Тұтас транскриптомды секвенирлеу – Illumina
Ерекше өзгешеліктері
● Толық транскриптомды тізбектеу үшін қос кітапхана генерациясы: рРНҚ-ның сарқылу кітапханасы және шағын РНҚ кітапханасын дайындау.
● Бөлек биоақпараттық есептердегі мРНҚ, lncRNA, circRNA және miRNA-ның толық биоақпараттық талдауы, сонымен қатар ceRNA желілерін талдауды қоса алғанда, барлық РНҚ экспрессиясы біріктірілген бірлескен талдау.
Қызмет көрсетудің артықшылықтары
●Кең ауқымды сараптамаБіз әртүрлі үлгі түрлерін қамтитын 2100-ден астам транскриптом жобаларын өңдедік. Біз әрбір жобаға мол тәжірибе ұсынамыз.
●Қатаң сапаны бақылауБіз үлгі дайындаудан бастап кітапхана дайындауға, секвенирлеуге және биоинформатикаға дейінгі барлық кезеңдерде негізгі бақылау нүктелерін енгіземіз. Біздің мұқият мониторингіміз үнемі жоғары сапалы нәтижелердің берілуін қамтамасыз етеді.
●Кешенді аннотацияБіз дифференциалды экспрессияланған гендерді (DEG) функционалды түрде аннотациялау және тиісті байыту талдауларын жүргізу үшін бірнеше дерекқорды пайдаланамыз. Бұл кешенді тәсіл транскриптом реакциясының негізінде жатқан жасушалық және молекулалық процестерге түсінік береді, бұл сіздің эксперимент деректеріңіз туралы барлық ақпаратты алуыңызды қамтамасыз етеді.
●Реттеуші желілерді терең талдауceRNA желісін талдау мРНҚ, lncRNA, circRNA және miRNA бірлескен секвенирлеу және биоинформатикалық жұмыс процесі арқылы жүзеге асырылады.
●Сатудан кейінгі қолдауБіз қатысудың қаншалықты маңызды екенін түсінеміз, сондықтан біздің міндеттемеміз жобаны аяқтаудан тысқары, сатудан кейінгі 3 айлық қызмет көрсету мерзімін қамтиды. Осы уақыт ішінде біз жобаны бақылау, ақаулықтарды жою бойынша көмек және нәтижелерге қатысты кез келген сұрақтарға жауап беру үшін сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.
Үлгі талаптары және жеткізу
| Кітапхана | Реттік стратегия | Ұсынылатын деректер | Сапаны бақылау |
| рРНҚ таусылған | Illumina PE150 | 16 ГБ | Q30≥85% |
| Өлшемі таңдалды | Illumina SE50 | 10-20 млн оқу |
Үлгі талаптары:
Нуклеотидтер:
| Конц. (нг/мкл) | Мөлшері (мкг) | Тазалық | Тұтастық |
| ≥ 80 | ≥ 1.6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Гельде ақуыз немесе ДНҚ ластануы шектеулі немесе мүлдем жоқ. | RIN≥6.0 5.0≥28S/18S≥1.0; базалық биіктік шектеулі немесе мүлдем жоқ |
Ұсынылған үлгі жеткізу
Контейнер: 2 мл центрифуга түтігі (қалайы фольга ұсынылмайды)
Үлгі таңбалау: Топ+көшірме, мысалы, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Жеткізу:
1. Құрғақ мұз: Үлгілерді пакеттерге салып, құрғақ мұзға көму керек.
2. РНҚ-тұрақты түтіктер: РНҚ үлгілерін РНҚ-тұрақтандыру түтігінде (мысалы, RNAstable®) кептіріп, бөлме температурасында жеткізуге болады.
Қызмет көрсету жұмыс ағыны
Тәжірибелік дизайн
Үлгіні жеткізу
РНҚ экстракциясы
Кітапхана құрылысы
Реттік реттеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Биоинформатика
Әрбір басқа талдаудан басқа, біздің бірлескен талдауымызға РНҚ-ның 4 түрі біріктірілген:
- РНҚ деректерінің барлық түрлері арасындағы бірлескен экспрессияны талдау
- РНҚ экспрессиясына шолу
- Дифференциалды өрнекке шолу
- CeRNA желісі
- Жолға біріктірілген негізгі гендер
- Табиғатты қорғау талдауы
- Қарым-қатынастарды нысанаға алу
РНҚ экспрессиясына шолу
Дифференциалды экспрессияланған гендер
ceRNA талдауы
Дифференциалды түрде экспрессияланған miRNA және онымен байланысты РНҚ-лар
BMKGene компаниясының транскриптомды секвенирлеу қызметтерінің арқасында қол жеткізілген ғылыми жетістіктерді басылымдардың жинақталған жиынтығы арқылы зерттеңіз.
Дай, Ю. және т.б. (2022) «РНҚ-секвенирлеу арқылы анықталған Кашин-Бек ауруындағы мРНҚ, lncРНҚ және miRNA-ның кешенді экспрессиялық профильдері»,Молекулалық омиктер, 18(2), 154–166 беттер. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan және т.б. (2022) «Чанбай тауындағы Apis cerana-ның қыстау кезеңіндегі суыққа төзімділігінің толық транскриптомдық талдауы».Джин, 830, 146503–146503 беттер. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Ван, XJ және т.б. (2022) «Кішкентай жасушалы өкпе обырындағы бәсекелес эндогенді РНҚ реттеу желілерінің мультиомикалы интеграцияға негізделген басымдығы: молекулалық сипаттамалары және дәрілік кандидаттар»,Онкологиядағы шекаралар, 12, б. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. және т.б. (2022) «lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA экспрессия профильдерінің интеграцияланған талдауы жержаңғақтағы тамыр түйінінің нематодтарына жауап ретіндегі әлеуетті механизмдерге жаңа түсініктер ашады»,BMC Genomics, 23(1), 1–12 беттер. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/СУРЕТТЕР/7.
Ян, З. және т.б. (2022) «Тұтас транскриптомды РНҚ секвенирлеуі қызыл жарықдиодты сәулелендіру арқылы брокколидегі егін жинаудан кейінгі сапаны сақтаумен байланысты молекулалық механизмдерді көрсетеді»,Егін жинаудан кейінгі биология және технология, 188, 111878 бет. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
