-
Бір ядролы РНҚ секвенциясы
Бір ұяшықты түсіру және жеке кітапхананы құру техникасының жоғары өткізу қабілеттілігімен үйлесуі гендердің экспрессиясын жасуша бойынша зерттеуге мүмкіндік береді.Ол күрделі жасуша популяцияларына тереңірек және толық жүйе талдауын жүргізуге мүмкіндік береді, онда ол барлық жасушалардың орташа санын алу арқылы олардың гетерогенділігін жасырудан аулақ болады.
Дегенмен, кейбір жасушаларды бір жасушалы суспензияға айналдыруға жарамайды, сондықтан үлгіні дайындаудың басқа әдістері – тіндерден ядроны алу қажет, яғни ядро тіндерден немесе жасушадан тікелей экстракцияланады және бір ядролы суспензияға дайындалады. жасуша реттілігі.
BMK 10× Genomics ChromiumTM негізіндегі бір жасушалы РНҚ секвенирлеу қызметін ұсынады.Бұл қызмет иммундық жасушалардың дифференциациясы, ісіктердің гетерогенділігі, тіндердің дамуы және т.б. сияқты ауруларға байланысты зерттеулерде кеңінен қолданылды.
Кеңістіктік транскриптомдық чип: 10 × Геномика
Платформа: Illumina NovaSeq платформасы
-
Өсімдіктердің/жануарлардың тұтас геномының реттілігі
Бір нуклеотидті полиморфизм (SNP), кірістіру жойылуы (InDel), құрылымның өзгеруі (SV) және көшірме санының өзгеруі (CNV) қоса алғанда, WGS деп те аталатын тұтас геномды қайта секвенирлеу бүкіл геномдағы жалпы және сирек мутацияларды анықтауға мүмкіндік береді. ).SVs SNP-ге қарағанда вариациялық базаның үлкен бөлігін құрайды және тірі организмдерге айтарлықтай әсер ететін геномға көбірек әсер етеді.Ұзақ оқылатын қайта секвенирлеу үлкен фрагменттерді және күрделі вариацияларды дәлірек анықтауға мүмкіндік береді, себебі ұзақ оқулар тандемді қайталаулар, GC/AT-қа бай аймақтар және гипер-айнымалы аймақтар сияқты күрделі аймақтар арқылы хромосомалық айқасуды әлдеқайда жеңілдетеді.
Платформа: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 кеңістіктік транскриптом
Кеңістіктік транскриптомика ғылыми инновациялардың алдыңғы қатарында тұр, бұл зерттеушілерге олардың кеңістіктік контекстін сақтай отырып, ұлпалардағы күрделі ген экспрессия үлгілерін зерттеуге мүмкіндік береді.Әртүрлі платформалар арасында BMKGene BMKManu S1000 кеңістіктік транскриптомдық чипті жасап шығарды.жақсартылған ажыратымдылық5μM, субклеткалық диапазонға жетеді және мүмкіндік бередікөп деңгейлі ажыратымдылық параметрлері.Шамамен 2 миллион дақтары бар S1000 чипі кеңістіктік штрих-кодты түсіру зондтары жүктелген моншақтармен қабатталған шағын түтіктерді пайдаланады.Кеңістіктік штрих-кодтармен байытылған cDNA кітапханасы S1000 чипінен дайындалып, кейін Illumina NovaSeq платформасында реттелген.Кеңістікте штрих-кодталған үлгілер мен UMI комбинациясы жасалған деректердің дәлдігі мен ерекшелігін қамтамасыз етеді.BMKManu S1000 чипінің бірегей атрибуты оның әмбебаптығында жатыр, ол әртүрлі тіндерге және егжей-тегжейлі деңгейлерге дәл баптауға болатын көп деңгейлі ажыратымдылық параметрлерін ұсынады.Бұл бейімділік чипті әртүрлі кеңістіктік транскриптомикалық зерттеулер үшін тамаша таңдау ретінде орналастырады, бұл минималды шумен дәл кеңістіктік кластерлеуді қамтамасыз етеді.
BMKManu S1000 чипін және басқа да кеңістіктік транскриптомиялық технологияларды пайдалана отырып, зерттеушілер жасушалардың кеңістіктік ұйымдастырылуын және ұлпаларда болатын күрделі молекулалық өзара әрекеттесулерді жақсырақ түсінуге, кең ауқымдағы биологиялық процестердің негізінде жатқан механизмдер туралы баға жетпес түсініктерге қол жеткізе алады, соның ішінде онкология, неврология, даму биологиясы, иммунология және ботаникалық зерттеулер.
Платформа: BMKManu S1000 чипі және Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transscriptome
Кеңістіктік транскриптомика – зерттеушілерге олардың кеңістіктік контекстін сақтай отырып, ұлпалардағы гендердің экспрессия үлгілерін зерттеуге мүмкіндік беретін озық технология.Бұл домендегі бір қуатты платформа - Illumina секвенирлеуімен біріктірілген 10x Genomics Visium.10X Visium принципі тіндік бөліктер орналастырылған арнайы түсіру аймағы бар мамандандырылған чипте жатыр.Бұл түсіру аймағында әрқайсысы ұлпадағы бірегей кеңістіктік орынға сәйкес келетін штрих-кодталған дақтар бар.Содан кейін тіннен алынған РНҚ молекулалары кері транскрипция процесі кезінде бірегей молекулалық идентификаторлармен (UMI) таңбаланады.Бұл штрих-кодталған нүктелер мен UMI дәл кеңістіктік картаға және бір жасушалық рұқсатта ген экспрессиясының мөлшерін анықтауға мүмкіндік береді.Кеңістікте штрих-кодталған үлгілер мен UMI комбинациясы жасалған деректердің дәлдігі мен ерекшелігін қамтамасыз етеді.Осы Кеңістіктік Транскриптомика технологиясын қолдану арқылы зерттеушілер жасушалардың кеңістіктік ұйымдастырылуын және ұлпаларда болатын күрделі молекулалық өзара әрекеттесулерді тереңірек түсініп, онкология, неврология, даму биологиясы, иммунология сияқты көптеген салалардағы биологиялық процестердің негізінде жатқан механизмдер туралы баға жетпес түсініктерді ұсына алады. , және ботаникалық зерттеулер.
Платформа: 10X Genomics Visium және Illumina NovaSeq
-
Толық ұзындықтағы мРНҚ реттілігі-нанопора
NGS негізіндегі мРНҚ секвенциясы ген экспрессиясын сандық анықтау үшін жан-жақты құрал ретінде қызмет еткенімен, оның қысқа оқуға тәуелділігі күрделі транскриптомиялық талдаулардағы тиімділігін шектейді.Нанопора секвенциясы, екінші жағынан, толық ұзындықтағы мРНҚ транскрипттерін секвенирлеуге мүмкіндік беретін ұзақ оқылатын технологияны пайдаланады.Бұл тәсіл альтернативті сплайсингті, гендердің бірігуін, полиаденилденуді және мРНҚ изоформаларының сандық көрсеткіштерін жан-жақты зерттеуді жеңілдетеді.
Нанокесектік секвенирлеу нанокесек бір молекулалы нақты уақыттағы электрлік сигналдарға сүйенеді.Қозғалтқыш протеиндерін басшылыққа ала отырып, қос тізбекті ДНҚ биопленкаға ендірілген нанокерекше белоктарымен байланысады, кернеу айырмашылығы кезінде нанокерекше арнасынан өтіп жатқанда ашылады.ДНҚ тізбегіндегі әртүрлі негіздер тудыратын ерекше электрлік сигналдар нақты уақыт режимінде анықталады және жіктеледі, бұл дәл және үздіксіз нуклеотидтер реттілігін жеңілдетеді.Бұл инновациялық тәсіл қысқа мерзімді оқу шектеулерін еңсереді және күрделі геномдық талдау үшін динамикалық платформаны қамтамасыз етеді, күрделі транскриптомиялық зерттеулерді қамтиды.
Платформа: Nanopore Promethion P48
-
Толық ұзындықтағы мРНҚ секвенциясы - PacBio
NGS негізіндегі мРНҚ секвенциясы ген экспрессиясын сандық анықтауға арналған әмбебап құрал болғанымен, оның қысқа оқуға тәуелділігі оны күрделі транскриптомиялық талдауларда пайдалануды шектейді.PacBio секвенциясы (Iso-Seq), екінші жағынан, толық ұзындықтағы мРНҚ транскрипттерін секвенирлеуге мүмкіндік беретін ұзақ оқылатын технологияны пайдаланады.Бұл тәсіл балама қосылыстарды, гендердің синтезін және полиаденилденуді жан-жақты зерттеуді жеңілдетеді, дегенмен ол ген экспрессиясын сандық анықтау үшін негізгі таңдау болып табылмаса да, талап етілетін деректердің жоғары көлеміне байланысты.
PacBio секвенирлеу технологиясы толық ұзындықтағы мРНҚ транскрипттерін түсіруде ерекше артықшылықты қамтамасыз ететін бір молекулалы, нақты уақыттағы (SMRT) секвенирлеуге негізделген.Бұл инновациялық тәсіл секвенирлеу кезінде ДНҚ-полимераза белсенділігін нақты уақыт режимінде бақылауға мүмкіндік беретін нөлдік режимді толқын өткізгіштерді (ZMWs), микрофабрикалық ұңғымаларды пайдалануды қамтиды.Осы ZMW ішінде PacBio ДНҚ полимеразасы ДНҚ-ның комплементарлы тізбегін синтездейді, мРНҚ транскрипттерінің барлығын қамтитын ұзақ оқуларды жасайды.Circular Consensus Sequencing (CCS) режиміндегі PacBio жұмысы бір молекуланы қайта-қайта ретке келтіру арқылы дәлдікті арттырады.Жасалған HiFi көрсеткіштері NGS-мен салыстырылатын дәлдікке ие, әрі қарай күрделі транскриптомиялық мүмкіндіктерді жан-жақты және сенімді талдауға ықпал етеді.Платформа: PacBio Sequel II
-
Эукариоттық мРНҚ секвенирлеу-Иллюмин
мРНҚ секвенциясы белгілі бір жағдайларда жасушалардағы барлық мРНҚ транскрипттерінің жан-жақты профилін жасауға мүмкіндік береді.Бұл озық технология күрделі ген экспрессия профильдерін, гендік құрылымдарды және әртүрлі биологиялық процестермен байланысты молекулалық механизмдерді ашатын күшті құрал ретінде қызмет етеді.Іргелі зерттеулерде, клиникалық диагностикада және препараттарды әзірлеуде кеңінен қабылданған мРНҚ секвенциясы жасушалық динамика мен генетикалық реттеудің қыр-сырына түсінік береді.
Платформа: Illumina NovaSeq X
-
Анықтамалық емес mRNA Sequencing-Illumina негізіндегі
мРНҚ секвенциясы белгілі бір жағдайларда жасушалардағы барлық мРНҚ транскрипттерінің жан-жақты профилін жасауға мүмкіндік береді.Бұл озық технология күрделі ген экспрессия профильдерін, гендік құрылымдарды және әртүрлі биологиялық процестермен байланысты молекулалық механизмдерді ашатын күшті құрал ретінде қызмет етеді.Іргелі зерттеулерде, клиникалық диагностикада және препараттарды әзірлеуде кеңінен қабылданған мРНҚ секвенциясы жасушалық динамика мен генетикалық реттеудің қыр-сырына түсінік береді.
Платформа: Illumina NovaSeq X
-
Ұзақ кодталмаған реттілік-Illumina
Ұзын кодталмаған РНҚ (lncRNAs) - кодтаудың минималды потенциалы бар және кодталмаған РНҚ-ның негізгі элементтері болып табылатын 200 нуклеотидтен ұзын РНҚ.Ядро мен цитоплазмада табылған бұл РНҚ эпигенетикалық, транскрипциялық және посттранскрипциялық реттеуде маңызды рөл атқарады, олардың жасушалық және молекулалық процестерді қалыптастырудағы маңыздылығын көрсетеді.LncRNA реттілігі - бұл жасуша дифференциациясында, онтогенезде және адам ауруларында қуатты құрал.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Кіші РНҚ секвенциясы - Иллюмин
Ұзындығы әдетте 200 нуклеотидтен аспайтын шағын РНҚ (сРНҚ) молекулаларына микроРНҚ (миРНҚ), кіші интерференциялық РНҚ (siRNA) және пивимен әрекеттесетін РНҚ (piRNA) жатады.Олардың ішінде ұзындығы шамамен 20-24 нуклеотидті құрайтын миРНҚ-лар әртүрлі жасушалық процестердегі негізгі реттеуші рөлдерімен ерекше назар аударады.Тінге және кезеңге тән экспрессия үлгілері бар миРНҚ әртүрлі түрлерде жоғары сақталуын көрсетеді.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
circRNA секвенирлеуі-Illumina
Циркулярлық РНҚ секвенциясы (circRNA-seq) – бұл РНҚ-ның жоғары тұрақтылығын қамтамасыз ететін, канондық емес сплайсинг оқиғаларына байланысты тұйық контурлар құрайтын РНҚ молекулаларының класы, айналмалы РНҚ-ларды профильдеу және талдау.Кейбір циркРНҚ-лардың микроРНҚ губкалары ретінде әрекет ететіні, микроРНҚ-ларды секвестрлеп, олардың мақсатты мРНҚ-ларын реттеуіне жол бермейтіні көрсетілгенімен, басқа циркРНҚ-лар белоктармен әрекеттесуі, ген экспрессиясын модуляциялауы немесе жасушалық процестерде рөлдерге ие болуы мүмкін.circRNA экспрессиясының талдауы осы молекулалардың реттеуші рөлдері және олардың әртүрлі жасушалық процестердегі, даму кезеңдері мен ауру жағдайларындағы маңыздылығы туралы түсінік береді, ген экспрессиясы контекстінде РНҚ реттелуінің күрделілігін тереңірек түсінуге ықпал етеді.
-
Тұтас транскриптомды секвенирлеу – Illumina
Тұтас транскриптомды секвенирлеу кодтаушы (мРНҚ) және кодталмаған РНҚ-ларды (lncRNA, circRNA және miRNA) қамтитын әртүрлі РНҚ молекулаларын профильдеуге кешенді тәсілді ұсынады.Бұл әдіс белгілі бір сәтте нақты жасушалардың толық транскриптомын түсіріп, жасушалық процестерді тұтас түсінуге мүмкіндік береді.Сондай-ақ «жалпы РНҚ секвенциясы» ретінде белгілі, ол бәсекелес эндогендік РНҚ (ceRNA) және бірлескен РНҚ талдауы сияқты терең талдауға мүмкіндік беретін транскриптом деңгейінде күрделі реттеуші желілерді ашуға бағытталған.Бұл функционалдық сипаттамаға, әсіресе циркРНҚ-миРНҚ-мРНҚ негізіндегі цРНҚ өзара әрекеттесулерін қамтитын реттеуші желілерді ашудағы бастапқы қадамды білдіреді.
