ការរៀបចំលំដាប់ RNA ស្នូលតែមួយ
គ្រោងការណ៍បច្ចេកទេស
ការញែកស្នូលត្រូវបានសម្រេចដោយ 10× Genomics Chromium™ ដែលមានប្រព័ន្ធមីក្រូហ្វ្លុយអ៊ីឌីកចំនួនប្រាំបីឆានែលដែលមានច្រកឆ្លងកាត់ពីរ។ នៅក្នុងប្រព័ន្ធនេះ អង្កាំជែលដែលមានបាកូដ និងប្រាយម័រ អង់ស៊ីម និងស្នូលតែមួយត្រូវបានរុំព័ទ្ធក្នុងដំណក់ប្រេងទំហំណាណូលីត្រ ដើម្បីបង្កើតជាអង្កាំជែលក្នុងអេមុលសិន (GEM)។ នៅពេលដែល GEM ត្រូវបានបង្កើតឡើង ការបំបែកកោសិកា និងការបញ្ចេញបាកូដត្រូវបានអនុវត្តនៅក្នុង GEM នីមួយៗ។ mRNA ត្រូវបានចម្លងបញ្ច្រាសទៅជាម៉ូលេគុល cDNA ជាមួយនឹងបាកូដ 10× និង UMI ដែលបន្ថែមទៀតត្រូវទទួលរងនូវការសាងសង់បណ្ណាល័យលំដាប់ស្តង់ដារ។
លក្ខណៈពិសេស
● ការរៀបចំស៊ុស្ប៉ង់ស្យុងស្នូលតែមួយពីជាលិកាកក
● ការបង្កើតជែលប៊ីដក្នុងអេមុលសិន (GEM) បន្តដោយការសំយោគ cDNA
● អង្កាំនីមួយៗនៅក្នុង GEM ត្រូវបានបំពេញដោយប្រាយម័រដែលមាន 4 ផ្នែក៖
កន្ទុយ poly(dT) សម្រាប់ការបង្កើត mRNA និងការសំយោគ cDNA
លេខសម្គាល់ម៉ូលេគុលតែមួយគត់ (UMI) ដើម្បីកែតម្រូវភាពលំអៀងនៃការពង្រីក
បាកូដ 10x
លំដាប់ចងនៃបឋមសិក្សាស៊ីក្វេនអានដោយផ្នែកទី 1
គុណសម្បត្តិ
ការធ្វើលំដាប់ RNA ស្នូលតែមួយគេចវេះពីដែនកំណត់នៃការធ្វើលំដាប់ RNA កោសិកាតែមួយ ដែលអាចឱ្យ៖
● ការប្រើប្រាស់សំណាកកក មិនត្រឹមតែកំណត់ចំពោះសំណាកស្រស់ៗប៉ុណ្ណោះទេ
● ភាពតានតឹងទាបនៃកោសិកាកក នៅពេលប្រៀបធៀបទៅនឹងការព្យាបាលដោយអង់ស៊ីមនៃកោសិកាស្រស់ៗ ដែលឆ្លុះបញ្ចាំងនៅក្នុងទិន្នន័យប្រតិចារិកក្នុងទម្រង់ជាហ្សែនដែលបង្កឡើងដោយភាពតានតឹងតិចជាង
● មិនចាំបាច់ដកកោសិកាឈាមក្រហមចេញជាមុនទេ
● អង្កត់ផ្ចិតកោសិកាគ្មានដែនកំណត់
● សំណាកជាច្រើនដែលមានសិទ្ធិវិភាគ រួមទាំងប្រភេទជាលិកាស្មុគស្មាញ និងផុយស្រួយ ដែលងាយនឹងប្រមូលផ្តុំ ឬបំផ្លាញកោសិកាក្នុងអំឡុងពេលបំបែកជាលិកា
គំរូដែលមិនអាចវិភាគបានដោយការធ្វើលំដាប់ RNA កោសិកាតែមួយ និងមានសិទ្ធិទទួលបានការធ្វើលំដាប់ RNA ស្នូលតែមួយ៖
| កោសិកា / ជាលិកា | ហេតុផល |
| ជាលិកាកកមិនទាន់ស្រស់ | មិនអាចទទួលបានអង្គការថ្មីៗ ឬអង្គការដែលបានរក្សាទុកយូរមកហើយ |
| កោសិកាសាច់ដុំ, មេហ្គាការីយ៉ូស៊ីត, ខ្លាញ់… | អង្កត់ផ្ចិតកោសិកាធំពេកមិនអាចចូលទៅក្នុងឧបករណ៍បានទេ |
| ថ្លើម… | ផុយស្រួយពេកមិនអាចបំបែកបាន មិនអាចបែងចែកកោសិកាតែមួយបានទេ |
| កោសិកាណឺរ៉ូន ខួរក្បាល... | ងាយប្រតិកម្ម ងាយនឹងតានតឹង នឹងផ្លាស់ប្តូរលទ្ធផលនៃការវិភាគលំដាប់ |
| លំពែង, ក្រពេញទីរ៉ូអ៊ីត… | សម្បូរទៅដោយអង់ស៊ីម endogenous ដែលប៉ះពាល់ដល់ការផលិតនៃស៊ុស្ប៉ង់ស៊ីលកោសិកាតែមួយ |
ស្នូលតែមួយទល់នឹងកោសិកាតែមួយ
| ស្នូលតែមួយ | កោសិកាតែមួយ |
| អង្កត់ផ្ចិតកោសិកាគ្មានដែនកំណត់ | អង្កត់ផ្ចិតកោសិកា៖ ១០-៤០ មីក្រូម៉ែត្រ |
| សម្ភារៈអាចជាជាលិកាកក | សម្ភារៈត្រូវតែជាជាលិកាស្រស់ៗ |
| ភាពតានតឹងទាបនៃកោសិកាកក | ការព្យាបាលដោយអង់ស៊ីមអាចបណ្តាលឱ្យមានប្រតិកម្មស្ត្រេសកោសិកា |
| មិនចាំបាច់ដកកោសិកាឈាមក្រហមចេញទេ | កោសិកាឈាមក្រហមត្រូវការដកចេញ |
| នុយក្លេអ៊ែរបញ្ចេញព័ត៌មានជីវសាស្ត្រ | កោសិកាទាំងមូលបង្ហាញព័ត៌មានជីវសាស្ត្រ |
លក្ខណៈបច្ចេកទេស
| តម្រូវការគំរូ | បណ្ណាល័យ | យុទ្ធសាស្ត្ររៀបលំដាប់ | ទិន្នន័យដែលបានណែនាំ | ការគ្រប់គ្រងគុណភាព |
| ជាលិកាសត្វ ≥ 200 មីលីក្រាម ជាលិការុក្ខជាតិ ≥ 400 មីលីក្រាម | បណ្ណាល័យ cDNA 10x Genomics sn | អ៊ីលមូណា PE150 | ការអាន PE ចំនួន 100K ក្នុងមួយក្រឡា (១០០-២០០ ជីកាបៃ) | ស្នូលចំនួន 700-1200/μl និងភាពសុចរិតនៃស្នូលត្រូវបានសង្កេតឃើញនៅក្រោមមីក្រូទស្សន៍ |
សម្រាប់ព័ត៌មានលម្អិតបន្ថែមអំពីការណែនាំអំពីការរៀបចំគំរូ និងដំណើរការការងារសេវាកម្ម សូមទាក់ទងមកយើងខ្ញុំតាមរយៈអ៊ីមែលខាងក្រោម។អ្នកជំនាញ BMKGENE
លំហូរការងារសេវាកម្ម
រួមបញ្ចូលការវិភាគដូចខាងក្រោម៖
● ការគ្រប់គ្រងគុណភាព៖ ចំនួនកោសិកា ការរកឃើញហ្សែន ការកំណត់អត្តសញ្ញាណកោសិកាបានត្រឹមត្រូវ ម៉ូលេគុល RNA និងការវាស់បរិមាណការបញ្ចេញមតិ
● ការវិភាគគំរូខាងក្នុង៖
ការដាក់ជាក្រុមកោសិកា និងចំណារពន្យល់ចង្កោម
ការវិភាគកន្សោមឌីផេរ៉ង់ស្យែល៖ ការកំណត់អត្តសញ្ញាណ DEGs នៅក្នុងចង្កោម
ការបន្ថែមចំណារពន្យល់មុខងារ និងការបង្កើនប្រសិទ្ធភាពនៃ DEG ចង្កោម
● ការវិភាគអន្តរក្រុម៖
ការរួមបញ្ចូលគ្នានៃទិន្នន័យ
ការវិភាគកន្សោមឌីផេរ៉ង់ស្យែល៖ ការកំណត់អត្តសញ្ញាណ DEG ជាក្រុមៗ
ការបន្ថែមចំណារពន្យល់មុខងារ និងការបង្កើនភាពស៊ីជម្រៅនៃ DEG ក្រុម
● ការវិភាគកម្រិតខ្ពស់៖
ការវិភាគវដ្តកោសិកា
ការវិភាគពេលវេលាក្លែងក្លាយ
ការវិភាគទំនាក់ទំនងកោសិកា (CellPhoneDB)
ការវិភាគការបង្កើនហ្សែន (GSEA)
ការវិភាគគំរូខាងក្នុង
ការដាក់ជាក្រុមកោសិកា៖
ការវិភាគកន្សោមឌីផេរ៉ង់ស្យែល៖ DEGs ចង្កោម
ការវិភាគអន្តរក្រុម
ការវិភាគកន្សោមឌីផេរ៉ង់ស្យែល៖ DEGs ក្រុម
ការវិភាគកម្រិតខ្ពស់៖
ការវិភាគពេលវេលាក្លែងក្លាយ៖
ការវិភាគវដ្តកោសិកា៖
ស្វែងយល់ពីវឌ្ឍនភាពដែលសម្របសម្រួលដោយសេវាកម្មស៊ីក្វេន RNA ស្នូលតែមួយរបស់ BMKGene ដោយ 10X Chromium នៅក្នុងការបោះពុម្ពផ្សាយពិសេសទាំងនេះ៖
Wang, L. et al. (2021) 'ការវិភាគប្រតិចារិកកោសិកាតែមួយបង្ហាញពីទេសភាពភាពស៊ាំនៃសួតក្នុងការធ្វើឱ្យជំងឺហឺតកាន់តែធ្ងន់ធ្ងរឡើងដែលធន់នឹងស្តេរ៉ូអ៊ីត',សេចក្តីប្រកាសព័ត៌មានរបស់បណ្ឌិត្យសភាវិទ្យាសាស្ត្រជាតិសហរដ្ឋអាមេរិក, 118(2), ទំព័រ e2005590118។ doi: 10.1073/pnas.2005590118
Zheng, H. et al. (2022) 'បណ្តាញបទប្បញ្ញត្តិសកលសម្រាប់ការបញ្ចេញហ្សែនដែលមិនមានការគ្រប់គ្រង និងសញ្ញាមេតាបូលីសមិនប្រក្រតីនៅក្នុងកោសិកាភាពស៊ាំនៅក្នុងមីក្រូបរិស្ថាននៃជំងឺ Graves និងជំងឺរលាកក្រពេញទីរ៉ូអ៊ីត Hashimoto',ព្រំដែនក្នុងភាពស៊ាំវិទ្យា, 13, ទំ។ 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX។
Tian, H. et al. (2023) 'ប្រតិចារិកកោសិកាតែមួយបង្ហាញពីភាពមិនដូចគ្នា និងការឆ្លើយតបនៃប្រព័ន្ធភាពស៊ាំរបស់កោសិកាឈាមស បន្ទាប់ពីការចាក់ថ្នាំ Edwardsiella tarda ដែលអសកម្មនៅក្នុងត្រី flounder (Paralichthys olivaceus)',វប្បកម្មចិញ្ចឹមត្រី, ៥៦៦, ទំព័រ ៧៣៩២៣៨។ doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238។
Yu, Y. et al. (2023) 'ការព្យាបាលដោយពន្លឺឌីណាមិកធ្វើអោយប្រសើរឡើងនូវលទ្ធផលនៃសារធាតុទប់ស្កាត់ចំណុចត្រួតពិនិត្យភាពស៊ាំតាមរយៈការកែសម្រួលភាពស៊ាំប្រឆាំងនឹងដុំសាច់ចំពោះអ្នកជំងឺមហារីកក្រពះ',មហារីកក្រពះ, 26(5), ទំព័រ 798–813។ doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS។
