PacBio 2+3 толық ұзындықтағы мРНҚ ерітіндісі
Ерекше өзгешеліктері
● Зерттеу дизайны:
Транскрипт изоформаларын анықтау үшін PacBio-мен біріккен үлгі тізбектелді
Бөлек үлгілер (сыналатын көшірмелер және шарттар) ретімен берілгенТранскрипт экспрессиясын сандық бағалау үшін NGS
● CCS режимінде PacBio секвенирлеу, HiFi оқуларын жасау
● Толық мәтіндердің тізбегін анықтау
● Талдау үшін анықтамалық геном қажет емес; дегенмен, ол қолданылуы мүмкін
● Биоақпараттық талдау тек ген және изоформа деңгейіндегі экспрессияны ғана емес, сонымен қатар lncRNA, гендердің бірігуін, полиаденилденуді және ген құрылымын талдауды қамтиды.
Артықшылықтары
● Жоғары дәлдікHiFi >99,9% дәлдікпен оқиды (Q30), NGS-пен салыстыруға болады
● Балама сплайсинг талдауыБарлық транскрипцияларды секвенирлеу изоформаларды анықтауға және сипаттауға мүмкіндік береді.
● PacBio және NGS күшті жақтарының үйлесіміБұл изоформа деңгейіндегі экспрессияны сандық анықтауға мүмкіндік береді, бүкіл ген экспрессиясын талдаған кезде жасырынуы мүмкін өзгерістерді ашады
● Кең ауқымды сараптамаБіз 2300-ден астам үлгіні өңдедік, біздің командамыз әрбір жобаға бай тәжірибе әкеледі.
● Сатудан кейінгі қолдауБіздің міндеттемеміз жобаны аяқтаудан тыс, сатудан кейінгі 3 айлық қызмет көрсету мерзімін қамтиды. Осы уақыт ішінде біз жобаны бақылау, ақаулықтарды жою бойынша көмек және нәтижелерге қатысты кез келген сұрақтарға жауап беру үшін сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.
Үлгі талаптары және жеткізу
| Кітапхана | Реттік стратегия | Ұсынылатын деректер | Сапаны бақылау |
| PolyA байытылған мРНҚ CCS кітапханасы | PacBio жалғасы II PacBio Revio | 20/40 Гб 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Поли А байытылған | Illumina PE150 | 6-10 ГБ | Q30≥85% |
Нуклеотидтер
|
| Конц. (нг/мкл) | Мөлшері (мкг) | Тазалық | Тұтастық |
| Иллюмин кітапханасы | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Гельде ақуыз немесе ДНҚ ластануы шектеулі немесе мүлдем жоқ. | Өсімдіктер үшін: RIN≥4.0; Жануарлар үшін: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; базалық биіктік шектеулі немесе мүлдем жоқ |
| PacBio кітапханасы | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Гельде ақуыз немесе ДНҚ ластануы шектеулі немесе мүлдем жоқ. | Өсімдіктер: RIN≥7.5 Жануарлар: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; базалық биіктік шектеулі немесе мүлдем жоқ |
Ұсынылған үлгі жеткізу
Контейнер: 2 мл центрифуга түтігі (қалайы фольга ұсынылмайды)
Үлгі таңбалау: Топ+көшірме, мысалы, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Жеткізу:
1. Құрғақ мұз:Үлгілерді пакеттерге салып, құрғақ мұзға көму керек.
2. РНҚ-тұрақты түтіктер: РНҚ үлгілерін РНҚ-тұрақтандыру түтігінде (мысалы, RNAstable®) кептіріп, бөлме температурасында жеткізуге болады.
Келесі талдауды қамтиды:
- Шикі деректер
- Сапаны бақылау
- Балама полиаденилдену талдауы (APA)
- Біріктіру транскриптін талдау
- Балама сплайсинг талдауы
- Әмбебап бір дана ортологтарды салыстырмалы түрде талдау (BUSCO)
- Жаңа транскрипт талдауы: кодтау тізбегін (CDS) болжау және функционалды аннотация
- lncRNA талдауы: lncRNA және нысаналарды болжау
- МикроСателит идентификациясы (SSR)
- Дифференциалды түрде экспрессияланған транскрипттерді (DET) талдау
- Дифференциалды экспрессияланған гендер (ДЭГ) талдауы
- DEG және DET функционалдық аннотациясы
BUSCO талдауы
Балама сплайсинг талдауы
Балама полиаденилдену талдауы (APA)
Дифференциалды экспрессияланған гендер (DEG) және транскрипттер (DETs9 талдауы)
DET және DEG ақуыз-ақуыз өзара әрекеттесу желілері
BMKGene компаниясының PacBio 2+3 толық метражды мРНҚ секвенирлеуінің арқасында қол жеткізілген жетістіктерді басылымдардың жинақтарынан зерттеңіз.
Чао, К. және т.б. (2019) «Populus бағаналы транскриптомының даму динамикасы»,Өсімдіктер биотехнологиясы журналы, 17(1), 206–219 беттер. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. және т.б. (2022) 'Actinidia latifolia (аскорбатқа бай жеміс дақылы) жемісінің дамуы мен пісуі кезіндегі аскорбин қышқылының құрамындағы динамикалық өзгерістер және онымен байланысты молекулалық механизмдер',Халықаралық молекулалық ғылымдар журналы, 23(10), б. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Хуа, Х. және т.б. (2022) «Париж полифилласындағы биоактивті полифиллиндерге қатысатын биосинтетикалық жол гендерінің тиімді болжамы»,Байланыс биологиясы2022 5:1, 5(1), 1–10 беттер. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. және т.б. (2023) 'Tuta absoluta (Meyrick) транскриптомы мен цитохром P450 гендерінің PacBio Iso-Seq және Illumina RNA-Seq біріктірілген талдауы',Жәндіктер, 14(4), 363-бет. doi: 10.3390/Жәндіктер14040363/S1.
Ван, Лижун және т.б. (2019) «Ricinus communis-тегі рицинол қышқылының биосинтезін жақсы түсіну үшін PacBio бір молекулалы нақты уақыт режиміндегі талдауды Illumina РНҚ секвенирлеуімен біріктіріп, транскриптом күрделілігіне шолу»,BMC Genomics, 20(1), 1–17 беттер. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/СУРЕТТЕР/7.
