Тұтас геном бисульфиттік секвенирлеу (WGBS)
Бұл әдіс метилденбеген цитозиндердің урацилге (C-ден U-ға) айналуын тудыру үшін ДНҚ-ны бисульфитпен өңдеуге негізделген, ал метилденген цитозиндерді өзгеріссіз қалдырады, ДНҚ метилденуін, атап айтқанда, ген экспрессиясы мен жасушалық белсенділіктің негізгі реттегіші болып табылатын цитозиндегі бесінші позицияны (5-мК) терең зерттеудің алтын стандартты әдіснамасы болып табылады.
Бұл әдіс бір негізді ажыратымдылықты ұсынады, бұл зерттеушілерге метиломды жан-жақты зерттеуге және үлгілердегі қалыптан тыс метилдену үлгілерін анықтауға мүмкіндік береді. WGBS қолдану арқылы ғалымдар геномдық метилдену ландшафттары туралы теңдессіз түсініктерге ие бола алады, бұл әртүрлі биологиялық процестер мен аурулардың негізінде жатқан эпигенетикалық механизмдерді егжей-тегжейлі түсінуге мүмкіндік береді.
Қызмет көрсету мүмкіндіктері
● Illumina NovaSeq жүйесіндегі секвенирлеу.
● Анықтамалық геномды қажет етеді.
● Бисульфиттің түрлену тиімділігін бақылау үшін лямбда ДНҚ қосылады.
Қызмет көрсетудің артықшылықтары
●ДНҚ метилденуін зерттеудің алтын стандарты: Бұл жетілген технология жоғары дәлдікке және жақсы қайталанымдылыққа ие.
●Кең қамту және бір базалық ажыратымдылық:Метилдену орындарын анықтау геном деңгейінде жүзеге асырылады.
●Толық платформа:Біз үлгіні өңдеуден бастап, кітапхана құрудан бастап, секвенирлеуден бастап биоинформатикалық талдауға дейін бір терезеден қызмет көрсетеміз.
●Кең ауқымды сараптамаБізде әртүрлі түрлер бойынша аяқталған жобалардың кең ауқымы бар. BMKGENE он жылдан астам тәжірибені, жоғары білікті талдау тобын, жан-жақты мазмұнды және сатудан кейінгі тамаша қолдауды ұсынады.
●Транскриптомика талдауына қосылу мүмкіндігіWGBS-ті РНҚ-секвенциясы сияқты басқа омика деректерімен біріктірілген талдауға мүмкіндік береді.
Үлгі сипаттамалары
| Кітапхана | Реттік стратегия | Ұсынылған деректер шығысы | Сапаны бақылау |
| Бисульфитпен өңделген | Illumina PE150 | 30x тереңдік | Q30 ≥ 85% Бисульфиттің конверсиясы > 99% |
Үлгі талаптары
| Концентрациясы (нг/µL) | Жалпы мөлшері (мкг) | Қосымша талаптар | |
| Геномдық ДНҚ | ≥ 5 | ≥ 400 нг | Шектеулі ыдырау немесе ластану |
Қызмет көрсету жұмыс ағыны
Үлгіні жеткізу
ДНҚ экстракциясы
Кітапхана құрылысы
Реттік реттеу
Деректерді талдау
Деректерді жеткізу
Қызмет келесі талдауды қамтиды:
● Шикі секвенирлеу сапасын бақылау;
● Анықтамалық геномға картаға түсіру;
● 5 мК метилденген негіздерді анықтау;
● Метилденудің таралуын талдау және аннотациялау;
● Дифференциалды метилденген аймақтарды (DMR) талдау;
● ДМР-мен байланысты гендердің функционалдық аннотациясы.
5 мК метилденуді анықтау: метилденген орындардың түрлері
Метилдену картасы. 5 мК метилденудің геном бойынша таралуы
Жоғары метилденген аймақтардың аннотациясы
Дифференциалды метилденген аймақтар: байланысты гендер
Дифференциалды метилденген аймақтар: байланысты гендердің аннотациясы (Ген онтологиясы)
BMKGene компаниясының геном бисульфитін секвенирлеу қызметтерінің арқасында қол жеткізілген ғылыми жетістіктерді басылымдардың жинақтары арқылы зерттеңіз.
Фан, Ю. және т.б. (2020) «Толық геномды бисульфитті секвенирлеуді қолдана отырып, қой қаңқа бұлшықетінің дамуы кезіндегі ДНҚ метилдену профильдерін талдау»,BMC Genomics, 21(1), 1–15 беттер. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. және т.б. (2022) «Винилхлоридке ұшыраған жұмысшылардағы дезоксирибонуклеин қышқылының метилденуінің жаңа бұзылыстары»,Токсикология және өнеркәсіптік денсаулық сақтау, 38(7), 377–388 беттер. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. және т.б. (2020) «Пісетін қызанақ жемісіндегі геномның метилденуі, кодталмайтын РНҚ, мРНҚ және метаболиттер деңгейлері арасындағы байланыстар»,Өсімдік журналы, 103(3), 980–994 беттер. doi: 10.1111/TPJ.14778.
