ការធ្វើលំដាប់មេតាហ្សែន -NGS
មេតាហ្សែនណូម គឺជាការប្រមូលផ្តុំនៃសម្ភារៈហ្សែនសរុបនៃសហគមន៍ចម្រុះនៃសារពាង្គកាយ ដូចជាមេតាហ្សែនណូមបរិស្ថាន និងមនុស្ស។ វាមានហ្សែននៃអតិសុខុមប្រាណដែលអាចដាំដុះបាន និងមិនអាចដាំដុះបាន។ ការធ្វើលំដាប់មេតាហ្សែនណូមិចដោយប្រើកាំភ្លើងខ្លីជាមួយ NGS អាចឱ្យការសិក្សាអំពីទេសភាពហ្សែនដ៏ស្មុគស្មាញទាំងនេះ ដែលបានបង្កប់នៅក្នុងគំរូបរិស្ថាន ដោយផ្តល់នូវច្រើនជាងការវិភាគពន្ធុវិទ្យា ដោយផ្តល់នូវការយល់ដឹងលម្អិតអំពីភាពចម្រុះនៃប្រភេទសត្វ ឌីណាមិកភាពសម្បូរបែប និងរចនាសម្ព័ន្ធចំនួនប្រជាជនដ៏ស្មុគស្មាញ។ ក្រៅពីការសិក្សាពន្ធុវិទ្យា មេតាហ្សែនណូមិចដោយប្រើកាំភ្លើងខ្លីក៏ផ្តល់នូវទស្សនៈវិស័យហ្សែនណូមិចមុខងារផងដែរ ដែលអាចឱ្យមានការរុករកហ្សែនដែលបានអ៊ិនកូដ និងតួនាទីដែលរំពឹងទុករបស់វានៅក្នុងដំណើរការអេកូឡូស៊ី។ ជាចុងក្រោយ ការបង្កើតបណ្តាញទំនាក់ទំនងរវាងធាតុហ្សែន និងកត្តាបរិស្ថានរួមចំណែកដល់ការយល់ដឹងរួមអំពីអន្តរកម្មដ៏ស្មុគស្មាញរវាងសហគមន៍អតិសុខុមប្រាណ និងផ្ទៃខាងក្រោយអេកូឡូស៊ីរបស់វា។ សរុបមក ការធ្វើលំដាប់មេតាហ្សែនណូមិចឈរជាឧបករណ៍សំខាន់សម្រាប់ស្រាយភាពស្មុគស្មាញនៃហ្សែនណូមិចនៃសហគមន៍អតិសុខុមប្រាណដ៏ចម្រុះ ដោយបំភ្លឺទំនាក់ទំនងចម្រុះរវាងពន្ធុវិទ្យា និងអេកូឡូស៊ីនៅក្នុងប្រព័ន្ធអេកូឡូស៊ីដ៏ស្មុគស្មាញទាំងនេះ។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq និង DNBSEQ-T7
គុណសម្បត្តិសេវាកម្ម
●វិធីសាស្រ្តដោយមិនដាក់ឱ្យនៅដាច់ដោយឡែក និងការដាំដុះសម្រាប់ការវិភាគសហគមន៍អតិសុខុមប្រាណ៖ អនុញ្ញាតឱ្យមានការរៀបចំលំដាប់នៃសម្ភារៈហ្សែនពីសារពាង្គកាយដែលមិនអាចដាំដុះបាន។
●គុណភាពបង្ហាញខ្ពស់រកឃើញប្រភេទសត្វដែលមានកម្រិតទាបនៅក្នុងគំរូបរិស្ថាន។
●ការវិភាគជីវព័ត៌មានវិទ្យាដ៏ទូលំទូលាយ៖ផ្តោតមិនត្រឹមតែលើភាពចម្រុះនៃចំណាត់ថ្នាក់ប៉ុណ្ណោះទេ ប៉ុន្តែថែមទាំងលើភាពចម្រុះនៃមុខងាររបស់សហគមន៍ផងដែរ។
●បទពិសោធន៍យ៉ាងទូលំទូលាយ៖ដោយមានកំណត់ត្រាជោគជ័យក្នុងការបិទគម្រោងមេតាហ្សេណូមិកច្រើននៅក្នុងវិស័យស្រាវជ្រាវផ្សេងៗ និងដំណើរការគំរូជាង 200,000 ក្រុមការងាររបស់យើងនាំមកនូវបទពិសោធន៍ជាច្រើនដល់គម្រោងនីមួយៗ។
លក្ខណៈបច្ចេកទេសសេវាកម្ម
| វេទិកាលំដាប់ | យុទ្ធសាស្ត្ររៀបលំដាប់ | ទិន្នន័យដែលបានណែនាំ | ការគ្រប់គ្រងគុណភាព |
| Illumina NovaSeq ឬ DNBSEQ-T7 | PE150 | ៦-២០ជីកាបៃ | Q30≥85% |
តម្រូវការសេវាកម្ម
| កំហាប់ (ng/µL) | បរិមាណសរុប (ង) | បរិមាណ (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥២០ |
● ដី/ភក់៖ ២-៣ក្រាម
● មាតិកាពោះវៀន - សត្វ៖ 0.5-2 ក្រាម
● សារធាតុក្នុងពោះវៀន - សត្វល្អិត៖ 0.1-0.25 ក្រាម
● ផ្ទៃរុក្ខជាតិ (ដីល្បាប់ដែលមានជីវជាតិ): 0.5-1 ក្រាម
● ដីល្បាប់ដែលសម្បូរទៅដោយទឹកស៊ុប fermentation): 0.2-0.5 ក្រាម
● លាមក (សត្វធំៗ): 0.5-2ក្រាម
● លាមក (កណ្ដុរ): 3-5 គ្រាប់
● សារធាតុរាវលាងសួត៖ ក្រដាសតម្រង
● សំឡីជូតទ្វារមាស៖ សំឡីជូតចំនួន ៥-៦ ដុំ
● សំឡីជូតស្បែក/ប្រដាប់ភេទ/ទឹកមាត់/ជាលិកាទន់មាត់/សំឡីជូតបំពង់ក/សំឡីជូតរន្ធគូថ៖ ២-៣ សំឡីជូត
● អតិសុខុមប្រាណលើផ្ទៃ៖ សំឡីជូតចំនួន ៥-៦
● ទឹក/ខ្យល់/ជីវហ្វីម៖ ក្រដាសតម្រង
● អង់ដូហ្វីត៖ ២-៣ក្រាម
● បន្ទះធ្មេញ៖ ០.៥-១ក្រាម
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការដឹកជញ្ជូនគំរូ
ការសាងសង់បណ្ណាល័យ
ការរៀបចំលំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
សេវាកម្មក្រោយពេលលក់
រួមបញ្ចូលការវិភាគដូចខាងក្រោម៖
● ការគ្រប់គ្រងគុណភាពទិន្នន័យលំដាប់លំដោយ
● ការផ្គុំមេតាហ្សែន និងការព្យាករណ៍ហ្សែន
● ចំណារពន្យល់ហ្សែន
● ការវិភាគភាពចម្រុះអាល់ហ្វាតាមចំណាត់ថ្នាក់
● ការវិភាគមុខងាររបស់សហគមន៍៖ មុខងារជីវសាស្រ្ត ការរំលាយអាហារ ភាពធន់នឹងថ្នាំអង់ទីប៊ីយោទិច
● ការវិភាគលើភាពចម្រុះទាំងមុខងារ និងវណ្ណយុត្តិ៖
ការវិភាគភាពចម្រុះបេតា
ការវិភាគអន្តរក្រុម
ការវិភាគទំនាក់ទំនង៖ រវាងកត្តាបរិស្ថាន និងសមាសភាព OUT និងភាពចម្រុះ
ការវិភាគមុខងារ៖ ភាពធន់នឹងថ្នាំអង់ទីប៊ីយ៉ូទិក CARD
ការវិភាគឌីផេរ៉ង់ស្យែលនៃផ្លូវមេតាបូលីស KEGG៖ ផែនទីកំដៅនៃផ្លូវសំខាន់ៗ
ភាពចម្រុះអាល់ហ្វានៃការចែកចាយចំណាត់ថ្នាក់៖ សន្ទស្សន៍ ACE
ភាពចម្រុះបេតានៃការចែកចាយចំណាត់ថ្នាក់៖ PCoA
ស្វែងយល់ពីវឌ្ឍនភាពដែលសម្របសម្រួលដោយសេវាកម្មលំដាប់មេតាហ្សែនរបស់ BMKGene ជាមួយ Illumina តាមរយៈការប្រមូលផ្ដុំនៃការបោះពុម្ពផ្សាយដែលបានរៀបចំយ៉ាងល្អ។
Hai, Q. et al. (2023) 'ការវិភាគមេតាណូមិក និងមេតាបូឡូមិកនៃការផ្លាស់ប្តូរនៅក្នុងមាតិកាពោះវៀនរបស់ត្រីឥន្ទធនូ (Oncorhynchus mykiss) ដែលឆ្លងមេរោគ hematopoietic necrosis នៅសីតុណ្ហភាពទឹកដាំដុះផ្សេងៗគ្នា',ព្រំដែនក្នុងមីក្រូជីវវិទ្យា, ១៤, ទំព័រ ១២៧៥៦៤៩។ doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649។
ម៉ៅ, ស៊ី. និងអ្នកដទៃទៀត (2023) 'សហគមន៍អតិសុខុមប្រាណ ហ្សែនធន់ និងហានិភ័យធន់នៅក្នុងបឹងទីក្រុងនៃស្ថានភាពត្រូពិចផ្សេងៗគ្នា៖ តំណភ្ជាប់ខាងក្នុង និងឥទ្ធិពលខាងក្រៅ',ទិនានុប្បវត្តិស្តីពីវឌ្ឍនភាពសម្ភារៈគ្រោះថ្នាក់, 9, ទំ។ 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'ការវិភាគមេតាហ្សេណូមិកបានបង្ហាញពីភាពខុសគ្នានៃសមាសភាព និងមុខងាររវាងអតិសុខុមប្រាណដែលជាប់ទាក់ទងនឹងសារធាតុរាវ និងអតិសុខុមប្រាណដែលជាប់ទាក់ទងនឹងសារធាតុរឹងនៃពោះវៀនចៀម',ព្រំដែនក្នុងមីក្រូជីវវិទ្យា, ១៣, ទំព័រ ៨៥១៥៦៧។ doi: 10.3389/FMICB.2022.851567។
Yin, J. et al. (2023) 'មីក្រូជីវសាស្រ្តដែលមានប្រភពមកពីជ្រូក Ningxiang ដែលធាត់ជ្រុល ផ្លាស់ប្តូរការរំលាយអាហាររបស់ carnitine ដើម្បីជំរុញការប្រមូលផ្តុំអាស៊ីតខ្លាញ់សាច់ដុំនៅក្នុងជ្រូក DLY ស្គម',នវានុវត្តន៍, 4(5), ទំ។ 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'ការយល់ដឹងអំពីមេតាហ្សេណូមិកអំពីហានិភ័យដែលអាចកើតមាននៃផ្លាស្ទិចជីវ/មិនអាចរលួយបាន និងកំទេចកំទីមិនមែនផ្លាស្ទិចនៅតំបន់ខាងលើ និងខាងក្រោមនៃមាត់ទន្លេ Haihe ប្រទេសចិន',វិទ្យាសាស្ត្រនៃបរិស្ថានសរុប, 887, ទំ។ 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026។
