ដំណោះស្រាយ mRNA ប្រវែងពេញ PacBio 2+3
លក្ខណៈពិសេស
● ការរចនាការសិក្សា៖
គំរូដែលបានប្រមូលផ្តុំត្រូវបានតម្រៀបជាមួយ PacBio ដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណអ៊ីសូហ្វមប្រតិចារិក
គំរូដាច់ដោយឡែក (ច្បាប់ចម្លង និងលក្ខខណ្ឌដែលត្រូវសាកល្បង) ដែលត្រូវបានរៀបលំដាប់ជាមួយNGS ដើម្បីវាស់បរិមាណការបញ្ចេញមតិប្រតិចារិក
● ការធ្វើលំដាប់ PacBio ក្នុងរបៀប CCS បង្កើតការអាន HiFi
● លំដាប់លំដោយនៃប្រតិចារឹកពេញលេញ
● ការវិភាគមិនចាំបាច់មានហ្សែនយោងទេ។ ទោះជាយ៉ាងណាក៏ដោយ វាអាចត្រូវបានប្រើប្រាស់
● ការវិភាគជីវព័ត៌មានមិនត្រឹមតែរួមបញ្ចូលការបញ្ចេញមតិនៅកម្រិតហ្សែន និងអ៊ីសូហ្វមប៉ុណ្ណោះទេ ប៉ុន្តែថែមទាំងការវិភាគនៃ lncRNA ការលាយបញ្ចូលគ្នានៃហ្សែន ប៉ូលី-អាឌីនីឡាស្យុង និងរចនាសម្ព័ន្ធហ្សែនផងដែរ។
គុណសម្បត្តិ
● ភាពត្រឹមត្រូវខ្ពស់: HiFi អានបានត្រឹមត្រូវ >99.9% (Q30) អាចប្រៀបធៀបទៅនឹង NGS
● ការវិភាគការភ្ជាប់ជំនួស៖ ការធ្វើលំដាប់នៃប្រតិចារិកទាំងអស់អាចឱ្យមានការកំណត់អត្តសញ្ញាណ និងការកំណត់លក្ខណៈរបស់អ៊ីសូហ្វម។
● ការរួមបញ្ចូលគ្នារវាងចំណុចខ្លាំងរបស់ PacBio និង NGSវាអនុញ្ញាតឱ្យមានការវាស់វែងបរិមាណនៃការបញ្ចេញមតិនៅកម្រិតអ៊ីសូហ្វម ដោយបង្ហាញពីការផ្លាស់ប្តូរដែលអាចត្រូវបានបិទបាំងនៅពេលវិភាគការបញ្ចេញមតិហ្សែនទាំងមូល។
● ជំនាញទូលំទូលាយយើងបានដំណើរការសំណាកជាង 2300 ក្រុមការងាររបស់យើងនាំមកនូវបទពិសោធន៍ជាច្រើនដល់គម្រោងនីមួយៗ។
● ការគាំទ្រក្រោយពេលលក់៖ ការប្តេជ្ញាចិត្តរបស់យើងលាតសន្ធឹងលើសពីការបញ្ចប់គម្រោងជាមួយនឹងរយៈពេលសេវាកម្មក្រោយពេលលក់រយៈពេល 3 ខែ។ ក្នុងអំឡុងពេលនេះ យើងផ្តល់ជូននូវការតាមដានគម្រោង ជំនួយដោះស្រាយបញ្ហា និងវគ្គសំណួរ និងចម្លើយ ដើម្បីដោះស្រាយសំណួរណាមួយដែលទាក់ទងនឹងលទ្ធផល។
តម្រូវការគំរូ និងការដឹកជញ្ជូន
| បណ្ណាល័យ | យុទ្ធសាស្ត្ររៀបលំដាប់ | ទិន្នន័យដែលបានណែនាំ | ការគ្រប់គ្រងគុណភាព |
| បណ្ណាល័យ CCS mRNA ដែលសំបូរទៅដោយ PolyA | ភាគបន្ត PacBio ទី II PacBio Revio | ២០/៤០ ជីកាបៃ ៥/១០ ម.ម. ស៊ីស៊ីអេស | Q30≥85% |
| សម្បូរទៅដោយ Poly A | អ៊ីលមូណា PE150 | ៦-១០ ជីកាបៃ | Q30≥85% |
នុយក្លេអូទីត
|
| កំហាប់ (ng/μl) | បរិមាណ (μg) | ភាពបរិសុទ្ធ | ភាពស្មោះត្រង់ |
| បណ្ណាល័យអ៊ីលូមីណា | ≥ ១០ | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ការចម្លងរោគប្រូតេអ៊ីន ឬ DNA មានកម្រិត ឬគ្មានការបង្ហាញនៅលើជែល។ | សម្រាប់រុក្ខជាតិ៖ RIN≥4.0; សម្រាប់សត្វ៖ RIN≥4.5; ៥.០≥២៨S/១៨S≥១.០; កម្ពស់មូលដ្ឋានមានកំណត់ ឬគ្មាន |
| បណ្ណាល័យ PacBio | ≥ ១០០ | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ការចម្លងរោគប្រូតេអ៊ីន ឬ DNA មានកម្រិត ឬគ្មានការបង្ហាញនៅលើជែល។ | រុក្ខជាតិ៖ RIN≥7.5 សត្វ៖ RIN≥8.0 ៥.០≥២៨S/១៨S≥១.០; កម្ពស់មូលដ្ឋានមានកំណត់ ឬគ្មាន |
ការដឹកជញ្ជូនគំរូដែលបានណែនាំ
កុងតឺន័រ៖ បំពង់បង្វិលចំណុះ 2 មីលីលីត្រ (មិនណែនាំឱ្យប្រើក្រដាសអាលុយមីញ៉ូមទេ)
ការដាក់ស្លាកគំរូ៖ ក្រុម + ចម្លង ឧ. A1, A2, A3; B1, B2, B3។
ការដឹកជញ្ជូន៖
១. ទឹកកកស្ងួត:សំណាកត្រូវវេចខ្ចប់ក្នុងថង់ ហើយកប់ក្នុងទឹកកកស្ងួត។
២. បំពង់ RNAstable៖ គំរូ RNA អាចត្រូវបានសម្ងួតក្នុងបំពង់ស្ថេរភាព RNA (ឧ. RNAstable®) ហើយដឹកជញ្ជូននៅសីតុណ្ហភាពបន្ទប់។
រួមបញ្ចូលការវិភាគដូចខាងក្រោម៖
- ទិន្នន័យឆៅ
- ការគ្រប់គ្រងគុណភាព
- ការវិភាគប៉ូលីអាឌីនីឡាស្យុងជំនួស (APA)
- ការវិភាគប្រតិចារិកផ្សំ
- ការវិភាគការភ្ជាប់ជំនួស
- ការវិភាគស្តង់ដារនៃអ័រថូឡូកច្បាប់ចម្លងតែមួយជាសកល (BUSCO)
- ការវិភាគប្រតិចារិកថ្មី៖ ការព្យាករណ៍នៃលំដាប់កូដ (CDS) និងចំណារពន្យល់មុខងារ
- ការវិភាគ lncRNA៖ ការព្យាករណ៍នៃ lncRNA និងគោលដៅ
- ការកំណត់អត្តសញ្ញាណមីក្រូផ្កាយរណប (SSR)
- ការវិភាគប្រតិចារឹកដែលបង្ហាញខុសគ្នា (DETs)
- ការវិភាគហ្សែនដែលបង្ហាញខុសគ្នា (DEGs)
- ចំណារពន្យល់មុខងារនៃ DEGs និង DETs
ការវិភាគ BUSCO
ការវិភាគការភ្ជាប់ជំនួស
ការវិភាគប៉ូលីអាឌីនីឡាស្យុងជំនួស (APA)
ការវិភាគហ្សែនដែលបង្ហាញដោយឌីផេរ៉ង់ស្យែល (DEGs) និងប្រតិចារិក (DETs9)
បណ្តាញអន្តរកម្មប្រូតេអ៊ីន-ប្រូតេអ៊ីននៃ DETs និង DEGs
ស្វែងយល់ពីវឌ្ឍនភាពដែលសម្របសម្រួលដោយការរៀបចំលំដាប់ mRNA ពេញប្រវែង PacBio 2+3 របស់ BMKGene តាមរយៈការប្រមូលផ្ដុំនៃការបោះពុម្ពផ្សាយដែលបានរៀបចំយ៉ាងល្អ។
Chao, Q. et al. (2019) 'ឌីណាមិកអភិវឌ្ឍន៍នៃប្រតិចារិកដើម Populus',ទិនានុប្បវត្តិជីវបច្ចេកវិទ្យារុក្ខជាតិ, 17(1), ទំព័រ 206–219។ doi: 10.1111/PBI.12958។
Deng, H. et al. (2022) 'ការផ្លាស់ប្តូរថាមវន្តនៃមាតិកាអាស៊ីតអាស្កូប៊ីកក្នុងអំឡុងពេលការអភិវឌ្ឍផ្លែឈើ និងការទុំនៃ Actinidia latifolia (ដំណាំផ្លែឈើសម្បូរអាស្កូប៊ីត) និងយន្តការម៉ូលេគុលពាក់ព័ន្ធ',ទិនានុប្បវត្តិអន្តរជាតិស្តីពីវិទ្យាសាស្ត្រម៉ូលេគុល, 23(10), ទំ។ 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1 ។
Hua, X. et al. (2022) 'ការព្យាករណ៍ប្រកបដោយប្រសិទ្ធភាពនៃហ្សែនផ្លូវជីវសំយោគដែលពាក់ព័ន្ធនឹងប៉ូលីហ្វីលីនជីវសកម្មនៅក្នុងប៉ូលីហ្វីឡាប៉ារីស',ជីវវិទ្យាទំនាក់ទំនង2022 5:1, 5(1), ទំព័រ 1–10។ doi: 10.1038/s42003-022-03000-z។
Liu, M. et al. (2023) 'ការវិភាគ RNA-Seq រួមបញ្ចូលគ្នារវាង PacBio Iso-Seq និង Illumina នៃ Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome និងហ្សែន Cytochrome P450',សត្វល្អិត, 14(4), ទំព័រ 363។ doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1។
Wang, Lijun et al. (2019) 'ការស្ទង់មតិអំពីភាពស្មុគស្មាញនៃប្រតិចារិកដោយប្រើការវិភាគម៉ូលេគុលតែមួយ PacBio ក្នុងពេលជាក់ស្តែងរួមផ្សំជាមួយនឹងការធ្វើលំដាប់ RNA របស់ Illumina សម្រាប់ការយល់ដឹងកាន់តែច្បាស់អំពីជីវសំយោគអាស៊ីត ricinoleic នៅក្នុង Ricinus communis',ហ្សែន BMC, 20(1), ទំព័រ 1–17។ doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7។
