Тұтас транскриптомды секвенирлеу – Illumina
Ерекше өзгешеліктері
● Толық транскриптомды ретке келтіру үшін қосарлы кітапхана: рРНҚ таусылуы, одан кейін PE150 кітапханасын дайындау және өлшемді таңдау, одан кейін SE50 кітапханасын дайындау
● Жеке биоинформатика есептерінде mRNA, lncRNA, circRNA және miRNA толық биоинформатика талдауы
● Біріктірілген есепте барлық РНҚ өрнектерінің бірлескен талдауы, соның ішінде ceRNA желілерінің талдауы.
Қызметтің артықшылықтары
●Реттеуші желілерді терең талдау: ceRNA желісін талдау mRNA, lncRNA, circRNA және miRNA біріккен секвенирлеу арқылы және толық биоинформатикалық жұмыс процесі арқылы іске қосылады.
●Толық аннотация: біз дифференциалды экспрессиялық гендерге (DEGs) функционалды түрде түсініктеме беру және транскриптомдық жауаптың негізінде жатқан жасушалық және молекулалық процестер туралы түсінік бере отырып, сәйкес байыту талдауын орындау үшін бірнеше дерекқорды пайдаланамыз.
●Кең тәжірибе: әртүрлі зерттеу саласындағы 2000-нан астам транскриптомдық жобаларды сәтті аяқтау тәжірибесі бар біздің команда әр жобаға бай тәжірибе әкеледі.
●Қатаң сапаны бақылау: біз үлгіні және кітапхананы дайындаудан бастап реттілік пен биоинформатикаға дейінгі барлық кезеңдерде негізгі бақылау нүктелерін енгіземіз.Бұл мұқият бақылау тұрақты жоғары сапалы нәтижелерді жеткізуді қамтамасыз етеді.
● Толық аннотация: біз дифференциалды экспрессиялық гендерге (DEGs) функционалды түрде түсініктеме беру және транскриптомдық жауаптың негізінде жатқан жасушалық және молекулалық процестер туралы түсінік бере отырып, сәйкес байыту талдауын орындау үшін бірнеше дерекқорды пайдаланамыз.
●Сатудан кейінгі қолдау: Біздің міндеттеме жобаны аяқтағаннан кейін 3 айлық сатылымнан кейінгі қызмет көрсету мерзімін қамтиды.Осы уақыт ішінде біз нәтижелерге қатысты кез келген сұрауларды шешу үшін жобаны бақылау, ақаулықтарды жою бойынша көмек және сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.
Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу
| Кітапхана | Тізбектеу стратегиясы | Деректер ұсынылады | Сапа бақылауы |
| рРНҚ таусылған | Illumina PE150 | 16 ГБ | Q30≥85% |
| Өлшем таңдалды | Illumina SE50 | 10-20 млн оқылады |
Үлгіге қойылатын талаптар:
Нуклеотидтер:
| Конс.(нг/мкл) | Мөлшері (мкг) | Тазалық | Тұтастық |
| ≥ 100 | ≥ 1 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Гельде ақуыз немесе ДНҚ ластануы шектеулі немесе жоқ. | Өсімдіктер: RIN≥6,5 Жануарлар: RIN≥7,0 5,0≥28S/18S≥1,0; шектелген немесе жоқ бастапқы биіктік |
Ұсынылатын үлгіні жеткізу
Контейнер:
2 мл центрифуга түтігі (қаңылтыр фольга ұсынылмайды)
Үлгі таңбалау: Топ+қайталау, мысалы, A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
жөнелту:
1. Құрғақ мұз: Үлгілерді қаптарға салып, құрғақ мұзға көму керек.
2.RNAstable түтіктер: РНҚ үлгілерін РНҚ тұрақтандыру түтігінде (мысалы, RNAstable®) кептіруге және бөлме температурасында жөнелтуге болады.
Қызметтің жұмыс ағыны
Эксперимент дизайны
Үлгіні жеткізу
РНҚ экстракциясы
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Биоинформатика
РНҚ экспрессиясына шолу
Дифференциалды экспрессияланған гендер
цРНҚ талдауы
Дифференциалды экспрессияланған миРНҚ және байланысты РНҚ
BMKGene транскриптомды секвенирлеудің толық қызметтері көмектесетін зерттеу жетістіктерін жарияланымдар жинағы арқылы зерттеңіз.
Дай, Y. және т.б.(2022) 'РНҚ-секвенирлеу арқылы анықталған Кашин-Бек ауруындағы mRNAs, lncRNAs және miRNAs жан-жақты экспрессиялық профильдері', Molecular Omics, 18(2), 154-166 беттер.doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al.(2022) 'Қыстайтын кезеңде Чанбай тауындағы Апис церананың суыққа төзімділігін толық ұзындықтағы транскриптомдық талдау.', Ген, 830, 146503–146503 беттер.doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Ванг, XJ және т.б.(2022) «Кіші жасушалы өкпенің қатерлі ісігіндегі бәсекелес эндогендік РНҚ реттеу желілерінің мульти-омикалық интеграцияға негізделген басымдықтары: молекулалық сипаттамалар және есірткіге үміткерлер», Онкологиядағы шекаралар, 12, б.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al.(2022) 'lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA экспрессия профильдерінің интеграцияланған талдауы жержаңғақтағы тамыр-түйін нематодтарына жауап беретін әлеуетті механизмдер туралы жаңа түсініктерді ашады', BMC Genomics, 23(1), 1-12 беттер.doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Ян, З. және т.б.(2022) «Тұтас транскриптомдық РНҚ секвенциясы қызыл жарықдиодты сәулелену арқылы брокколидегі егін жинаудан кейінгі сапаны сақтаумен байланысты молекулалық механизмдерді көрсетеді», «Жиналғаннан кейінгі биология және технология, 188, б.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
