លំដាប់លំដោយជាក់លាក់-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
លំហូរការងារ
សេវាកម្មនេះមានការរចនាជាមុនមួយចំនួននៅក្នុងស៊ីលីកូដើម្បីធានាការជ្រើសរើសអង់ស៊ីមដ៏ល្អប្រសើរលើការរៀបចំបណ្ណាល័យ។
គ្រោងការណ៍បច្ចេកទេស
លក្ខណៈពិសេសសេវាកម្ម
● ការដាក់លំដាប់នៅលើ NovaSeq ជាមួយ PE150។
● ការរៀបចំបណ្ណាល័យជាមួយការសរសេរបាកូដពីរដង ដែលអនុញ្ញាតឱ្យមានគំរូជាង 1000 ។
● ឯករាជ្យនៃហ្សែនយោង៖
ជាមួយនឹងហ្សែនយោង៖ ការរកឃើញ SNP និង InDel
ដោយគ្មានហ្សែនយោង៖ ការធ្វើចង្កោមគំរូ និងការរកឃើញ SNP
● នៅក្នុងស៊ីលីកូដំណាក់កាលនៃការរចនាមុន ការរួមផ្សំអង់ស៊ីមដាក់កម្រិតច្រើនត្រូវបានពិនិត្យដើម្បីស្វែងរកអ្នកដែលបង្កើតការចែកចាយឯកសណ្ឋាននៃស្លាក SLAF តាមបណ្តោយហ្សែន។
● ក្នុងអំឡុងពេលពិសោធន៍មុន ការរួមផ្សំអង់ស៊ីមបីត្រូវបានធ្វើតេស្តក្នុងគំរូ 3 ដើម្បីបង្កើតបណ្ណាល័យ SLAF ចំនួន 9 ហើយព័ត៌មាននេះត្រូវបានប្រើដើម្បីជ្រើសរើសការរួមបញ្ចូលគ្នានៃអង់ស៊ីមកម្រិតល្អបំផុតសម្រាប់គម្រោង។
អត្ថប្រយោជន៍សេវាកម្ម
●ការរកឃើញសញ្ញាសម្គាល់ហ្សែនខ្ពស់។៖ យើងរួមបញ្ចូលប្រព័ន្ធបាកូដទ្វេដែលបញ្ជូនបានកម្រិតខ្ពស់ដែលអនុញ្ញាតឱ្យមានលំដាប់លំដោយនៃចំនួនប្រជាជនច្រើន និងបង្កើនប្រសិទ្ធភាពការពង្រីកតាមទីតាំងជាក់លាក់ ដោយធានាថាលេខស្លាកបំពេញតាមតម្រូវការចម្រុះនៃសំណួរស្រាវជ្រាវផ្សេងៗ។
● ការពឹងផ្អែកទាបលើហ្សែន៖ វាអាចត្រូវបានអនុវត្តចំពោះប្រភេទសត្វដែលមានឬគ្មានហ្សែនយោង។
●ការរចនាគ្រោងការណ៍ដែលអាចបត់បែនបាន។៖ អង់ស៊ីមតែមួយ អង់ស៊ីមពីរ ការរំលាយអាហារច្រើនអង់ស៊ីម និងប្រភេទអង់ស៊ីមជាច្រើនប្រភេទទាំងអស់អាចត្រូវបានជ្រើសរើស ដើម្បីបំពេញគោលដៅស្រាវជ្រាវ ឬប្រភេទផ្សេងៗគ្នា។
● ប្រសិទ្ធភាពខ្ពស់ក្នុងការរំលាយអាហារអង់ស៊ីម៖ ការប្រព្រឹត្តិទៅនៃ អស៊ីលីកូការរចនាជាមុន និងការពិសោធន៍មុនធានានូវការរចនាដ៏ល្អប្រសើរជាមួយនឹងការចែកចាយសូម្បីតែស្លាក SLAF នៅលើក្រូម៉ូសូម (1 SLAF tag/4Kb) និងកាត់បន្ថយលំដាប់ដដែលៗ (<5%)។
●ជំនាញទូលំទូលាយ៖ យើងនាំមកនូវបទពិសោធន៍ជាច្រើនដល់គ្រប់គម្រោង ជាមួយនឹងកំណត់ត្រានៃការបិទគម្រោង SLAF-Seq ជាង 5000 លើប្រភេទសត្វរាប់រយប្រភេទ រួមទាំងរុក្ខជាតិ ថនិកសត្វ បក្សី សត្វល្អិត និងសារពាង្គកាយក្នុងទឹកផងដែរ។
● លំហូរការងារជីវព័ត៌មានដែលបង្កើតដោយខ្លួនឯង៖ យើងបានបង្កើតលំហូរការងារជីវព័ត៌មានរួមបញ្ចូលគ្នាសម្រាប់ SLAF-Seq ដើម្បីធានាបាននូវភាពជឿជាក់ និងភាពត្រឹមត្រូវនៃលទ្ធផលចុងក្រោយ។
លក្ខណៈបច្ចេកទេសនៃសេវាកម្ម
| ប្រភេទនៃការវិភាគ | មាត្រដ្ឋានប្រជាជនដែលបានណែនាំ | យុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀប | |
| ជម្រៅនៃលំដាប់ស្លាក | លេខស្លាក | ||
| ផែនទីហ្សែន | ឪពុកម្តាយ 2 នាក់ និងកូនជាង 150 នាក់។ | ឪពុកម្តាយ: 20x WGS Offsping: 10x | ទំហំហ្សែន៖ <400 Mb៖ WGS ត្រូវបានណែនាំ <1Gb: ស្លាក 100K ស្លាក 1-2Gb:: 200K > 2Gb: 300K ស្លាក ស្លាកអតិបរមា 500k |
| ការសិក្សាអំពីសមាគមទូទៅ (GWAS) | ≥ 200 គំរូ | 10x | |
| ការវិវត្តន៍ហ្សែន | ≥30 គំរូ ជាមួយនឹង> 10 គំរូពីក្រុមរងនីមួយៗ | 10x | |
តម្រូវការសេវាកម្ម
កំហាប់ ≥ 5 ng/µL
បរិមាណសរុប ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
ជែលអាហ្ការ៉ូសៈ គ្មាន ឬមានកំណត់ ការរិចរិល ឬការចម្លងរោគ
ការចែកចាយគំរូដែលបានណែនាំ
កុងតឺន័រ: បំពង់ centrifuge 2 មីលីលីត្រ
(សម្រាប់គំរូភាគច្រើន យើងណែនាំកុំឱ្យរក្សាទុកក្នុងអេតាណុល)
ការដាក់ស្លាកគំរូ៖ គំរូត្រូវដាក់ស្លាកយ៉ាងច្បាស់ និងដូចគ្នាបេះបិទទៅនឹងទម្រង់ព័ត៌មានគំរូដែលបានបញ្ជូន។
ការដឹកជញ្ជូន៖ ទឹកកកស្ងួត៖ គំរូត្រូវវេចខ្ចប់ក្នុងថង់ជាមុន ហើយកប់ក្នុងទឹកកកស្ងួត។
លំហូរការងារសេវាកម្ម
គំរូ QC
ការពិសោធន៍សាកល្បង
ការពិសោធន៍ SLAF
ការរៀបចំបណ្ណាល័យ
លំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
សេវាកម្មក្រោយពេលលក់
ការវិភាគជីវព័ត៌មានរបស់យើងរួមមានៈ
ទិន្នន័យ QC និងការកាត់បន្ថយទិន្នន័យ ដើម្បីលុបការអាន N-rich, អាដាប់ធ័រអាន ឬការអានដែលមានគុណភាពទាប។
ការត្រួតពិនិត្យគុណភាពទីពីរនៃការអានស្អាត ដើម្បីពិនិត្យមើលការចែកចាយមូលដ្ឋាន គុណភាពលំដាប់ និងការវាយតម្លៃទិន្នន័យ ប៉ុន្តែក៏ដើម្បីពិនិត្យមើលប្រសិទ្ធភាពនៃការរំលាយអាហារ និងការបញ្ចូលដែលទទួលបានផងដែរ។
នៅពេលដែលការអានត្រូវបានពិនិត្យ មានជម្រើសពីរ៖
- ការធ្វើផែនទីដើម្បីយោងហ្សែន
- ដោយគ្មានហ្សែនយោង៖ ចង្កោម
បន្ទាប់ពីវា ការវិភាគនៃស្លាក SLAF ត្រូវបានប្រើដើម្បីធ្វើការហៅចេញមួយចំនួនដើម្បីជួយក្នុងការរកឃើញសញ្ញាសម្គាល់៖ SNP, InDel, SNV, ការហៅ CV និងចំណារពន្យល់។
ការចែកចាយស្លាក SLAF លើក្រូម៉ូសូម៖
ការចែកចាយ SNPs លើក្រូម៉ូសូម៖
ចំណារពន្យល់ SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X និង Shi C (2023) ការធ្វើផែនទី QTL និងការវិភាគប្រតិចារិកនៃមាតិកាស្ករកំឡុងពេលទុំផ្លែឈើPyrus pyrifolia.ខាងមុខ។ វិទ្យាសាស្ត្ររុក្ខជាតិ។១៤:១១៣៧១០៤ . doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022)។ ការកំណត់អត្តសញ្ញាណ st1 បង្ហាញពីការជ្រើសរើសដែលពាក់ព័ន្ធនឹងការជិះកង់នៃ morphology គ្រាប់ពូជ និងមាតិកាប្រេង កំឡុងពេលដាំសណ្តែកសៀង។ទិនានុប្បវត្តិជីវបច្ចេកវិទ្យារុក្ខជាតិ, 20(6), 1110-1121។ https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.et al ។លំដាប់ហ្សែន និងភាពចម្រុះហ្សែននៃត្រីគល់រាំងទូទៅ,Cyprinus carpio.ណាត ហ្សេន 46, 1212–1219 (2014) ។ https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.et al ។ហ្សែននៃសណ្តែកដីដាំដុះផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពីប្រភេទ karyotypes legume, ការវិវត្តនៃ polyploid និងការដាំដុះដំណាំក្នុងស្រុក។ណាត ហ្សេន 51, ៨៦៥–៨៧៦ (ឆ្នាំ ២០១៩)។ https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| ឆ្នាំ | ទិនានុប្បវត្តិ | IF | ចំណងជើង | កម្មវិធី |
| ២០២២ | ទំនាក់ទំនងធម្មជាតិ | ១៧.៦៩៤ | មូលដ្ឋានហ្សែននៃ giga-chromosomes និង giga-genome នៃដើមឈើ peony Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| ឆ្នាំ 2015 | អ្នកជំនាញរូបវិទ្យាថ្មី។ | ៧.៤៣៣ | ស្នាមជើងក្នុងស្រុកបោះយុថ្កាតំបន់ហ្សែននៃសារៈសំខាន់ agronomic នៅក្នុង សណ្តែកសៀង | SLAF-GWAS |
| ២០២២ | ទិនានុប្បវត្តិនៃការស្រាវជ្រាវកម្រិតខ្ពស់ | ១២.៨២២ | ការឈ្លានពានសិប្បនិម្មិតនៃហ្សែន Gossypium barbadense ចូលទៅក្នុង G. hirsutum បង្ហាញទីតាំងល្អបំផុតសម្រាប់ការកែលម្អក្នុងពេលដំណាលគ្នានៃគុណភាព និងទិន្នផលសរសៃកប្បាស លក្ខណៈ | SLAF - ហ្សែនវិវត្តន៍ |
| ឆ្នាំ 2019 | រុក្ខជាតិម៉ូលេគុល | ១០.៨១ | ការវិភាគហ្សែនប្រជាជន និងសភា De Novo បង្ហាញពីប្រភពដើមនៃ Weedy អង្ករជាល្បែងវិវត្តន៍ | SLAF - ហ្សែនវិវត្តន៍ |
| ឆ្នាំ 2019 | ហ្សែនធម្មជាតិ | ៣១.៦១៦ | លំដាប់ហ្សែន និងភាពចម្រុះហ្សែននៃត្រីគល់រាំងទូទៅ Cyprinus carpio | ផែនទីតំណភ្ជាប់ SLAF |
| ឆ្នាំ ២០១៤ | ហ្សែនធម្មជាតិ | ២៥.៤៥៥ | ហ្សែននៃសណ្តែកដីដាំដុះផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពីប្រភេទ karyotypes legume, polyploid ការវិវត្តន៍ និងការដាំដុះដំណាំក្នុងស្រុក។ | ផែនទីតំណភ្ជាប់ SLAF |
| ២០២២ | ទិនានុប្បវត្តិជីវបច្ចេកវិទ្យារុក្ខជាតិ | ៩.៨០៣ | ការកំណត់អត្តសញ្ញាណ ST1 បង្ហាញពីការជ្រើសរើសដែលពាក់ព័ន្ធនឹងការជិះកង់នៃ morphology គ្រាប់ពូជ និងបរិមាណប្រេងក្នុងអំឡុងពេលផលិតសណ្តែកសៀង | ការអភិវឌ្ឍន៍ SLAF-Marker |
| ២០២២ | ទិនានុប្បវត្តិអន្តរជាតិនៃវិទ្យាសាស្ត្រម៉ូលេគុល | ៦.២០៨ | ការកំណត់អត្តសញ្ញាណ និងការអភិវឌ្ឍន៍សញ្ញាសម្គាល់ DNA សម្រាប់ស្រូវសាលី-Leymus mollis 2Ns (2D) ការជំនួសក្រូម៉ូសូម Disomic | ការអភិវឌ្ឍន៍ SLAF-Marker |
| ឆ្នាំ | ទិនានុប្បវត្តិ | IF | ចំណងជើង | កម្មវិធី |
| ២០២៣ | ព្រំដែននៃវិទ្យាសាស្ត្ររុក្ខជាតិ | ៦.៧៣៥ | ការធ្វើផែនទី QTL និងការវិភាគប្រតិចារិកនៃមាតិកាស្ករកំឡុងពេលទុំផ្លែឈើនៃ Pyrus pyrifolia | ផែនទីហ្សែន |
| ២០២២ | ទិនានុប្បវត្តិជីវបច្ចេកវិទ្យារុក្ខជាតិ | ៨.១៥៤ | ការកំណត់អត្តសញ្ញាណ ST1 បង្ហាញពីការជ្រើសរើសដែលពាក់ព័ន្ធនឹងការជិះកង់នៃ morphology គ្រាប់ពូជ និងមាតិកាប្រេងក្នុងអំឡុងពេលផលិតសណ្តែកសៀង
| ការហៅទូរសព្ទ SNP |
| ២០២២ | ព្រំដែននៃវិទ្យាសាស្ត្ររុក្ខជាតិ | ៦.៦២៣ | ការធ្វើផែនទីសមាគមទូទៅនៃប្រភេទ Hulless Barely Phenotypes នៅក្នុងបរិស្ថានគ្រោះរាំងស្ងួត។
| GWAS |
