ការរៀបចំលំដាប់បំណែកដែលបានពង្រីកទីតាំងជាក់លាក់ (SLAF-Seq)
លំហូរការងារ
សេវាកម្មនេះមានការរចនាជាមុនមួយចំនួននៅក្នុងស៊ីលីកូ ដើម្បីធានាការជ្រើសរើសអង់ស៊ីមដ៏ល្អប្រសើរលើការរៀបចំបណ្ណាល័យ។
គ្រោងការណ៍បច្ចេកទេស
លក្ខណៈពិសេសសេវាកម្ម
● ការធ្វើលំដាប់លើ NovaSeq ជាមួយ PE150។
● ការរៀបចំបណ្ណាល័យជាមួយនឹងការសរសេរកូដបាកូដពីរដង ដែលអនុញ្ញាតឱ្យមានការប្រមូលផ្តុំគំរូជាង 1000។
● ឯករាជ្យពីហ្សែនយោង៖
ជាមួយនឹងឯកសារយោងនៃហ្សែន៖ ការរកឃើញ SNP និង InDel
បើគ្មានឯកសារយោងហ្សែនទេ៖ ការដាក់ជាក្រុមគំរូ និងការរកឃើញ SNP
● នៅក្នុងក្នុងស៊ីលីកូការរួមបញ្ចូលគ្នានៃអង់ស៊ីមរឹតត្បិតច្រើននៅដំណាក់កាលមុនការរចនាត្រូវបានត្រួតពិនិត្យដើម្បីស្វែងរកអង់ស៊ីមដែលបង្កើតការចែកចាយឯកសណ្ឋាននៃស្លាក SLAF តាមបណ្តោយហ្សែន។
● ក្នុងអំឡុងពេលពិសោធន៍មុន ការរួមបញ្ចូលគ្នានៃអង់ស៊ីមចំនួនបីត្រូវបានសាកល្បងនៅក្នុងគំរូចំនួន 3 ដើម្បីបង្កើតបណ្ណាល័យ SLAF ចំនួន 9 ហើយព័ត៌មាននេះត្រូវបានប្រើដើម្បីជ្រើសរើសការរួមបញ្ចូលគ្នានៃអង់ស៊ីមកំហិតដ៏ល្អប្រសើរសម្រាប់គម្រោង។
គុណសម្បត្តិសេវាកម្ម
●ការរកឃើញសញ្ញាសម្គាល់ហ្សែនខ្ពស់យើងរួមបញ្ចូលប្រព័ន្ធបាកូដទ្វេដែលមានអត្រាខ្ពស់ ដែលអនុញ្ញាតឱ្យមានការរៀបចំលំដាប់លំដោយនៃចំនួនប្រជាជនយ៉ាងច្រើនក្នុងពេលដំណាលគ្នា និងការបង្កើនប្រសិទ្ធភាពនៃការពង្រីកជាក់លាក់តាមទីតាំង ដោយធានាថាលេខស្លាកបំពេញតាមតម្រូវការចម្រុះនៃសំណួរស្រាវជ្រាវផ្សេងៗ។
● ការពឹងផ្អែកទាបលើហ្សែន៖ វាអាចត្រូវបានអនុវត្តចំពោះប្រភេទសត្វដែលមាន ឬគ្មានហ្សែនយោង។
●ការរចនាគ្រោងការណ៍ដែលអាចបត់បែនបាន៖ ការរំលាយអាហារដោយប្រើអង់ស៊ីមតែមួយ អង់ស៊ីមពីរ អង់ស៊ីមច្រើន និងអង់ស៊ីមប្រភេទផ្សេងៗអាចត្រូវបានជ្រើសរើស ដើម្បីបំពេញគោលដៅស្រាវជ្រាវ ឬប្រភេទសត្វផ្សេងៗគ្នា។
● ប្រសិទ្ធភាពខ្ពស់ក្នុងការរំលាយអាហារដោយអង់ស៊ីម: ការដឹកនាំនៃក្នុងស៊ីលីកូការរចនាមុន និងការពិសោធន៍មុនធានានូវការរចនាល្អបំផុតជាមួយនឹងការចែកចាយស្លាក SLAF ស្មើៗគ្នានៅលើក្រូម៉ូសូម (ស្លាក SLAF 1/4Kb) និងលំដាប់ដដែលៗត្រូវបានកាត់បន្ថយ (<5%)។
●ជំនាញទូលំទូលាយយើងខ្ញុំនាំមកនូវបទពិសោធន៍ជាច្រើនដល់គម្រោងនីមួយៗ ជាមួយនឹងកំណត់ត្រានៃការបិទគម្រោង SLAF-Seq ជាង 5000 លើប្រភេទសត្វរាប់រយប្រភេទ រួមទាំងរុក្ខជាតិ ថនិកសត្វ សត្វស្លាប សត្វល្អិត និងសារពាង្គកាយក្នុងទឹក។
● លំហូរការងារជីវព័ត៌មានដែលអភិវឌ្ឍដោយខ្លួនឯង៖ យើងបានបង្កើតលំហូរការងារជីវព័ត៌មានរួមបញ្ចូលគ្នាសម្រាប់ SLAF-Seq ដើម្បីធានាបាននូវភាពជឿជាក់ និងភាពត្រឹមត្រូវនៃលទ្ធផលចុងក្រោយ។
លក្ខណៈបច្ចេកទេសសេវាកម្ម
| ប្រភេទនៃការវិភាគ | មាត្រដ្ឋានប្រជាជនដែលបានណែនាំ | យុទ្ធសាស្ត្ររៀបលំដាប់ | |
| ជម្រៅនៃលំដាប់ស្លាក | លេខស្លាក | ||
| ផែនទីហ្សែន | ឪពុកម្តាយ ២ នាក់ និងកូនចៅ > ១៥០ នាក់ | ឪពុកម្តាយ៖ 20x WGS ការបាត់បង់៖ ១០ ដង | ទំហំហ្សែន៖ <៤០០ Mb៖ WGS ត្រូវបានណែនាំ <1Gb: ស្លាក 100K ១-២ជីកាបៃ៖ ២០០ពាន់ស្លាក >2Gb: ស្លាក 300K ស្លាកអតិបរមា 500k |
| ការសិក្សាអំពីសមាគមទូទាំងហ្សែន (GWAS) | ≥២០០ គំរូ | ១០ដង | |
| ការវិវត្តន៍ហ្សែន | ≥30 សំណាក ដោយមាន >10 សំណាកពីក្រុមរងនីមួយៗ | ១០ដង | |
តម្រូវការសេវាកម្ម
កំហាប់ ≥ 5 ng/µL
បរិមាណសរុប ≥ 80 ng
ណាណូដ្រប OD260/280=1.6-2.5
ជែលអាហ្គារ៉ូស៖ គ្មាន ឬមានការរិចរិល ឬការបំពុលមានកម្រិត
ការដឹកជញ្ជូនគំរូដែលបានណែនាំ
កុងតឺន័រ៖ បំពង់ម៉ាស៊ីនបង្វិលទំហំ 2 មីលីលីត្រ
(សម្រាប់សំណាកភាគច្រើន យើងសូមណែនាំកុំឱ្យរក្សាទុកក្នុងអេតាណុល)
ការដាក់ស្លាកគំរូ៖ គំរូត្រូវមានស្លាកច្បាស់លាស់ និងដូចគ្នាបេះបិទទៅនឹងទម្រង់ព័ត៌មានគំរូដែលបានដាក់ស្នើ។
ការដឹកជញ្ជូន៖ ទឹកកកស្ងួត៖ គំរូត្រូវវេចខ្ចប់ក្នុងថង់ជាមុនសិន រួចកប់ក្នុងទឹកកកស្ងួត។
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការត្រួតពិនិត្យគុណភាពគំរូ
ការពិសោធន៍សាកល្បង
ការពិសោធន៍ SLAF
ការរៀបចំបណ្ណាល័យ
ការរៀបចំលំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
សេវាកម្មក្រោយពេលលក់
ការវិភាគជីវព័ត៌មានរបស់យើងរួមមាន៖
ការត្រួតពិនិត្យគុណភាពទិន្នន័យ និងការកាត់តម្រឹមទិន្នន័យ ដើម្បីលុបការអានដែលសម្បូរ N ការអានអាដាប់ទ័រ ឬការអានដែលមានគុណភាពទាប។
ការត្រួតពិនិត្យគុណភាពលើកទីពីរនៃការសម្អាតអានដើម្បីពិនិត្យមើលការចែកចាយមូលដ្ឋាន គុណភាពលំដាប់ និងការវាយតម្លៃទិន្នន័យ ប៉ុន្តែក៏ដើម្បីពិនិត្យមើលប្រសិទ្ធភាពនៃការរំលាយអាហារ និងការបញ្ចូលដែលទទួលបានផងដែរ។
ពេលពិនិត្យអានរួចហើយ មានជម្រើសពីរ៖
- ការគូសផែនទីទៅកាន់ហ្សែនយោង
- បើគ្មានហ្សែនយោងទេ៖ ការដាក់ជាក្រុម
បន្ទាប់ពីវា ការវិភាគស្លាក SLAF ត្រូវបានប្រើដើម្បីធ្វើការហៅវ៉ារ្យ៉ង់មួយចំនួនដើម្បីជួយក្នុងការស្វែងរកសញ្ញាសម្គាល់៖ SNP, InDel, SNV, ការហៅ CV និងចំណារពន្យល់។
ការចែកចាយស្លាក SLAF លើក្រូម៉ូសូម៖
ការចែកចាយ SNPs លើក្រូម៉ូសូម៖
ចំណារពន្យល់ SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X និង Shi C (2023) ការធ្វើផែនទី QTL និងការវិភាគប្រតិចារិកនៃមាតិកាជាតិស្ករក្នុងអំឡុងពេលទុំផ្លែឈើរបស់ភីរុស ភីរីហ្វូលីយ៉ា។ផ្នែកខាងមុខ។ វិទ្យាសាស្ត្ររុក្ខជាតិ។១៤:១១៣៧១០៤ . doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). ការកំណត់អត្តសញ្ញាណ st1 បង្ហាញពីជម្រើសមួយដែលពាក់ព័ន្ធនឹងការជិះរថយន្តទៅមកនៃរូបរាងគ្រាប់ពូជ និងមាតិកាប្រេងក្នុងអំឡុងពេលចិញ្ចឹមសណ្តែកសៀង។ទិនានុប្បវត្តិជីវបច្ចេកវិទ្យារុក្ខជាតិ, 20(6), 1110-1121។ https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.និងអ្នកដទៃទៀត។លំដាប់ហ្សែន និងភាពចម្រុះហ្សែននៃត្រីគល់រាំងធម្មតាស៊ីព្រីនុស កាពីយ៉ូ។ណាត ហ្សេណេត 46, ១២១២–១២១៩ (២០១៤)។ https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.និងអ្នកដទៃទៀត។ហ្សែននៃសណ្តែកដីដាំដុះផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពី karyotypes នៃពពួកសណ្តែក ការវិវត្តន៍ប៉ូលីប្លូអ៊ីត និងការចិញ្ចឹមដំណាំ។ណាត ហ្សេណេត 51, ៨៦៥–៨៧៦ (២០១៩)។ https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| ឆ្នាំ | ទិនានុប្បវត្តិ | IF | ចំណងជើង | កម្មវិធី |
| ឆ្នាំ ២០២២ | ការទំនាក់ទំនងធម្មជាតិ | ១៧.៦៩៤ | មូលដ្ឋានហ្សែននៃក្រូម៉ូសូម giga និង giga ហ្សែននៃដើមឈើ peony ប៉ាអេអូនីយ៉ា អូស្ទី | SLAF-GWAS |
| ឆ្នាំ ២០១៥ | អ្នកជំនាញខាងរុក្ខជាតិថ្មី | ៧.៤៣៣ | ស្នាមជើងនៃការចិញ្ចឹមសត្វជាយុថ្កានៃតំបន់ហ្សែនដែលមានសារៈសំខាន់ខាងកសិកម្មនៅក្នុង សណ្តែកសៀង | SLAF-GWAS |
| ឆ្នាំ ២០២២ | ទិនានុប្បវត្តិស្រាវជ្រាវកម្រិតខ្ពស់ | ១២.៨២២ | ការបញ្ចូលសិប្បនិម្មិតទូទាំងហ្សែននៃ Gossypium barbadense ទៅក្នុង G. hirsutum បង្ហាញទីតាំងល្អប្រសើរសម្រាប់ការកែលម្អគុណភាព និងទិន្នផលសរសៃកប្បាសក្នុងពេលដំណាលគ្នា លក្ខណៈ | SLAF-ហ្សែនវិវត្តន៍ |
| ឆ្នាំ ២០១៩ | រុក្ខជាតិម៉ូលេគុល | ១០.៨១ | ការវិភាគហ្សែនចំនួនប្រជាជន និងការជួបប្រជុំគ្នារបស់ De Novo បង្ហាញពីប្រភពដើមនៃ Weedy អង្ករជាល្បែងវិវត្តន៍ | SLAF-ហ្សែនវិវត្តន៍ |
| ឆ្នាំ ២០១៩ | ហ្សែនធម្មជាតិ | ៣១.៦១៦ | លំដាប់ហ្សែន និងភាពចម្រុះខាងហ្សែននៃត្រីគល់រាំងធម្មតា Cyprinus carpio | ផែនទី SLAF-Linkage |
| ឆ្នាំ ២០១៤ | ហ្សែនធម្មជាតិ | ២៥.៤៥៥ | ហ្សែននៃសណ្តែកដីដាំដុះផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពី karyotypes សណ្តែកដី និង polyploid ការវិវត្តន៍ និងការដាំដុះដំណាំក្នុងស្រុក។ | ផែនទី SLAF-Linkage |
| ឆ្នាំ ២០២២ | ទិនានុប្បវត្តិជីវបច្ចេកវិទ្យារុក្ខជាតិ | ៩.៨០៣ | ការកំណត់អត្តសញ្ញាណ ST1 បង្ហាញពីជម្រើសមួយដែលពាក់ព័ន្ធនឹងការជិះរថយន្តតាមលំដាប់នៃរូបរាងគ្រាប់ពូជ និងមាតិកាប្រេងក្នុងអំឡុងពេលដាំដុះសណ្តែកសៀង | ការអភិវឌ្ឍ SLAF-Marker |
| ឆ្នាំ ២០២២ | ទិនានុប្បវត្តិអន្តរជាតិស្តីពីវិទ្យាសាស្ត្រម៉ូលេគុល | ៦.២០៨ | ការកំណត់អត្តសញ្ញាណ និងការអភិវឌ្ឍសញ្ញាសម្គាល់ DNA សម្រាប់ Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) ការជំនួសក្រូម៉ូសូមឌីសូមិច | ការអភិវឌ្ឍ SLAF-Marker |
| ឆ្នាំ | ទិនានុប្បវត្តិ | IF | ចំណងជើង | កម្មវិធី |
| ឆ្នាំ ២០២៣ | ព្រំដែនក្នុងវិទ្យាសាស្ត្ររុក្ខជាតិ | ៦.៧៣៥ | ការគូសផែនទី QTL និងការវិភាគប្រតិចារិកនៃមាតិកាជាតិស្ករក្នុងអំឡុងពេលទុំផ្លែឈើរបស់ Pyrus pyrifolia | ផែនទីហ្សែន |
| ឆ្នាំ ២០២២ | ទិនានុប្បវត្តិជីវបច្ចេកវិទ្យារុក្ខជាតិ | ៨.១៥៤ | ការកំណត់អត្តសញ្ញាណ ST1 បង្ហាញពីជម្រើសមួយដែលពាក់ព័ន្ធនឹងការជិះរថយន្តតាមចិញ្ចើមផ្លូវនៃរូបរាងគ្រាប់ពូជ និងមាតិកាប្រេងក្នុងអំឡុងពេលចិញ្ចឹមសណ្តែកសៀង
| ការហៅទូរសព្ទ SNP |
| ឆ្នាំ ២០២២ | ព្រំដែនក្នុងវិទ្យាសាស្ត្ររុក្ខជាតិ | ៦.៦២៣ | ការគូសផែនទីសមាគមទូទាំងហ្សែននៃប្រភេទហ្សែនដែលគ្មានសំបកនៅក្នុងបរិស្ថានគ្រោះរាំងស្ងួត។
| GWAS |
