ប្រតិចារិក
ធម្មជាតិ
ទំនាក់ទំនង
ការកំណត់លក្ខណៈប្រតិចារឹកពេញប្រវែងនៃការផ្លាស់ប្តូរ SF3B1 នៅក្នុងជំងឺមហារីកឈាម lymphocytic រ៉ាំរ៉ៃបង្ហាញពីការបន្ថយនៃ introns ដែលត្រូវបានរក្សាទុក
ប្រតិចារិកពេញប្រវែង|លំដាប់ណាណូប័រ |ការវិភាគ isoform ជំនួស
ផ្ទៃខាងក្រោយ
Sការផ្លាស់ប្តូរ omatic នៅក្នុងកត្តា splicing SF3B1 ត្រូវបានគេរាយការណ៍យ៉ាងទូលំទូលាយថាទាក់ទងនឹងជំងឺមហារីកផ្សេងៗ រួមទាំងជំងឺមហារីកឈាម lymphocytic រ៉ាំរ៉ៃ (CLL) uveal melanoma មហារីកសុដន់។ទោះជាយ៉ាងណាក៏ដោយ ការសិក្សាលើគំរូនៃការភ្ជាប់ជំនួសទាំងនេះត្រូវបានកំណត់ជាយូរមកហើយចំពោះកម្រិតព្រឹត្តិការណ៍ និងកង្វះចំណេះដឹងលើកម្រិត isoform ដោយសារតែការកំណត់នៃប្រតិចារិកដែលបានអានខ្លីៗ។នៅទីនេះ វេទិកាលំដាប់ nanopore ត្រូវបានណែនាំដើម្បីបង្កើតប្រតិចារិកប្រវែងពេញលេញ ដែលផ្តល់សិទ្ធិអំណាចដល់ការស៊ើបអង្កេតលើ AS isoforms ។
ការរចនាពិសោធន៍
ការពិសោធន៍
ការដាក់ជាក្រុម៖1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(ការផ្លាស់ប្តូរ K700E);3. កោសិកា B ធម្មតា។
យុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀប៖លំដាប់បណ្ណាល័យ 2D MinION, លំដាប់បណ្ណាល័យ PromethION 1D;ទិន្នន័យខ្លីៗពីគំរូដូចគ្នា។
វេទិកាលំដាប់លំដោយ៖ONT MinION;ONT PromethION;
ការវិភាគជីវព័ត៌មាន
លទ្ធផល
កការអានសរុបចំនួន 257 លានត្រូវបានបង្កើតចេញពីគំរូ CLL 6 និង B-cell ចំនួន 3 ។ជាមធ្យម 30.5% នៃការអានទាំងនេះត្រូវបានកំណត់ថាជាប្រតិចារិកពេញប្រវែង។
Fការវិភាគ isoform ជំនួសប្រវែងពេញនៃ RNA (FLAIR) ត្រូវបានបង្កើតឡើងដើម្បីបង្កើតសំណុំនៃ isoforms ទំនុកចិត្តខ្ពស់។FLAIR អាចត្រូវបានសង្ខេបដូចជា:
Nanopore អានការតម្រឹម៖ កំណត់រចនាសម្ព័ន្ធប្រតិចារិកទូទៅដោយផ្អែកលើហ្សែនយោង;
Sការកែតម្រូវប្រសព្វ plice៖ កំហុសលំដាប់ត្រឹមត្រូវ (ក្រហម) ជាមួយនឹងគេហទំព័រ splice ពីទាំង introns ដែលមានកំណត់ចំណាំ, introns ពីទិន្នន័យដែលបានអានខ្លី ឬទាំងពីរ។
Collapse៖ សង្ខេប isoforms តំណាងដោយផ្អែកលើ splice junction chains (first-pass set)។ជ្រើសរើស isofrom ដែលមានទំនុកចិត្តខ្ពស់ដោយផ្អែកលើចំនួននៃការអានដែលគាំទ្រ (កម្រិត: 3) ។
រូបភាពទី 1. ការវិភាគ FLAIR ដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណ isoforms ពេញប្រវែងដែលត្រូវបានផ្សារភ្ជាប់ជាមួយនឹងការផ្លាស់ប្តូរ SF3B1 នៅក្នុង CLL
FLAIR បានកំណត់អត្តសញ្ញាណអ៊ីសូហ្វមដែលបំបែកដោយទំនុកចិត្តខ្ពស់ចំនួន 326,699 ដែល 90% គឺជា isoforms ប្រលោមលោក។ភាគច្រើននៃ isoforms ដែលមិនមានការកត់សម្គាល់ទាំងនេះត្រូវបានរកឃើញថាជាការរួមបញ្ចូលគ្នាប្រលោមលោកនៃ splice junctions ដែលគេស្គាល់ (142,971) ខណៈដែល isoforms ប្រលោមលោកដែលនៅសល់មានផ្ទុកនូវ intron (21,700) ឬ novel exon (3594) ។
Lលំដាប់ដែលអានបន្តផ្តល់អំណាចដល់ការកំណត់អត្តសញ្ញាណនៃការផ្លាស់ប្តូរ SF3B1-K700E -altered splice sites នៅកម្រិត isoform-level។35 ជម្រើស 3'SSs និង 10 ជម្រើស 5'SSs ត្រូវបានគេរកឃើញថាត្រូវបានបំបែកយ៉ាងសំខាន់រវាង SF3B1-K700E និង SF3B1-WT ។ការកែប្រែចំនួន 33 ក្នុងចំណោម 35 ត្រូវបានគេរកឃើញថ្មីដោយលំដាប់ដែលបានអានជាយូរមកហើយ។នៅក្នុងទិន្នន័យ Nanopore ការចែកចាយចម្ងាយរវាង SF3B1-K700E-ផ្លាស់ប្តូរ 3'SSs ទៅកំពូលគេហទំព័រ Canonical គឺប្រហែល -20 bp ដែលខុសគ្នាយ៉ាងខ្លាំងពីការចែកចាយវត្ថុបញ្ជា ស្រដៀងទៅនឹងអ្វីដែលត្រូវបានរាយការណ៍នៅក្នុងលំដាប់អានខ្លី CLL ។Isoforms នៃហ្សែន ERGIC3 ត្រូវបានវិភាគ ដែលអ៊ីសូហ្វមប្រលោមលោកដែលមានកន្លែងភ្ជាប់ជិតត្រូវបានរកឃើញច្រើននៅក្នុង SF3B1-K700E ។ទាំង proximal និង distal 3'SS ត្រូវបានផ្សារភ្ជាប់ជាមួយនឹងគំរូ AS ដាច់ដោយឡែកដែលបង្កើត isoforms ច្រើន។
រូបភាពទី 2. ជម្រើស 3′ គំរូការបំបែកដែលកំណត់អត្តសញ្ញាណជាមួយទិន្នន័យលំដាប់ nanopore
ការវិភាគការប្រើប្រាស់ព្រឹត្តិការណ៍ IR ត្រូវបានកំណត់ជាយូរមកហើយក្នុងការវិភាគផ្អែកលើការអានខ្លីៗ ដោយសារទំនុកចិត្តលើការកំណត់អត្តសញ្ញាណ និងបរិមាណ IR ។ការបង្ហាញនៃ isoforms IR នៅក្នុង SF3B1-K700E និង SF3B1-WT ត្រូវបានគេកំណត់បរិមាណដោយផ្អែកលើ nanopore sequences ដោយបង្ហាញពីការចុះក្រោមជាសកលនៃ isoforms IR នៅក្នុង SF3B1-K700E ។
រូបភាពទី 4. អាំងតង់ស៊ីតេកសិកម្ម និងការតភ្ជាប់បណ្តាញនៅទូទាំងប្រព័ន្ធកសិកម្មចំនួនបី (A និង B);ការវិភាគព្រៃឈើចៃដន្យ (C) និងទំនាក់ទំនងរវាងអាំងតង់ស៊ីតេកសិកម្ម និងអាណានិគម AMF (D)
រូបភាពទី 3. ព្រឹត្តិការណ៍ជួល Intron ត្រូវបានកាត់បន្ថយយ៉ាងខ្លាំងនៅក្នុង CLL SF3B1-K700E
បច្ចេកវិទ្យា
Nanopore លំដាប់អានវែង
Nanopore sequencing គឺជាម៉ូលេគុលតែមួយក្នុងពេលវេលាពិតប្រាកដនៃការកំណត់សញ្ញាសញ្ញាអគ្គិសនី។
DDNA ឬ RNA ជាប់ខ្សែ ouble នឹងភ្ជាប់ទៅនឹងប្រូតេអ៊ីន nanoporous ដែលបង្កប់នៅក្នុង biofilm និង unwinding នៅក្រោមការនាំមុខនៃប្រូតេអ៊ីនម៉ូតូ។
Dខ្សែ NA/RNA ឆ្លងកាត់ប្រូតេអ៊ីនឆានែលណាណូក្នុងអត្រាជាក់លាក់ក្រោមសកម្មភាពនៃភាពខុសគ្នាវ៉ុល។
Molecules បង្កើតសញ្ញាអគ្គិសនីខុសៗគ្នា យោងទៅតាមរចនាសម្ព័ន្ធគីមី។
Rការរកឃើញតាមពេលវេលានៃលំដាប់គឺត្រូវបានសម្រេចដោយការហៅមូលដ្ឋាន។
ការអនុវត្តនៃលំដាប់ប្រតិចារិកប្រវែងពេញ
√ តិត្ថិភាពទិន្នន័យ
តម្រូវឱ្យអានតិចជាង 7 ដង ដើម្បីឈានដល់កម្រិតតិត្ថិភាពទិន្នន័យដែលអាចប្រៀបធៀបបាន។
√ ការកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធប្រតិចារិក
ការកំណត់អត្តសញ្ញាណបំរែបំរួលរចនាសម្ព័ន្ធចម្រុះដោយមានការឯកភាពគ្នាអានពេញប្រវែងនៃប្រតិចារិកនីមួយៗ
√ ការវិភាគឌីផេរ៉ង់ស្យែលកម្រិតប្រតិចារិក - បង្ហាញការផ្លាស់ប្តូរដែលលាក់ដោយការអានខ្លីៗ
ឯកសារយោង
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al.ការកំណត់លក្ខណៈប្រតិចារឹកពេញប្រវែងនៃការផ្លាស់ប្តូរ SF3B1 នៅក្នុងជំងឺមហារីកឈាម lymphocytic រ៉ាំរ៉ៃបង្ហាញឱ្យឃើញពីការថយចុះនៃ introns ដែលបានរក្សាទុក[J]។ទំនាក់ទំនងធម្មជាតិ។
បច្ចេកវិជ្ជា និងចំណុចសំខាន់ៗ មានគោលបំណងចែករំលែកកម្មវិធីដែលទទួលបានជោគជ័យថ្មីៗបំផុតនៃបច្ចេកវិជ្ជាតម្រៀបតាមលំដាប់លំដោយខ្ពស់ផ្សេងៗគ្នានៅក្នុងសង្វៀនស្រាវជ្រាវផ្សេងៗ ព្រមទាំងគំនិតល្អៗក្នុងការរចនាពិសោធន៍ និងការរុករកទិន្នន័យ។
ពេលវេលាបង្ហោះ៖ ០៨-មករា-២០២២