Протеомика
Ерекше өзгешеліктері
●Сапалық протеомика: Күрделі үлгілердегі (SDS-PAGE гель жолақтары, IP, Co-IP, Pull-down) ақуыз құрамын анықтау үшін LC-MS/MS пайдаланады. Артықшылықтары: Үлгі санының шектеусіздігі, жылдам анықтау, үлгіні өңдеудің қарапайымдылығы, жоғары өнімділік және аз мөлшердегі ақуыздарды анықтау мүмкіндігі.
● Белгісіз сандық протеомика: Жеке үлгіні анықтау мүмкіндігі бар белгіленбеген технология. Масс-спектрометрия деректеріндегі пептидтік сигнал қарқындылығын салыстыру арқылы ақуыздарды сандық түрде анықтайды. Артықшылықтары: Қарапайым жұмыс, жоғары өткізу қабілеті (үлгі санының шектеуі жоқ) және кең қолданылуы (түрлер бойынша ақуыздың "бар/жоқ" дифференциалды салыстыруына жарамды).
● DIA сандық протеомикасы: Деректерге тәуелсіз алу (DIA) режимін қабылдайды, толық иондық ақпаратты алу үшін сегменттелген терезелердегі барлық иондарды сканерлейді. Артықшылықтары: DDA режиміне (TMT/Belgisiz) қарағанда жақсырақ қайталануы, ақуызды жоғары қамтуы және дәлірек сандық анықтау, үлкен үлгілерді зерттеу үшін өте қолайлы.
● 4D-белгісі бар тегін сандық протеомика/4D-DIA сандық протеомика: Bruker timsTOF масс-спектрометріне негізделген, дәстүрлі 3D бөлуге иондардың қозғалғыштығын (соқтығысу қимасын) қосады. Артықшылықтары: Иондарды пайдалану мен дәлдікті жақсарту, қамту тереңдігін, сезімталдығын және өткізу қабілетін кешенді түрде жақсарту; дәстүрлі 3D әдісіне қарағанда жоғары анықтау тереңдігі.
● Astral Label тегін сандық протеомика/Astral DIA сандық протеомика: OrbitrapTM AstralTM жоғары ажыратымдылықтағы масс-спектрометріне негізделген. Артықшылықтары: Жоғары өткізу қабілеті (8 минуттық градиентпен күніне 100+ үлгі), тереңірек қамту (8 минут ішінде Hela жасушаларында 8000+ ақуыз анықталады) және жоғары сезімталдық (аз үлгі қажет).
● TMT сандық протеомикасы: 18 үлгіні бір мезгілде анықтау үшін пептидтерді белгілеу үшін 18 изотоптық белгіні пайдаланады. Артықшылықтары: Жоғары тұрақтылық (құрылғының тұрақтылығына кедергінің минималды болуы, жүйелік қателіктің аздығы) және жоғары сезімталдық (фракциялау үлгінің күрделілігін азайтады, аз мөлшердегі ақуызды анықтауды жақсартады).
● PRM нысаналы протеомикасы: нысаналы ақуыздарды/пептидтерді селективті анықтауға арналған жоғары ажыратымдылықтағы нысаналы технология. Артықшылықтары: сандық протеомика нәтижелерін салыстырмалы/абсолютті сандық анықтауға және тексеруге мүмкіндік береді; антиденелерді шектеу жоқ, Western Blot және ELISA-ға қарағанда кеңірек қолданылуы бар.
Артықшылықтары
● Жетілдірілген жабдықтар: Дәстүрлі протеомика платформаларымен және жоғары тереңдіктегі кеңейтілген масс-спектрометрлермен (мысалы, 4D, Astral) жабдықтаңыз.
● Тұрақты анықтау: Қатаң сапаны бақылау жүйелері тестілеу процестерінің тұрақты және тұрақты болуын қамтамасыз етеді.
● Сенімді нәтижелер: Бір мезгілде жүргізілетін сапалық және сандық талдау әрбір топ үшін салыстырмалы экспрессияны, молекулалық салмақты, молшылықты және басқа да негізгі деректерді береді.
● Жоғары автоматтандыру: Автоматтандырылған LC-MS жүйелері жылдам талдауды және тамаша бөлу өнімділігін қамтамасыз етеді.
Қызмет көрсету сипаттамалары
| Мақсатты емес протеомика әдістерін салыстыру | ||||
| Белгісіз | ІІД | TMT | ||
| Таңбалау | NO | NO | ИӘ | |
| Деректерді сканерлеу режимі | Әлеуметтік көмек (ӘКК) | Әлеуметтік көмек (ӘКК) | ІІД | Әлеуметтік көмек (ӘКК) |
| Қайталанымдылық | Төменгі | Жоғары | Жоғары | |
| Сезімталдық | Төменгі | Жоғары | Жоғары | |
| Мультиплекстеу | NO | ИӘ | NO | ИӘ |
| Қолданба | Ақуыздың болуын/жоғын салыстыру | Ірі көлемді үлгілер | Әртүрлі үлгілер партияларын талдау | Дифференциалды ақуыз экспрессиясын салыстыру бірдей түрлер мен тіндерде |
| Дәлдік | ★ | ★★(4D/Astral DlA ★★★) | ★★ | |
| Анықтау саны | ★ | ★★(4D/Astral D|A★★★) | ★★ | |
Үлгі талаптары
Үлгілеріңіз біздің критерийлерге сәйкес келетініне күмәнданып жүрсіз бе? Біздің алу үшін мына жерді басыңызсоңғы үлгі талаптары.
Қызмет көрсету жұмыс ағыны
Үлгі жинағы
Метаболит экстракциясы
Ферменттік ас қорыту
Бөліну
Деректерді жинау
Деректерді талдау
Деректерді жеткізу
Сапалы протеомика
1. Ақуыз ерітіндісі/гелі: сапалық нәтижелер кестесі
2. Дерекқор іздеу нәтижелері
2.1 Дерекқор іздеуінде сәйкес келетін пептидтік сегменттердің тізімі
2.2 Дерекқор іздеуінде сәйкес келетін ақуыздардың тізімі
2.3 Дерекқор іздеуінде сәйкестендірілген модификациялардың тізімі (фосфорлану, убиквитинация және т.б.)
3. Шикі деректер
Сандық протеомика(Белгісіз/DIA/TMT)
1. Деректерді алдын ала өңдеу
1.1 Ақуыз дерекқорын іздеу
2. Ақуыз экспрессиясын талдау
2.1 Негізгі компонентті талдау (PCA)
2.2 Салыстырмалы стандартты ауытқу (ССТ)
2.3 K-орташа тренд таралымы
2.4 Қайталанымдылықты бағалау
2.5 Ақуыз экспрессиясының жылу картасы
3. Функционалдық аннотация
3.1 GO функционалдық аннотациясы
3.2 KEGG функционалдық аннотациясы
3.3 COG функционалдық аннотациясы
3.4 GOslim функционалдық аннотациясы
3.5 Pfam ақуыз құрылымының домендік аннотациясы
4. Ақуыз дифференциалды талдауы (биологиялық қайталаулар ≥ 3)
4.1 Ақуыз дифференциалды талдау нәтижелері
4.2 Ақуыз қатпарларының дифференциалды өзгерістерінің (АҚ) таралуы
4.3 Дифференциалды ақуыз мөлшерін статистикалық талдау
4.4 Дифференциалды ақуыз жанартауының графигі
4.5 Дифференциалды ақуыз кластерлеу жылу картасы
4.6 Дифференциалды ақуыз GO функционалды аннотациясы және байыту талдауы
4.7 Дифференциалды ақуыз KEGG функционалды аннотациясы және байыту талдауы
4.8 Дифференциалды ақуыз COG функционалдық аннотациясы
4.9 Дифференциалды ақуыз GOslim аннотациясы және байыту талдауы
4.10 Дифференциалды ақуыз құрылымы доменінің аннотациясы және байыту талдауы
5. Ақуыз желісінің өзара әрекеттесуін талдау
6. Ақуыз реактомының жолының аннотациясы
7. Сигнал пептидін болжау
8. Ақуыздардың жасушаішілік орналасуы
Сандық протеомика(PRM)
1. PRM ақуызын сандық анықтау нәтижелері
1.1 Сандық бағалау нәтижелеріне шолу
1.2 Пептид сегменттері үшін фрагмент иондарының шың аймақтарының таралуы
Сандық протеомика
1.Ақуыз экспрессиясын талдау
↑Негізгі компоненттерді талдау (PCA)↑Салыстырмалы стандартты ауытқу (ССТ)
↑K-орташа трендтік таралу ↑КорреляцияAталдауPротейнEэкспрессияLэволс
↑ Ақуыз экспрессиясының жылу картасы
2. Функционалдық аннотация
↑GO функционалдық аннотациясы↑KEGG функционалдық аннотациясы
↑ COG функционалдық аннотациясы ↑ GOslim функционалдық аннотациясы
↑ Pfam ақуыз құрылымының домендік аннотациясы
3.Ақуыз желісінің өзара әрекеттесуін талдау
↑ Ақуыз желісінің өзара әрекеттесуін талдау
4.Сигнал пептидін болжау
↑ Сигнал пептидін болжау
5. Ақуыздардың жасушаішілік орналасуы
↑Ақуыздардың жасушаішілік локализациясы
| 2025 жыл | Мезенхималық бағаналы жасушалардан алынған апоптоздық көпіршіктер аса сезімталдық реакцияларын жақсартады Кальцийдің шамадан тыс жүктелуі және митохондриялық дисфункциясы бар CD8+ Т жасушаларының апоптозын индукциялау арқылы | Озық ғылым |
| 2024 ж. | Интеграцияланған мультиомика ісікке қарсы тиімділігінің жоғарылауын көрсетеді | Трансляциялық онкология |
| 2024 ж. | Мульти-Омикс талдауы метаболизм жолдарының ерекше ерекшеліктерін ашады, оларды қолдайды Алып асқабақтың жеміс мөлшері мен түсінің өзгеруі | Халықаралық Молология ғылымдары. |
| 2024 ж. | Транскриптом және метаболом профилін жасау пайдаланылмайтын бұлшықет атрофиясына жаңа түсінік береді Тауық етінде: Тез жиырылатын бұлшықет талшықтарының әлеуетті рөлі | Халықаралық Молология ғылымдары. |
| 2023 ж. | Мультиомика талдауы тетрациклиннің қара бидай тамырының өсуіне әсерін көрсетеді. | Қауіпті материалдар журналы |
