Тұтас транскриптомды реттілік – Illumina
Ерекше өзгешеліктері
● Толық транскриптомды реттілікке келтіру үшін қосарлы кітапхана генерациясы: rRNA сарқылу кітапханасы және шағын РНҚ кітапханасын дайындау.
● Бөлінген биоинформатикалық есептердегі mRNA, lncRNA, circRNA және miRNA толық биоинформатикалық талдау, сонымен қатар барлық біріктірілген РНҚ экспрессиясы бар бірлескен талдау, соның ішінде ceRNA желілерінің талдауы.
Қызметтің артықшылықтары
●Кең тәжірибе: Біз әртүрлі үлгі түрлерін қамтитын 2100-ден астам транскриптомдық жобаларды өңдедік. Біз әр жобаға бай тәжірибені жеткіземіз.
●Қатаң сапаны бақылау: Біз үлгіні дайындаудан бастап кітапхананы дайындауға, реттілік пен биоинформатикаға дейінгі барлық кезеңдерде негізгі бақылау нүктелерін енгіземіз. Біздің мұқият бақылауымыз тұрақты жоғары сапалы нәтижелерді жеткізуді қамтамасыз етеді.
●Толық аннотация: Біз дифференциалды экспрессиялық гендерге (DEG) функционалды түрде түсініктеме беру және сәйкес байыту талдауларын орындау үшін бірнеше дерекқорды пайдаланамыз. Бұл кешенді тәсіл транскриптомдық жауаптың негізінде жатқан жасушалық және молекулалық процестер туралы түсінік береді, бұл тәжірибе деректері туралы барлық мүмкін ақпаратты алуға мүмкіндік береді.
●Реттеуші желілерді терең талдау: ceRNA желісін талдау mRNA, lncRNA, circRNA және miRNA біріккен реттілікпен және толық биоинформатикалық жұмыс процесі арқылы қосылады.
●Сатудан кейінгі қолдау: Біз қатысудың қаншалықты маңызды екенін түсінеміз, сондықтан біздің міндеттеме сатылымнан кейінгі 3 айлық қызмет көрсету мерзімімен жобаны аяқтаумен шектелмейді. Осы уақыт ішінде біз нәтижелерге қатысты кез келген сұрауларды шешу үшін жобаны бақылауды, ақаулықтарды жою бойынша көмекті және сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.
Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу
| Кітапхана | Тізбектеу стратегиясы | Деректер ұсынылады | Сапаны бақылау |
| рРНҚ таусылған | Illumina PE150 | 16 ГБ | Q30≥85% |
| Өлшем таңдалды | Illumina SE50 | 10-20 млн оқылады |
Үлгіге қойылатын талаптар:
Нуклеотидтер:
| Конс.(нг/мкл) | Мөлшері (мкг) | Тазалық | Тұтастық |
| ≥ 80 | ≥ 1,6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Гельде ақуыз немесе ДНҚ ластануы шектеулі немесе жоқ. | RIN≥6,0 5,0≥28S/18S≥1,0; шектелген немесе жоқ бастапқы биіктік |
Ұсынылатын үлгіні жеткізу
Контейнер: 2 мл центрифуга түтігі (қаңылтыр фольга ұсынылмайды)
Үлгі таңбалау: Топ+қайталау, мысалы, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
жөнелту:
1. Құрғақ мұз: үлгілерді қаптарға салып, құрғақ мұзға көму керек.
2. РНҚ тұрақты түтіктер: РНҚ үлгілерін РНҚ тұрақтандыру түтігінде (мысалы, RNAstable®) кептіруге және бөлме температурасында жөнелтуге болады.
Қызметтің жұмыс ағыны
Эксперимент дизайны
Үлгіні жеткізу
РНҚ экстракциясы
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Биоинформатика
Әр түрлі талдаулардың үстіне РНҚ-ның 4 түрі біздің бірлескен талдауымызға біріктірілген:
- РНҚ деректерінің барлық түрлері арасындағы бірлескен экспрессиялық талдау
- РНҚ экспрессиясына шолу
- Дифференциалды өрнектерге шолу
- CeRNA желісі
- Жолға біріктірілген негізгі гендер
- Сақтау талдауы
- Мақсатты қатынастар
РНҚ экспрессиясына шолу
Дифференциалды экспрессияланған гендер
цРНҚ талдауы
Дифференциалды экспрессияланған миРНҚ және байланысты РНҚ
BMKGene транскриптомды секвенирлеудің толық қызметтері көмектесетін ғылыми жетістіктермен танысыңыз.
Дай, Y. және т.б. (2022) 'РНҚ-секвенирлеу арқылы анықталған Кашин-Бек ауруындағы mRNAs, lncRNAs және miRNAs жан-жақты экспрессиялық профильдері',Молекулярлық омика, 18(2), 154–166 беттер. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al. (2022) 'Чанбай тауындағы Апис церананың қыстау кезеңінде суыққа төзімділігін толық ұзындықтағы транскриптомдық талдау.',Ген, 830, 146503–146503 беттер. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Ванг, XJ және т.б. (2022) «Кіші жасушалы өкпе ісігіндегі бәсекелес эндогенді РНҚ реттеу желілерінің мульти-омикалық интеграцияға негізделген басымдылығы: молекулалық сипаттамалар және есірткіге үміткерлер»,Онкологиядағы шекаралар, 12, б. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al. (2022) 'lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA экспрессиялық профильдерінің кешенді талдауы жержаңғақтағы тамыр-түйін нематодтарына жауап ретінде ықтимал механизмдер туралы жаңа түсініктерді ашады',BMC геномикасы, 23(1), 1–12 беттер. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Ян, З. және т.б. (2022) «Тұтас транскриптомдық РНҚ секвенциясы қызыл жарықдиодты сәулелену арқылы брокколидегі егін жинаудан кейінгі сапаны қолдаумен байланысты молекулалық механизмдерді көрсетеді»,Егін жинаудан кейінгі биология және технология, 188, б. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
