Тұтас геномдық бисульфитті секвенирлеу (WGBS)
Тұтас геномды бисульфиттік секвенирлеу (WGBS) ДНҚ метилденуін терең зерттеудің алтын стандартты әдістемесі болып табылады, әсіресе гендер экспрессиясының және жасушалық белсенділіктің негізгі реттеушісі цитозиндегі (5-mC) бесінші позиция. WGBS негізінде жатқан принцип метилденген цитозиндерді өзгеріссіз қалдыра отырып, метилденбеген цитозиндердің урацилге (C-ден U) айналуын индукциялайтын бисульфитті өңдеуді қамтиды. Бұл әдіс зерттеушілерге метиломды жан-жақты зерттеуге және әртүрлі жағдайлармен, әсіресе қатерлі ісікпен байланысты қалыптан тыс метилдену үлгілерін ашуға мүмкіндік беретін бір негізді ажыратымдылықты ұсынады. WGBS қолдану арқылы ғалымдар әртүрлі биологиялық процестер мен аурулардың негізінде жатқан эпигенетикалық механизмдер туралы нюансты түсінуді қамтамасыз ете отырып, геномдық метилдену ландшафттары туралы теңдесі жоқ түсініктерге қол жеткізе алады.
Қызмет мүмкіндіктері
● Анықтамалық геномды қажет етеді.
● Ламбда ДНҚ бисульфит түрлендіру тиімділігін бақылау үшін қосылады.
● Illumina NovaSeq жүйесінде секвенирлеу.
Қызметтің артықшылықтары
●ДНҚ метилденуін зерттеудің алтын стандарты: Бұл жетілген метилдену түрлендіру өңдеу технологиясы жоғары дәлдік пен жақсы қайталану мүмкіндігіне ие.
●Кең қамту және бір негізді ажыратымдылық:геномдық деңгейде метилдену орындарын анықтау.
●Толық платформа:үлгілерді өңдеуден, кітапхана құрылысынан, биоинформатика талдауына дейін бір реттік тамаша қызмет көрсету.
●Кең тәжірибе: Түрлердің әртүрлі диапазонында сәтті аяқталған WGBS секвенирлеу жобаларымен BMKGENE онжылдық тәжірибені, жоғары білікті талдау тобын, жан-жақты мазмұнды және сатудан кейінгі тамаша қолдауды ұсынады.
●Транскриптомикалық талдауға қосылу мүмкіндігі: RNA-seq сияқты басқа омикалық деректермен WGBS біріктірілген талдауға мүмкіндік береді.
Үлгі спецификациялар
| Кітапхана | Тізбектеу стратегиясы | Ұсынылған деректер шығысы | Сапаны бақылау |
| Бисульфитпен өңделген | Illumina PE150 | 30x тереңдігі | Q30 ≥ 85% Бисульфит конверсиясы > 99% |
Үлгіге қойылатын талаптар
| Концентрация (нг/мкл) | Жалпы сома (мкг) | Қосымша талаптар | |
| Геномдық ДНҚ | ≥ 5 | ≥ 400 нг | Шектеулі деградация немесе ластану |
Қызметтің жұмыс ағыны
Үлгіні жеткізу
ДНҚ экстракциясы
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Деректерді жеткізу
Келесі талдауды қамтиды:
● Шикізат реттілік сапасын бақылау;
● Анықтамалық геномға кескіндеу;
● 5 мС метилденген негіздерді анықтау;
● метилденудің таралуын талдау және аннотациялау;
● Дифференциалды метилденген аймақтарды талдау (DMR);
● DMR байланысты гендердің функционалдық аннотациясы.
5 мС метилдену анықтау: метилденген учаскелердің түрлері
Метилдену картасы. 5 мС метилдену геномы бойынша таралу
Жоғары метилденген аймақтарға аннотация
Дифференциалды метилденген аймақтар: байланысты гендер
Дифференциалды метилденген аймақтар: байланысты гендердің аннотациясы (Ген онтологиясы)
BMKGene компаниясының геномдық бисульфитті секвенирлеу қызметтері септігін тигізетін ғылыми жетістіктермен танысыңыз.
Фан, Y. және т.б. (2020) «Тұтас геномды бисульфитті секвенирлеу арқылы қойдың қаңқа бұлшықетінің дамуы кезінде ДНҚ метилдену профильдерін талдау»,BMC геномикасы, 21(1), 1–15 беттер. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Чжао, X. және т.б. (2022) «Винилхлоридке ұшыраған жұмысшылардағы дезоксирибонуклеин қышқылының метилденуінің жаңа бұзылыстары»,Токсикология және өндірістік денсаулық, 38(7), 377–388 беттер. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) «Геномның метилденуі, кодталмаған РНҚ деңгейлері, мРНҚ және томат жемістерінің пісетін метаболиттері арасындағы байланыс»,Зауыт журналы, 103(3), 980–994 беттер. doi: 10.1111/TPJ.14778.
