10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
លក្ខណៈពិសេស
● ដំណោះស្រាយ៖ 100 µM
● Spot Diameter: 55 µM
● ចំនួនចំនុច៖ 4992
● ផ្ទៃចាប់យក៖ 6.5 x 6.5 ម។
● កន្លែងដាក់បាកូដនីមួយៗត្រូវបានផ្ទុកដោយសារធាតុ primers ដែលមាន 4 ផ្នែក៖
- កន្ទុយប៉ូលី (dT) សម្រាប់ការដាក់បឋម mRNA និងការសំយោគ cDNA
- ឧបករណ៍កំណត់អត្តសញ្ញាណម៉ូលេគុលតែមួយគត់ (UMI) ដើម្បីកែលំអភាពលំអៀង
- បាកូដលំហ
- ចងលំដាប់នៃការអានដោយផ្នែក 1 primer លំដាប់
● H&E ស្នាមប្រឡាក់នៃផ្នែក
គុណសម្បត្តិ
●សេវាកម្មតែមួយ៖ រួមបញ្ចូលនូវបទពិសោធន៍ និងជំហានផ្អែកលើជំនាញទាំងអស់ រួមទាំងការកាត់ផ្នែក cryo, ស្នាមប្រឡាក់, ការបង្កើនប្រសិទ្ធភាពជាលិកា, ការសរសេររបារទំហំ, ការរៀបចំបណ្ណាល័យ, លំដាប់លំដោយ និងជីវព័ត៌មានវិទ្យា។
● ក្រុមបច្ចេកទេសដែលមានជំនាញខ្ពស់។៖ ជាមួយនឹងបទពិសោធន៍ជាង 250 ប្រភេទជាលិកា និង 100+ ប្រភេទរួមទាំងមនុស្ស កណ្តុរ ថនិកសត្វ ត្រី និងរុក្ខជាតិ។
●ការធ្វើបច្ចុប្បន្នភាពតាមពេលវេលាជាក់ស្តែងលើគម្រោងទាំងមូល៖ ជាមួយនឹងការគ្រប់គ្រងពេញលេញនៃដំណើរការពិសោធន៍។
●ស្ដង់ដារជីវព័ត៌មានទូលំទូលាយ៖កញ្ចប់រួមបញ្ចូលការវិភាគ 29 និង 100+ តួលេខគុណភាពខ្ពស់។
●ការវិភាគទិន្នន័យផ្ទាល់ខ្លួន និងការមើលឃើញ៖ មានសម្រាប់សំណើស្រាវជ្រាវផ្សេងៗគ្នា។
●ការវិភាគរួមគ្នាជាជម្រើសជាមួយការដាក់លំដាប់ mRNA កោសិកាតែមួយ
លក្ខណៈបច្ចេកទេស
| តម្រូវការគំរូ | បណ្ណាល័យ | យុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀប | ទិន្នន័យដែលបានណែនាំ | ការត្រួតពិនិត្យគុណភាព |
| សំណាក cryo ដែលបានបង្កប់ OCT, សំណាក FFPE (អង្កត់ផ្ចិតល្អបំផុត៖ ប្រហែល 6x6x6 mm3) 3 ប្លុកក្នុងមួយគំរូ | បណ្ណាល័យ Visium cDNA 10X | Illumina PE150 | 50K PE អានក្នុងមួយកន្លែង (60Gb) | RIN> ៧ |
សម្រាប់ព័ត៌មានលម្អិតបន្ថែមអំពីការណែនាំអំពីការរៀបចំគំរូ និងដំណើរការការងារសេវាកម្ម សូមនិយាយដោយសេរីទៅកាន់ កអ្នកជំនាញ BMKGENE
លំហូរការងារសេវាកម្ម
នៅក្នុងដំណាក់កាលនៃការរៀបចំគំរូ ការសាកល្បងទាញយក RNA ភាគច្រើនត្រូវបានអនុវត្តដើម្បីធានាថា RNA ដែលមានគុណភាពខ្ពស់អាចទទួលបាន។នៅក្នុងដំណាក់កាលបង្កើនប្រសិទ្ធភាពជាលិកា ផ្នែកត្រូវបានប្រឡាក់ និងមើលឃើញ ហើយលក្ខខណ្ឌ permeabilization សម្រាប់ការបញ្ចេញ mRNA ពីជាលិកាត្រូវបានធ្វើឱ្យប្រសើរ។បន្ទាប់មក ពិធីការដែលបានធ្វើឱ្យប្រសើរគឺត្រូវបានអនុវត្តកំឡុងពេលសាងសង់បណ្ណាល័យ បន្តដោយការចាត់ថ្នាក់ និងការវិភាគទិន្នន័យ។
លំហូរការងារនៃសេវាកម្មពេញលេញពាក់ព័ន្ធនឹងការធ្វើបច្ចុប្បន្នភាពតាមពេលវេលាជាក់ស្តែង និងការបញ្ជាក់របស់អតិថិជន ដើម្បីរក្សាបាននូវការឆ្លើយតបមតិត្រឡប់ ដោយធានាបាននូវការអនុវត្តគម្រោងដោយរលូន។
រួមបញ្ចូលការវិភាគដូចខាងក្រោមៈ
ការត្រួតពិនិត្យគុណភាពទិន្នន័យ៖
o លទ្ធផលទិន្នន័យ និងការចែកចាយពិន្ទុគុណភាព
o ការរកឃើញហ្សែនក្នុងមួយកន្លែង
o ការគ្របដណ្តប់ជាលិកា
ការវិភាគគំរូខាងក្នុង៖
o ភាពសម្បូរបែបនៃហ្សែន
o Spot clustering រួមទាំងការវិភាគវិមាត្រកាត់បន្ថយ
o ការវិភាគកន្សោមឌីផេរ៉ង់ស្យែលរវាងក្រុម៖ ការកំណត់អត្តសញ្ញាណហ្សែនសញ្ញាសម្គាល់
o ចំណារពន្យល់មុខងារ និងការពង្រឹងហ្សែនសញ្ញាសម្គាល់
ការវិភាគអន្តរក្រុម
o ការបញ្ចូលគ្នាឡើងវិញនៃចំណុចពីគំរូទាំងពីរ (ឧ. ជំងឺ និងការគ្រប់គ្រង) និងចង្កោមឡើងវិញ
o ការកំណត់អត្តសញ្ញាណហ្សែនសម្គាល់សម្រាប់ចង្កោមនីមួយៗ
o ចំណារពន្យល់មុខងារ និងការពង្រឹងហ្សែនសញ្ញាសម្គាល់
o ការបង្ហាញឌីផេរ៉ង់ស្យែលនៃចង្កោមដូចគ្នារវាងក្រុម
ការវិភាគគំរូខាងក្នុង
ការចង្កោមចំណុច
ការកំណត់អត្តសញ្ញាណហ្សែន និងការបែងចែកលំហ
ការវិភាគអន្តរក្រុម
ការរួមបញ្ចូលទិន្នន័យពីក្រុមទាំងពីរ និងក្រុមឡើងវិញ
សញ្ញាសម្គាល់ហ្សែននៃក្រុមថ្មី។
ស្វែងយល់ពីភាពជឿនលឿនដែលសម្របសម្រួលដោយសេវាកម្ម spatial transcriptomics របស់ BMKGene ដោយ 10X Visium នៅក្នុងការបោះពុម្ពផ្សាយពិសេសទាំងនេះ៖
Chen, D. et al ។(2023) 'mthl1, សក្តានុពលនៃ Drosophila homologue នៃ GPCRs ការស្អិតរបស់ថនិកសត្វ, ត្រូវបានចូលរួមនៅក្នុងប្រតិកម្មប្រឆាំងដុំសាច់ទៅនឹងកោសិកា oncogenic ដែលត្រូវបានចាក់នៅក្នុងសត្វរុយ', ដំណើរការនៃបណ្ឌិត្យសភាវិទ្យាសាស្ត្រជាតិនៃសហរដ្ឋអាមេរិក, 120(30), ទំ។e2303462120។doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al ។(2023) 'STEEL អនុញ្ញាតឱ្យកំណត់និយមន័យខ្ពស់នៃទិន្នន័យ spatiotemporal transcriptomic', សង្ខេបនៅក្នុង Bioinformatics, 24(2), ទំព័រ 1-10 ។doi: 10.1093/BIB/BBAD068។
Liu, C. et al ។(2022) 'Atlas spatiotemporal of organogenesis ក្នុងការអភិវឌ្ឍន៍ផ្កាអ័រគីដេ', ការស្រាវជ្រាវអាស៊ីតនុយក្លេអ៊ីក, 50(17), ទំព័រ 9724–9737។doi: 10.1093/NAR/GKAC773។
លោក Wang, J. et al ។(2023) 'ការរួមបញ្ចូល Spatial Transcriptomics និង Single-nucleus RNA Sequencing បង្ហាញពីយុទ្ធសាស្ត្រព្យាបាលដ៏មានសក្តានុពលសម្រាប់ Uterine Leiomyoma', International Journal of Biological Sciences, 19(8), ទំព័រ 2515–2530។doi: 10.7150/IJBS.83510 ។
