ಉತ್ಪನ್ನಗಳು

ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ mRNA ಅನುಕ್ರಮ -PacBio

ಡಿ ನೋವೊಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅನುಕ್ರಮ, ಎಂದೂ ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆಡಿ ನೋವೊIso-Seq PacBio ಸೀಕ್ವೆನ್ಸರ್‌ನ ಪ್ರಯೋಜನಗಳನ್ನು ಓದುವ ಉದ್ದದಲ್ಲಿ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ, ಇದು ಯಾವುದೇ ವಿರಾಮಗಳಿಲ್ಲದೆ ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ cDNA ಅಣುಗಳ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ.ಇದು ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಕ್ರಿಪ್ಟ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಹಂತಗಳಲ್ಲಿ ಉತ್ಪತ್ತಿಯಾಗುವ ಯಾವುದೇ ದೋಷಗಳನ್ನು ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ತಪ್ಪಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಐಸೋಫಾರ್ಮ್-ಮಟ್ಟದ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಯುನಿಜೀನ್ ಸೆಟ್‌ಗಳನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸುತ್ತದೆ.ಈ ಯುನಿಜೀನ್ ಸೆಟ್‌ಗಳು ಶಕ್ತಿಯುತವಾದ ಆನುವಂಶಿಕ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು "ರೆಫರೆನ್ಸ್ ಜೀನೋಮ್" ಆಗಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ.ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, ಮುಂದಿನ ಪೀಳಿಗೆಯ ಅನುಕ್ರಮ ಡೇಟಾದೊಂದಿಗೆ ಸಂಯೋಜಿಸಿ, ಈ ಸೇವೆಯು ಐಸೊಫಾರ್ಮ್-ಮಟ್ಟದ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯ ನಿಖರವಾದ ಪರಿಮಾಣವನ್ನು ಶಕ್ತಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ.

ವೇದಿಕೆ: PacBio ಸೀಕ್ವೆಲ್ II

ಗ್ರಂಥಾಲಯ: SMRT ಬೆಲ್ ಲೈಬ್ರರಿ

ನಮ್ಮನ್ನು ಸಂಪರ್ಕಿಸಿ

ಸೇವೆಯ ವಿವರಗಳು

ಡೆಮೊ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು

ಉದಾಹರಣಾ ಪರಿಶೀಲನೆ

ಸೇವೆಯ ಅನುಕೂಲಗಳು

● ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ cDNA ಅಣುವಿನ ನೇರ ಓದುವಿಕೆ 3'- ಅಂತ್ಯದಿಂದ 5'- ಅಂತ್ಯದವರೆಗೆ

● ಅನುಕ್ರಮ ರಚನೆಯಲ್ಲಿ ಐಸೊ-ಫಾರ್ಮ್ ಮಟ್ಟದ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್

● ಹೆಚ್ಚಿನ ನಿಖರತೆ ಮತ್ತು ಸಮಗ್ರತೆಯೊಂದಿಗೆ ಪ್ರತಿಗಳು

● ವಿವಿಧ ಜಾತಿಗಳಿಗೆ ಹೆಚ್ಚು ಹೊಂದಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ

● 4 PacBio ಸೀಕ್ವೆಲ್ II ಅನುಕ್ರಮ ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ದೊಡ್ಡ ಅನುಕ್ರಮ ಸಾಮರ್ಥ್ಯ

● 700 Pacbio-ಆಧಾರಿತ RNA ಅನುಕ್ರಮ ಯೋಜನೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೆಚ್ಚು ಅನುಭವಿ

● BMKCloud ಆಧಾರಿತ ಫಲಿತಾಂಶ ವಿತರಣೆ: ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್‌ನಲ್ಲಿ ಕಸ್ಟಮೈಸ್ ಮಾಡಿದ ಡೇಟಾ-ಮೈನಿಂಗ್ ಲಭ್ಯವಿದೆ.

● ಯೋಜನೆ ಪೂರ್ಣಗೊಂಡ ನಂತರ ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವೆಗಳು 3 ತಿಂಗಳವರೆಗೆ ಮಾನ್ಯವಾಗಿರುತ್ತವೆ

ಸೇವೆಯ ವಿಶೇಷಣಗಳು

ವೇದಿಕೆ: PacBio ಸೀಕ್ವೆಲ್ II

ಅನುಕ್ರಮ ಗ್ರಂಥಾಲಯ: ಪಾಲಿ A- ಪುಷ್ಟೀಕರಿಸಿದ mRNA ಲೈಬ್ರರಿ

ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾದ ಡೇಟಾ ಇಳುವರಿ: 20 Gb/ಮಾದರಿ (ಜಾತಿಗಳನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿ)

FLNC (%): ≥75%

*FLNC: ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ನಾನ್-ಚಿಮೆರಿಕ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಸಿಪ್ಟ್‌ಗಳು

ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳು

● ಕಚ್ಚಾ ಡೇಟಾ ಸಂಸ್ಕರಣೆ

● ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ

● ಅನುಕ್ರಮ ರಚನೆ

● ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಣ

● ಫಂಕ್ಷನ್ ಟಿಪ್ಪಣಿ

ಮಾದರಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು ಮತ್ತು ವಿತರಣೆ

ಮಾದರಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು:

ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್‌ಗಳು:

Conc.(ng/μl)

ಮೊತ್ತ (μg)

ಶುದ್ಧತೆ

ಸಮಗ್ರತೆ

≥ 120

≥ 0.6

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

ಜೆಲ್‌ನಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಥವಾ ಡಿಎನ್‌ಎ ಮಾಲಿನ್ಯವನ್ನು ಸೀಮಿತಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ ಅಥವಾ ಇಲ್ಲ.

ಸಸ್ಯಗಳಿಗೆ: RIN≥7.5;

ಪ್ರಾಣಿಗಳಿಗೆ: RIN≥8.0;

5.0≥ 28S/18S≥1.0;

ಸೀಮಿತ ಅಥವಾ ಬೇಸ್‌ಲೈನ್ ಎತ್ತರವಿಲ್ಲ

ಅಂಗಾಂಶ: ತೂಕ (ಶುಷ್ಕ):≥1 ಗ್ರಾಂ
*5 ಮಿಗ್ರಾಂಗಿಂತ ಚಿಕ್ಕದಾಗಿರುವ ಅಂಗಾಂಶಗಳಿಗೆ, ಫ್ಲ್ಯಾಶ್ ಹೆಪ್ಪುಗಟ್ಟಿದ (ದ್ರವ ಸಾರಜನಕದಲ್ಲಿ) ಅಂಗಾಂಶ ಮಾದರಿಯನ್ನು ಕಳುಹಿಸಲು ನಾವು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುತ್ತೇವೆ.

ಸೆಲ್ ಅಮಾನತು:ಕೋಶಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ = 3×10⁶- 1×10⁷
*ಹೆಪ್ಪುಗಟ್ಟಿದ ಕೋಶ ಲೈಸೇಟ್ ಅನ್ನು ಸಾಗಿಸಲು ನಾವು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುತ್ತೇವೆ.ಆ ಕೋಶವು 5×10 ಕ್ಕಿಂತ ಚಿಕ್ಕದಾಗಿದ್ದರೆ⁵, ದ್ರವ ಸಾರಜನಕದಲ್ಲಿ ಘನೀಕರಿಸಿದ ಫ್ಲ್ಯಾಷ್ ಅನ್ನು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾಗಿದೆ, ಇದು ಸೂಕ್ಷ್ಮ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆಗೆ ಯೋಗ್ಯವಾಗಿದೆ.

ರಕ್ತದ ಮಾದರಿಗಳು:ಸಂಪುಟ≥1 ಮಿಲಿ

ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿ:ದ್ರವ್ಯರಾಶಿ ≥ 1 ಗ್ರಾಂ

ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾದ ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ

ಕಂಟೈನರ್:
2 ಮಿಲಿ ಸೆಂಟ್ರಿಫ್ಯೂಜ್ ಟ್ಯೂಬ್ (ಟಿನ್ ಫಾಯಿಲ್ ಅನ್ನು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುವುದಿಲ್ಲ)
ಮಾದರಿ ಲೇಬಲಿಂಗ್: ಗುಂಪು+ಪ್ರತಿಕೃತಿ ಉದಾ A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

ಸಾಗಣೆ:

1. ಡ್ರೈ-ಐಸ್: ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಚೀಲಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ಯಾಕ್ ಮಾಡಬೇಕಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಡ್ರೈ-ಐಸ್ನಲ್ಲಿ ಹೂಳಬೇಕು.
2. ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ ಸ್ಟೇಬಲ್ ಟ್ಯೂಬ್‌ಗಳು: ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ ಸ್ಥಿರೀಕರಣ ಟ್ಯೂಬ್‌ನಲ್ಲಿ ಒಣಗಿಸಬಹುದು (ಉದಾ ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ ಸ್ಟೇಬಲ್®) ಮತ್ತು ಕೋಣೆಯ ಉಷ್ಣಾಂಶದಲ್ಲಿ ರವಾನಿಸಬಹುದು.

ಸೇವಾ ಕೆಲಸದ ಹರಿವು

ಪ್ರಯೋಗ ವಿನ್ಯಾಸ

ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ

ಆರ್ಎನ್ಎ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆ

ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣ

ಅನುಕ್ರಮ

ಮಾಹಿತಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ

ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವೆಗಳು

ಹಿಂದಿನ: ಯುಕ್ಯಾರಿಯೋಟಿಕ್ mRNA ಅನುಕ್ರಮ-ಇಲ್ಯುಮಿನಾ

ಮುಂದೆ: ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ mRNA ಅನುಕ್ರಮ-ನ್ಯಾನೊಪೋರ್

1.FLNC ಉದ್ದ ವಿತರಣೆ

ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ನಾನ್-ಚಿಮೆರಿಕ್ ರೀಡ್ (FLNC) ನ ಉದ್ದವು ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣದಲ್ಲಿ cDNA ಯ ಉದ್ದವನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.ಲೈಬ್ರರಿ ನಿರ್ಮಾಣದ ಗುಣಮಟ್ಟವನ್ನು ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡುವಲ್ಲಿ FLNC ಉದ್ದದ ವಿತರಣೆಯು ನಿರ್ಣಾಯಕ ಸೂಚಕವಾಗಿದೆ.

mRNA-FLNC-ಓದಲು-ಉದ್ದ-ಹಂಚಿಕೆ

FLNC ರೀಡ್ ಲೆಂತ್ ವಿತರಣೆ

2.Complete ORF ಪ್ರದೇಶದ ಉದ್ದ ವಿತರಣೆ

ಯೂನಿಜೀನ್ ಸೆಟ್‌ಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕೋಡಿಂಗ್ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಮತ್ತು ಅನುಗುಣವಾದ ಅಮೈನೊ ಆಸಿಡ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಊಹಿಸಲು ನಾವು ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಡಿಕೋಡರ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತೇವೆ, ಇದು ಎಲ್ಲಾ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಪೂರ್ಣ ಅನಗತ್ಯ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ.

mRNA-ಸಂಪೂರ್ಣ-ORF-ಉದ್ದ-ಹಂಚಿಕೆ

ORF ಪ್ರದೇಶದ ಉದ್ದದ ವಿತರಣೆಯನ್ನು ಪೂರ್ಣಗೊಳಿಸಿ

3.KEGG ಮಾರ್ಗ ಪುಷ್ಟೀಕರಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ

PacBio ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಡೇಟಾದಿಂದ ರಚಿಸಲಾದ ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಸೆಟ್‌ಗಳಲ್ಲಿ NGS-ಆಧಾರಿತ RNA ಅನುಕ್ರಮ ಡೇಟಾವನ್ನು ಜೋಡಿಸುವ ಮೂಲಕ ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಿದ ಪ್ರತಿಗಳನ್ನು (DET ಗಳು) ಗುರುತಿಸಬಹುದು.ಈ DET ಗಳನ್ನು ವಿವಿಧ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಮತ್ತಷ್ಟು ಸಂಸ್ಕರಿಸಬಹುದು, ಉದಾ KEGG ಪಾಥ್‌ವೇ ಪುಷ್ಟೀಕರಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ.

mRNA-DEG-KEGG-ಪಾತ್‌ವೇ-ಪುಷ್ಟೀಕರಣ

DET KEGG ಮಾರ್ಗ ಪುಷ್ಟೀಕರಣ -ಡಾಟ್ ಪ್ಲಾಟ್

ಬಿಎಂಕೆ ಪ್ರಕರಣ

ಪಾಪ್ಯುಲಸ್ ಕಾಂಡದ ಪ್ರತಿಲೇಖನದ ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್

ಪ್ರಕಟಿಸಲಾಗಿದೆ: ಪ್ಲಾಂಟ್ ಬಯೋಟೆಕ್ನಾಲಜಿ ಜರ್ನಲ್, 2019

ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ:
ಮಾದರಿ ಸಂಗ್ರಹ:ಕಾಂಡದ ಪ್ರದೇಶಗಳು: ತುದಿ, ಮೊದಲ ಇಂಟರ್ನೋಡ್(IN1), ಎರಡನೇ ಇಂಟರ್ನೋಡ್(IN2), ಮೂರನೇ ಇಂಟರ್ನೋಡ್(IN3), ಇಂಟರ್ನೋಡ್(IN4) ಮತ್ತು ಇಂಟರ್ನೋಡ್(IN5) ನಿಂದ Nanlin895
NGS ಅನುಕ್ರಮ:15 ವ್ಯಕ್ತಿಗಳ ಆರ್‌ಎನ್‌ಎಯನ್ನು ಒಂದು ಜೈವಿಕ ಮಾದರಿಯಾಗಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗಿದೆ.NGS ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕಾಗಿ ಪ್ರತಿ ಬಿಂದುಗಳ ಮೂರು ಜೈವಿಕ ಪ್ರತಿಕೃತಿಗಳನ್ನು ಸಂಸ್ಕರಿಸಲಾಗಿದೆ
TGS ಅನುಕ್ರಮ:ಕಾಂಡದ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಮೂರು ಪ್ರದೇಶಗಳಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸಲಾಗಿದೆ, ಅಂದರೆ ತುದಿ, IN1-IN3 ಮತ್ತು IN4-IN5.ಪ್ರತಿ ಪ್ರದೇಶವನ್ನು ನಾಲ್ಕು ವಿಧದ ಲೈಬ್ರರಿಗಳೊಂದಿಗೆ PacBio ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕಾಗಿ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb ಮತ್ತು 3-10 kb.

ಪ್ರಮುಖ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು

1.ಒಟ್ಟು 87150 ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಪ್ರತಿಲಿಪಿಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ, ಇದರಲ್ಲಿ 2081 ಕಾದಂಬರಿ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್‌ಗಳು ಮತ್ತು 62058 ಕಾದಂಬರಿ ಪರ್ಯಾಯ ಸ್ಪ್ಲೈಸ್ಡ್ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ.
2.1187 lncRNA ಮತ್ತು 356 ಸಮ್ಮಿಳನ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ.
3. ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಬೆಳವಣಿಗೆಯಿಂದ ದ್ವಿತೀಯ ಬೆಳವಣಿಗೆಯವರೆಗೆ, 995 ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಿದ ಜೀನ್‌ಗಳಿಂದ 15838 ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಿದ ಪ್ರತಿಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ.ಎಲ್ಲಾ DEG ಗಳಲ್ಲಿ, 1216 ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಗಳಾಗಿವೆ, ಅವುಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನವು ಇನ್ನೂ ವರದಿಯಾಗಿಲ್ಲ.
4.GO ಪುಷ್ಟೀಕರಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಮತ್ತು ಮಾಧ್ಯಮಿಕ ಬೆಳವಣಿಗೆಯಲ್ಲಿ ಕೋಶ ವಿಭಜನೆ ಮತ್ತು ಆಕ್ಸಿಡೀಕರಣ-ಕಡಿತ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯ ಪ್ರಾಮುಖ್ಯತೆಯನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು.

ಪರ್ಯಾಯ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ಘಟನೆಗಳು ಮತ್ತು ವಿಭಿನ್ನ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್‌ಗಳು
ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಗಳ ಮೇಲೆ WGCNA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ

ಉಲ್ಲೇಖ

ಚಾವೋ ಕ್ಯೂ, ಗಾವೋ ZF, ಜಾಂಗ್ ಡಿ, ಮತ್ತು ಇತರರು.ಪಾಪ್ಯುಲಸ್ ಕಾಂಡದ ಪ್ರತಿಲೇಖನದ ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್.ಸಸ್ಯ ಬಯೋಟೆಕ್ನಾಲ್ J. 2019;17(1):206-219.doi:10.1111/pbi.12958