-
Жоғары-C негізіндегі хроматин өзара әрекеттесуі
Hi-C - жақындыққа негізделген өзара әрекеттесулерді және жоғары өнімділік секвенирлеуді біріктіру арқылы геномдық конфигурацияны анықтауға арналған әдіс. Бұл әдіс хроматиннің формальдегидпен көлденең байланысына, содан кейін тек ковалентті түрде байланысқан фрагменттер лигатура өнімдерін түзетіндей етіп қорытуға және қайта лигациялауға негізделген. Бұл лигатура өнімдерін секвенирлеу арқылы геномның 3D ұйымдастырылуын зерттеуге болады. Hi-C геномның аз тығыз орналасқан (А бөлімдері, эвроматин) және транскрипциялық белсенді болуы ықтимал бөліктерінің және тығыз орналасқан аймақтардың (В бөлімдері, гетерохроматин) таралуын зерттеуге мүмкіндік береді. Hi-C сонымен қатар топологиялық байланысты домендерді (ТАД), геномның бүктелген құрылымдары бар және ұқсас экспрессия үлгілеріне ие болуы мүмкін аймақтарын анықтау және ақуыздармен бекітілген және көбінесе реттеуші элементтерге бай ДНҚ аймақтарын, хроматин ілмектерін анықтау үшін де пайдаланылуы мүмкін. BMKGene компаниясының Hi-C секвенирлеу қызметі зерттеушілерге геномиканың кеңістіктік өлшемдерін зерттеуге мүмкіндік береді, геномның реттелуін және оның денсаулық пен ауруға әсерін түсіну үшін жаңа жолдар ашады.
-
Хроматин иммунопреципитациясының секвенирленуі (ChIP-seq)
Хроматин иммунопреципитациясы (CHIP) - ДНҚ-мен байланыстырылатын ақуыздарды және оларға сәйкес келетін геномдық нысаналарды селективті түрде байыту үшін антиденелерді пайдаланатын әдіс. Оның NGS-пен интеграциясы гистон модификациясымен, транскрипция факторларымен және басқа ДНҚ-мен байланыстырылатын ақуыздармен байланысты ДНҚ нысаналарының геном бойынша профилін жасауға мүмкіндік береді. Бұл динамикалық тәсіл әртүрлі жасуша түрлері, тіндері немесе жағдайлары бойынша байланысу орындарын салыстыруға мүмкіндік береді. ChIP-Seq қолданылуы транскрипциялық реттеуді және даму жолдарын зерттеуден бастап ауру механизмдерін анықтауға дейін қамтиды, бұл оны геномдық реттеу ландшафттарын түсіну және терапиялық түсініктерді ілгерілету үшін таптырмас құралға айналдырады.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Тұтас геном бисульфиттік секвенирлеу (WGBS)
Бұл әдіс метилденбеген цитозиндердің урацилге (C-ден U-ға) айналуын тудыру үшін ДНҚ-ны бисульфитпен өңдеуге негізделген, ал метилденген цитозиндерді өзгеріссіз қалдырады, ДНҚ метилденуін, атап айтқанда, ген экспрессиясы мен жасушалық белсенділіктің негізгі реттегіші болып табылатын цитозиндегі бесінші позицияны (5-мК) терең зерттеудің алтын стандартты әдіснамасы болып табылады.
Бұл әдіс бір негізді ажыратымдылықты ұсынады, бұл зерттеушілерге метиломды жан-жақты зерттеуге және үлгілердегі қалыптан тыс метилдену үлгілерін анықтауға мүмкіндік береді. WGBS қолдану арқылы ғалымдар геномдық метилдену ландшафттары туралы теңдессіз түсініктерге ие бола алады, бұл әртүрлі биологиялық процестер мен аурулардың негізінде жатқан эпигенетикалық механизмдерді егжей-тегжейлі түсінуге мүмкіндік береді.
-
Жоғары өткізу қабілеттілігі бар транспозазаға қолжетімді хроматинді талдау (ATAC-seq)
ATAC-seq - геном бойынша хроматинге қолжетімділікті талдау үшін қолданылатын жоғары өнімді секвенирлеу әдісі. Оны қолдану ген экспрессиясын жаһандық эпигенетикалық бақылаудың күрделі механизмдерін тереңірек түсінуге мүмкіндік береді. Әдіс секвенирлеу адаптерлерін енгізу арқылы ашық хроматин аймақтарын бір мезгілде фрагменттеу және белгілеу үшін гиперактивті Tn5 транспозазасын пайдаланады. Кейінгі ПТР күшейтуі секвенирлеу кітапханасын құруға әкеледі, бұл белгілі бір кеңістік-уақыт жағдайларында ашық хроматин аймақтарын жан-жақты анықтауға мүмкіндік береді. ATAC-seq тек транскрипция факторының байланысу орындарына немесе гистонмен модификацияланған нақты аймақтарға бағытталған әдістерден айырмашылығы, қолжетімді хроматин ландшафттарының тұтас көрінісін ұсынады. Осы ашық хроматин аймақтарын секвенирлеу арқылы ATAC-seq белсенді реттеуші тізбектерге және ықтимал транскрипция факторының байланысу орындарына көбірек бейім аймақтарды ашады, бұл геном бойынша ген экспрессиясының динамикалық модуляциясы туралы құнды түсініктер береді.
-
Көрсетілуінің төмендеуімен бисульфитті секвенирлеу (RRBS)
Көрсетілуі төмендетілген бисульфитті секвенирлеу (RRBS) CpG аралдарына бай аймақтарды MspI бөлінуі арқылы байытуға, содан кейін 200-500/600 б/с фрагменттерінің өлшемін таңдауға негізделген. Демек, тек CpG аралдарына жақын орналасқан аймақтар секвенирленеді, ал алыс CpG аралдары бар аймақтар талдаудан шығарылады. Бұл процесс бисульфитті секвенирлеумен бірге ДНҚ метилденуін жоғары ажыратымдылықта анықтауға мүмкіндік береді, ал секвенирлеу тәсілі, PE150, метилдену профилін жасау тиімділігін арттыра отырып, кірістірулердің ортасына емес, ұштарына бағытталған.
Бұл әдіс ДНҚ метилденуін зерттеуде бүкіл геном бисульфиттік секвенирлеуге (WGBS) тиімді және үнемді балама ретінде пайда болды. WGBS бүкіл геномды бір негіздік ажыратымдылықта зерттеу арқылы жан-жақты түсініктер бергенімен, оның жоғары құны шектеуші фактор болуы мүмкін, сондықтан RRBS геномның өкілдік бөлігін таңдамалы түрде талдау арқылы бұл қиындықты стратегиялық тұрғыдан жеңілдетеді. Бұл әдіс ДНҚ метилденуін зерттеуді үнемді етуге мүмкіндік беретін және эпигенетикалық механизмдер туралы білімді дамытатын баға жетпес құрал болып табылады.
