ಸಸ್ಯ/ಪ್ರಾಣಿ ಡಿ ನೊವೊ ಜಿನೋಮ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್
ಸೇವೆಯ ಅನುಕೂಲಗಳು
ಅನುಕ್ರಮ ವೇದಿಕೆಗಳು ಮತ್ತು ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಡಿ ನೋವೋಜೀನೋಮ್ ಜೋಡಣೆ
(ಅಮರಸಿಂಗ್ ಎಸ್ ಎಲ್ ಮತ್ತು ಇತರರು,ಜೀನೋಮ್ ಬಯಾಲಜಿ, 2020)
● ಕಾದಂಬರಿ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸುವುದು ಮತ್ತು ಆಸಕ್ತಿಯ ಜಾತಿಗಳಿಗೆ ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿರುವ ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳನ್ನು ಸುಧಾರಿಸುವುದು.
● ಅಸೆಂಬ್ಲಿಯಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ನಿಖರತೆ, ನಿರಂತರತೆ ಮತ್ತು ಸಂಪೂರ್ಣತೆ
● ಅನುಕ್ರಮ ಪಾಲಿಮಾರ್ಫಿಸಂ, ಕ್ಯೂಟಿಎಲ್‌ಗಳು, ಜೀನ್ ಎಡಿಟಿಂಗ್, ಬ್ರೀಡಿಂಗ್ ಇತ್ಯಾದಿಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಶೋಧನೆಗಾಗಿ ಮೂಲಭೂತ ಸಂಪನ್ಮೂಲವನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸುವುದು.
● ಮೂರನೇ ತಲೆಮಾರಿನ ಅನುಕ್ರಮ ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್‌ಗಳ ಸಂಪೂರ್ಣ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರಮ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಸಜ್ಜುಗೊಂಡಿದೆ: ಒಂದು-ನಿಲುಗಡೆ ಜಿನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಪರಿಹಾರ
● ವಿಭಿನ್ನ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳೊಂದಿಗೆ ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳನ್ನು ಪೂರೈಸುವ ಹೊಂದಿಕೊಳ್ಳುವ ಅನುಕ್ರಮ ಮತ್ತು ಜೋಡಣೆ ಕಾರ್ಯತಂತ್ರಗಳು
● ಪಾಲಿಪ್ಲಾಯ್ಡ್‌ಗಳು, ದೈತ್ಯ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳು ಇತ್ಯಾದಿಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ಸಂಕೀರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಗಳಲ್ಲಿ ಉತ್ತಮ ಅನುಭವ ಹೊಂದಿರುವ ಹೆಚ್ಚು ನುರಿತ ಜೈವಿಕ ಮಾಹಿತಿಶಾಸ್ತ್ರಜ್ಞರ ತಂಡ.
● 900 ಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ಸಂಚಿತ ಪ್ರಕಟಿತ ಪ್ರಭಾವದ ಅಂಶದೊಂದಿಗೆ 100 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಯಶಸ್ವಿ ಪ್ರಕರಣಗಳು
● ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್-ಮಟ್ಟದ ಜಿನೋಮ್ ಜೋಡಣೆಗಾಗಿ 3 ತಿಂಗಳಷ್ಟು ವೇಗವಾಗಿ ಸಮಯ.
● ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ಭಾಗ ಮತ್ತು ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಎರಡರಲ್ಲೂ ಪೇಟೆಂಟ್ ಮತ್ತು ಸಾಫ್ಟ್‌ವೇರ್ ಹಕ್ಕುಸ್ವಾಮ್ಯಗಳ ಸರಣಿಯೊಂದಿಗೆ ಘನ ತಾಂತ್ರಿಕ ಬೆಂಬಲ.
ಸೇವೆಯ ವಿಶೇಷಣಗಳು
|
ವಿಷಯ
|
ವೇದಿಕೆ
|
ಓದುವ ಉದ್ದ
|
ವ್ಯಾಪ್ತಿ
|
| ಜಿನೋಮ್ ಸಮೀಕ್ಷೆ
| ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೋವಾಸೆಕ್
| PE150
| ≥ 50X
|
| ಜಿನೋಮ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್
| PacBio Revio
| 15 ಕೆಬಿ ಹೈಫೈ ಓದುತ್ತದೆ
| ≥ 30X
|
| ಹೈ-ಸಿ
| ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೋವಾಸೆಕ್
| PE150
| ≥100X
|
ಕೆಲಸದ ಹರಿವು
ಮಾದರಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು ಮತ್ತು ವಿತರಣೆ
ಮಾದರಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು:
| ಜಾತಿಗಳು | ಅಂಗಾಂಶ | PacBio ಗಾಗಿ | ನ್ಯಾನೋಪೋರ್ಗಾಗಿ |
| ಪ್ರಾಣಿಗಳು | ಒಳಾಂಗಗಳ ಅಂಗಗಳು (ಯಕೃತ್ತು, ಗುಲ್ಮ, ಇತ್ಯಾದಿ) | ≥ 1.0 ಗ್ರಾಂ | ≥ 3.5 ಗ್ರಾಂ |
| ಮಾಂಸಖಂಡ | ≥ 1.5 ಗ್ರಾಂ | ≥ 5.0 ಗ್ರಾಂ | |
| ಸಸ್ತನಿಗಳ ರಕ್ತ | ≥ 1.5 ಮಿ.ಲೀ | ≥ 5.0 ಮಿಲಿ | |
| ಮೀನು ಅಥವಾ ಪಕ್ಷಿಗಳ ರಕ್ತ | ≥ 0.2 ಮಿ.ಲೀ | ≥ 0.5 ಮಿ.ಲೀ | |
| ಗಿಡಗಳು | ತಾಜಾ ಎಲೆಗಳು | ≥ 1.5 ಗ್ರಾಂ | ≥ 5.0 ಗ್ರಾಂ |
| ದಳ ಅಥವಾ ಕಾಂಡ | ≥ 3.5 ಗ್ರಾಂ | ≥ 10.0 ಗ್ರಾಂ | |
| ಬೇರುಗಳು ಅಥವಾ ಬೀಜಗಳು | ≥ 7.0 ಗ್ರಾಂ | ≥ 20.0 ಗ್ರಾಂ | |
| ಜೀವಕೋಶಗಳು | ಕೋಶ ಸಂಸ್ಕೃತಿ | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾದ ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ
ಕಂಟೈನರ್: 2 ಮಿಲಿ ಸೆಂಟ್ರಿಫ್ಯೂಜ್ ಟ್ಯೂಬ್ (ಟಿನ್ ಫಾಯಿಲ್ ಅನ್ನು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುವುದಿಲ್ಲ)
ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾದರಿಗಳಿಗೆ, ಎಥೆನಾಲ್ನಲ್ಲಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸದಂತೆ ನಾವು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುತ್ತೇವೆ.
ಮಾದರಿ ಲೇಬಲಿಂಗ್: ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಸ್ಪಷ್ಟವಾಗಿ ಲೇಬಲ್ ಮಾಡಬೇಕು ಮತ್ತು ಸಲ್ಲಿಸಿದ ಮಾದರಿ ಮಾಹಿತಿ ಫಾರ್ಮ್‌ಗೆ ಒಂದೇ ಆಗಿರಬೇಕು.
ಸಾಗಣೆ: ಡ್ರೈ-ಐಸ್: ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಮೊದಲು ಚೀಲಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ಯಾಕ್ ಮಾಡಬೇಕಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಡ್ರೈ-ಐಸ್ನಲ್ಲಿ ಹೂಳಬೇಕು.
ಸೇವಾ ಕೆಲಸದ ಹರಿವು
ಪ್ರಯೋಗ ವಿನ್ಯಾಸ
ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ
ಡಿಎನ್ಎ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆ
ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣ
ಅನುಕ್ರಮ
ಮಾಹಿತಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವೆಗಳು
*ಇಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಿರುವ ಡೆಮೊ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್ ಟೆಕ್ನಾಲಜೀಸ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಪ್ರಕಟವಾದ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳಿಂದ ಬಂದವು
1. ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್-ಮಟ್ಟದ ಜೀನೋಮ್ ಜೋಡಣೆಯ ಮೇಲೆ ಸರ್ಕೋಸ್ಜಿ. ರೋಟುಂಡಿಫೋಲಿಯಮ್ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್ ಮೂಲಕ
ವಾಂಗ್ ಎಂ ಮತ್ತು ಇತರರು.ಆಣ್ವಿಕ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ ಮತ್ತು ವಿಕಾಸ, 2021
2.ವೈನಿಂಗ್ ರೈ ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಮತ್ತು ಟಿಪ್ಪಣಿಯ ಅಂಕಿಅಂಶಗಳು
ಲಿ ಜಿ ಮತ್ತು ಇತರರು.ನೇಚರ್ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್, 2021
3.ಜೀನ್ ಭವಿಷ್ಯಸೆಕಿಯಮ್ ಎಡ್ಯೂಲ್ಜೀನೋಮ್, ಮೂರು ಮುನ್ಸೂಚನೆ ವಿಧಾನಗಳಿಂದ ಪಡೆಯಲಾಗಿದೆ:ಡಿ ನೋವೊಭವಿಷ್ಯ, ಹೋಮಾಲಜಿ ಆಧಾರಿತ ಭವಿಷ್ಯ ಮತ್ತು RNA-Seq ಡೇಟಾ ಆಧಾರಿತ ಭವಿಷ್ಯ
ಫೂ ಎ ಮತ್ತು ಇತರರು.,ತೋಟಗಾರಿಕೆ ಸಂಶೋಧನೆ, 2021
4.ಮೂರು ಹತ್ತಿ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಅಖಂಡ ದೀರ್ಘ ಟರ್ಮಿನಲ್ ಪುನರಾವರ್ತನೆಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ
ವಾಂಗ್ ಎಂ ಮತ್ತು ಇತರರು.ಆಣ್ವಿಕ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ ಮತ್ತು ವಿಕಾಸ, 2021
5.ಹೈ-ಸಿ ಶಾಖ ನಕ್ಷೆC. ಅಕ್ಯುಮಿನಾಟಾಜೀನೋಮ್ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಆಲ್ ಬೈ ಆಲ್ ಇಂಟರ್ಯಾಕ್ಷನ್‌ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.ಹೈ-ಸಿ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ತೀವ್ರತೆಯು ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳ ನಡುವಿನ ರೇಖೀಯ ಅಂತರಕ್ಕೆ ಅನುಪಾತದಲ್ಲಿರುತ್ತದೆ.ಈ ಹೀಟ್ ಮ್ಯಾಪ್‌ನಲ್ಲಿನ ಶುದ್ಧವಾದ ನೇರ ರೇಖೆಯು ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್‌ಗಳ ಮೇಲೆ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳ ಅತ್ಯಂತ ನಿಖರವಾದ ಲಂಗರು ಹಾಕುವಿಕೆಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.(ಕಾಂಟಿಗ್ ಆಂಕರಿಂಗ್ ಅನುಪಾತ: 96.03%)
kang M et al.,ಪ್ರಕೃತಿ ಸಂವಹನ,2021
ಬಿಎಂಕೆ ಪ್ರಕರಣ
ಉತ್ತಮ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ರೈ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಮತ್ತು ಕೃಷಿಶಾಸ್ತ್ರೀಯವಾಗಿ ಪ್ರಮುಖ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಎತ್ತಿ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ
ಪ್ರಕಟಿಸಲಾಗಿದೆ: ನೇಚರ್ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್, 2021
ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ:
ಜೀನೋಮ್ ಜೋಡಣೆ: 20 kb ಲೈಬ್ರರಿಯೊಂದಿಗೆ PacBio CLR ಮೋಡ್ (497 Gb, ಅಂದಾಜು. 63×)
ಅನುಕ್ರಮ ತಿದ್ದುಪಡಿ: ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್‌ನಲ್ಲಿ 270 ಬಿಪಿ ಡಿಎನ್ಎ ಲೈಬ್ರರಿಯೊಂದಿಗೆ (430 ಜಿಬಿ, ಅಂದಾಜು. 54×) NGS
ಕಾಂಟಿಗ್ಸ್ ಆಂಕರಿಂಗ್: ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್‌ನಲ್ಲಿ ಹೈ-ಸಿ ಲೈಬ್ರರಿ(560 ಜಿಬಿ, ಅಂದಾಜು. 71×)
ಆಪ್ಟಿಕಲ್ ನಕ್ಷೆ: (779.55 Gb, ಅಂದಾಜು. 99×) ಬಯೋನಾನೊ ಐರಿಸ್‌ನಲ್ಲಿ
ಪ್ರಮುಖ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು
1.ವೀನಿಂಗ್ ರೈ ಜೀನೋಮ್‌ನ ಒಟ್ಟು ಜೀನೋಮ್ ಗಾತ್ರ 7.74 Gb (ಫ್ಲೋ ಸೈಟೋಮೆಟ್ರಿಯ ಮೂಲಕ ಅಂದಾಜು ಜೀನೋಮ್ ಗಾತ್ರದ 98.74%) ನೊಂದಿಗೆ ಪ್ರಕಟಿಸಲಾಗಿದೆ.ಈ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಯ ಸ್ಕ್ಯಾಫೋಲ್ಡ್ N50 1.04 Gb ಅನ್ನು ಸಾಧಿಸಿದೆ.93.67% ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು 7 ಹುಸಿ-ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಯಶಸ್ವಿಯಾಗಿ ಲಂಗರು ಹಾಕಲಾಗಿದೆ.ಈ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಯನ್ನು ಲಿಂಕೇಜ್ ಮ್ಯಾಪ್, LAI ಮತ್ತು BUSCO ಮೂಲಕ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡಲಾಯಿತು, ಇದು ಎಲ್ಲಾ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಅಂಕಗಳನ್ನು ಗಳಿಸಿದೆ.
2. ತುಲನಾತ್ಮಕ ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್, ಜೆನೆಟಿಕ್ ಲಿಂಕೇಜ್ ಮ್ಯಾಪ್, ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮಿಕ್ಸ್ ಅಧ್ಯಯನಗಳನ್ನು ಈ ಜಿನೋಮ್‌ನ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ನಡೆಸಲಾಯಿತು.ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಜೀನ್ ನಕಲುಗಳು ಮತ್ತು ಪಿಷ್ಟ ಜೈವಿಕ ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆ ಜೀನ್‌ಗಳ ಮೇಲೆ ಅವುಗಳ ಪ್ರಭಾವ ಸೇರಿದಂತೆ ಜೀನೋಮಿಕ್ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳ ಸರಣಿಯನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಲಾಯಿತು;ಸಂಕೀರ್ಣ ಪ್ರೋಲಾಮಿನ್ ಲೊಕಿಯ ಭೌತಿಕ ಸಂಘಟನೆ, ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು ಆರಂಭಿಕ ಶಿರೋನಾಮೆ ಲಕ್ಷಣ ಮತ್ತು ಪಳಗಿಸುವಿಕೆ-ಸಂಬಂಧಿತ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮಲ್ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಮತ್ತು ರೈನಲ್ಲಿನ ಸ್ಥಳಗಳು.
 ವೈನಿಂಗ್ ರೈ ಜೀನೋಮ್‌ನ ಜೀನೋಮಿಕ್ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳ ಮೇಲೆ ಸರ್ಕೋಸ್ ರೇಖಾಚಿತ್ರ |  ರೈ ಜೀನೋಮ್‌ನ ವಿಕಸನೀಯ ಮತ್ತು ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಸಿಂಟೆನಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳು |
ಲಿ, ಜಿ., ವಾಂಗ್, ಎಲ್., ಯಾಂಗ್, ಜೆ.ಮತ್ತು ಇತರರು.ಉನ್ನತ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಜೀನೋಮ್ ಜೋಡಣೆಯು ರೈ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಮತ್ತು ಕೃಷಿಶಾಸ್ತ್ರೀಯವಾಗಿ ಪ್ರಮುಖ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಎತ್ತಿ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.ನ್ಯಾಟ್ ಜೆನೆಟ್ 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
