Арнайы локустық күшейтілген фрагменттерді секвенирлеу (SLAF-Seq)
Жұмыс процесі
Кітапхананы дайындау кезінде ферменттерді оңтайлы таңдауды қамтамасыз ету үшін қызметте кремнийге алдын ала жасалған дизайн бар.
Техникалық схема
Қызмет көрсету мүмкіндіктері
● NovaSeq жүйесінде PE150 көмегімен секвенирлеу.
● 1000-нан астам үлгіні біріктіруге мүмкіндік беретін қос штрих-кодтау арқылы кітапхананы дайындау.
● Анықтамалық геномнан тәуелсіз:
Анықтамалық геноммен: SNP және InDel ашылуы
Анықтамалық геномсыз: үлгі кластерлеуі және SNP ашылуы
● ішіндекремнийдегігеном бойынша SLAF белгілерінің біркелкі таралуын тудыратындарды табу үшін алдын ала жобалау сатысындағы көптік рестрикциялық фермент комбинациялары тексеріледі.
● Алдын ала тәжірибе кезінде 9 SLAF кітапханасын жасау үшін 3 үлгіде үш ферменттік комбинация сыналды және бұл ақпарат жоба үшін оңтайлы рестрикциялық ферменттік комбинацияны таңдау үшін пайдаланылды.
Қызмет көрсетудің артықшылықтары
●Жоғары генетикалық маркердің ашылуыБіз үлкен популяцияларды бір мезгілде секвенирлеуге мүмкіндік беретін жоғары өнімді қос штрих-код жүйесін біріктіреміз және тиімділікті арттыра отырып, локусқа тән күшейтуді қамтамасыз етеміз, бұл тег нөмірлерінің әртүрлі зерттеу сұрақтарының әртүрлі талаптарына сәйкес келуін қамтамасыз етеді.
● Геномға төмен тәуелділікОны анықтамалық геномы бар немесе жоқ түрлерге қолдануға болады.
●Икемді схема дизайныБір ферментті, қос ферментті, көп ферментті қорытуды және әртүрлі фермент түрлерін әртүрлі зерттеу мақсаттарына немесе түрлеріне сәйкес таңдауға болады.
● Ферментативті ас қорытудың жоғары тиімділігі: ӨткізукремнийдегіАлдын ала жобалау және алдын ала эксперимент хромосомадағы SLAF белгілерінің біркелкі таралуымен (1 SLAF белгісі/4Kb) және қайталанатын тізбектің төмендеуімен (<5%) оңтайлы дизайнды қамтамасыз етеді.
●Кең ауқымды сараптамаБіз әрбір жобаға бай тәжірибе әкелеміз, өсімдіктер, сүтқоректілер, құстар, жәндіктер және су организмдерін қоса алғанда, жүздеген түрлер бойынша 5000-нан астам SLAF-Seq жобаларын аяқтау бойынша тәжірибесі бар.
● Өздігінен жасалған биоинформатикалық жұмыс процесіСоңғы нәтиженің сенімділігі мен дәлдігін қамтамасыз ету үшін біз SLAF-Seq үшін интеграцияланған биоинформатикалық жұмыс процесін әзірледік.
Қызмет көрсету сипаттамалары
| Талдау түрі | Ұсынылған популяция шкаласы | Реттік стратегия | |
| Тегтерді ретке келтіру тереңдігі | Тег нөмірі | ||
| Генетикалық карталар | 2 ата-ана және 150-ден астам ұрпақ | Ата-аналар: 20x WGS Оффспинг: 10x | Геном мөлшері: <400 Мб: WGS ұсынылады <1 ГБ: 100 мың тег 1-2 Гб:: 200 мың тег >2 ГБ: 300 мың тег Ең көбі 500 мың тег |
| Геном бойынша қауымдастық зерттеулері (GWAS) | ≥200 үлгі | 10x | |
| Генетикалық эволюция | ≥30 үлгі, әрбір кіші топтан >10 үлгі | 10x | |
Қызмет көрсету талаптары
Концентрациясы ≥ 5 нг/мкл
Жалпы сома ≥ 80 нг
Нанотамшы OD260/280=1.6-2.5
Агароз гелі: ыдырау немесе ластану жоқ немесе шектеулі
Ұсынылған үлгі жеткізу
Контейнер: 2 мл центрифуга түтігі
(Үлгілердің көпшілігін этанолда сақтамау ұсынылады)
Үлгілерді таңбалау: Үлгілер анық таңбаланған және ұсынылған үлгі ақпарат нысанымен бірдей болуы керек.
Жеткізу: Құрғақ мұз: Үлгілерді алдымен пакеттерге салып, құрғақ мұзға көму керек.
Қызмет көрсету жұмыс процесі
Спа үлгісі
Пилоттық эксперимент
SLAF-эксперимент
Кітапханаға дайындық
Реттік реттеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Біздің биоинформатикалық талдауымыз мыналарды қамтиды:
N-бай оқуларды, адаптер оқуларын немесе сапасыз оқуларды жою үшін деректерді сапаны бақылау және деректерді кесу.
Негізгі таралуды, тізбек сапасын және деректерді бағалауды тексеру, сондай-ақ қорыту тиімділігін және алынған кірістірулерді тексеру үшін таза көрсеткіштердің екінші сапасын бақылау.
Оқылым тексерілгеннен кейін екі нұсқа бар:
- Анықтамалық геномға картаға түсіру
- Анықтамалық геномсыз: кластерлеу
Осыдан кейін, SLAF тегтерін талдау маркерді табуға көмектесу үшін кейбір нұсқаларды шақыру үшін қолданылады: SNP, InDel, SNV, CV шақыру және аннотация.
SLAF белгілерінің хромосомалардағы таралуы:
Хромосомалардағы SNP-лердің таралуы:
SNP аннотациясы
Цзян С, Ли С, Луо Дж, Ван Х және Ши С (2023) Жеміс пісуі кезінде қант құрамының QTL картасын жасау және транскриптомды талдауPyrus pyrifolia.Алдыңғы бет. Өсімдіктану.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). st1 анықтау сояны қолға үйрету кезінде тұқым морфологиясы мен май құрамын автостоппен зерттеуді қамтитын іріктеуді көрсетеді.Өсімдіктер биотехнологиясы журналы, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Сюй, П., Чжан, Х., Ван, Х.және т.б.Кәдімгі тұқы балығының геномдық тізбегі және генетикалық әртүрлілігі,Cyprinus carpio.Нат Генет 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Чжуан, В., Чен, Х., Ян, М.және т.б.Жержаңғақ геномы бұршақ тұқымдастарының кариотиптерін, полиплоидты эволюциясын және дақылдардың қолға үйретілуін түсінуге мүмкіндік береді.Нат Генет 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Жыл | Күнделік | IF | Атауы | Қолданбалар |
| 2022 ж. | Табиғат коммуникациялары | 17.694 | Ағаш пионының гига-хромосомалары мен гига-геномының геномдық негізі Паеония астиі | SLAF-GWAS |
| 2015 жыл | Жаңа фитолог | 7.433 | Үй шаруашылығының іздері агрономиялық маңызы бар геномдық аймақтарды бекітеді соя | SLAF-GWAS |
| 2022 ж. | Кеңейтілген зерттеулер журналы | 12.822 | Gossypium barbadense-тің G. hirsutum-ға геном бойынша жасанды интрогрессиясы мақта талшығының сапасы мен өнімділігін бір мезгілде жақсарту үшін жоғары локустарды анықтау қасиеттер | SLAF-Эволюциялық генетика |
| 2019 жыл | Молекулалық өсімдік | 10.81 | Популяцияның геномдық талдауы және Де Ново жиналысы арамшөптің шығу тегін ашады Күріш эволюциялық ойын ретінде | SLAF-Эволюциялық генетика |
| 2019 жыл | Табиғат генетикасы | 31.616 | Кәдімгі тұқы, Cyprinus carpio геномының тізбегі және генетикалық әртүрлілігі | SLAF-Linkage картасы |
| 2014 жыл | Табиғат генетикасы | 25.455 | Мәдени жержаңғақ геномы бұршақ тұқымдастарының кариотиптері мен полиплоидтары туралы түсінік береді эволюция және дақылдарды қолға үйрету. | SLAF-Linkage картасы |
| 2022 ж. | Өсімдіктер биотехнологиясы журналы | 9.803 | ST1 анықтау тұқым морфологиясының автостоппен жүруін қамтитын іріктеуді көрсетеді және соя өсіру кезіндегі май мөлшері | SLAF-маркерді әзірлеу |
| 2022 ж. | Халықаралық молекулалық ғылымдар журналы | 6.208 | Бидай-Leymus mollis 2Ns (2D) үшін идентификация және ДНҚ маркерін әзірлеу Дисомиялық хромосоманы алмастыру | SLAF-маркерді әзірлеу |
| Жыл | Күнделік | IF | Атауы | Қолданбалар |
| 2023 ж. | Өсімдіктанудағы шекаралар | 6.735 | Pyrus pyrifolia жемісінің пісуі кезіндегі қант құрамының QTL картасын жасау және транскриптомдық талдауы | Генетикалық карта |
| 2022 ж. | Өсімдіктер биотехнологиясы журналы | 8.154 | ST1 анықтау сояны қолға үйрету кезінде тұқым морфологиясы мен май құрамын автостоп арқылы таңдауды көрсетеді
| SNP қоңырауы |
| 2022 ж. | Өсімдіктанудағы шекаралар | 6.623 | Құрғақшылық ортадағы қабыршақты текше фенотиптердің геном бойынша ассоциациялық картасын жасау.
| GWAS |
