-
ಏಕ-ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ ಆರ್ಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮ
ಏಕ-ಕೋಶ ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಕಸ್ಟಮ್ ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣ ತಂತ್ರಗಳ ಅಭಿವೃದ್ಧಿ, ಹೆಚ್ಚಿನ-ಥ್ರೂಪುಟ್ ಅನುಕ್ರಮದೊಂದಿಗೆ ಸೇರಿಕೊಂಡು, ಜೀವಕೋಶ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಅಧ್ಯಯನಗಳಲ್ಲಿ ಕ್ರಾಂತಿಯನ್ನುಂಟು ಮಾಡಿದೆ. ಈ ಪ್ರಗತಿಯು ಸಂಕೀರ್ಣ ಕೋಶ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ಆಳವಾದ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚು ಸಮಗ್ರ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ, ಎಲ್ಲಾ ಜೀವಕೋಶಗಳ ಮೇಲೆ ಸರಾಸರಿ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಮಿತಿಗಳನ್ನು ನಿವಾರಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಈ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯೊಳಗಿನ ನಿಜವಾದ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯನ್ನು ಸಂರಕ್ಷಿಸುತ್ತದೆ. ಏಕ-ಕೋಶ RNA ಅನುಕ್ರಮ (scRNA-seq) ನಿರಾಕರಿಸಲಾಗದ ಪ್ರಯೋಜನಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದರೂ, ಏಕ-ಕೋಶ ಅಮಾನತು ರಚನೆಯು ಕಷ್ಟಕರವೆಂದು ಸಾಬೀತುಪಡಿಸುವ ಮತ್ತು ತಾಜಾ ಮಾದರಿಗಳ ಅಗತ್ಯವಿರುವ ಕೆಲವು ಅಂಗಾಂಶಗಳಲ್ಲಿ ಇದು ಸವಾಲುಗಳನ್ನು ಎದುರಿಸುತ್ತದೆ. BMKGene ನಲ್ಲಿ, ಅತ್ಯಾಧುನಿಕ 10X ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ಕ್ರೋಮಿಯಂ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಏಕ-ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ RNA ಅನುಕ್ರಮ (snRNA-seq) ಅನ್ನು ನೀಡುವ ಮೂಲಕ ನಾವು ಈ ಅಡಚಣೆಯನ್ನು ಪರಿಹರಿಸುತ್ತೇವೆ. ಈ ವಿಧಾನವು ಏಕ-ಕೋಶ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಅನುಕೂಲಕರವಾದ ಮಾದರಿಗಳ ವರ್ಣಪಟಲವನ್ನು ವಿಸ್ತರಿಸುತ್ತದೆ.
ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ಗಳ ಪ್ರತ್ಯೇಕತೆಯನ್ನು ನವೀನ 10X ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ಕ್ರೋಮಿಯಂ ಚಿಪ್ ಮೂಲಕ ಸಾಧಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ಡಬಲ್ ಕ್ರಾಸಿಂಗ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಎಂಟು-ಚಾನೆಲ್ ಮೈಕ್ರೋಫ್ಲೂಯಿಡಿಕ್ಸ್ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. ಈ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯೊಳಗೆ, ಬಾರ್ಕೋಡ್ಗಳು, ಪ್ರೈಮರ್ಗಳು, ಕಿಣ್ವಗಳು ಮತ್ತು ಒಂದೇ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ ಅನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಜೆಲ್ ಮಣಿಗಳನ್ನು ನ್ಯಾನೊಲೀಟರ್-ಗಾತ್ರದ ಎಣ್ಣೆ ಹನಿಗಳಲ್ಲಿ ಸುತ್ತುವರಿಯಲಾಗುತ್ತದೆ, ಜೆಲ್ ಬೀಡ್-ಇನ್-ಎಮಲ್ಷನ್ (GEM) ಅನ್ನು ರೂಪಿಸುತ್ತದೆ. GEM ರಚನೆಯ ನಂತರ, ಪ್ರತಿ GEM ಒಳಗೆ ಜೀವಕೋಶದ ಲೈಸಿಸ್ ಮತ್ತು ಬಾರ್ಕೋಡ್ ಬಿಡುಗಡೆ ಸಂಭವಿಸುತ್ತದೆ. ತರುವಾಯ, mRNA ಅಣುಗಳು cDNA ಗಳಾಗಿ ಹಿಮ್ಮುಖ ಪ್ರತಿಲೇಖನಕ್ಕೆ ಒಳಗಾಗುತ್ತವೆ, 10X ಬಾರ್ಕೋಡ್ಗಳು ಮತ್ತು ವಿಶಿಷ್ಟ ಆಣ್ವಿಕ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆಗಳನ್ನು (UMI ಗಳು) ಸಂಯೋಜಿಸುತ್ತವೆ. ಈ cDNA ಗಳನ್ನು ನಂತರ ಪ್ರಮಾಣಿತ ಅನುಕ್ರಮ ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣಕ್ಕೆ ಒಳಪಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಏಕ-ಕೋಶ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಪ್ರೊಫೈಲ್ಗಳ ದೃಢವಾದ ಮತ್ತು ಸಮಗ್ರ ಪರಿಶೋಧನೆಯನ್ನು ಸುಗಮಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ.
ವೇದಿಕೆ: 10× ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ಕ್ರೋಮಿಯಂ ಮತ್ತು ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೋವಾಸೆಕ್ ವೇದಿಕೆ
-
10x ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ವಿಸಿಯಮ್ ಸ್ಪೇಷಿಯಲ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟ್
ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮಿಕ್ಸ್ ಒಂದು ಅತ್ಯಾಧುನಿಕ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವಾಗಿದ್ದು, ಸಂಶೋಧಕರು ಅಂಗಾಂಶಗಳೊಳಗಿನ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ತನಿಖೆ ಮಾಡಲು ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಸಂದರ್ಭವನ್ನು ಸಂರಕ್ಷಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಈ ಡೊಮೇನ್ನಲ್ಲಿರುವ ಒಂದು ಪ್ರಬಲ ವೇದಿಕೆಯೆಂದರೆ 10x ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ವಿಸಿಯಂ ಮತ್ತು ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ಅನುಕ್ರಮ. 10X ವಿಸಿಯಂನ ತತ್ವವು ಅಂಗಾಂಶ ವಿಭಾಗಗಳನ್ನು ಇರಿಸಲಾಗಿರುವ ಗೊತ್ತುಪಡಿಸಿದ ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವ ಪ್ರದೇಶದೊಂದಿಗೆ ವಿಶೇಷ ಚಿಪ್ನಲ್ಲಿದೆ. ಈ ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವ ಪ್ರದೇಶವು ಬಾರ್ಕೋಡ್ ಮಾಡಿದ ತಾಣಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ, ಪ್ರತಿಯೊಂದೂ ಅಂಗಾಂಶದೊಳಗಿನ ವಿಶಿಷ್ಟ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಸ್ಥಳಕ್ಕೆ ಅನುಗುಣವಾಗಿರುತ್ತದೆ. ನಂತರ ಅಂಗಾಂಶದಿಂದ ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲಾದ ಆರ್ಎನ್ಎ ಅಣುಗಳನ್ನು ಹಿಮ್ಮುಖ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿ ಅನನ್ಯ ಆಣ್ವಿಕ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆಗಳೊಂದಿಗೆ (UMI) ಲೇಬಲ್ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ಬಾರ್ಕೋಡ್ ಮಾಡಿದ ತಾಣಗಳು ಮತ್ತು UMIಗಳು ಏಕ-ಕೋಶ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ನಲ್ಲಿ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯ ನಿಖರವಾದ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಪ್ರಮಾಣೀಕರಣವನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತವೆ. ಪ್ರಾದೇಶಿಕವಾಗಿ ಬಾರ್ಕೋಡ್ ಮಾಡಿದ ಮಾದರಿಗಳು ಮತ್ತು UMIಗಳ ಸಂಯೋಜನೆಯು ಉತ್ಪತ್ತಿಯಾಗುವ ಡೇಟಾದ ನಿಖರತೆ ಮತ್ತು ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆಯನ್ನು ಖಚಿತಪಡಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮಿಕ್ಸ್ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವನ್ನು ಬಳಸುವ ಮೂಲಕ, ಸಂಶೋಧಕರು ಜೀವಕೋಶಗಳ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಸಂಘಟನೆ ಮತ್ತು ಅಂಗಾಂಶಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಭವಿಸುವ ಸಂಕೀರ್ಣ ಆಣ್ವಿಕ ಸಂವಹನಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಆಳವಾದ ತಿಳುವಳಿಕೆಯನ್ನು ಪಡೆಯಬಹುದು, ಆಂಕೊಲಾಜಿ, ನರವಿಜ್ಞಾನ, ಅಭಿವೃದ್ಧಿ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ, ರೋಗನಿರೋಧಕ ಶಾಸ್ತ್ರ ಮತ್ತು ಸಸ್ಯಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಸೇರಿದಂತೆ ಬಹು ಕ್ಷೇತ್ರಗಳಲ್ಲಿನ ಜೈವಿಕ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳ ಆಧಾರವಾಗಿರುವ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಅಮೂಲ್ಯವಾದ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ನೀಡಬಹುದು.
ವೇದಿಕೆ: 10X ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ವಿಸಿಯಮ್ ಮತ್ತು ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೋವಾಸೆಕ್
-
ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ mRNA ಅನುಕ್ರಮ-ನ್ಯಾನೊಪೋರ್
NGS-ಆಧಾರಿತ mRNA ಅನುಕ್ರಮವು ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸಲು ಬಹುಮುಖ ಸಾಧನವಾಗಿದ್ದರೂ, ಅದರ ಸಣ್ಣ ಓದುವಿಕೆಗಳ ಮೇಲಿನ ಅವಲಂಬನೆಯು ಸಂಕೀರ್ಣ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳಲ್ಲಿ ಅದರ ಪರಿಣಾಮಕಾರಿತ್ವವನ್ನು ನಿರ್ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ. ಮತ್ತೊಂದೆಡೆ, ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಅನುಕ್ರಮವು ದೀರ್ಘ-ಓದುವ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ mRNA ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ವಿಧಾನವು ಪರ್ಯಾಯ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್, ಜೀನ್ ಸಮ್ಮಿಳನಗಳು, ಪಾಲಿ-ಅಡೆನಿಲೇಷನ್ ಮತ್ತು mRNA ಐಸೋಫಾರ್ಮ್ಗಳ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಣದ ಸಮಗ್ರ ಅನ್ವೇಷಣೆಯನ್ನು ಸುಗಮಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ.
ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಏಕ-ಅಣು ನೈಜ-ಸಮಯದ ವಿದ್ಯುತ್ ಸಂಕೇತಗಳನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿರುವ ವಿಧಾನವಾದ ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಅನುಕ್ರಮವು ನೈಜ-ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಮೋಟಾರ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಿಂದ ಮಾರ್ಗದರ್ಶಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಡಬಲ್-ಸ್ಟ್ರಾಂಡೆಡ್ ಡಿಎನ್ಎ ಬಯೋಫಿಲ್ಮ್ನಲ್ಲಿ ಹುದುಗಿರುವ ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಿಗೆ ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ, ವೋಲ್ಟೇಜ್ ವ್ಯತ್ಯಾಸದ ಅಡಿಯಲ್ಲಿ ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಚಾನಲ್ ಮೂಲಕ ಹಾದುಹೋಗುವಾಗ ಬಿಚ್ಚುತ್ತದೆ. ಡಿಎನ್ಎ ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್ನಲ್ಲಿ ವಿಭಿನ್ನ ಬೇಸ್ಗಳಿಂದ ಉತ್ಪತ್ತಿಯಾಗುವ ವಿಶಿಷ್ಟ ವಿದ್ಯುತ್ ಸಂಕೇತಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ನೈಜ-ಸಮಯದಲ್ಲಿ ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ನಿಖರ ಮತ್ತು ನಿರಂತರ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಸುಗಮಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ನವೀನ ವಿಧಾನವು ಅಲ್ಪ-ಓದುವ ಮಿತಿಗಳನ್ನು ನಿವಾರಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಸಂಕೀರ್ಣ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮಿಕ್ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಸೇರಿದಂತೆ ಸಂಕೀರ್ಣ ಜೀನೋಮಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ವೇದಿಕೆಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ, ತಕ್ಷಣದ ಫಲಿತಾಂಶಗಳೊಂದಿಗೆ.
ವೇದಿಕೆ: ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಪ್ರೊಮೆಥಿಯಾನ್ 48
-
ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ mRNA ಅನುಕ್ರಮ -PacBio
NGS-ಆಧಾರಿತ mRNA ಅನುಕ್ರಮವು ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸಲು ಬಹುಮುಖ ಸಾಧನವಾಗಿದ್ದರೂ, ಅದರ ಸಣ್ಣ ಓದುವಿಕೆಗಳ ಮೇಲಿನ ಅವಲಂಬನೆಯು ಸಂಕೀರ್ಣ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳಲ್ಲಿ ಅದರ ಬಳಕೆಯನ್ನು ನಿರ್ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ. ಮತ್ತೊಂದೆಡೆ, ಪ್ಯಾಕ್ಬಯೋ ಅನುಕ್ರಮ (ಐಸೊ-ಸೀಕ್) ದೀರ್ಘ-ಓದುವ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ mRNA ಪ್ರತಿಲಿಪಿಗಳ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ವಿಧಾನವು ಪರ್ಯಾಯ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್, ಜೀನ್ ಸಮ್ಮಿಳನಗಳು ಮತ್ತು ಪಾಲಿ-ಅಡೆನಿಲೇಷನ್ನ ಸಮಗ್ರ ಅನ್ವೇಷಣೆಯನ್ನು ಸುಗಮಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಅಗತ್ಯವಿರುವ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಮಾಣದ ಡೇಟಾದಿಂದಾಗಿ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಣಕ್ಕೆ ಇತರ ಆಯ್ಕೆಗಳಿವೆ. ಪ್ಯಾಕ್ಬಯೋ ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವು ಏಕ-ಅಣು, ನೈಜ-ಸಮಯ (SMRT) ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿದೆ, ಇದು ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ mRNA ಪ್ರತಿಲಿಪಿಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವಲ್ಲಿ ವಿಶಿಷ್ಟ ಪ್ರಯೋಜನವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ನವೀನ ವಿಧಾನವು ಶೂನ್ಯ-ಮೋಡ್ ವೇವ್ಗೈಡ್ಗಳು (ZMWs) ಮತ್ತು ಮೈಕ್ರೋಫ್ಯಾಬ್ರಿಕೇಟೆಡ್ ಬಾವಿಗಳನ್ನು ಬಳಸುವುದನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ, ಇದು ಅನುಕ್ರಮದ ಸಮಯದಲ್ಲಿ DNA ಪಾಲಿಮರೇಸ್ ಚಟುವಟಿಕೆಯ ನೈಜ-ಸಮಯದ ವೀಕ್ಷಣೆಯನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ZMW ಗಳಲ್ಲಿ, ಪ್ಯಾಕ್ಬಯೋದ DNA ಪಾಲಿಮರೇಸ್ DNA ಯ ಪೂರಕ ಎಳೆಯನ್ನು ಸಂಶ್ಲೇಷಿಸುತ್ತದೆ, mRNA ಪ್ರತಿಲಿಪಿಗಳ ಸಂಪೂರ್ಣತೆಯನ್ನು ವ್ಯಾಪಿಸಿರುವ ದೀರ್ಘ ಓದುಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ. ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಒಮ್ಮತದ ಅನುಕ್ರಮ (CCS) ಮೋಡ್ನಲ್ಲಿ ಪ್ಯಾಕ್ಬಯೋ ಕಾರ್ಯಾಚರಣೆಯು ಒಂದೇ ಅಣುವನ್ನು ಪದೇ ಪದೇ ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸುವ ಮೂಲಕ ನಿಖರತೆಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುತ್ತದೆ. ಉತ್ಪತ್ತಿಯಾದ ಹೈಫೈ ರೀಡ್ಗಳು NGS ಗೆ ಹೋಲಿಸಬಹುದಾದ ನಿಖರತೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದು, ಸಂಕೀರ್ಣ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳ ಸಮಗ್ರ ಮತ್ತು ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಮತ್ತಷ್ಟು ಕೊಡುಗೆ ನೀಡುತ್ತವೆ.
ವೇದಿಕೆ: PacBio ಸೀಕ್ವೆಲ್ II; PacBio Revio
-
ಯುಕ್ಯಾರಿಯೋಟಿಕ್ mRNA ಅನುಕ್ರಮ-NGS
mRNA ಅನುಕ್ರಮವು ಮುಂದಿನ ಪೀಳಿಗೆಯ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಜೈವಿಕ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ RNA ಅಣುಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿ ಮತ್ತು ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುವ ತಂತ್ರವಾಗಿದ್ದು, ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯ ಸ್ನ್ಯಾಪ್ಶಾಟ್ ಅನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ.
ಈ ಅತ್ಯಾಧುನಿಕ ಉಪಕರಣವು ತನ್ನ ವ್ಯಾಪಕ ಶ್ರೇಣಿಯ ಅನ್ವಯಿಕೆಗಳೊಂದಿಗೆ, ಸಂಕೀರ್ಣವಾದ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಪ್ರೊಫೈಲ್ಗಳು, ಜೀನ್ ರಚನೆಗಳು ಮತ್ತು ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಜೈವಿಕ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಆಣ್ವಿಕ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಅನಾವರಣಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ.
ಈ ತಂತ್ರವನ್ನು ಸಂಶೋಧನೆ, ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಡಯಾಗ್ನೋಸ್ಟಿಕ್ಸ್ ಮತ್ತು ಔಷಧ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಅಳವಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲಾಗಿದೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಇದು ಜೀವಕೋಶದ ಚಲನಶಾಸ್ತ್ರ ಮತ್ತು ಆನುವಂಶಿಕ ನಿಯಂತ್ರಣದ ಜಟಿಲತೆಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ, ವಿವಿಧ ಕ್ಷೇತ್ರಗಳಲ್ಲಿ ಅದರ ಸಾಮರ್ಥ್ಯದ ಬಗ್ಗೆ ಕುತೂಹಲವನ್ನು ಹುಟ್ಟುಹಾಕಲು ಬಲವಾದ ನೆಲೆಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ.
ಲಭ್ಯವಿರುವ ಪ್ಲಾಟ್ಫಾರ್ಮ್ಗಳು: ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೋವಾಸೆಕ್ ಎಕ್ಸ್; ಡಿಎನ್ಬಿಎಸ್ಇಕ್ಯೂ-ಟಿ7
-
ಉಲ್ಲೇಖ-ಅಲ್ಲದ mRNA ಅನುಕ್ರಮ-NGS
mRNA ಅನುಕ್ರಮವು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ ಜೀವಕೋಶಗಳೊಳಗಿನ ಎಲ್ಲಾ mRNA ಪ್ರತಿಲಿಪಿಗಳ ಸಮಗ್ರ ಪ್ರೊಫೈಲಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಸಬಲಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ಅತ್ಯಾಧುನಿಕ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವು ಪ್ರಬಲ ಸಾಧನವಾಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ, ಸಂಕೀರ್ಣವಾದ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಪ್ರೊಫೈಲ್ಗಳು, ಜೀನ್ ರಚನೆಗಳು ಮತ್ತು ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಜೈವಿಕ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಆಣ್ವಿಕ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಅನಾವರಣಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಮೂಲಭೂತ ಸಂಶೋಧನೆ, ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಡಯಾಗ್ನೋಸ್ಟಿಕ್ಸ್ ಮತ್ತು ಔಷಧ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಅಳವಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲಾದ mRNA ಅನುಕ್ರಮವು ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್ ಮತ್ತು ಜೆನೆಟಿಕ್ ನಿಯಂತ್ರಣದ ಜಟಿಲತೆಗಳ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ.
ವೇದಿಕೆ: ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೋವಾಸೆಕ್ ಎಕ್ಸ್; ಡಿಎನ್ಬಿಎಸ್ಇಕ್ಯೂ-ಟಿ7
-
ದೀರ್ಘ ಕೋಡಿಂಗ್ ಮಾಡದ ಅನುಕ್ರಮ-ಇಲ್ಯುಮಿನಾ
ಉದ್ದವಾದ ಕೋಡಿಂಗ್ ಮಾಡದ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳು (ಎಲ್ಎನ್ಸಿಆರ್ಎನ್ಎಗಳು) 200 ಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್ಗಳಿಗಿಂತ ಉದ್ದವಾಗಿದ್ದು, ಅವು ಕನಿಷ್ಠ ಕೋಡಿಂಗ್ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ ಮತ್ತು ಕೋಡಿಂಗ್ ಮಾಡದ ಆರ್ಎನ್ಎಯೊಳಗೆ ಪ್ರಮುಖ ಅಂಶಗಳಾಗಿವೆ. ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ ಮತ್ತು ಸೈಟೋಪ್ಲಾಸಂನಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ ಈ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳು ಎಪಿಜೆನೆಟಿಕ್, ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನಲ್ ಮತ್ತು ಪೋಸ್ಟ್-ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನಲ್ ನಿಯಂತ್ರಣದಲ್ಲಿ ನಿರ್ಣಾಯಕ ಪಾತ್ರ ವಹಿಸುತ್ತವೆ, ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ಮತ್ತು ಆಣ್ವಿಕ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ರೂಪಿಸುವಲ್ಲಿ ಅವುಗಳ ಮಹತ್ವವನ್ನು ಒತ್ತಿಹೇಳುತ್ತವೆ. ಎಲ್ಎನ್ಸಿಆರ್ಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮವು ಜೀವಕೋಶ ವ್ಯತ್ಯಾಸ, ಆಂಟೊಜೆನೆಸಿಸ್ ಮತ್ತು ಮಾನವ ರೋಗಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರಬಲ ಸಾಧನವಾಗಿದೆ.
ವೇದಿಕೆ: ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೋವಾಸೆಕ್ ಎಕ್ಸ್
-
ಸಣ್ಣ ಆರ್ಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮ-ಇಲ್ಯುಮಿನಾ
ಸಣ್ಣ ಆರ್ಎನ್ಎ ಎಂಬುದು ಆರ್ಎನ್ಎ ಅಣುಗಳ ಗುಂಪಾಗಿದ್ದು, ಇದರಲ್ಲಿ ಮೈಕ್ರೋಆರ್ಎನ್ಎಗಳು (ಮೈಆರ್ಎನ್ಎಗಳು), ಸಣ್ಣ ಮಧ್ಯಪ್ರವೇಶಿಸುವ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳು (ಸೈಆರ್ಎನ್ಎಗಳು) ಮತ್ತು ಪಿವಿ-ಸಂವಹನ ಮಾಡುವ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳು (ಪಿಆರ್ಎನ್ಎಗಳು) ಸೇರಿವೆ. ಇವುಗಳಲ್ಲಿ, ಸುಮಾರು 18-25 ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್ಗಳ ಉದ್ದವಿರುವ ಮೈಕ್ರೋಆರ್ಎನ್ಎಗಳು ವಿವಿಧ ಕೋಶೀಯ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳಲ್ಲಿ ಅವುಗಳ ಪ್ರಮುಖ ನಿಯಂತ್ರಕ ಪಾತ್ರಗಳಿಗೆ ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿವೆ. ಅಂಗಾಂಶ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಮತ್ತು ಹಂತ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಮಾದರಿಗಳೊಂದಿಗೆ, ಮೈಕ್ರೋಆರ್ಎನ್ಎಗಳು ವಿಭಿನ್ನ ಜಾತಿಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂರಕ್ಷಣೆಯನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸುತ್ತವೆ.
ವೇದಿಕೆ: ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೋವಾಸೆಕ್
-
ಸರ್ಕ್ಆರ್ಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮ-ಇಲ್ಯುಮಿನಾ
ವೃತ್ತಾಕಾರದ RNA ಅನುಕ್ರಮ (circRNA-seq) ಪ್ರೊಫೈಲ್ಗಳು ಮತ್ತು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳು ವೃತ್ತಾಕಾರದ RNA ಗಳು, ಅಂಗೀಕೃತವಲ್ಲದ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ಘಟನೆಗಳಿಂದಾಗಿ ಮುಚ್ಚಿದ ಕುಣಿಕೆಗಳನ್ನು ರೂಪಿಸುವ RNA ಅಣುಗಳ ವರ್ಗ, ಈ RNA ಹೆಚ್ಚಿದ ಸ್ಥಿರತೆಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಕೆಲವು circRNA ಗಳು ಮೈಕ್ರೋಆರ್ಎನ್ಎ ಸ್ಪಂಜುಗಳಾಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತವೆ, ಮೈಕ್ರೋಆರ್ಎನ್ಎಗಳನ್ನು ಸೀಕ್ವೆಸ್ಟರಿಂಗ್ ಮಾಡುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಗುರಿ mRNA ಗಳನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸುವುದನ್ನು ತಡೆಯುತ್ತವೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ, ಇತರ circRNA ಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂವಹನ ನಡೆಸಬಹುದು, ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಮಾಡ್ಯುಲೇಟ್ ಮಾಡಬಹುದು ಅಥವಾ ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳಲ್ಲಿ ಪಾತ್ರಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರಬಹುದು. circRNA ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಈ ಅಣುಗಳ ನಿಯಂತ್ರಕ ಪಾತ್ರಗಳು ಮತ್ತು ವಿವಿಧ ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳು, ಅಭಿವೃದ್ಧಿ ಹಂತಗಳು ಮತ್ತು ರೋಗ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ ಅವುಗಳ ಮಹತ್ವದ ಬಗ್ಗೆ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ, ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ RNA ನಿಯಂತ್ರಣದ ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯ ಆಳವಾದ ತಿಳುವಳಿಕೆಗೆ ಕೊಡುಗೆ ನೀಡುತ್ತದೆ.
ವೇದಿಕೆ: ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೊವಾಸೆಕ್ ಎಕ್ಸ್
-
ಸಂಪೂರ್ಣ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅನುಕ್ರಮ - ಇಲ್ಯುಮಿನಾ
ವೋಲ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಆರ್ಎನ್ಎ ಅಣುಗಳನ್ನು ಪ್ರೊಫೈಲಿಂಗ್ ಮಾಡಲು ಸಮಗ್ರ ವಿಧಾನವನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ, ಕೋಡಿಂಗ್ (ಎಂಆರ್ಎನ್ಎ) ಮತ್ತು ಕೋಡಿಂಗ್ ಮಾಡದ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳನ್ನು (ಎಲ್ಎನ್ಸಿಆರ್ಎನ್ಎ, ಸರ್ಕ್ಆರ್ಎನ್ಎ ಮತ್ತು ಮೈಆರ್ಎನ್ಎ) ಒಳಗೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ಈ ತಂತ್ರವು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಕೋಶಗಳ ಸಂಪೂರ್ಣ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಅನ್ನು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಕ್ಷಣದಲ್ಲಿ ಸೆರೆಹಿಡಿಯುತ್ತದೆ, ಇದು ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳ ಸಮಗ್ರ ತಿಳುವಳಿಕೆಯನ್ನು ಅನುಮತಿಸುತ್ತದೆ.
ಲಭ್ಯವಿರುವ ವೇದಿಕೆಗಳು: ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೊವಾಸೆಕ್ ಎಕ್ಸ್
