ತುಲನಾತ್ಮಕ ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್
ಸೇವೆಯ ಅನುಕೂಲಗಳು
● ● ದಶಾವ್ಯಾಪಕ ಪರಿಣತಿ ಮತ್ತು ಪ್ರಕಟಣೆ ದಾಖಲೆಗಳು: ಸಂಗ್ರಹವಾದ ನಂತರ, BMKGene 90 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ತುಲನಾತ್ಮಕ ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ಯೋಜನೆಗಳನ್ನು ಪೂರ್ಣಗೊಳಿಸಿದೆ, ಸಂಚಿತ ಪ್ರಭಾವದ ಅಂಶವು 900 ತಲುಪಿದೆ.
● ● ದಶಾಸಮಗ್ರ ಜೈವಿಕ ಮಾಹಿತಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ: ವಿಶ್ಲೇಷಣಾ ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಎಂಟು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಅಗತ್ಯವಿರುವ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ, ಇದು ಉತ್ತಮವಾಗಿ ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾದ ಪ್ರಕಟಿಸಲು ಸಿದ್ಧವಾದ ಅಂಕಿಅಂಶಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಫಲಿತಾಂಶಗಳ ಸುಲಭ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನವನ್ನು ಅನುಮತಿಸುತ್ತದೆ.
● ● ದಶಾಹೆಚ್ಚು ಕೌಶಲ್ಯಪೂರ್ಣ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ತಂಡ ಮತ್ತು ಸಣ್ಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣಾ ಚಕ್ರ: ತುಲನಾತ್ಮಕ ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಲ್ಲಿ ಉತ್ತಮ ಅನುಭವ ಹೊಂದಿರುವ BMKGene ತಂಡವು ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ವೈಯಕ್ತಿಕಗೊಳಿಸಿದ ವಿಶ್ಲೇಷಣಾ ಬೇಡಿಕೆಗಳನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಪೂರೈಸುತ್ತದೆ.
● ● ದಶಾಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಬೆಂಬಲ:ನಮ್ಮ ಬದ್ಧತೆಯು 3 ತಿಂಗಳ ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವಾ ಅವಧಿಯೊಂದಿಗೆ ಯೋಜನೆಯ ಪೂರ್ಣಗೊಳಿಸುವಿಕೆಯನ್ನು ಮೀರಿ ವಿಸ್ತರಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ಸಮಯದಲ್ಲಿ, ಫಲಿತಾಂಶಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಯಾವುದೇ ಪ್ರಶ್ನೆಗಳನ್ನು ಪರಿಹರಿಸಲು ನಾವು ಯೋಜನೆಯ ಅನುಸರಣೆ, ದೋಷನಿವಾರಣೆ ಸಹಾಯ ಮತ್ತು ಪ್ರಶ್ನೋತ್ತರ ಅವಧಿಗಳನ್ನು ನೀಡುತ್ತೇವೆ.
ಸೇವಾ ವಿಶೇಷಣಗಳು
| ಅಂದಾಜು ತಿರುವು ಸಮಯ | ಜಾತಿಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ | ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳು |
| 30 ಕೆಲಸದ ದಿನಗಳು | 6 - 12 | ಜೀನ್ ಕುಟುಂಬ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್ ಜೀನ್ ಕುಟುಂಬದ ವಿಸ್ತರಣೆ ಮತ್ತು ಸಂಕೋಚನ ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಮರದ ರಚನೆ ಡೈವರ್ಜೆನ್ಸ್ ಸಮಯ ಅಂದಾಜು (ಪಳೆಯುಳಿಕೆ ಮಾಪನಾಂಕ ನಿರ್ಣಯ ಅಗತ್ಯವಿದೆ) LTR ಅಳವಡಿಕೆ ಸಮಯ (ಸಸ್ಯಗಳಿಗೆ) ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ನಕಲು (ಸಸ್ಯಗಳಿಗೆ) ಆಯ್ದ ಒತ್ತಡ ಸಿಂಟೆನಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ |
ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳು
● ಜೀನ್ ಕುಟುಂಬ
● ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್
● ವ್ಯತ್ಯಾಸ ಸಮಯ
● ಆಯ್ದ ಒತ್ತಡ
● ಸಿಂಟೆನಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಮಾದರಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು ಮತ್ತು ವಿತರಣೆ
ಮಾದರಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು:
ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮ ಮತ್ತು ಜೋಡಣೆಗಾಗಿ ಅಂಗಾಂಶ ಅಥವಾ DNA
ಅಂಗಾಂಶಕ್ಕಾಗಿ
| ಪ್ರಭೇದಗಳು | ಅಂಗಾಂಶ | ಸಮೀಕ್ಷೆ | ಪ್ಯಾಕ್ಬಯೋ ಸಿಸಿಎಸ್ |
| ಪ್ರಾಣಿ | ಒಳಾಂಗಗಳ ಅಂಗಾಂಶ | 0.5 ~ 1 ಗ್ರಾಂ | ≥ 3.5 ಗ್ರಾಂ |
| ಸ್ನಾಯು ಅಂಗಾಂಶ | |||
| ≥ 5.0 ಗ್ರಾಂ | |||
| ≥ 5.0 ಮಿ.ಲೀ. | |||
| ಸಸ್ತನಿ ರಕ್ತ | |||
| ≥ 0.5 ಮಿ.ಲೀ. | |||
| ಕೋಳಿ/ಮೀನಿನ ರಕ್ತ | |||
| ಸಸ್ಯ | ತಾಜಾ ಎಲೆ | 1 ~ 2 ಗ್ರಾಂ | ≥ 5.0 ಗ್ರಾಂ |
| ದಳ/ಕಾಂಡ | 1 ~ 2 ಗ್ರಾಂ | ≥ 10.0 ಗ್ರಾಂ | |
| ಬೇರು/ಬೀಜ | 1 ~ 2 ಗ್ರಾಂ | ≥ 20.0 ಗ್ರಾಂ | |
| ಜೀವಕೋಶಗಳು | ಕಲ್ಚರ್ಡ್ ಕೋಶ | - | ≥ 1 x 108 |
ಡೇಟಾ
ನಿಕಟ ಸಂಬಂಧಿತ ಜಾತಿಗಳ ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮ ಫೈಲ್ಗಳು (.ಫಾಸ್ಟಾ) ಮತ್ತು ಟಿಪ್ಪಣಿ ಫೈಲ್ಗಳು (.gff3).
ಸೇವಾ ಕೆಲಸದ ಹರಿವು
ಪ್ರಯೋಗ ವಿನ್ಯಾಸ
ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ
ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣ
ಅನುಕ್ರಮ
ಡೇಟಾ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವೆಗಳು
*ಇಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಿರುವ ಡೆಮೊ ಫಲಿತಾಂಶಗಳೆಲ್ಲವೂ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್ ಟೆಕ್ನಾಲಜೀಸ್ನೊಂದಿಗೆ ಪ್ರಕಟವಾದ ಜೀನೋಮ್ಗಳಿಂದ ಬಂದಿವೆ.
1.LTR ಅಳವಡಿಕೆ ಸಮಯದ ಅಂದಾಜು: ಇತರ ಜಾತಿಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ, ವೀನಿಂಗ್ ರೈ ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ LTR-RT ಗಳ ಅಳವಡಿಕೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ವಿಶಿಷ್ಟವಾದ ಬೈಮೋಡಲ್ ವಿತರಣೆಯನ್ನು ಈ ಅಂಕಿ ತೋರಿಸಿದೆ. ಇತ್ತೀಚಿನ ಶಿಖರವು ಸುಮಾರು 0.5 ಮಿಲಿಯನ್ ವರ್ಷಗಳ ಹಿಂದೆ ಕಾಣಿಸಿಕೊಂಡಿತು.
ಲಿ ಗುವಾಂಗ್ ಮತ್ತು ಇತರರು,ನೇಚರ್ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್, 2021
2. ಚಯೋಟ್ (ಸೆಚಿಯಮ್ ಎಡ್ಯೂಲ್) ಮೇಲಿನ ಫೈಲೋಜೆನಿ ಮತ್ತು ಜೀನ್ ಕುಟುಂಬ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ: ಚಯೋಟ್ ಮತ್ತು ಜೀನ್ ಕುಟುಂಬದಲ್ಲಿನ ಇತರ 13 ಸಂಬಂಧಿತ ಜಾತಿಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸುವ ಮೂಲಕ, ಚಯೋಟ್ ಹಾವಿನ ಸೋರೆಕಾಯಿ (ಟ್ರೈಕೊಸಾಂಥೆಸ್ ಅಂಗುಯಿನಾ) ನೊಂದಿಗೆ ಹೆಚ್ಚು ನಿಕಟ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿದೆ ಎಂದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ. 27-45 ರ ಸುಮಾರಿಗೆ ಮಿಯಾದಲ್ಲಿ ಹಾವಿನ ಸೋರೆಕಾಯಿಯಿಂದ ಪಡೆದ ಚಯೋಟ್ ಮತ್ತು 25±4 ಮಿಯಾದಲ್ಲಿ ಚಯೋಟ್ನಲ್ಲಿ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ನಕಲು (WGD) ಕಂಡುಬಂದಿದೆ, ಇದು ಕುಕ್ಯುಬಿಟೇಸಿಯಲ್ಲಿ ಮೂರನೇ WGD ಘಟನೆಯಾಗಿದೆ.
ಫು ಎ ಮತ್ತು ಇತರರು,ತೋಟಗಾರಿಕೆ ಸಂಶೋಧನೆ, 2021
3. ಸಿಂಟೆನಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ: ಹಣ್ಣಿನ ಬೆಳವಣಿಗೆಯಲ್ಲಿ ಫೈಟೊಹಾರ್ಮೋನ್ಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಕೆಲವು ಜೀನ್ಗಳು ಚಾಯೋಟೆ, ಹಾವಿನ ಸೋರೆಕಾಯಿ ಮತ್ತು ಕುಂಬಳಕಾಯಿಯಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬಂದಿವೆ. ಚಾಯೋಟೆ ಮತ್ತು ಕುಂಬಳಕಾಯಿಯ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧವು ಚಾಯೋಟೆ ಮತ್ತು ಹಾವಿನ ಸೋರೆಕಾಯಿಗಿಂತ ಸ್ವಲ್ಪ ಹೆಚ್ಚಾಗಿದೆ.
ಫು ಎ ಮತ್ತು ಇತರರು,ತೋಟಗಾರಿಕೆ ಸಂಶೋಧನೆ, 2021
4.ಜೀನ್ ಕುಟುಂಬ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ: G.thurberi ಮತ್ತು G.davidsonii ಜೀನೋಮ್ಗಳಲ್ಲಿ ಜೀನ್ ಕುಟುಂಬ ವಿಸ್ತರಣೆ ಮತ್ತು ಸಂಕೋಚನದ ಕುರಿತು KEGG ಪುಷ್ಟೀಕರಣವು ಸ್ಟೀರಾಯ್ಡ್ ಜೈವಿಕ ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆ ಮತ್ತು ಬ್ರಾಸಿನೋಸ್ಟೆರಾಯ್ಡ್ ಜೈವಿಕ ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಜೀನ್ಗಳನ್ನು ವಿಸ್ತರಿಸಲಾಗಿದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ.
ಯಾಂಗ್ ಝಡ್ ಮತ್ತು ಇತರರು,ಬಿಎಂಸಿ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ, 2021
5. ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ನಕಲು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ: 4DTV ಮತ್ತು Ks ವಿತರಣಾ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ನಕಲು ಘಟನೆಯನ್ನು ತೋರಿಸಿದೆ. ಅಂತರ್ಜಾತಿಗಳ ಶಿಖರಗಳು ನಕಲು ಘಟನೆಗಳನ್ನು ತೋರಿಸಿವೆ. ಅಂತರಜಾತಿಗಳ ಶಿಖರಗಳು ಸ್ಪೆಸಿಯೇಶನ್ ಘಟನೆಗಳನ್ನು ತೋರಿಸಿವೆ. ಇತರ ಮೂರು ನಿಕಟ ಸಂಬಂಧಿತ ಜಾತಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ, O. ಯುರೋಪಿಯಾ ಇತ್ತೀಚೆಗೆ ದೊಡ್ಡ ಪ್ರಮಾಣದ ಜೀನ್ ನಕಲು ಮೂಲಕ ಸಾಗಿದೆ ಎಂದು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಸೂಚಿಸಿದೆ.
ರಾವ್ ಜಿ ಮತ್ತು ಇತರರು,ತೋಟಗಾರಿಕೆ ಸಂಶೋಧನೆ, 2021
ಬಿಎಂಕೆ ಪ್ರಕರಣ
ಮುಳ್ಳುಗಳಿಲ್ಲದ ಗುಲಾಬಿ: ತೇವಾಂಶ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಒಳನೋಟಗಳು
ಪ್ರಕಟಣೆ: ರಾಷ್ಟ್ರೀಯ ವಿಜ್ಞಾನ ವಿಮರ್ಶೆ, 2021
ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ:
'ಬಸ್ಯೆ'ಗಳುಮುಳ್ಳಿಲ್ಲದ' (ಆರ್.ವಿಚುರೈನನ್) ಜೀನೋಮ್:
ಅಂದಾಜು 93 X ಪ್ಯಾಕ್ಬಯೋ + ಅಂದಾಜು 90 X ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ + 267 X ಇಲ್ಯುಮಿನಾ
ಪ್ರಮುಖ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು
1. ಉತ್ತಮ ಗುಣಮಟ್ಟದ ಆರ್.ವಿಚುರಿಯಾನಾ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ದೀರ್ಘ-ಓದಿದ ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ ನಿರ್ಮಿಸಲಾಗಿದೆ, ಇದು 530.07 Mb ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ (ಅಂದಾಜು ಜೀನೋಮ್ ಗಾತ್ರವು ಫ್ಲೋ ಸೈಟೋಮೆಟ್ರಿಯಿಂದ ಸರಿಸುಮಾರು 525.9 Mb ಮತ್ತು ಜೀನೋಮ್ ಸಮೀಕ್ಷೆಯಿಂದ 525.5 ಆಗಿತ್ತು; ಹೆಟೆರೊಜೈಗೋಸಿಟಿ ಸುಮಾರು 1.03%). BUSCO ಅಂದಾಜು ಸ್ಕೋರ್ 93.9% ಆಗಿತ್ತು. "ಓಲ್ಡ್ ಬ್ಲಶ್" (ಹ್ಯಾಪ್ಲೂಒಬಿ) ನೊಂದಿಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ, ಈ ಜೀನೋಮ್ನ ಗುಣಮಟ್ಟ ಮತ್ತು ಸಂಪೂರ್ಣತೆಯನ್ನು ಬೇಸ್ ಸಿಂಗಲ್-ಬೇಸ್ ನಿಖರತೆ ಮತ್ತು LTR ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಸೂಚ್ಯಂಕದಿಂದ ದೃಢಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ (LAI=20.03). ಆರ್.ವಿಚುರಿಯಾನಾ ಜೀನೋಮ್ 32,674 ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕೋಡಿಂಗ್ ಜೀನ್ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ.
2. ತುಲನಾತ್ಮಕ ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್, ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮಿಕ್ಸ್, ಜೆನೆಟಿಕ್ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ QTL ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಮಲ್ಟಿ-ಓಮಿಕ್ಸ್ ಜಂಟಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು R. ವಿಚುರಿಯಾನಾ ಮತ್ತು ರೋಸಾ ಚೈನೆನ್ಸಿಸ್ ನಡುವಿನ ನಿರ್ಣಾಯಕ ಸ್ಪೆಸಿಯೇಶನ್ ಅನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು. ಅಲ್ಲದೆ, QTL ನಲ್ಲಿ ಸಂಬಂಧಿತ ಜೀನ್ಗಳ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ವ್ಯತ್ಯಾಸವು ಕಾಂಡದ ಮುಳ್ಳು ಮಾದರಿಯೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿರಬಹುದು.
ಬಸ್ಯೆಯ ಥಾರ್ನ್ಲೆಸ್ ಮತ್ತು ರೋಸಾ ಚೈನೆನ್ಸಿಸ್ ನಡುವಿನ ತುಲನಾತ್ಮಕ ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಸಿಂಟೆನಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, ಜೀನ್ ಕುಟುಂಬ ಸಮೂಹ, ವಿಸ್ತರಣೆ ಮತ್ತು ಸಂಕೋಚನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಸೇರಿದಂತೆ ಗುಲಾಬಿಗಳಲ್ಲಿನ ನಿರ್ಣಾಯಕ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಖ್ಯೆಯ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು. NAC ಮತ್ತು FAR1/FRS ಜೀನ್ ಕುಟುಂಬದಲ್ಲಿನ ವಿಶಿಷ್ಟ ವಿಸ್ತರಣೆಯು ಕಪ್ಪು ಚುಕ್ಕೆಗೆ ಪ್ರತಿರೋಧದೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿರುವ ಸಾಧ್ಯತೆಯಿದೆ.
BT ಮತ್ತು haploOB ಜೀನೋಮ್ಗಳ ನಡುವಿನ ತುಲನಾತ್ಮಕ ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ.
ಝಾಂಗ್, ಎಂ., ಮತ್ತು ಇತರರು. "ಮುಳ್ಳುಗಳಿಲ್ಲದ ಗುಲಾಬಿ: ತೇವಾಂಶ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಒಳನೋಟಗಳು"ರಾಷ್ಟ್ರೀಯ ವಿಜ್ಞಾನ ವಿಮರ್ಶೆ, 2021;, nwab092.
