-
លំដាប់ហ្សែនរបស់រុក្ខជាតិ/សត្វ De novo
ដឺណូវ៉ូលំដាប់លំដោយ សំដៅលើការសាងសង់ហ្សែនទាំងមូលរបស់ប្រភេទសត្វដោយប្រើបច្ចេកវិជ្ជាលំដាប់លំដោយ ឧ. PacBio, Nanopore, NGS ជាដើម ដោយមិនមានហ្សែនយោង។ភាពប្រសើរឡើងគួរឱ្យកត់សម្គាល់នៃប្រវែងអាននៃបច្ចេកវិជ្ជាបន្តបន្ទាប់ជំនាន់ទីបីបាននាំមកនូវឱកាសថ្មីក្នុងការប្រមូលផ្តុំហ្សែនស្មុគស្មាញ ដូចជាប្រភេទដែលមាន heterozygosity ខ្ពស់ សមាមាត្រខ្ពស់នៃតំបន់ដដែលៗ polyploid ជាដើម។ ជាមួយនឹងប្រវែងអាននៅកម្រិតរាប់សិបគីឡូបៃ ការអានលំដាប់ទាំងនេះអនុញ្ញាត ការដោះស្រាយធាតុដដែលៗ តំបន់ដែលមានមាតិកា GC មិនធម្មតា និងតំបន់ស្មុគស្មាញខ្លាំងផ្សេងទៀត។
វេទិកា៖ PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C ផ្អែកលើ Genome Assembly
Hi-C គឺជាវិធីសាស្រ្តដែលត្រូវបានរចនាឡើងដើម្បីចាប់យកការកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធក្រូម៉ូសូមដោយរួមបញ្ចូលគ្នានូវអន្តរកម្មដែលមានមូលដ្ឋានលើ probing និងលំដាប់ឆ្លងកាត់កម្រិតខ្ពស់។អាំងតង់ស៊ីតេនៃអន្តរកម្មទាំងនេះត្រូវបានគេជឿថាមានទំនាក់ទំនងអវិជ្ជមានជាមួយនឹងចម្ងាយរាងកាយនៅលើក្រូម៉ូសូម។ដូច្នេះ ទិន្នន័យ Hi-C អាចណែនាំការចង្កោម លំដាប់ និងការតំរង់ទិសនៃលំដាប់ដែលបានជួបប្រជុំគ្នានៅក្នុងហ្សែនពង្រាងមួយ ហើយបោះយុថ្កាវាទៅលើចំនួនក្រូម៉ូសូមជាក់លាក់។បច្ចេកវិទ្យានេះផ្តល់អំណាចដល់ការប្រមូលផ្តុំហ្សែនកម្រិតក្រូម៉ូសូម ក្នុងករណីដែលគ្មានផែនទីហ្សែនផ្អែកលើចំនួនប្រជាជន។រាល់ហ្សែននីមួយៗត្រូវការ Hi-C ។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
ហ្សែនវិវត្តន៍
ពន្ធុវិទ្យាវិវត្តន៍គឺជាសេវាកម្មលំដាប់លំដោយដែលត្រូវបានរចនាឡើងសម្រាប់ផ្តល់នូវការបកស្រាយដ៏ទូលំទូលាយលើព័ត៌មានវិវត្តន៍នៃសម្ភារៈដែលបានផ្តល់ឱ្យដោយផ្អែកលើការប្រែប្រួលហ្សែន រួមមាន SNPs, InDels, SVs និង CNVs ។វាផ្តល់នូវការវិភាគជាមូលដ្ឋានទាំងអស់ដែលត្រូវការសម្រាប់ការពិពណ៌នាអំពីការផ្លាស់ប្តូរវិវត្តន៍ និងលក្ខណៈហ្សែននៃចំនួនប្រជាជន ដូចជារចនាសម្ព័ន្ធចំនួនប្រជាជន ភាពចម្រុះនៃហ្សែន ទំនាក់ទំនង phylogeny ជាដើម។ វាក៏មានការសិក្សាអំពីលំហូរហ្សែន ដែលផ្តល់អំណាចដល់ការប៉ាន់ប្រមាណទំហំប្រជាជនប្រកបដោយប្រសិទ្ធភាព ពេលវេលាខុសគ្នា។
-
ពន្ធុវិទ្យាប្រៀបធៀប
ពន្ធុវិទ្យាប្រៀបធៀបមានន័យត្រង់ថាការប្រៀបធៀបលំដាប់ហ្សែនពេញលេញ និងរចនាសម្ព័ន្ធនៃប្រភេទផ្សេងៗគ្នា។វិន័យនេះមានគោលបំណងបង្ហាញពីការវិវត្តនៃប្រភេទសត្វ មុខងារហ្សែន យន្តការគ្រប់គ្រងហ្សែននៅកម្រិតហ្សែន ដោយកំណត់អត្តសញ្ញាណរចនាសម្ព័ន្ធលំដាប់ និងធាតុដែលបានអភិរក្ស ឬបែងចែកតាមប្រភេទផ្សេងៗគ្នា។ការសិក្សាអំពីពន្ធុវិទ្យាប្រៀបធៀបធម្មតារួមមានការវិភាគនៅក្នុងគ្រួសារហ្សែន ការវិវត្តន៍វិវត្តន៍ ការចម្លងហ្សែនទាំងមូល សម្ពាធជ្រើសរើស។ល។
-
ការវិភាគផ្នែក Segregant
ការវិភាគផ្នែកដាច់ដោយឡែក (BSA) គឺជាបច្ចេកទេសមួយដែលត្រូវបានប្រើប្រាស់ដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណ phenotype ដែលជាប់ទាក់ទងនឹងសញ្ញាសម្គាល់ហ្សែន។លំហូរការងារចម្បងរបស់ BSA មានការជ្រើសរើសក្រុមបុគ្គលពីរក្រុមដែលមាន phenotypes ប្រឆាំងយ៉ាងខ្លាំង ដោយរួមបញ្ចូល DNA របស់បុគ្គលទាំងអស់ដើម្បីបង្កើតជា DNA ភាគច្រើន កំណត់អត្តសញ្ញាណលំដាប់ឌីផេរ៉ង់ស្យែលរវាងក្រុមទាំងពីរ។បច្ចេកទេសនេះត្រូវបានប្រើប្រាស់យ៉ាងទូលំទូលាយក្នុងការកំណត់អត្តសញ្ញាណសញ្ញាសម្គាល់ហ្សែនដែលត្រូវបានផ្សារភ្ជាប់យ៉ាងខ្លាំងដោយហ្សែនគោលដៅនៅក្នុងហ្សែនរុក្ខជាតិ/សត្វ។
