-
លំដាប់ mRNA ប្រវែងពេញ-Nanopore
លំដាប់ RNA គឺជាឧបករណ៍ដែលមិនអាចកាត់ថ្លៃបានសម្រាប់ការវិភាគប្រតិចារិកដ៏ទូលំទូលាយ។ដោយមិនសង្ស័យ លំដាប់លំដោយខ្លីៗតាមបែបប្រពៃណី សម្រេចបាននូវការអភិវឌ្ឍន៍សំខាន់ៗជាច្រើននៅទីនេះ។ទោះជាយ៉ាងណាក៏ដោយ ជារឿយៗវាជួបប្រទះនឹងដែនកំណត់ក្នុងការកំណត់អត្តសញ្ញាណ isoform ប្រវែងពេញលេញ បរិមាណ ភាពលំអៀង PCR ។
Nanopore sequencing សម្គាល់ខ្លួនវាពីវេទិកាលំដាប់ផ្សេងទៀត ដែលក្នុងនោះ nucleotides ត្រូវបានអានដោយផ្ទាល់ដោយគ្មានការសំយោគ DNA និងបង្កើតការអានដ៏វែងនៅរាប់សិបគីឡូបៃ។នេះផ្តល់អំណាចដល់ការអានដោយផ្ទាល់ឆ្លងកាត់ប្រតិចារិកប្រវែងពេញ និងដោះស្រាយបញ្ហាប្រឈមនៅក្នុងការសិក្សាកម្រិត isoform ។
វេទិកា:Nanopor PromethION
បណ្ណាល័យ៖cDNA-PCR
-
De novo លំដាប់ប្រតិចារិកប្រវែងពេញ -PacBio
ដឺណូវ៉ូលំដាប់ប្រតិចារិកពេញប្រវែង ត្រូវបានគេស្គាល់ថាជាដឺណូវ៉ូIso-Seq ទាញយកអត្ថប្រយោជន៍នៃលំដាប់លំដោយ PacBio ក្នុងប្រវែងអាន ដែលអាចឱ្យការតម្រៀបនៃម៉ូលេគុល cDNA ពេញប្រវែងដោយមិនមានការបំបែកណាមួយឡើយ។នេះជៀសវាងទាំងស្រុងនូវកំហុសទាំងឡាយដែលបានបង្កើតនៅក្នុងជំហាននៃការដំឡើងប្រតិចារិក និងបង្កើតសំណុំ unigene ជាមួយនឹងដំណោះស្រាយកម្រិត isoform ។សំណុំ unigene នេះផ្តល់នូវព័ត៌មានហ្សែនដ៏មានឥទ្ធិពលជា "ហ្សែនយោង" នៅកម្រិតប្រតិចារិក។លើសពីនេះ ការរួមផ្សំជាមួយនឹងទិន្នន័យបន្តបន្ទាប់គ្នា សេវាកម្មនេះផ្តល់អំណាចដល់បរិមាណត្រឹមត្រូវនៃការបញ្ចេញមតិកម្រិត isoform ។
វេទិកា៖ PacBio Sequel IIបណ្ណាល័យ៖ បណ្ណាល័យកណ្តឹង SMRT -
លំដាប់ Eukaryotic mRNA-Illumina
mRNA sequencing អនុញ្ញាតឱ្យមានទម្រង់នៃ mRNAs ទាំងអស់ដែលបានចម្លងពីកោសិកាក្រោមលក្ខខណ្ឌជាក់លាក់។វាគឺជាបច្ចេកវិទ្យាដ៏មានអានុភាពមួយសម្រាប់បង្ហាញទម្រង់នៃការបញ្ចេញហ្សែន រចនាសម្ព័ន្ធហ្សែន និងយន្តការម៉ូលេគុលនៃដំណើរការជីវសាស្រ្តមួយចំនួន។រហូតមកដល់បច្ចុប្បន្ន លំដាប់ mRNA ត្រូវបានប្រើប្រាស់យ៉ាងទូលំទូលាយក្នុងការស្រាវជ្រាវជាមូលដ្ឋាន ការវិនិច្ឆ័យរោគ ការអភិវឌ្ឍន៍ថ្នាំ ជាដើម។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq 6000
-
លំដាប់ mRNA ផ្អែកលើមិនយោង-Illumina
mRNA sequencing ទទួលយកបច្ចេកទេសលំដាប់ជំនាន់ក្រោយ (NGS) ដើម្បីចាប់យក messenger RNA (mRNA) បង្កើតជា Eukaryote នៅអំឡុងពេលជាក់លាក់ដែលមុខងារពិសេសមួយចំនួនកំពុងដំណើរការ។ការបំបែកប្រតិចារឹកវែងបំផុតត្រូវបានគេហៅថា 'Unigene' និងប្រើជាលំដាប់យោងសម្រាប់ការវិភាគជាបន្តបន្ទាប់ ដែលជាមធ្យោបាយដ៏មានប្រសិទ្ធភាពក្នុងការសិក្សាអំពីយន្តការម៉ូលេគុល និងបណ្តាញនិយតកម្មនៃប្រភេទសត្វដោយគ្មានឯកសារយោង។
បន្ទាប់ពីការប្រមូលផ្តុំទិន្នន័យប្រតិចារិក និងចំណារពន្យល់មុខងារ unigene
(1) ការវិភាគ SNP ការវិភាគ SSR ការព្យាករណ៍ CDS និងរចនាសម្ព័ន្ធហ្សែននឹងត្រូវបានរៀបចំជាមុន។
(2) បរិមាណនៃកន្សោម unigene នៅក្នុងគំរូនីមួយៗនឹងត្រូវបានអនុវត្ត។
(3) unigenes ដែលបានបង្ហាញខុសគ្នារវាងគំរូ (ឬក្រុម) នឹងត្រូវបានរកឃើញដោយផ្អែកលើកន្សោម unigene
(4) ការចង្កោម ចំណារពន្យល់មុខងារ និងការវិភាគភាពសម្បូរបែបនៃ unigenes ដែលបង្ហាញដោយឌីផេរ៉ង់ស្យែលនឹងត្រូវបានអនុវត្ត
-
ការមិនសរសេរកូដយូរអង្វែង-Illumina
RNAs ដែលមិនសរសេរកូដវែង (lncRNAs) គឺជាប្រភេទនៃម៉ូលេគុល RNA ដែលមានប្រវែងលើសពី 200 nt ដែលត្រូវបានកំណត់លក្ខណៈដោយសក្តានុពលសរសេរកូដទាបបំផុត។LncRNA ជាសមាជិកសំខាន់នៅក្នុង RNAs ដែលមិនសរសេរកូដ ត្រូវបានរកឃើញជាចម្បងនៅក្នុងស្នូល និងប្លាស្មា។ការអភិវឌ្ឍន៍នៃបច្ចេកវិទ្យាលំដាប់លំដោយ និងជីវព័ត៌មានវិទ្យា អនុញ្ញាតឱ្យកំណត់អត្តសញ្ញាណ LncRNAs ប្រលោមលោកជាច្រើន និងភ្ជាប់អ្នកដែលមានមុខងារជីវសាស្រ្ត។ភ័ស្តុតាងប្រមូលផ្តុំបង្ហាញថា lncRNA ត្រូវបានចូលរួមយ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងបទប្បញ្ញត្តិ epigenetic, បទបញ្ជាប្រតិចារិក និងបទប្បញ្ញត្តិក្រោយការចម្លង។
-
លំដាប់ RNA តូច-Illumina
RNA តូច សំដៅលើថ្នាក់នៃម៉ូលេគុល RNA ដែលមិនសរសេរកូដ ដែលជាធម្មតាមានប្រវែងតិចជាង 200nt រួមមាន micro RNA (miRNA) តូច interference RNA (siRNA) និង piwi-interacting RNA (piRNA)។
MicroRNA (miRNA) គឺជាក្រុមនៃ RNA តូច endogenous ដែលមានប្រវែងប្រហែល 20-24nt ដែលដើរតួនាទីនិយតកម្មសំខាន់ៗជាច្រើននៅក្នុងកោសិកា។miRNA ពាក់ព័ន្ធនឹងដំណើរការជីវិតជាច្រើនដែលបង្ហាញជាលិកា - ជាក់លាក់ និងដំណាក់កាល - ការបង្ហាញជាក់លាក់ និងត្រូវបានអភិរក្សយ៉ាងខ្លាំងនៅក្នុងប្រភេទផ្សេងៗគ្នា។
-
លំដាប់ circRNA-Illumina
លំដាប់ប្រតិចារិកទាំងមូលត្រូវបានរចនាឡើងដើម្បីកំណត់ទម្រង់ម៉ូលេគុល RNA គ្រប់ប្រភេទ រួមទាំងការសរសេរកូដ (mRNA) និង RNA ដែលមិនសរសេរកូដ (រួមទាំង lncRNA, circRNA និង miRNA) ដែលត្រូវបានចម្លងដោយកោសិកាជាក់លាក់នៅពេលជាក់លាក់ណាមួយ។លំដាប់ប្រតិចារិកទាំងមូល ដែលត្រូវបានគេស្គាល់ថាជា "លំដាប់ RNA សរុប" មានគោលបំណងបង្ហាញពីបណ្តាញបទប្បញ្ញត្តិដ៏ទូលំទូលាយនៅកម្រិតប្រតិចារិក។ទាញយកអត្ថប្រយោជន៍ពីបច្ចេកវិទ្យា NGS លំដាប់នៃផលិតផលប្រតិចារឹកទាំងមូលអាចរកបានសម្រាប់ការវិភាគ ceRNA និងការវិភាគ RNA រួមគ្នាដែលផ្តល់នូវជំហានដំបូងឆ្ពោះទៅរកការកំណត់លក្ខណៈមុខងារ។បង្ហាញបណ្តាញបទប្បញ្ញត្តិនៃ circRNA-miRNA-mRNA ដែលមានមូលដ្ឋានលើ ceRNA ។
-
លំដាប់ប្រតិចារិកទាំងមូល - អ៊ីលមីណា
លំដាប់ប្រតិចារិកទាំងមូលត្រូវបានរចនាឡើងដើម្បីកំណត់ទម្រង់ម៉ូលេគុល RNA គ្រប់ប្រភេទ រួមទាំងការសរសេរកូដ (mRNA) និង RNA ដែលមិនសរសេរកូដ (រួមទាំង lncRNA, circRNA និង miRNA) ដែលត្រូវបានចម្លងដោយកោសិកាជាក់លាក់នៅពេលជាក់លាក់ណាមួយ។លំដាប់ប្រតិចារិកទាំងមូល ដែលត្រូវបានគេស្គាល់ថាជា "លំដាប់ RNA សរុប" មានគោលបំណងបង្ហាញពីបណ្តាញបទប្បញ្ញត្តិដ៏ទូលំទូលាយនៅកម្រិតប្រតិចារិក។ទាញយកអត្ថប្រយោជន៍ពីបច្ចេកវិទ្យា NGS លំដាប់នៃផលិតផលប្រតិចារឹកទាំងមូលអាចរកបានសម្រាប់ការវិភាគ ceRNA និងការវិភាគ RNA រួមគ្នាដែលផ្តល់នូវជំហានដំបូងឆ្ពោះទៅរកការកំណត់លក្ខណៈមុខងារ។បង្ហាញបណ្តាញបទប្បញ្ញត្តិនៃ circRNA-miRNA-mRNA ដែលមានមូលដ្ឋានលើ ceRNA ។
-
លំដាប់ Prokaryotic RNA
លំដាប់ Prokaryotic RNA ប្រើលំដាប់ជំនាន់ក្រោយ (NGS) ដើម្បីបង្ហាញវត្តមាន និងបរិមាណនៃ RNA នៅពេលណាមួយ ដោយការវិភាគលើការផ្លាស់ប្តូរកោសិកា។លំដាប់នៃ RNA prokaryotic របស់ក្រុមហ៊ុនរបស់យើង មានគោលបំណងជាពិសេសទៅលើ prokaryotes ជាមួយនឹងហ្សែនយោង ផ្តល់ឱ្យអ្នកនូវទម្រង់ប្រតិចារិក ការវិភាគរចនាសម្ព័ន្ធហ្សែន។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq 6000
-
លំដាប់ Metatranscriptome
ការធ្វើលំដាប់លំដោយ Metatranscriptome កំណត់អត្តសញ្ញាណហ្សែននៃអតិសុខុមប្រាណ (ទាំង eukaryotes និង prokaryotes) នៅក្នុងបរិស្ថានធម្មជាតិ (ឧទាហរណ៍ ដី ទឹក សមុទ្រ លាមក និងពោះវៀន។) ជាពិសេស សេវាកម្មនេះអនុញ្ញាតឱ្យអ្នកទទួលបានទម្រង់នៃការបញ្ចេញហ្សែនទាំងមូលនៃសហគមន៍អតិសុខុមប្រាណដ៏ស្មុគស្មាញ ការវិភាគផ្នែកពន្ធុវិទ្យា។ នៃប្រភេទសត្វ ការវិភាគការបង្កើនមុខងារនៃហ្សែនដែលបង្ហាញខុសៗគ្នា និងច្រើនទៀត។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq 6000
