud Nanopore толық ұзындықтағы транскриптомдық құбыр желісі Nanopore платформасында жасалған RNA-Seq деректерін ген мен транскрипт деңгейінде сапалы және сандық талдауды қамтамасыз ете отырып, жоғары сапалы жақсы аннотацияланған анықтамалық геномға қарсы талдауға арналған. Сапаны бақылаудан кейін толық ұзындықтағы химерикалық емес (FLNC) тізбектер алынады және артық транскрипттерді жою үшін консенсус тізбегі анықтамалық геномға салыстырылады. Бұл транскрипт жиынтығынан экспрессия сандық түрде анықталады және дифференциалды түрде экспрессияланған гендер мен транскрипттер анықталады және функционалды түрде түсіндіріледі. Құбырға сонымен қатар альтернативті полиаденилдену (APA) талдауы, альтернативті сплайсинг талдауы, қарапайым дәйекті қайталау (SSR) талдауы, lncRNA және сәйкес мақсаттарды болжау, кодтау ретін болжау (CDS), гендік отбасы талдауы, транскрипция факторын талдау, жаңа гендерді болжау және транскрипттердің функционалдық аннотациясы кіреді.