ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ mRNA ಅನುಕ್ರಮ-ನ್ಯಾನೊಪೋರ್
ಸೇವೆಯ ಅನುಕೂಲಗಳು
● ಕಡಿಮೆ ಅನುಕ್ರಮ ಪಕ್ಷಪಾತ
● ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ cDNA ಅಣುಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುವುದು
● ಅದೇ ಸಂಖ್ಯೆಯ ಪ್ರತಿಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಳ್ಳಲು ಕಡಿಮೆ ಡೇಟಾ ಅಗತ್ಯವಿದೆ
● ಪ್ರತಿ ಜೀನ್‌ಗೆ ಬಹು ಐಸೊಫಾರ್ಮ್‌ಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ
● ಐಸೊಫಾರ್ಮ್ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಣ
ಸೇವೆಯ ವಿಶೇಷಣಗಳು
| ಗ್ರಂಥಾಲಯ | ವೇದಿಕೆ | ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾದ ಡೇಟಾ ಇಳುವರಿ (Gb) | ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ |
| cDNA-PCR(ಪಾಲಿ-A ಪುಷ್ಟೀಕರಿಸಿದ) | ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಪ್ರೊಮೆಥಿಯಾನ್ P48 | 6 ಜಿಬಿ/ಮಾದರಿ (ಜಾತಿಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ) | ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಅನುಪಾತ "70% ಸರಾಸರಿ ಗುಣಮಟ್ಟದ ಸ್ಕೋರ್: Q10
|
ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳು
●ಕಚ್ಚಾ ಡೇಟಾ ಸಂಸ್ಕರಣೆ
● ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ
● ಪರ್ಯಾಯ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್
● ಜೀನ್ ಮಟ್ಟ ಮತ್ತು ಐಸೋಫಾರ್ಮ್ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಣ
● ಭೇದಾತ್ಮಕ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
● ಕಾರ್ಯ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮತ್ತು ಪುಷ್ಟೀಕರಣ (DEG ಗಳು ಮತ್ತು DET ಗಳು)
ಮಾದರಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು ಮತ್ತು ವಿತರಣೆ
ಮಾದರಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು:
ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್‌ಗಳು:
| Conc.(ng/μl) | ಮೊತ್ತ (μg) | ಶುದ್ಧತೆ | ಸಮಗ್ರತೆ |
| ≥ 100 | ≥ 1.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ಜೆಲ್‌ನಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಥವಾ ಡಿಎನ್‌ಎ ಮಾಲಿನ್ಯವನ್ನು ಸೀಮಿತಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ ಅಥವಾ ಇಲ್ಲ. | ಸಸ್ಯಗಳಿಗೆ: RIN≥7.0; ಪ್ರಾಣಿಗಳಿಗೆ: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ಸೀಮಿತ ಅಥವಾ ಬೇಸ್‌ಲೈನ್ ಎತ್ತರವಿಲ್ಲ |
ಅಂಗಾಂಶ: ತೂಕ(ಶುಷ್ಕ): ≥1 ಗ್ರಾಂ
*5 ಮಿಗ್ರಾಂಗಿಂತ ಚಿಕ್ಕದಾಗಿರುವ ಅಂಗಾಂಶಗಳಿಗೆ, ಫ್ಲ್ಯಾಶ್ ಹೆಪ್ಪುಗಟ್ಟಿದ (ದ್ರವ ಸಾರಜನಕದಲ್ಲಿ) ಅಂಗಾಂಶ ಮಾದರಿಯನ್ನು ಕಳುಹಿಸಲು ನಾವು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುತ್ತೇವೆ.
ಸೆಲ್ ಅಮಾನತು: ಸೆಲ್ ಎಣಿಕೆ = 3×106- 1×107
*ಹೆಪ್ಪುಗಟ್ಟಿದ ಕೋಶ ಲೈಸೇಟ್ ಅನ್ನು ಸಾಗಿಸಲು ನಾವು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುತ್ತೇವೆ.ಆ ಕೋಶವು 5×10 ಕ್ಕಿಂತ ಚಿಕ್ಕದಾಗಿದ್ದರೆ5, ದ್ರವ ಸಾರಜನಕದಲ್ಲಿ ಘನೀಕರಿಸಿದ ಫ್ಲ್ಯಾಷ್ ಅನ್ನು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾಗಿದೆ, ಇದು ಸೂಕ್ಷ್ಮ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆಗೆ ಯೋಗ್ಯವಾಗಿದೆ.
ರಕ್ತದ ಮಾದರಿಗಳು: ಸಂಪುಟ≥1 ಮಿಲಿ
ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾದ ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ
ಕಂಟೈನರ್: 2 ಮಿಲಿ ಸೆಂಟ್ರಿಫ್ಯೂಜ್ ಟ್ಯೂಬ್ (ಟಿನ್ ಫಾಯಿಲ್ ಅನ್ನು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುವುದಿಲ್ಲ)
ಮಾದರಿ ಲೇಬಲಿಂಗ್: ಗುಂಪು+ಪ್ರತಿಕೃತಿ ಉದಾ A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
ಸಾಗಣೆ: 2, ಡ್ರೈ-ಐಸ್: ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಚೀಲಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ಯಾಕ್ ಮಾಡಬೇಕಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಡ್ರೈ-ಐಸ್ನಲ್ಲಿ ಹೂಳಬೇಕು.
- ಆರ್ಎನ್ಎ ಸ್ಟೇಬಲ್ ಟ್ಯೂಬ್‌ಗಳು: ಆರ್ಎನ್ಎ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಆರ್ಎನ್ಎ ಸ್ಥಿರೀಕರಣ ಟ್ಯೂಬ್‌ನಲ್ಲಿ ಒಣಗಿಸಬಹುದು (ಉದಾಹರಣೆಗೆ ಆರ್ಎನ್ಎ ಸ್ಟೇಬಲ್®) ಮತ್ತು ಕೋಣೆಯ ಉಷ್ಣಾಂಶದಲ್ಲಿ ರವಾನಿಸಬಹುದು.
ಸೇವಾ ಕೆಲಸದ ಹರಿವು
ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್‌ಗಳು:
ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ
ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣ
ಅನುಕ್ರಮ
ಮಾಹಿತಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವೆಗಳು
ಸೇವಾ ಕೆಲಸದ ಹರಿವು
ಅಂಗಾಂಶ:
ಪ್ರಯೋಗ ವಿನ್ಯಾಸ
ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ
ಆರ್ಎನ್ಎ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆ
ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣ
ಅನುಕ್ರಮ
ಮಾಹಿತಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವೆಗಳು
1.ಭೇದಾತ್ಮಕ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ -ಜ್ವಾಲಾಮುಖಿ ಕಥಾವಸ್ತು
ಡಿಫರೆನ್ಷಿಯಲ್ ಎಕ್ಸ್‌ಪ್ರೆಶನ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಿದ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು (ಡಿಇಜಿ) ಗುರುತಿಸಲು ಜೀನ್ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಮತ್ತು ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿ ಗುರುತಿಸಲು ಐಸೊಫಾರ್ಮ್ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗೊಳಿಸಬಹುದು.
ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಿದ ಪ್ರತಿಗಳು (ಡಿಇಟಿ)
2.ಶ್ರೇಣೀಕೃತ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್ ಹೀಟ್‌ಮ್ಯಾಪ್
3.ಪರ್ಯಾಯ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ ಮತ್ತು ವರ್ಗೀಕರಣ
ಐದು ವಿಧದ ಪರ್ಯಾಯ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ಘಟನೆಗಳನ್ನು ಅಸ್ತಲವಿಸ್ಟಾ ಊಹಿಸಬಹುದು.
4.ಪಾಲಿ-ಎ ಯ 50 ಬಿಪಿ ಅಪ್‌ಸ್ಟ್ರೀಮ್‌ನಲ್ಲಿ ಪರ್ಯಾಯ ಪಾಲಿ-ಅಡೆನೈಲೇಷನ್ (ಎಪಿಎ) ಈವೆಂಟ್‌ಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಮೋಟಿಫ್
ಬಿಎಂಕೆ ಪ್ರಕರಣ
ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅನುಕ್ರಮದಿಂದ ಪರ್ಯಾಯ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಐಸೊಫಾರ್ಮ್-ಮಟ್ಟದ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಣ
ಪ್ರಕಟಿಸಲಾಗಿದೆ:ನೇಚರ್ ಕಮ್ಯುನಿಕೇಷನ್ಸ್, 2020
ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ:
ಗುಂಪುಗಾರಿಕೆ: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1(K700E ರೂಪಾಂತರ);3. ಸಾಮಾನ್ಯ ಬಿ-ಕೋಶಗಳು
ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ: MinION 2D ಲೈಬ್ರರಿ ಅನುಕ್ರಮ, PromethION 1D ಲೈಬ್ರರಿ ಅನುಕ್ರಮ;ಅದೇ ಮಾದರಿಗಳಿಂದ ಕಿರು-ಓದಿದ ಡೇಟಾ
ಅನುಕ್ರಮ ವೇದಿಕೆ: ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಮಿನಿಯಾನ್;ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಪ್ರೊಮೆಥಿಯಾನ್;
ಪ್ರಮುಖ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು
1.ಐಸೊಫಾರ್ಮ್-ಮಟ್ಟದ ಪರ್ಯಾಯ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ
ದೀರ್ಘ-ಓದಿದ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ರೂಪಾಂತರಿತ SF3B1 ಅನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಅಧಿಕಾರ ನೀಡುತ್ತದೆK700E-ಐಸೋಫಾರ್ಮ್-ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಸ್ಪ್ಲೈಸ್ ಸೈಟ್‌ಗಳನ್ನು ಬದಲಾಯಿಸಲಾಗಿದೆ.35 ಪರ್ಯಾಯ 3′SS ಗಳು ಮತ್ತು 10 ಪರ್ಯಾಯ 5′SS ಗಳು SF3B1 ನಡುವೆ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿ ವಿಭಜಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿವೆ ಎಂದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ.K700Eಮತ್ತು SF3B1WT.35 ಬದಲಾವಣೆಗಳಲ್ಲಿ 33 ಅನ್ನು ದೀರ್ಘ-ಓದಿದ ಅನುಕ್ರಮಗಳಿಂದ ಹೊಸದಾಗಿ ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲಾಗಿದೆ.
2.ಐಸೊಫಾರ್ಮ್-ಮಟ್ಟದ ಪರ್ಯಾಯ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಣ
SF3B1 ನಲ್ಲಿ ಇಂಟ್ರಾನ್ ಧಾರಣ (IR) ಐಸೋಫಾರ್ಮ್‌ಗಳ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿK700Eಮತ್ತು SF3B1WTನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸಲಾಯಿತು, SF3B1 ನಲ್ಲಿ IR ಐಸೋಫಾರ್ಮ್‌ಗಳ ಜಾಗತಿಕ ನಿಯಂತ್ರಣವನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆK700E.
ಉಲ್ಲೇಖ
ಟ್ಯಾಂಗ್ AD , ಸೌಲೆಟ್ CM , ಬ್ಯಾರೆನ್ MJV , ಮತ್ತು ಇತರರು.ದೀರ್ಘಕಾಲದ ಲಿಂಫೋಸೈಟಿಕ್ ಲ್ಯುಕೇಮಿಯಾದಲ್ಲಿನ SF3B1 ರೂಪಾಂತರದ ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಗುಣಲಕ್ಷಣವು ಉಳಿಸಿಕೊಂಡಿರುವ ಇಂಟ್ರಾನ್‌ಗಳ [J] ನಿಯಂತ್ರಣವನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ.ನೇಚರ್ ಕಮ್ಯುನಿಕೇಷನ್ಸ್.
