Анықтамалық емес mRNA Sequencing-NGS
Ерекше өзгешеліктері
● Кітапхананы дайындау алдында поли мРНҚ түсіру
● Кез келген анықтамалық геномға тәуелсіз: транскрипттерді жаңа жинақтауға негізделген, бірнеше дерекқорлармен (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG) аннотацияланған унигендердің тізімін жасау
● Гендердің экспрессиясын және транскрипт құрылымын кешенді биоинформатикалық талдау
Қызметтің артықшылықтары
●Кең тәжірибе: BMKGENE-де жасуша дақылдары, тіндер және дене сұйықтықтары сияқты әртүрлі үлгі түрлерін қамтитын 600 000-нан астам үлгілерді өңдеу тәжірибесі бар біздің команда әрбір жобаға бай тәжірибе әкеледі. Біз әртүрлі зерттеу салаларындағы 100 000-нан астам mRNA-Seq жобаларын сәтті жаптық.
●Қатаң сапаны бақылау: біз үлгіні және кітапхананы дайындаудан бастап реттілік пен биоинформатикаға дейінгі барлық кезеңдерде негізгі бақылау нүктелерін енгіземіз. Бұл мұқият бақылау тұрақты жоғары сапалы нәтижелерді жеткізуді қамтамасыз етеді.
● Толық аннотация: біз дифференциалды экспрессиялық гендерге (DEGs) функционалды түрде түсініктеме беру және транскриптомдық жауаптың негізінде жатқан жасушалық және молекулалық процестер туралы түсінік бере отырып, сәйкес байыту талдауын орындау үшін бірнеше дерекқорды пайдаланамыз.
●Сатудан кейінгі қолдау: біздің міндеттеме сатылымнан кейінгі 3 айлық қызмет көрсету мерзімімен жобаны аяқтағаннан кейін де кеңейеді. Осы уақыт ішінде біз нәтижелерге қатысты кез келген сұрауларды шешу үшін жобаны бақылауды, ақаулықтарды жою бойынша көмекті және сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.
Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу
| Кітапхана | Тізбектеу стратегиясы | Деректер ұсынылады | Сапаны бақылау |
| Poly A байытылған | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Гб | Q30≥85% |
Үлгіге қойылатын талаптар:
Нуклеотидтер:
| Конс.(нг/мкл) | Мөлшері (мкг) | Тазалық | Тұтастық |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Гельде ақуыз немесе ДНҚ ластануы шектеулі немесе жоқ. | Өсімдіктер үшін: RIN≥4,0; Жануарлар үшін: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; шектелген немесе жоқ бастапқы биіктік |
● Өсімдіктер:
Тамыр, сабақ немесе жапырақша: 450 мг
Жапырақ немесе тұқым: 300 мг
Жемістер: 1,2 г
● Жануарлар:
Жүрек немесе ішек: 300 мг
Ішкі ағзалар немесе ми: 240 мг
Бұлшық ет: 450 мг
Сүйектер, шаш немесе тері: 1 г
● Буынаяқтылар:
Жәндіктер: 6 г
Шаян тәрізділер: 300 мг
● Тұтас қан: 1 түтік
● Ұяшықтар: 106 жасушалар
Ұсынылатын үлгіні жеткізу
Контейнер: 2 мл центрифуга түтігі (қаңылтыр фольга ұсынылмайды)
Үлгі таңбалау: Топ+қайталау, мысалы, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
жөнелту:
1. Құрғақ мұз: үлгілерді қаптарға салып, құрғақ мұзға көму керек.
2. РНҚ тұрақты түтіктер: РНҚ үлгілерін РНҚ тұрақтандыру түтігінде (мысалы, RNAstable®) кептіруге және бөлме температурасында жөнелтуге болады.
Қызметтің жұмыс ағыны
Эксперимент дизайны
Үлгіні жеткізу
РНҚ экстракциясы
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Биоинформатика
Транскриптомды құрастыру және унигенді таңдау
Unigene аннотация
Үлгі корреляциясы және биологиялық көшірмелерді бағалау
Дифференциалды экспрессияланған гендер (DEGs)
DEG функционалдық аннотациялары
DEG функционалдық байыту
BMKGene эукариоттық NGS мРНҚ секвенирлеу қызметтері септігін тигізетін жетістіктерді таңдап алынған басылымдар жинағы арқылы зерттеңіз.
Шен, F. және т.б. (2020) «Амур сомының (Silurus asotus) жыныс бездеріндегі жаңа транскриптомдық жинақ және жынысқа негізделген ген экспрессиясы», Геномика, 112(3), 2603–2614 беттер. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Чжан, C. және т.б. (2016) 'Пиязда (Allium cepa L.) пияздың ісінуі және дамуы кезінде сахароза метаболизмінің транскриптомдық талдауы', Өсімдіктер ғылымындағы шекаралар, 7 (қыркүйек), б. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Жу, C. және т.б. (2017) 'Sarcocheilichthys sinensis транскриптомына арналған жаңа жинақ, сипаттама және аннотация', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Зоу, Л. және т.б. (2021) 'De novo transscriptome талдау тұздылық стресс жағдайында Podocarpus macrophyllus тұзына төзімділігі туралы түсінік береді', BMC Plant Biology, 21(1), 1-17 беттер. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
