Анықтамалық емес мРНҚ секвенирлеу-NGS
Ерекше өзгешеліктері
● Кітапханаға дайындық алдында поли мРНҚ-ны алу
● Кез келген анықтамалық геномнан тәуелсіз: транскрипттердің de novo құрастыруына негізделген, бірнеше дерекқорлармен (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG) аннотацияланған унигендер тізімін жасайды.
● Ген экспрессиясы мен транскрипт құрылымының кешенді биоақпараттық талдауы
Қызмет көрсетудің артықшылықтары
●Кең ауқымды сараптамаBMKGENE-де жасуша дақылдары, тіндер және дене сұйықтықтары сияқты әртүрлі үлгі түрлерін қамтитын 600 000-нан астам үлгіні өңдеу тәжірибесімен біздің командамыз әрбір жобаға мол тәжірибе әкеледі. Біз әртүрлі зерттеу салаларында 100 000-нан астам мРНҚ-Seq жобаларын сәтті аяқтадық.
●Қатаң сапаны бақылауБіз үлгі мен кітапхананы дайындаудан бастап секвенирлеу мен биоинформатикаға дейінгі барлық кезеңдерде негізгі бақылау нүктелерін енгіземіз. Бұл мұқият мониторинг үнемі жоғары сапалы нәтижелердің берілуін қамтамасыз етеді.
● Толық аннотация: біз дифференциалды түрде экспрессияланған гендерді (DEG) функционалды түрде аннотациялау және тиісті байыту талдауын жүргізу үшін бірнеше дерекқорларды пайдаланамыз, бұл транскриптом реакциясының негізінде жатқан жасушалық және молекулалық процестер туралы түсінік береді.
●Сатудан кейінгі қолдауБіздің міндеттемеміз жобаны аяқтаудан тыс, сатудан кейінгі 3 айлық қызмет көрсету мерзімін қамтиды. Осы уақыт ішінде біз жобаны бақылау, ақаулықтарды жою бойынша көмек және нәтижелерге қатысты кез келген сұрақтарға жауап беру үшін сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.
Үлгі талаптары және жеткізу
| Кітапхана | Реттік стратегия | Ұсынылатын деректер | Сапаны бақылау |
| Поли А байытылған | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 ГБ | Q30≥85% |
Үлгі талаптары:
Нуклеотидтер:
| Конц. (нг/мкл) | Мөлшері (мкг) | Тазалық | Тұтастық |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Гельде ақуыз немесе ДНҚ ластануы шектеулі немесе мүлдем жоқ. | Өсімдіктер үшін: RIN≥4.0; Жануарлар үшін: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; базалық биіктік шектеулі немесе мүлдем жоқ |
● Өсімдіктер:
Тамыр, сабақ немесе гүлшоғыр: 450 мг
Жапырақ немесе тұқым: 300 мг
Жеміс: 1,2 г
● Жануар:
ЖҮРЕК немесе Ішек: 300 мг
Ішкі мүшелер немесе ми: 240 мг
Бұлшықет: 450 мг
Сүйектер, шаш немесе тері: 1 г
● Буынаяқтылар:
Жәндіктер: 6 г
Шаян тәрізділер: 300 мг
● Тұтас қан: 1 түтік
● Ұяшықтар: 106 жасушалар
Ұсынылған үлгі жеткізу
Контейнер: 2 мл центрифуга түтігі (қалайы фольга ұсынылмайды)
Үлгі таңбалау: Топ+көшірме, мысалы, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Жеткізу:
1. Құрғақ мұз: Үлгілерді пакеттерге салып, құрғақ мұзға көму керек.
2. РНҚ-тұрақты түтіктер: РНҚ үлгілерін РНҚ-тұрақтандыру түтігінде (мысалы, RNAstable®) кептіріп, бөлме температурасында жеткізуге болады.
Қызмет көрсету жұмыс ағыны
Тәжірибелік дизайн
Үлгіні жеткізу
РНҚ экстракциясы
Кітапхана құрылысы
Реттік реттеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Биоинформатика
Транскриптомды құрастыру және унигенді таңдау
Unigene аннотациясы
Биологиялық қайталанулардың үлгі корреляциясы және бағалауы
Дифференциалды экспрессияланған гендер (ДЭГ)
DEG функционалдық аннотациясы
ДЭГ-тердің функционалдық байытуы
BMKGene компаниясының эукариоттық NGS мРНҚ секвенирлеу қызметтерінің жетістіктерін басылымдардың жинақталған жиынтығы арқылы зерттеңіз.
Шен, Ф. және т.б. (2020) «Амур сом балығының (Silurus asotus) жыныс бездеріндегі De novo транскриптом жиынтығы және жынысқа бейімделген ген экспрессиясы», Genomics, 112(3), 2603–2614 беттер. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. және т.б. (2016) «Пияздың (Allium cepa L.) баданасының ісінуі және дамуы кезіндегі сахароза метаболизмінің транскриптомдық талдауы», Frontiers in Plant Science, 7 (қыркүйек), 212763 б. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. және т.б. (2017) 'Sarcocheilichthys sinensis транскриптомына арналған жаңа құрастыру, сипаттама және аннотация', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. және т.б. (2021) «De novo транскриптом талдауы Podocarpus macrophyllus-тың тұздылық стрессі кезіндегі тұзға төзімділігі туралы түсінік береді», BMC Plant Biology, 21(1), 1–17 беттер. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
