BMKCloud Log in
条形 Banner-០៣

ផលិតផល

ការវិភាគផ្នែក Segregant

ការវិភាគផ្នែកដាច់ដោយឡែក (BSA) គឺជាបច្ចេកទេសមួយដែលត្រូវបានប្រើប្រាស់ដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណ phenotype ដែលជាប់ទាក់ទងនឹងសញ្ញាសម្គាល់ហ្សែន។លំហូរការងារចម្បងរបស់ BSA មានការជ្រើសរើសក្រុមបុគ្គលពីរក្រុមដែលមាន phenotypes ប្រឆាំងយ៉ាងខ្លាំង ដោយរួមបញ្ចូល DNA របស់បុគ្គលទាំងអស់ដើម្បីបង្កើត DNA ភាគច្រើន កំណត់អត្តសញ្ញាណលំដាប់ឌីផេរ៉ង់ស្យែលរវាងក្រុមទាំងពីរ។បច្ចេកទេសនេះត្រូវបានប្រើប្រាស់យ៉ាងទូលំទូលាយក្នុងការកំណត់អត្តសញ្ញាណសញ្ញាសម្គាល់ហ្សែនដែលត្រូវបានផ្សារភ្ជាប់យ៉ាងខ្លាំងដោយហ្សែនគោលដៅនៅក្នុងហ្សែនរុក្ខជាតិ/សត្វ។


ព័ត៌មានលម្អិតអំពីសេវាកម្ម

លទ្ធផលសាកល្បង

ករណី​សិក្សា

អត្ថប្រយោជន៍សេវាកម្ម

១២

Takagi et al ។ , ទស្សនាវដ្តីរុក្ខជាតិ, ឆ្នាំ 2013

● ការធ្វើមូលដ្ឋានីយកម្មត្រឹមត្រូវ៖ ការលាយបញ្ចូលគ្នាជាមួយមនុស្សពី 30+30 ទៅ 200+200 នាក់ ដើម្បីកាត់បន្ថយសំលេងរំខាននៅផ្ទៃខាងក្រោយ។ការព្យាករណ៍តំបន់បេក្ខភាពដែលមានមូលដ្ឋានលើ mutatants មិនមានន័យដូច។

● ការវិភាគយ៉ាងទូលំទូលាយ៖ ចំណារពន្យល់អំពីមុខងារហ្សែនបេក្ខជនដែលស៊ីជម្រៅ រួមមាន NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG ជាដើម។

● ពេលវេលាផ្លាស់ប្តូរលឿនជាងមុន៖ ការធ្វើមូលដ្ឋានីយកម្មហ្សែនរហ័សក្នុងរយៈពេល 45 ថ្ងៃធ្វើការ។

● បទពិសោធន៍យ៉ាងទូលំទូលាយ៖ BMK បានចូលរួមចំណែកក្នុងការធ្វើមូលដ្ឋានីយកម្មលក្ខណៈរាប់ពាន់ ដែលគ្របដណ្តប់លើប្រភេទសត្វចម្រុះដូចជា ដំណាំ ផលិតផលក្នុងទឹក ព្រៃឈើ ផ្កា ផ្លែឈើ។ល។

លក្ខណៈបច្ចេកទេសនៃសេវាកម្ម

ចំនួនប្រជាជន៖
ការបែងចែកពូជពង្សរបស់ឪពុកម្តាយជាមួយ phenotypes ប្រឆាំង។
ឧទាហរណ៍ F2 progeny, Backcrossing (BC), Recombinant inbred line (RIL)

អាងលាយ
សម្រាប់លក្ខណៈគុណភាព៖ ពី 30 ទៅ 50 បុគ្គល (អប្បបរមា 20) / ដុំ
សម្រាប់ tratis បរិមាណ: កំពូល 5% ទៅ 10% បុគ្គលដែលមាន phenotypes ខ្លាំងនៅក្នុងប្រជាជនទាំងមូល (អប្បបរមា 30 + 30) ។

ជម្រៅនៃលំដាប់ដែលបានណែនាំ
យ៉ាងហោចណាស់ 20X/មេ និង 1X/កូនចៅ (ឧ. សម្រាប់កូនក្រុមចម្រុះនៃ 30+30 បុគ្គល ជម្រៅនៃលំដាប់នឹងមាន 30X ក្នុងមួយដុំ)

ការវិភាគជីវវិទ្យា

● ការបន្តពូជហ្សែនទាំងមូល
 
● ដំណើរការទិន្នន័យ
 
● ការហៅទូរសព្ទ SNP/Indel
 
● ការពិនិត្យតំបន់បេក្ខជន
 
● ចំណារពន្យល់អំពីមុខងារហ្សែនបេក្ខជន

流程图-BS-A1

តម្រូវការគំរូ និងការដឹកជញ្ជូន

តម្រូវការគំរូ៖

នុយក្លេអូទីត៖

គំរូ gDNA

គំរូជាលិកា

ការផ្តោតអារម្មណ៍: ≥30 ng / μl

រុក្ខជាតិ៖ ១-២ ក្រាម។

បរិមាណ៖ ≥2 μg (Volumn ≥15 μl)

សត្វ: 0.5-1 ក្រាម។

ភាពបរិសុទ្ធ៖ OD260/280= 1.6-2.5

ឈាមទាំងមូល: 1.5 មីលីលីត្រ

លំហូរការងារសេវាកម្ម

គំរូ QC

ការរចនាពិសោធន៍

ការចែកចាយគំរូ

ការចែកចាយគំរូ

ការពិសោធន៍សាកល្បង

ការទាញយក RNA

ការរៀបចំបណ្ណាល័យ

ការសាងសង់បណ្ណាល័យ

លំដាប់

លំដាប់

ការវិភាគ​ទិន្នន័យ

ការវិភាគ​ទិន្នន័យ

សេវាកម្មក្រោយពេលលក់

សេវាកម្មក្រោយពេលលក់


  • មុន៖
  • បន្ទាប់៖

  • 1.Association analysis base on Euclidean Distance (ED) ដើម្បីកំណត់តំបន់បេក្ខជន។ក្នុងរូបខាងក្រោម

    អ័ក្ស X: ចំនួនក្រូម៉ូសូម;ចំណុចនីមួយៗតំណាងឱ្យតម្លៃ ED នៃ SNP ។បន្ទាត់ខ្មៅត្រូវគ្នាទៅនឹងតម្លៃ ED ដែលសម។តម្លៃ ED ខ្ពស់បង្ហាញពីទំនាក់ទំនងដ៏សំខាន់រវាងគេហទំព័រ និង phenotype ។បន្ទាត់ដាច់ ៗ ពណ៌ក្រហមតំណាងឱ្យកម្រិតនៃការផ្សារភ្ជាប់យ៉ាងសំខាន់។

    mRNA-FLNC-អាន-ប្រវែង-ចែកចាយ

     

    2.Association analysis based no SNP-index

    អ័ក្ស X: ចំនួនក្រូម៉ូសូម;ចំណុចនីមួយៗតំណាងឱ្យតម្លៃសន្ទស្សន៍ SNP ។បន្ទាត់ខ្មៅតំណាងឱ្យតម្លៃសន្ទស្សន៍ SNP ដែលសមស្រប។តម្លៃកាន់តែធំ សមាគមកាន់តែសំខាន់។

    mRNA-ពេញលេញ-ORF-ការចែកចាយប្រវែង

     

    ករណី BMK

    លក្ខណៈបរិមាណដែលមានឥទ្ធិពលសំខាន់ ទីតាំង Fnl7.1 បំប្លែងសារជាតិប្រូតេអ៊ីនច្រើនក្រៃលែងចុងអំប្រ៊ីយ៉ុងដែលត្រូវបានផ្សារភ្ជាប់ជាមួយនឹងប្រវែងកផ្លែឈើនៅក្នុងត្រសក់

    បោះពុម្ពផ្សាយ៖ ទិនានុប្បវត្តិជីវបច្ចេកវិទ្យារុក្ខជាតិឆ្នាំ ២០២០

    យុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀប៖

    ឪពុកម្តាយ (Jin5-508, YN): ហ្សែនទាំងមូលបន្តបន្ទាប់គ្នាសម្រាប់ 34 × និង 20 × ។

    អាង DNA (50 កវែង និង 50 កខ្លី)៖ បន្តបន្ទាប់គ្នាសម្រាប់ 61 × និង 52 ×

    លទ្ធផលសំខាន់

    នៅក្នុងការសិក្សានេះ ការបំបែកចំនួនប្រជាជន (F2 និង F2:3) ត្រូវបានបង្កើតឡើងដោយឆ្លងកាត់ខ្សែត្រសក់វែង Jin5-508 និងកខ្លី YN ។អាង DNA ពីរត្រូវបានសាងសង់ដោយបុគ្គលកវែងខ្លាំងចំនួន 50 នាក់ និងបុគ្គលកខ្លីខ្លាំងចំនួន 50 ។ឥទ្ធិពលចម្បង QTL ត្រូវបានកំណត់អត្តសញ្ញាណនៅលើ Chr07 ដោយការវិភាគ BSA និងការធ្វើផែនទី QTL ប្រពៃណី។តំបន់បេក្ខជនត្រូវបានបង្រួមបន្ថែមទៀតដោយការគូសផែនទីល្អ ការកំណត់បរិមាណនៃការបញ្ចេញហ្សែន និងការពិសោធន៍ផ្លាស់ប្តូរហ្សែន ដែលបង្ហាញពីហ្សែនសំខាន់ៗក្នុងការគ្រប់គ្រងប្រវែងក CsFnl7.1។លើសពីនេះទៀត polymorphism នៅក្នុងតំបន់ផ្សព្វផ្សាយ CsFnl7.1 ត្រូវបានរកឃើញថាត្រូវបានផ្សារភ្ជាប់ជាមួយនឹងការបញ្ចេញមតិដែលត្រូវគ្នា។ការវិភាគខាងសរីរវិទ្យាបន្ថែមបានណែនាំថាទីតាំង Fnl7.1 ទំនងជាមានប្រភពមកពីប្រទេសឥណ្ឌា។

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    QTL-mapping ក្នុងការវិភាគ BSA ដើម្បីកំណត់តំបន់បេក្ខជនដែលជាប់ទាក់ទងនឹងប្រវែងកត្រសក់

    PB-full-length-RNA-alternative-splicing

    ទម្រង់ LOD នៃប្រវែងកត្រសក់ QTL ត្រូវបានកំណត់អត្តសញ្ញាណនៅលើ Chr07

     
    ឯកសារយោង

    Xu, X. , et al ។"លក្ខណៈបរិមាណដែលមានឥទ្ធិពលសំខាន់ ទីតាំង Fnl7.1 អ៊ិនកូដប្រូតេអ៊ីន embryogenesis យឺត ដែលទាក់ទងនឹងប្រវែងកផ្លែឈើនៅក្នុងត្រសក់។"ទិនានុប្បវត្តិបច្ចេកវិទ្យាជីវសាស្រ្តរុក្ខជាតិ 18.7 (2020) ។

    ទទួលបានសម្រង់

    សរសេរសាររបស់អ្នកនៅទីនេះ ហើយផ្ញើវាមកយើង

    ផ្ញើសាររបស់អ្នកមកយើង៖