Прокариоттық РНҚ секвенциясы
Ерекше өзгешеліктері
● РНҚ үлгісін өңдеу рРНҚ таусылуын, содан кейін бағытталған РНҚ кітапханасын дайындауды қамтыды.
● Анықтамалық геномға теңестіруге негізделген биоинформатикалық талдау
● Талдау ген экспрессиясын және DEGs, сонымен қатар транскрипт құрылымы мен sRNA талдауын қамтиды
Қызметтің артықшылықтары
●Қатаң сапаны бақылау: біз үлгіні және кітапхананы дайындаудан бастап реттілік пен биоинформатикаға дейінгі барлық кезеңдерде негізгі бақылау нүктелерін енгіземіз. Бұл мұқият бақылау тұрақты жоғары сапалы нәтижелерді жеткізуді қамтамасыз етеді.
●Тізбекке тән реттілік деректері: РНҚ кітапханасының дайындығы бағытталған болғандықтан, антисенс транскрипттерін анықтауға мүмкіндік береді.
●Прокариоттық транскриптомдарға бейімделген толық талдау: биоинформатикалық құбыр желісі ген экспрессиясын талдауды ғана емес, сонымен қатар транскрипт құрылымын талдауды, соның ішінде оперондарды, UTR және промоторларды анықтауды қамтиды. Ол сондай-ақ sRNA талдауын, атап айтқанда аннотацияны және қайталама құрылым мен мақсаттарды болжауды қамтиды.
●Сатудан кейінгі қолдау: біздің міндеттеме сатылымнан кейінгі 3 айлық қызмет көрсету мерзімімен жобаны аяқтағаннан кейін де кеңейеді. Осы уақыт ішінде біз нәтижелерге қатысты кез келген сұрауларды шешу үшін жобаны бақылауды, ақаулықтарды жою бойынша көмекті және сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.
Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу
| Кітапхана | Тізбектеу стратегиясы | Деректер ұсынылады | Сапаны бақылау |
| рРНҚ таусылған бағыт кітапханасы | Illumina PE150 | 1-2 Гб | Q30≥85% |
Үлгіге қойылатын талаптар:
| Конс.(нг/мкл) | Мөлшері (мкг) | Тазалық | Тұтастық |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1,8-2,0 OD260/230=1,0-2,5 Гельде ақуыз немесе ДНҚ ластануы шектеулі немесе жоқ. | RIN≥6,5 |
Ұсынылатын үлгіні жеткізу
Контейнер: 2 мл центрифуга түтігі (қаңылтыр фольга ұсынылмайды)
Үлгі таңбалау: Топ+қайталау, мысалы, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
жөнелту:
1. Құрғақ мұз: үлгілерді қаптарға салып, құрғақ мұзға көму керек.
2. РНҚ тұрақты түтіктер: РНҚ үлгілерін РНҚ тұрақтандыру түтігінде (мысалы, RNAstable®) кептіруге және бөлме температурасында жөнелтуге болады.
Қызметтің жұмыс ағыны
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Биоинформатикалық талдау жұмыс процесі
Келесі талдауды қамтиды:
● Шикі деректер сапасын бақылау
● Анықтамалық геномға туралау
● Кітапхана сапасын бағалау: РНҚ фрагментациясының кездейсоқтығы, кірістіру өлшемі және реттілік қанықтығы
● Болжамды кодтаушы гендердің функционалдық аннотациясы
● Экспрессиялық талдау: корреляция және негізгі құрамдас талдау (PCA)
● Дифференциалды ген экспрессиясы (DEGs)
● Функционалдық аннотация және DEG-ті байыту
● sRNA талдауы: болжау, аннотация, мақсатты және қайталама құрылымды болжау
● Транскрипт құрылымын талдау: оперлер, бастапқы және соңғы позициялар, аударылмаған аймақ (UTS), промотор және SNP/InDel талдауы
Қанықтылықты реттілік
Кодтау гендерінің функционалды аннотациясы
Үлгілер арасындағы корреляция
Дифференциалды экспрессиялық гендердің (DEGs) талдауы
Функционалды байытуды талдау
sRNA аннотациясы
Осы таңдаулы басылымда BMKGene компаниясының Nanopore толық метрлік мРНҚ секвенирлеу қызметтері көмектесетін жетістіктерді зерттеңіз.
Гуан, CP және т.б. (2018) 'Sophorea alopecuroides жалпы алкалоидтарына жауап беретін биопленка түзетін Staphylococcus epidermidis жаһандық транскриптомдық өзгерістер',Поляк микробиология журналы, 67(2), б. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
