РНҚ-ны бір рет есептеу
Техникалық схема
Ядроларды оқшаулауға қос өтпесімен сегіз арналы микрофлуидтер жүйесін қамтитын 10 × геномика Chromium ™ -ге қол жеткізіледі. Бұл жүйеде штрих-кодтары бар гель моншақтары, ферменттері және бір ядросы және бір ядросы, гель моншельді эмульсия (GEM) гельді майлы тамшысында капсулаланған. Гем қалыптасқаннан кейін, жасуша лизисі және әрбір асыл тұқымды штрих-кодтар шығарылады. MRNNA CDNA CDNA молекулаларына аударылған, олар 10 × штрих-кодтары бар және UMI, олар әрі қарай стандартты реттілік кітапханасының құрылысына жатады.
Ерекше өзгешеліктері
● мұздатылған ұлпалардан бір ядролар суспензиясын дайындау
● Гель моншақтарын (GEM) қалыптастыру (GEM), одан кейін CDNA синтезі
● Гемдегі әрбір моншақ 4 бөлімнен тұратын праймерлермен салынған:
MRNE (DT) құйрығы (DT) құйрығы, CDNA синтезі,
Күшейтуге арналған бірегей молекулалық идентификатор (UMI)
10x штрих-код
Ішінара оқуды қажет ететін кезекті
Артықшылықтары
Бір ядро RNNE реттейтін рНҚ бір ұялы RNNE реттелетін шектеулерді айналып, мүмкіндік береді:
● Мұздатылған үлгілерді пайдалану және жаңа үлгілермен шектеліп қана қоймайды
● мұздатылған жасушалардың төмен күйзелісінің төмен күйзелісінің төмен күйзегі, жаңа жасушаларды ферментативті емдеумен салыстырғанда, аз стресске ұшыраған гендер түріндегі транскрипт мәліметтерінде көрсетілген
● Эредит-жасушаларды алдын-ала алып тастаудың қажеті жоқ
● Жанғыштың шексіз диаметрі
● Талдауға жарамды үлкен үлгілер, соның ішінде тіндердің құрамында жасуша бітелуіне немесе жойылуға бейім үлгілердің үлкен жиынтығы
Бір ұялы РНҚ-ның реттелуімен талдануға болмайтын үлгілерді және жалғыз ядролық РНҚ-ны ретке келтіруге болады:
| Ұяшық / ұлпа | Себеп |
| Мұздатылған ұлпаны тартады | Жаңа немесе ұзақ сақталған ұйымдар ала алмау |
| Бұлшықет жасушасы, мегакароцит, май ... | Жасушаның диаметрі аспапқа кіру үшін тым үлкен |
| Бауыр ... | Үзіліс үшін тым нәзік, бір ұяшықтарды ажырата алмады |
| Нейрон жасушасы, ми ... | Сезімтал, стресстен оңай, реттілік нәтижелерін өзгертеді |
| Ұйқы безі, қалқанша безі ... | Бір жасушалық суспензияның өндірісіне әсер ететін эндогенді ферменттерге бай |
Бір жасушаны бір яшығы қарсы
| Бір ядро | Бір ұяшық |
| Шексіз жасуша диаметрі | Жасуша диаметрі: 10-40 мкм |
| Материалды мұздатылған ұлпаны болуы мүмкін | Материал жаңа тіндер болуы керек |
| Мұздатылған жасушалардың төмен күйзелісі | Ферменттерді емдеу жасуша стресстерінің реакциясын тудыруы мүмкін |
| Ешқандай қызыл қан жасушаларын алып тастау керек | Эритроциттерді алып тастау керек |
| Биржаның биоақпараты | Бүкіл ұяшық биоинформацияны білдіреді |
Еректерлер
| Үлгі талаптары | Кітапхана | САЯСАТ САЯСАТЫ | Деректер ұсынылады | Сапаны бақылау |
| Жануарлар тіндері ≥ 200 мг Өсімдік тіндері ≥ 400 мг | 10x геномика Sn CDNA кітапханасы | Иллюминина PE150 | 100K PE бір ұяшыққа оқиды (100-200 ГБ) | 700-1200 ядролар / мкл және ядролардың тұтастығы микроскоппен байқалды |
Үлгіні дайындау бойынша нұсқаулық және қызмет көрсету жұмыс процесі туралы толығырақ ақпарат алу үшін а-мен сөйлесуге боладыBMKGENE сарапшысы
Қызмет көрсету ағымы
Келесі талдауды қамтиды:
● Сапаны бақылау: ұяшықтардың саны, генді анықтау, ұяшықтарды, РНҚ молекулаларын дәл сәйкестендіру және сандық бағалау
● Іріктеудің ішкі талдауы:
Жасушалық кластерлеу және кластерлік аннотация
Дифференциалды өрнекті талдау: кластерлердегі DGS сәйкестендіру
Функционалды аннотация және кластерлеу дегаларын байыту
● Топтық талдау:
Деректердің комбинациясы
Дифференциалды өрнекті талдау: топтардағы DGS сәйкестендіру
Функционалды аннотация және топтық тістерді байыту
● Кеңейтілген талдау:
Жасушалық циклды талдау
Pseudotime талдауы
Ұялы байланысын талдау (ұялы телефон)
Генді байытуды талдау (GSEA)
Іріктеудің ішкі талдауы
Жасушаны кластерлеу:
Дифференциалды өрнектерді талдау: кластерлер
Топтық талдау
Дифференциалды өрнекті талдау: топтық топтар
Кеңейтілген талдау:
Pseudotime талдауы:
Жасушалық циклды талдау:
Осы таңдандырылған жарияланымдардағы BMKGENE RNA бір ядро РНҚ-ны тізбекті қызмет көрсетуге көмектескен жетістіктерді зерттеңіз:
Ванг, Л. және басқалар. (2021) 'Бір ұялы байланыс транскриптомдық талдауы стероидқа төзімді астмашадағы өкпенің иммундық ландшафтын көрсетеді',Америка Құрама Штаттары Ұлттық ғылым академиясының еңбектері, 118 (2), б. E2005590118. Doi: 10.1073 / PNAS.2005590118
Женг, Х. және басқалар. (2022) «Тисригациялы гендік өрнек және гашимото» трироидитінің микроэйнотасымен иммундық жасушаларда иммундық жасушалардағы жаһандық нормативтік-құқықтық желі және иммундық жасушаларда метаболикалық сигнал беруИммунологиядағы шекаралар, 13, б. 879824. Doi: 10.3389 / FIMMU.2022.879824 / Bibtex.
Тянь, Х. және басқалар. (2023) 'Бір жасушалық транскрессом - бұл вакцинациядан кейін вакцинациядан кейін лейкоциттердің гетерогенділігі мен иммундық реакцияларын ашады,Аквамәдениет, 566, б. 739238. Doi: 10.1016 / j.aquaculture.2023.739238.
Ю, Ю.Т. (2023) 'Фотодинамикалық терапия иммундық бақылау бекетінің нәтижелерін асқазан қатерлі ісігі бар науқастардағы зардап шеккені арқылы қалпына келтіру арқылы иммунитетке дейін жақсартады',Асқазан қатерлі ісігі, 26 (5), 798-813 бет. Doi: 10.1007 / S10120-023-023-01409-X / MEDrics.
