លំដាប់មេតាណុល - ណាណូប៉ូរ៉េ
អត្ថប្រយោជន៍សេវាកម្ម
● ការជួបប្រជុំគ្នាដែលមានគុណភាពខ្ពស់-បង្កើនភាពត្រឹមត្រូវនៃការកំណត់អត្តសញ្ញាណប្រភេទសត្វ និងការព្យាករណ៍ហ្សែនមុខងារ
● ភាពឯកោនៃហ្សែនបាក់តេរីដែលបិទជិត
● កម្មវិធីដែលមានអនុភាព និងអាចទុកចិត្តបានកាន់តែច្រើននៅក្នុងតំបន់ចម្រុះ ឧ. ការរកឃើញអតិសុខុមប្រាណបង្កជំងឺ ឬហ្សែនដែលទាក់ទងនឹងភាពធន់នឹងថ្នាំអង់ទីប៊ីយោទិច
● ការវិភាគមេតាហ្សែនប្រៀបធៀប
លក្ខណៈបច្ចេកទេសនៃសេវាកម្ម
| វេទិកា | លំដាប់ | ទិន្នន័យដែលបានណែនាំ | ពេលវេលាបង្វិល |
| ណាណូប៉ូរ | ONT | 6 ក្រាម / 10 ក្រាម។ | 65 ថ្ងៃធ្វើការ |
ការវិភាគជីវវិទ្យា
● ការគ្រប់គ្រងគុណភាពទិន្នន័យឆៅ
● ការជួបប្រជុំ Metagenome
● សំណុំ និងចំណារពន្យល់នៃហ្សែនដែលមិនប្រើឡើងវិញ
● ការវិភាគភាពចម្រុះនៃប្រភេទសត្វ
● ការវិភាគភាពចម្រុះមុខងារហ្សែន
● ការវិភាគអន្តរក្រុម
● ការវិភាគសមាគមប្រឆាំងនឹងកត្តាពិសោធន៍
តម្រូវការគំរូ និងការដឹកជញ្ជូន
តម្រូវការគំរូនិងការដឹកជញ្ជូន
តម្រូវការគំរូ៖
សម្រាប់ការដកស្រង់ DNA:
| ប្រភេទគំរូ | ចំនួនទឹកប្រាក់ | ការប្រមូលផ្តុំ | ភាពបរិសុទ្ធ |
| ការដកស្រង់ DNA | 1-1.5 μg | 20 ng / μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
សម្រាប់គំរូបរិស្ថាន៖
| ប្រភេទគំរូ | នីតិវិធីគំរូដែលបានណែនាំ |
| ដី | បរិមាណគំរូ៖ ប្រហាក់ប្រហែល។5 ក្រាម;សារធាតុក្រៀមស្វិតដែលនៅសេសសល់ត្រូវតែយកចេញពីផ្ទៃ។កិនបំណែកធំ ៗ និងឆ្លងកាត់តម្រង 2 មម;គំរូ Aliquot នៅក្នុងបំពង់ EP-tube ឬ cyrotube ដែលគ្មានមេរោគសម្រាប់ការកក់ទុក។ |
| លាមក | បរិមាណគំរូ៖ ប្រហាក់ប្រហែល។5 ក្រាម;ប្រមូលនិង aliquot គំរូនៅក្នុង EP-tube មាប់មគឬ cryotube សម្រាប់ការកក់ទុក។ |
| មាតិកាពោះវៀន | គំរូចាំបាច់ត្រូវដំណើរការក្រោមលក្ខខណ្ឌ aseptic ។លាងសម្អាតជាលិកាដែលប្រមូលបានជាមួយ PBS;Centrifuge PBS និងប្រមូល precipitant នៅក្នុង EP-tubes ។ |
| ភក់ | បរិមាណគំរូ៖ ប្រហាក់ប្រហែល។5 ក្រាម;ប្រមូលនិង aliquot សំណាកសំណល់នៅក្នុងបំពង់ EP-tube ឬ cryotube ដែលគ្មានមេរោគសម្រាប់ការកក់ទុក |
| រូបធាតុទឹក។ | សម្រាប់សំណាកដែលមានបរិមាណអតិសុខុមប្រាណមានកំណត់ ដូចជាទឹកម៉ាស៊ីន ទឹកអណ្តូងជាដើម ប្រមូលទឹកយ៉ាងតិច 1 លី ហើយឆ្លងកាត់តម្រង 0.22 μm ដើម្បីពង្រឹងមីក្រូជីវជាតិនៅលើភ្នាស។ទុកភ្នាសក្នុងបំពង់មាប់មគ។ |
| ស្បែក | ជូតផ្ទៃស្បែកដោយប្រុងប្រយ័ត្នដោយប្រើកប្បាសក្រៀវ ឬកាំបិតវះកាត់ ហើយដាក់វានៅក្នុងបំពង់មាប់មគ។ |
ការចែកចាយគំរូដែលបានណែនាំ
បង្កកសំណាកក្នុងអាសូតរាវរយៈពេល 3-4 ម៉ោង ហើយរក្សាទុកក្នុងអាសូតរាវ ឬ -80 ដឺក្រេ ដល់ការកក់រយៈពេលយូរ។ការដឹកជញ្ជូនគំរូជាមួយទឹកកកស្ងួតត្រូវបានទាមទារ។
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការចែកចាយគំរូ
ការសាងសង់បណ្ណាល័យ
លំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
សេវាកម្មក្រោយពេលលក់
1.Heatmap: ចង្កោមភាពសម្បូរបែបនៃប្រភេទ
2.ហ្សែនមុខងារដែលបានរៀបរាប់អំពីផ្លូវមេតាបូលីក KEGG
3.Species correlation network
4.Circos of CARD ហ្សែនធន់នឹងអង់ទីប៊ីយ៉ូទិក
ករណី BMK
Nanopore metaagenomics អនុញ្ញាតឱ្យមានការវិភាគរោគសញ្ញាយ៉ាងឆាប់រហ័សនៃការឆ្លងមេរោគផ្លូវដង្ហើមផ្នែកខាងក្រោមនៃបាក់តេរី
បោះពុម្ពផ្សាយ៖ជីវបច្ចេកវិទ្យាធម្មជាតិ ឆ្នាំ 2019
គំនួសពណ៌បច្ចេកទេស
លំដាប់លំដោយ៖ Nanopore MinION
ជីវព័ត៌មានវិទ្យានៃមេតាណមគ្លីនិក៖ ការបំផ្លាញ DNA របស់ម្ចាស់ផ្ទះ ការវិភាគ WIMP និង ARMA
ការរកឃើញរហ័ស៖ ៦ ម៉ោង។
ភាពប្រែប្រួលខ្ពស់៖ 96.6%
លទ្ធផលសំខាន់
ក្នុងឆ្នាំ 2006 ការឆ្លងមេរោគផ្លូវដង្ហើមផ្នែកខាងក្រោម (LR) បណ្តាលឱ្យមនុស្ស 3 លាននាក់ស្លាប់នៅទូទាំងពិភពលោក។វិធីសាស្រ្តធម្មតាសម្រាប់ការរកឃើញធាតុបង្កជំងឺ LR1 គឺការដាំដុះ ដែលមានភាពរសើបខ្សោយ ពេលវេលាវិលជុំវែង និងខ្វះការណែនាំក្នុងការព្យាបាលដោយថ្នាំអង់ទីប៊ីយោទិចដំបូង។ការធ្វើរោគវិនិច្ឆ័យអតិសុខុមប្រាណលឿន និងត្រឹមត្រូវ គឺជាតម្រូវការបន្ទាន់យូរមកហើយ។លោកវេជ្ជបណ្ឌិត Justin មកពីសាកលវិទ្យាល័យ East Anglia និងដៃគូរបស់គាត់បានបង្កើតវិធីសាស្ត្រមេតាណុលដែលមានមូលដ្ឋានលើ Nanopore ដោយជោគជ័យសម្រាប់ការរកឃើញមេរោគ។យោងតាមលំហូរការងាររបស់ពួកគេ 99.99% នៃ DNA របស់ម៉ាស៊ីនអាចនឹងត្រូវអស់។ការរកឃើញមេរោគ និងហ្សែនដែលធន់នឹងថ្នាំអង់ទីប៊ីយោទិច អាចបញ្ចប់ក្នុងរយៈពេល 6 ម៉ោង។
ឯកសារយោង
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019)។Nanopore metaagenomics អនុញ្ញាតឱ្យមានការវិភាគរោគសញ្ញាយ៉ាងឆាប់រហ័សនៃការឆ្លងមេរោគផ្លូវដង្ហើមផ្នែកខាងក្រោមនៃបាក់តេរី។ជីវវិទ្យាធម្មជាតិ, ៣៧(៧), ១.
