លំដាប់មេតាណុល -NGS
អត្ថប្រយោជន៍សេវាកម្ម
● ភាពឯកោ និងគ្មានការដាំដុះសម្រាប់ការបង្កើតទម្រង់សហគមន៍អតិសុខុមប្រាណ
● គុណភាពបង្ហាញខ្ពស់ក្នុងការរកឃើញប្រភេទសត្វដែលមានបរិមាណតិចនៅក្នុងគំរូបរិស្ថាន
● គំនិតនៃ "មេតា-" រួមបញ្ចូលលក្ខណៈជីវសាស្រ្តទាំងអស់នៅកម្រិតមុខងារ កម្រិតប្រភេទសត្វ និងកម្រិតហ្សែន ដែលឆ្លុះបញ្ចាំងពីទិដ្ឋភាពថាមវន្តដែលខិតទៅជិតការពិត។
● BMK ប្រមូលផ្តុំបទពិសោធន៍ដ៏ធំនៅក្នុងប្រភេទគំរូចម្រុះជាមួយនឹងគំរូជាង 10,000 ត្រូវបានដំណើរការ។
លក្ខណៈបច្ចេកទេសនៃសេវាកម្ម
| វេទិកា | លំដាប់ | ទិន្នន័យដែលបានណែនាំ | ពេលវេលាបង្វិល |
| វេទិកា Illumina NovaSeq | PE150 | ៦ ក្រាម / ១០ ក្រាម / ២០ ក្រាម។ | 45 ថ្ងៃធ្វើការ |
ការវិភាគជីវវិទ្យា
● ការគ្រប់គ្រងគុណភាពទិន្នន័យឆៅ
● ការផ្គុំ Metagenome
● សំណុំ និងចំណារពន្យល់នៃហ្សែនដែលមិនប្រើឡើងវិញ
● ការវិភាគភាពចម្រុះនៃប្រភេទសត្វ
● ការវិភាគភាពចម្រុះមុខងារហ្សែន
● ការវិភាគអន្តរក្រុម
● ការវិភាគសមាគមប្រឆាំងនឹងកត្តាពិសោធន៍
តម្រូវការគំរូ និងការដឹកជញ្ជូន
តម្រូវការគំរូ៖
សម្រាប់ការដកស្រង់ DNA:
| ប្រភេទគំរូ | ចំនួនទឹកប្រាក់ | ការប្រមូលផ្តុំ | ភាពបរិសុទ្ធ |
| ការដកស្រង់ DNA | ＞ ៣០ ង | 1 ng / μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
សម្រាប់គំរូបរិស្ថាន៖
| ប្រភេទគំរូ | នីតិវិធីគំរូដែលបានណែនាំ |
| ដី | បរិមាណគំរូ៖ ប្រហាក់ប្រហែល។5 ក្រាម;សារធាតុក្រៀមស្វិតដែលនៅសេសសល់ត្រូវតែយកចេញពីផ្ទៃ។កិនបំណែកធំ ៗ និងឆ្លងកាត់តម្រង 2 មម;គំរូ Aliquot នៅក្នុងបំពង់ EP-tube ឬ cyrotube ដែលគ្មានមេរោគសម្រាប់ការកក់ទុក។ |
| លាមក | បរិមាណគំរូ៖ ប្រហាក់ប្រហែល។5 ក្រាម;ប្រមូលនិង aliquot គំរូនៅក្នុង EP-tube មាប់មគឬ cryotube សម្រាប់ការកក់ទុក។ |
| មាតិកាពោះវៀន | គំរូចាំបាច់ត្រូវដំណើរការក្រោមលក្ខខណ្ឌ aseptic ។លាងសម្អាតជាលិកាដែលប្រមូលបានជាមួយ PBS;Centrifuge PBS និងប្រមូល precipitant នៅក្នុង EP-tubes ។ |
| ភក់ | បរិមាណគំរូ៖ ប្រហាក់ប្រហែល។5 ក្រាម;ប្រមូលនិង aliquot សំណាកសំណល់នៅក្នុងបំពង់ EP-tube ឬ cryotube ដែលគ្មានមេរោគសម្រាប់ការកក់ទុក |
| រូបធាតុទឹក។ | សម្រាប់សំណាកដែលមានបរិមាណអតិសុខុមប្រាណមានកំណត់ ដូចជាទឹកម៉ាស៊ីន ទឹកអណ្តូងជាដើម ប្រមូលទឹកយ៉ាងតិច 1 លី ហើយឆ្លងកាត់តម្រង 0.22 μm ដើម្បីពង្រឹងមីក្រូជីវជាតិនៅលើភ្នាស។ទុកភ្នាសក្នុងបំពង់មាប់មគ។ |
| ស្បែក | ជូតផ្ទៃស្បែកដោយប្រុងប្រយ័ត្នដោយប្រើកប្បាសក្រៀវ ឬកាំបិតវះកាត់ ហើយដាក់វានៅក្នុងបំពង់មាប់មគ។ |
ការចែកចាយគំរូដែលបានណែនាំ
បង្កកសំណាកក្នុងអាសូតរាវរយៈពេល 3-4 ម៉ោង ហើយរក្សាទុកក្នុងអាសូតរាវ ឬ -80 ដឺក្រេ ដល់ការកក់រយៈពេលយូរ។ការដឹកជញ្ជូនគំរូជាមួយទឹកកកស្ងួតត្រូវបានទាមទារ។
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការចែកចាយគំរូ
ការសាងសង់បណ្ណាល័យ
លំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
សេវាកម្មក្រោយពេលលក់
1.Histogram: ការចែកចាយប្រភេទសត្វ
2.ហ្សែនមុខងារដែលបានរៀបរាប់អំពីផ្លូវមេតាបូលីក KEGG
3. ផែនទីកំដៅ៖ មុខងារឌីផេរ៉ង់ស្យែលដោយផ្អែកលើភាពសម្បូរបែបនៃហ្សែនដែលទាក់ទង
4.Circos of CARD ហ្សែនធន់នឹងអង់ទីប៊ីយ៉ូទិក
ករណី BMK
ប្រេវ៉ាឡង់នៃហ្សែនធន់នឹងថ្នាំអង់ទីប៊ីយោទិច និងភ្នាក់ងារបង្ករោគដោយបាក់តេរីនៅតាមបណ្តោយឫសគល់នៃព្រៃកោងកាង
បោះពុម្ពផ្សាយ៖ទិនានុប្បវត្តិនៃសម្ភារៈគ្រោះថ្នាក់ឆ្នាំ 2021
យុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀប៖
សមា្ភារៈ៖ ការដកស្រង់ DNA នៃបំណែកបួននៃគំរូដើមកោងកាងដែលពាក់ព័ន្ធ៖ ដីដែលមិនបានដាំ, rhizosphere, episphere និង endosphere compartments
វេទិកា៖ Illumina HiSeq 2500
គោលដៅ៖ metagenome
តំបន់ 16S rRNA ហ្សែន V3-V4
លទ្ធផលសំខាន់
ការរៀបចំតាមលំដាប់មេតាណម និងទម្រង់មេតាបាកូដនៅលើដីបន្តពូជនៃដើមកោងកាងត្រូវបានដំណើរការក្នុងគោលបំណងសិក្សាការផ្សព្វផ្សាយហ្សែនធន់នឹងថ្នាំអង់ទីប៊ីយោទិច (ARGs) ពីដីទៅក្នុងរុក្ខជាតិ។ទិន្នន័យ Metagenomic បានបង្ហាញថា 91.4% នៃហ្សែនធន់ទ្រាំនឹងថ្នាំអង់ទីប៊ីយោទិចត្រូវបានសម្គាល់ជាទូទៅនៅក្នុងផ្នែកដីទាំង 4 ដែលបានរៀបរាប់ខាងលើ ដែលបង្ហាញពីម៉ូតជាបន្តបន្ទាប់។16S rRNA amplicon sequencing បានបង្កើត 29,285 លំដាប់ដែលតំណាងឱ្យ 346 ប្រភេទ។ដោយរួមបញ្ចូលគ្នាជាមួយនឹងការបង្រួបបង្រួមប្រភេទសត្វដោយការបន្តពូជ amplicon ការផ្សព្វផ្សាយនេះត្រូវបានគេរកឃើញថាឯករាជ្យនៃ microbiota ដែលមានទំនាក់ទំនងជា root ទោះបីជាយ៉ាងណាក៏ដោយ វាអាចត្រូវបានសម្របសម្រួលដោយការចល័តនៃធាតុហ្សែន។ការសិក្សានេះបានកំណត់លំហូរនៃ ARGs និងភ្នាក់ងារបង្កជំងឺពីដីចូលទៅក្នុងរុក្ខជាតិតាមរយៈការបន្តគ្នារវាងឫសដី។
ឯកសារយោង
Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ, Zhuang, W. , & Shu, L..(ឆ្នាំ ២០២០)។ប្រេវ៉ាឡង់នៃហ្សែនធន់នឹងថ្នាំអង់ទីប៊ីយោទិច និងភ្នាក់ងារបង្ករោគដោយបាក់តេរីនៅតាមបណ្តោយដី-ឫសកោងកាង។ទិនានុប្បវត្តិនៃសម្ភារៈគ្រោះថ្នាក់, ៤០៨, 124985 ។
