លំដាប់ហ្សែនរបស់រុក្ខជាតិ/សត្វ De Novo
អត្ថប្រយោជន៍សេវាកម្ម
ការអភិវឌ្ឍន៍វេទិកាលំដាប់លំដោយ និងជីវព័ត៌មានវិទ្យាក្នុងដឺណូវ៉ូការប្រមូលផ្តុំហ្សែន
(Amarasinghe SL et al ។ ,ជីវវិទ្យាហ្សែនឆ្នាំ ២០២០)
● ការបង្កើតហ្សែនប្រលោមលោក និងការកែលម្អហ្សែនយោងដែលមានស្រាប់សម្រាប់ប្រភេទសត្វដែលចាប់អារម្មណ៍។
● ភាពត្រឹមត្រូវខ្ពស់ ការបន្តនិងភាពពេញលេញក្នុងការជួបប្រជុំគ្នា។
● ការបង្កើតធនធានមូលដ្ឋានសម្រាប់ការស្រាវជ្រាវនៅក្នុងលំដាប់ polymorphism, QTLs, ការកែសម្រួលហ្សែន, ការបង្កាត់ពូជ។ល។
● បំពាក់ដោយវិសាលគមពេញលេញនៃវេទិកាលំដាប់ជំនាន់ទីបី៖ ដំណោះស្រាយការផ្គុំហ្សែនតែមួយ
● យុទ្ធសាស្រ្តនៃការតម្រៀប និងប្រមូលផ្តុំដែលអាចបត់បែនបានដែលបំពេញនូវហ្សែនចម្រុះជាមួយនឹងលក្ខណៈពិសេសផ្សេងៗគ្នា
● ក្រុមអ្នកជំនាញជីវវិទ្យាដែលមានជំនាញខ្ពស់ជាមួយនឹងបទពិសោធន៍ដ៏អស្ចារ្យក្នុងការប្រមូលផ្តុំហ្សែនដ៏ស្មុគស្មាញ រួមមានប៉ូលីផូអ៊ីត ហ្សែនយក្សជាដើម។
● ករណីជោគជ័យជាង 100 ដែលមានកត្តាផលប៉ះពាល់ដែលបានបោះពុម្ពជាបន្តបន្ទាប់ជាង 900
● ពេលវេលាបង្វែរជុំវិញលឿនបំផុត 3 ខែសម្រាប់ការប្រមូលផ្តុំហ្សែនកម្រិតក្រូម៉ូសូម។
● ការគាំទ្រផ្នែកបច្ចេកទេសដ៏រឹងមាំជាមួយនឹងស៊េរីនៃប៉ាតង់ និងការរក្សាសិទ្ធិផ្នែកទន់នៅក្នុងផ្នែកពិសោធន៍ និងជីវព័ត៌មានវិទ្យា។
លក្ខណៈបច្ចេកទេសនៃសេវាកម្ម
|
មាតិកា
|
វេទិកា
|
អានប្រវែង
|
គ្របដណ្តប់
|
| ការស្ទង់មតិហ្សែន
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| លំដាប់ហ្សែន
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi អាន
| ≥ 30X
|
| សួស្តី-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
លំហូរការងារ
តម្រូវការគំរូ និងការដឹកជញ្ជូន
តម្រូវការគំរូ៖
| ប្រភេទសត្វ | ជាលិកា | សម្រាប់ PacBio | សម្រាប់ Nanopore |
| សត្វ | សរីរាង្គ visceral (ថ្លើម, លំពែង, ល) | ≥ 1.0 ក្រាម។ | ≥ 3.5 ក្រាម។ |
| សាច់ដុំ | ≥ 1,5 ក្រាម។ | ≥ 5.0 ក្រាម។ | |
| ឈាមរបស់ថនិកសត្វ | ≥ 1.5 មីលីលីត្រ | ≥ 5.0 មីលីលីត្រ | |
| ឈាមរបស់ត្រីឬបក្សី | ≥ 0.2 មីលីលីត្រ | ≥ 0.5 មីលីលីត្រ | |
| រុក្ខជាតិ | ស្លឹកស្រស់ | ≥ 1,5 ក្រាម។ | ≥ 5.0 ក្រាម។ |
| ផ្កាឬដើម | ≥ 3.5 ក្រាម។ | ≥ 10.0 ក្រាម។ | |
| ឫសឬគ្រាប់ | ≥ 7.0 ក្រាម។ | ≥ 20.0 ក្រាម។ | |
| កោសិកា | វប្បធម៌កោសិកា | ≥ 3 × 107 | ≥ 1 × 108 |
ការចែកចាយគំរូដែលបានណែនាំ
កុងតឺន័រ: បំពង់ centrifuge 2 មីលីលីត្រ (ក្រដាសសំណប៉ាហាំងមិនត្រូវបានណែនាំទេ)
សម្រាប់គំរូភាគច្រើន យើងណែនាំកុំឱ្យរក្សាទុកក្នុងអេតាណុល។
ការដាក់ស្លាកគំរូ៖ គំរូត្រូវដាក់ស្លាកយ៉ាងច្បាស់ និងដូចគ្នាបេះបិទទៅនឹងទម្រង់ព័ត៌មានគំរូដែលបានបញ្ជូន។
ការដឹកជញ្ជូន៖ ទឹកកកស្ងួត៖ គំរូត្រូវវេចខ្ចប់ក្នុងថង់ជាមុន ហើយកប់ក្នុងទឹកកកស្ងួត។
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការរចនាពិសោធន៍
ការចែកចាយគំរូ
ការទាញយក DNA
ការសាងសង់បណ្ណាល័យ
លំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
សេវាកម្មក្រោយពេលលក់
*លទ្ធផលសាកល្បងដែលបង្ហាញនៅទីនេះគឺមកពីហ្សែនដែលបានបោះពុម្ពផ្សាយដោយ Biomarker Technologies
1.Circos នៅលើការជួបប្រជុំហ្សែនកម្រិតក្រូម៉ូសូមនៃG. rotundifoliumដោយវេទិកាលំដាប់ Nanopore
លោក Wang M et al ។ជីវវិទ្យាម៉ូលេគុល និងការវិវត្តន៍ឆ្នាំ 2021
2.Statistics of Weining rye genome assembly and annotation
Li G et al ។ហ្សែនធម្មជាតិឆ្នាំ 2021
3. ការព្យាករណ៍ហ្សែននៃSechium eduleហ្សែនបានមកពីវិធីសាស្រ្តទស្សន៍ទាយចំនួនបី៖ដឺណូវ៉ូការទស្សន៍ទាយ ការព្យាករណ៍ផ្អែកលើ Homology និងការព្យាករណ៍ផ្អែកលើទិន្នន័យ RNA-Seq
Fu A et al ។ការស្រាវជ្រាវផ្នែកសាកវប្បកម្មឆ្នាំ 2021
4.ការកំណត់អត្តសញ្ញាណនៃការកើតឡើងដដែលៗនៃស្ថានីយវែងៗនៅក្នុងហ្សែនកប្បាសចំនួនបី
លោក Wang M et al ។ជីវវិទ្យាម៉ូលេគុល និងការវិវត្តន៍ឆ្នាំ 2021
5.Hi-C ផែនទីកំដៅនៃC. acuminatagenome បង្ហាញអន្តរកម្មទាំងអស់ដោយហ្សែនទាំងមូល។អាំងតង់ស៊ីតេនៃអន្តរកម្ម Hi-C គឺសមាមាត្រទៅនឹងចម្ងាយលីនេអ៊ែររវាង contigs ។បន្ទាត់ត្រង់ស្អាតនៅលើផែនទីកំដៅនេះបង្ហាញពីការបោះយុថ្កាត្រឹមត្រូវខ្ពស់នៃ contigs នៅលើក្រូម៉ូសូម។(សមាមាត្រយុថ្កាជាប់គ្នា: 96.03%)
kang M et al ។ទំនាក់ទំនងធម្មជាតិ,២០២១
ករណី BMK
ការផ្គុំហ្សែនដែលមានគុណភាពខ្ពស់បង្ហាញពីលក្ខណៈហ្សែនរបស់ rye និងហ្សែនដ៏សំខាន់ខាងកសិកម្ម
បោះពុម្ពផ្សាយ៖ ហ្សែនធម្មជាតិឆ្នាំ 2021
យុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀប៖
ការផ្គុំហ្សែន៖ របៀប PacBio CLR ដែលមានបណ្ណាល័យ 20 kb (497 Gb, ប្រហែល 63 ×)
ការកែតម្រូវតាមលំដាប់លំដោយ៖ NGS ដែលមានបណ្ណាល័យ DNA 270 bp (430 Gb, ប្រហែល 54×) នៅលើវេទិកា Illumina
Contigs បោះយុថ្កា៖ បណ្ណាល័យ Hi-C (560 Gb, ប្រហែល 71 ×) នៅលើវេទិកា Illumina
ផែនទីអុបទិក៖ (779.55 Gb, ប្រហែល 99×) នៅលើ Bionano Irys
លទ្ធផលសំខាន់
1. ការជួបប្រជុំគ្នានៃហ្សែន Weining rye ត្រូវបានបោះពុម្ពផ្សាយជាមួយនឹងទំហំហ្សែនសរុប 7.74 Gb (98.74% នៃទំហំហ្សែនប៉ាន់ស្មានដោយ flow cytometry) ។Scaffold N50 នៃការជួបប្រជុំគ្នានេះសម្រេចបាន 1.04 Gb ។93.67% នៃ contigs ត្រូវបានបោះយុថ្កាដោយជោគជ័យលើ 7 pseudo-chromosomes ។ការជួបប្រជុំគ្នានេះត្រូវបានវាយតម្លៃដោយផែនទីភ្ជាប់ LAI និង BUSCO ដែលលទ្ធផលទទួលបានពិន្ទុខ្ពស់ក្នុងការវាយតម្លៃទាំងអស់។
2. ការសិក្សាបន្ថែមលើហ្សែនប្រៀបធៀប ផែនទីតំណហ្សែន ការសិក្សា transcriptomics ត្រូវបានអនុវត្តដោយផ្អែកលើហ្សែននេះ។ស៊េរីនៃលក្ខណៈដែលទាក់ទងនឹងលក្ខណៈហ្សែនត្រូវបានបង្ហាញ រួមទាំងការចម្លងហ្សែនធំទូលាយ និងឥទ្ធិពលរបស់វាទៅលើហ្សែនជីវសំយោគម្សៅ។ការរៀបចំរាងកាយនៃ prolamin loci ស្មុគ្រស្មាញ, លក្ខណៈពិសេសនៃការបញ្ចេញមតិហ្សែនដែលស្ថិតនៅក្រោមលក្ខណៈនៃក្បាលដំបូងនិងតំបន់ក្រូម៉ូសូមដែលទាក់ទងនឹងការរស់នៅក្នុងស្រុកនិង loci នៅក្នុង rye ។
 ដ្យាក្រាម Circos លើលក្ខណៈហ្សែននៃហ្សែន Weining rye |  ការវិភាគការវិវត្តន៍ និងក្រូម៉ូសូមនៃហ្សែន rye |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al ។ការផ្គុំហ្សែនដែលមានគុណភាពខ្ពស់បង្ហាញពីលក្ខណៈហ្សែនរបស់ rye និងហ្សែនដ៏សំខាន់ខាងកសិកម្ម។ណាត ហ្សេន ៥៣,៥៧៤–៥៨៤ (២០២១)។
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
