-
Бір ядролы РНҚ секвенциясы
Бір ұяшықты түсіру және арнайы кітапхана құру әдістерінің дамуы жоғары өнімді секвенирлеумен бірге жасуша деңгейінде ген экспрессиясын зерттеуде төңкеріс жасады. Бұл серпіліс күрделі жасуша популяцияларын тереңірек және жан-жақты талдауға, барлық жасушалардағы гендердің экспрессиясын орташалаумен байланысты шектеулерді еңсеруге және осы популяциялардағы шынайы гетерогенділікті сақтауға мүмкіндік береді. Бір жасушалық РНҚ секвенциясы (scRNA-seq) даусыз артықшылықтарға ие болғанымен, ол белгілі бір тіндерде қиындықтарға тап болады, мұнда бір жасушалы суспензияны жасау қиынға соғады және жаңа үлгілерді қажет етеді. BMKGene-де біз ең заманауи 10X Genomics Chromium технологиясын пайдалана отырып, бір ядролы РНҚ секвенирлеуін (snRNA-seq) ұсына отырып, бұл кедергіні шешеміз. Бұл тәсіл бір жасуша деңгейінде транскриптомды талдауға жарамды үлгілер спектрін кеңейтеді.
Ядроларды оқшаулау инновациялық 10X Genomics Chromium чипі арқылы жүзеге асырылады, оның қос қиылысулары бар сегіз арналы микрофлюидикалық жүйесі бар. Бұл жүйеде штрих-кодтарды, праймерлерді, ферменттерді және бір ядроны қамтитын гель моншақтары нанолитр көлеміндегі май тамшыларына инкапсулирленіп, гель моншақ эмульсиясын (GEM) құрайды. GEM пайда болғаннан кейін әрбір GEM ішінде жасуша лизисі және штрих-кодтың шығарылуы орын алады. Кейіннен мРНҚ молекулалары 10X штрих-кодтарды және Бірегей молекулалық идентификаторларды (UMIs) қамтитын cDNA-ға кері транскрипциядан өтеді. Содан кейін бұл cDNA-лар бір жасуша деңгейінде гендік экспрессия профильдерін сенімді және жан-жақты зерттеуді жеңілдете отырып, стандартты секвенирлеу кітапханасының құрылысына ұшырайды.
Платформа: 10 × Genomics Chromium және Illumina NovaSeq платформасы
-
10x Genomics Visium Spatial Transscriptome
Кеңістіктік транскриптомика – зерттеушілерге олардың кеңістіктік контекстін сақтай отырып, ұлпалардағы гендердің экспрессия үлгілерін зерттеуге мүмкіндік беретін озық технология. Бұл домендегі бір қуатты платформа - Illumina секвенирлеуімен біріктірілген 10x Genomics Visium. 10X Visium принципі тіндік бөліктер орналастырылған арнайы түсіру аймағы бар мамандандырылған чипте жатыр. Бұл түсіру аймағында әрқайсысы ұлпадағы бірегей кеңістіктік орынға сәйкес келетін штрих-кодталған дақтар бар. Содан кейін тіннен алынған РНҚ молекулалары кері транскрипция процесі кезінде бірегей молекулалық идентификаторлармен (UMI) таңбаланады. Бұл штрих-кодталған нүктелер мен UMI дәл кеңістіктік картаға және бір жасушалық рұқсатта ген экспрессиясының мөлшерін анықтауға мүмкіндік береді. Кеңістікте штрих-кодталған үлгілер мен UMI комбинациясы жасалған деректердің дәлдігі мен ерекшелігін қамтамасыз етеді. Осы Кеңістіктік Транскриптомика технологиясын қолдану арқылы зерттеушілер жасушалардың кеңістіктік ұйымдастырылуын және ұлпаларда болатын күрделі молекулалық өзара әрекеттесулерді тереңірек түсініп, онкология, неврология, даму биологиясы, иммунология сияқты көптеген салалардағы биологиялық процестердің негізінде жатқан механизмдер туралы баға жетпес түсініктерді ұсына алады. , және ботаникалық зерттеулер.
Платформа: 10X Genomics Visium және Illumina NovaSeq
-
Толық ұзындықтағы мРНҚ реттілігі-нанопора
NGS негізіндегі мРНҚ секвенциясы ген экспрессиясын сандық анықтауға арналған әмбебап құрал болғанымен, оның қысқа оқуға тәуелділігі күрделі транскриптомиялық талдаулардағы тиімділігін шектейді. Екінші жағынан, нанопораларды секвенирлеу толық ұзындықтағы мРНҚ транскрипттерін секвенирлеуге мүмкіндік беретін ұзақ оқылатын технологияны қолданады. Бұл тәсіл альтернативті сплайсинг, гендердің бірігуі, полиаденилденуі және мРНҚ изоформаларының сандық көрсеткіштерін жан-жақты зерттеуді жеңілдетеді.
Нанокеуекті бір молекулалы нақты уақыттағы электрлік сигналдарға негізделген әдіс Нанокеуек секвенциясы нақты уақытта нәтиже береді. Қозғалтқыш протеиндерін басшылыққа ала отырып, қос тізбекті ДНҚ биопленкаға ендірілген нанокерекше белоктарымен байланысады, кернеу айырмашылығы кезінде нанокерекше арнасынан өтіп жатқанда ашылады. ДНҚ тізбегіндегі әртүрлі негіздер тудыратын ерекше электрлік сигналдар нақты уақыт режимінде анықталады және жіктеледі, бұл дәл және үздіксіз нуклеотидтер реттілігін жеңілдетеді. Бұл инновациялық тәсіл қысқа мерзімді оқу шектеулерін еңсереді және күрделі геномдық талдау үшін динамикалық платформаны қамтамасыз етеді, соның ішінде күрделі транскриптомиялық зерттеулер, дереу нәтиже береді.
Платформа: Nanopore PromethION 48
-
Толық ұзындықтағы мРНҚ секвенциясы - PacBio
NGS негізіндегі мРНҚ секвенциясы ген экспрессиясын сандық анықтауға арналған әмбебап құрал болғанымен, оның қысқа оқуға тәуелділігі оны күрделі транскриптомиялық талдауларда пайдалануды шектейді. Екінші жағынан, PacBio секвенциясы (Iso-Seq) толық ұзындықтағы мРНҚ транскрипттерін секвенирлеуге мүмкіндік беретін ұзақ оқылатын технологияны пайдаланады. Бұл тәсіл альтернативті сплайсингті, гендердің синтезін және полиаденилденуді жан-жақты зерттеуді жеңілдетеді. Дегенмен, талап етілетін деректердің жоғары көлеміне байланысты ген экспрессиясын сандық анықтаудың басқа таңдаулары бар. PacBio секвенирлеу технологиясы толық ұзындықтағы мРНҚ транскрипттерін түсіруде ерекше артықшылықты қамтамасыз ететін бір молекулалы, нақты уақыттағы (SMRT) секвенирлеуге негізделген. Бұл инновациялық тәсіл секвенирлеу кезінде ДНҚ-полимераза белсенділігін нақты уақыт режимінде бақылауға мүмкіндік беретін нөлдік режимді толқын өткізгіштерді (ZMW) және микрофабрикалы ұңғымаларды пайдалануды қамтиды. Осы ZMW ішінде PacBio ДНҚ полимеразасы ДНҚ-ның комплементарлы тізбегін синтездейді, мРНҚ транскрипттерінің барлығын қамтитын ұзақ оқуларды жасайды. Circular Consensus Sequencing (CCS) режиміндегі PacBio жұмысы бір молекуланы қайта-қайта ретке келтіру арқылы дәлдікті арттырады. Жасалған HiFi көрсеткіштері NGS-мен салыстырылатын дәлдікке ие, әрі қарай күрделі транскриптомиялық мүмкіндіктерді жан-жақты және сенімді талдауға ықпал етеді.
Платформа: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Эукариоттық мРНҚ секвенциясы-NGS
mRNA секвенирлеу, әмбебап технология, белгілі бір жағдайларда жасушалардағы барлық мРНҚ транскрипттерінің жан-жақты профилін жасауға мүмкіндік береді. Қолдануларының кең ауқымы арқасында бұл озық құрал әртүрлі биологиялық процестермен байланысты күрделі ген экспрессия профильдерін, гендік құрылымдарды және молекулалық механизмдерді ашады. Іргелі зерттеулерде, клиникалық диагностикада және препараттарды әзірлеуде кеңінен қолданылатын мРНҚ секвенциясы жасушалық динамика мен генетикалық реттеудің қыр-сырына түсінік береді, оның әртүрлі салалардағы әлеуетіне деген қызығушылықты оятады.
Платформа: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Анықтамалық емес mRNA Sequencing-NGS
мРНҚ секвенциясы белгілі бір жағдайларда жасушалардағы барлық мРНҚ транскрипттерінің жан-жақты профилін жасауға мүмкіндік береді. Бұл озық технология күрделі ген экспрессия профильдерін, гендік құрылымдарды және әртүрлі биологиялық процестермен байланысты молекулалық механизмдерді ашатын күшті құрал ретінде қызмет етеді. Іргелі зерттеулерде, клиникалық диагностикада және препараттарды әзірлеуде кеңінен қабылданған мРНҚ секвенциясы жасушалық динамика мен генетикалық реттеудің қыр-сырына түсінік береді.
Платформа: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Ұзақ кодталмаған секвенирлеу-Illumina
Ұзақ кодталмаған РНҚ (lncRNAs) ең аз кодтау потенциалына ие және кодталмаған РНҚ-ның негізгі элементтері болып табылатын 200-ден ұзын нуклеотидтерден тұрады. Ядро мен цитоплазмада табылған бұл РНҚ эпигенетикалық, транскрипциялық және посттранскрипциялық реттеуде маңызды рөл атқарады, олардың жасушалық және молекулалық процестерді қалыптастырудағы маңыздылығын көрсетеді. LncRNA секвенциясы жасуша дифференциациясында, онтогенезде және адам ауруларында қуатты құрал болып табылады.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Кіші РНҚ секвенциясы-Илюмина
Кішкентай РНҚ (sRNA) молекулаларына микроРНҚ (миРНҚ), кіші интерференциялық РНҚ (siRNA) және пивимен әрекеттесетін РНҚ (piRNA) жатады. Олардың ішінде ұзындығы шамамен 18-25 нуклеотидті құрайтын миРНҚ-лар әртүрлі жасушалық процестердегі негізгі реттеуші рөлдерімен ерекше назар аударады. Тінге және кезеңге тән экспрессия үлгілері бар миРНҚ әртүрлі түрлерде жоғары сақталуын көрсетеді.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
CircRNA Sequencing-Illumina
Циркулярлы РНҚ секвенциясы (circRNA-seq) – бұл РНҚ-ның жоғары тұрақтылығын қамтамасыз ететін, канондық емес сплайсинг оқиғалары салдарынан тұйық контурлар құрайтын РНҚ молекулаларының класы, айналмалы РНҚ-ларды профильдеу және талдау. Кейбір циркРНҚ-лардың микроРНҚ губкалары ретінде әрекет ететіні, микроРНҚ-ларды секвестрлеп, олардың мақсатты мРНҚ-ларын реттеуіне жол бермейтіні көрсетілгенімен, басқа циркРНҚ-лар белоктармен әрекеттесуі, ген экспрессиясын модуляциялауы немесе жасушалық процестерде рөлдерге ие болуы мүмкін. circRNA экспрессиясының талдауы осы молекулалардың реттеуші рөлдері және олардың әртүрлі жасушалық процестердегі, даму кезеңдері мен ауру жағдайларындағы маңыздылығы туралы түсінік береді, ген экспрессиясы контекстінде РНҚ реттелуінің күрделілігін тереңірек түсінуге ықпал етеді.
-
Тұтас транскриптомды реттілік – Illumina
Тұтас транскриптомды секвенирлеу кодтауды (mRNA) және кодтамайтын РНҚ-ларды (lncRNA, circRNA және miRNA) қамтитын әртүрлі РНҚ молекулаларын профильдеуге кешенді тәсілді ұсынады. Бұл әдіс белгілі бір сәтте нақты жасушалардың бүкіл транскриптомын түсіріп, жасушалық процестерді тұтас түсінуге мүмкіндік береді. Сондай-ақ, «жалпы РНҚ секвенциясы» ретінде белгілі, ол транскриптом деңгейінде күрделі реттеуші желілерді ашуға бағытталған, бұл бәсекелес эндогендік РНҚ (ceRNA) және бірлескен РНҚ талдауы сияқты терең талдауға мүмкіндік береді. Бұл функционалдық сипаттамаға, әсіресе циркРНҚ-миРНҚ-мРНҚ негізіндегі цРНҚ өзара әрекеттесулерін қамтитын реттеуші желілерді ашудағы бастапқы қадамды білдіреді.
