ಏಕ-ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ ಆರ್ಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮ
ತಾಂತ್ರಿಕ ಯೋಜನೆ
ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ಗಳ ಪ್ರತ್ಯೇಕತೆಯನ್ನು 10× ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ಕ್ರೋಮಿಯಂ™ ಮೂಲಕ ಸಾಧಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ಡಬಲ್ ಕ್ರಾಸಿಂಗ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಎಂಟು-ಚಾನೆಲ್ ಮೈಕ್ರೋಫ್ಲೂಯಿಡಿಕ್ಸ್ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. ಈ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯಲ್ಲಿ, ಬಾರ್ಕೋಡ್ಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರೈಮರ್, ಕಿಣ್ವಗಳು ಮತ್ತು ಒಂದೇ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ನೊಂದಿಗೆ ಜೆಲ್ ಮಣಿಗಳನ್ನು ನ್ಯಾನೊಲೀಟರ್-ಗಾತ್ರದ ಎಣ್ಣೆ ಹನಿಯಲ್ಲಿ ಸುತ್ತುವರಿಯಲಾಗುತ್ತದೆ, ಜೆಲ್ ಬೀಡ್-ಇನ್-ಎಮಲ್ಷನ್ (GEM) ಅನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ. GEM ರೂಪುಗೊಂಡ ನಂತರ, ಪ್ರತಿ GEM ನಲ್ಲಿ ಕೋಶ ವಿಭಜನೆ ಮತ್ತು ಬಾರ್ಕೋಡ್ಗಳ ಬಿಡುಗಡೆಯನ್ನು ನಡೆಸಲಾಗುತ್ತದೆ. mRNA ಅನ್ನು 10× ಬಾರ್ಕೋಡ್ಗಳು ಮತ್ತು UMI ನೊಂದಿಗೆ cDNA ಅಣುಗಳಾಗಿ ಹಿಮ್ಮುಖವಾಗಿ ಲಿಪ್ಯಂತರ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇವು ಮತ್ತಷ್ಟು ಪ್ರಮಾಣಿತ ಅನುಕ್ರಮ ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣಕ್ಕೆ ಒಳಪಟ್ಟಿರುತ್ತವೆ.
ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು
● ಹೆಪ್ಪುಗಟ್ಟಿದ ಅಂಗಾಂಶಗಳಿಂದ ಏಕ-ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ ಅಮಾನತು ತಯಾರಿಕೆ
● ಜೆಲ್ ಬೀಡ್-ಇನ್-ಎಮಲ್ಷನ್ (GEM) ರಚನೆ ನಂತರ cDNA ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆ
● ಒಂದು GEM ನಲ್ಲಿರುವ ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಮಣಿಯು 4 ವಿಭಾಗಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳಿಂದ ತುಂಬಿರುತ್ತದೆ:
mRNA ಪ್ರೈಮಿಂಗ್ ಮತ್ತು cDNA ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಪಾಲಿ(dT) ಟೈಲ್,
ವರ್ಧನೆ ಪಕ್ಷಪಾತವನ್ನು ಸರಿಪಡಿಸಲು ವಿಶಿಷ್ಟ ಆಣ್ವಿಕ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ (UMI)
10x ಬಾರ್ಕೋಡ್
ಭಾಗಶಃ ಓದು 1 ಅನುಕ್ರಮ ಪ್ರೈಮರ್ನ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಅನುಕ್ರಮ
ಅನುಕೂಲಗಳು
ಏಕ-ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ ಆರ್ಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮವು ಏಕ-ಕೋಶ ಆರ್ಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮದ ಮಿತಿಗಳನ್ನು ಮೀರಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ:
● ತಾಜಾ ಮಾದರಿಗಳಿಗೆ ಮಾತ್ರ ಸೀಮಿತವಾಗಿರದೆ, ಹೆಪ್ಪುಗಟ್ಟಿದ ಮಾದರಿಗಳ ಬಳಕೆ
● ತಾಜಾ ಕೋಶಗಳ ಕಿಣ್ವಕ ಚಿಕಿತ್ಸೆಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ಹೆಪ್ಪುಗಟ್ಟಿದ ಕೋಶಗಳ ಕಡಿಮೆ ಒತ್ತಡ, ಕಡಿಮೆ ಒತ್ತಡ-ಪ್ರೇರಿತ ಜೀನ್ಗಳ ರೂಪದಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿಲಿಪಿ ದತ್ತಾಂಶದಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿಫಲಿಸುತ್ತದೆ.
● ಕೆಂಪು ರಕ್ತ ಕಣಗಳನ್ನು ಮೊದಲೇ ತೆಗೆದುಹಾಕುವ ಅಗತ್ಯವಿಲ್ಲ.
● ಅನಿಯಮಿತ ಕೋಶ ವ್ಯಾಸ
● ಅಂಗಾಂಶ ವಿಭಜನೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಜೀವಕೋಶಗಳು ಅಂಟಿಕೊಳ್ಳುವ ಅಥವಾ ನಾಶವಾಗುವ ಸಂಕೀರ್ಣ ಮತ್ತು ದುರ್ಬಲವಾದ ಅಂಗಾಂಶ ಪ್ರಕಾರಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಅರ್ಹವಾಗಿರುವ ಮಾದರಿಗಳ ದೊಡ್ಡ ಶ್ರೇಣಿ.
ಏಕ-ಕೋಶ ಆರ್ಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮದಿಂದ ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲಾಗದ ಮತ್ತು ಏಕ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ ಆರ್ಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಅರ್ಹವಾಗಿರುವ ಮಾದರಿಗಳು:
| ಕೋಶ / ಅಂಗಾಂಶ | ಕಾರಣ |
| ಹೊಸದಾಗಿ ಹೆಪ್ಪುಗಟ್ಟಿದ ಅಂಗಾಂಶ | ಹೊಸ ಅಥವಾ ದೀರ್ಘಕಾಲದಿಂದ ಉಳಿಸಿಕೊಂಡಿರುವ ಸಂಸ್ಥೆಗಳನ್ನು ಪಡೆಯಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುತ್ತಿಲ್ಲ. |
| ಸ್ನಾಯು ಕೋಶ, ಮೆಗಾಕಾರ್ಯೋಸೈಟ್, ಕೊಬ್ಬು... | ಉಪಕರಣವನ್ನು ಪ್ರವೇಶಿಸಲು ಕೋಶದ ವ್ಯಾಸವು ತುಂಬಾ ದೊಡ್ಡದಾಗಿದೆ. |
| ಯಕೃತ್ತು... | ಮುರಿಯಲು ತುಂಬಾ ದುರ್ಬಲ, ಏಕ ಕೋಶಗಳನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುವುದಿಲ್ಲ. |
| ನರಕೋಶ ಕೋಶ, ಮೆದುಳು... | ಹೆಚ್ಚು ಸೂಕ್ಷ್ಮ, ಒತ್ತಡಕ್ಕೆ ಸುಲಭ, ಅನುಕ್ರಮ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಬದಲಾಯಿಸುತ್ತದೆ |
| ಮೇದೋಜೀರಕ ಗ್ರಂಥಿ, ಥೈರಾಯ್ಡ್... | ಅಂತರ್ವರ್ಧಕ ಕಿಣ್ವಗಳಲ್ಲಿ ಸಮೃದ್ಧವಾಗಿದೆ, ಏಕ ಕೋಶ ಅಮಾನತು ಉತ್ಪಾದನೆಯ ಮೇಲೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುತ್ತದೆ |
ಏಕ-ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ vs ಏಕ-ಕೋಶ
| ಏಕ-ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ | ಏಕ-ಕೋಶ |
| ಅನಿಯಮಿತ ಕೋಶ ವ್ಯಾಸ | ಜೀವಕೋಶದ ವ್ಯಾಸ: 10-40 μm |
| ವಸ್ತುವನ್ನು ಹೆಪ್ಪುಗಟ್ಟಿದ ಅಂಗಾಂಶವಾಗಿರಬಹುದು. | ವಸ್ತುವು ತಾಜಾ ಅಂಗಾಂಶವಾಗಿರಬೇಕು. |
| ಹೆಪ್ಪುಗಟ್ಟಿದ ಕೋಶಗಳ ಕಡಿಮೆ ಒತ್ತಡ | ಕಿಣ್ವ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯು ಜೀವಕೋಶದ ಒತ್ತಡದ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು. |
| ಕೆಂಪು ರಕ್ತ ಕಣಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕುವ ಅಗತ್ಯವಿಲ್ಲ. | ಕೆಂಪು ರಕ್ತ ಕಣಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಬೇಕು |
| ಪರಮಾಣು ಜೈವಿಕ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸುತ್ತದೆ | ಇಡೀ ಕೋಶವು ಜೈವಿಕ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸುತ್ತದೆ |
ವಿಶೇಷಣಗಳು
| ಮಾದರಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು | ಗ್ರಂಥಾಲಯ | ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ | ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾದ ಡೇಟಾ | ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ |
| ಪ್ರಾಣಿ ಅಂಗಾಂಶ ≥ 200 ಮಿಗ್ರಾಂ ಸಸ್ಯ ಅಂಗಾಂಶ ≥ 400 ಮಿಗ್ರಾಂ | 10x ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ sn cDNA ಲೈಬ್ರರಿ | ಇಲ್ಯುಮಿನಾ PE150 | ಪ್ರತಿ ಕೋಶಕ್ಕೆ 100K PE ರೀಡ್ಗಳು (100-200 ಜಿಬಿ) | ಸೂಕ್ಷ್ಮದರ್ಶಕದ ಅಡಿಯಲ್ಲಿ ಗಮನಿಸಲಾದ 700-1200 ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ಗಳು/μl ಮತ್ತು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ಗಳ ಸಮಗ್ರತೆ |
ಮಾದರಿ ತಯಾರಿ ಮಾರ್ಗದರ್ಶನ ಮತ್ತು ಸೇವಾ ಕೆಲಸದ ಹರಿವಿನ ಕುರಿತು ಹೆಚ್ಚಿನ ವಿವರಗಳಿಗಾಗಿ, ದಯವಿಟ್ಟು ಒಬ್ಬರೊಂದಿಗೆ ಮಾತನಾಡಲು ಹಿಂಜರಿಯಬೇಡಿBMKGENE ತಜ್ಞ
ಸೇವಾ ಕೆಲಸದ ಹರಿವು
ಈ ಕೆಳಗಿನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ:
● ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ: ಜೀವಕೋಶಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ, ಜೀನ್ ಪತ್ತೆ, ಜೀವಕೋಶಗಳ ನಿಖರವಾದ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ, ಆರ್ಎನ್ಎ ಅಣುಗಳು ಮತ್ತು ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಣ.
● ಆಂತರಿಕ ಮಾದರಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ:
ಕೋಶ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಕ್ಲಸ್ಟರ್ ಟಿಪ್ಪಣಿ
ಡಿಫರೆನ್ಷಿಯಲ್ ಎಕ್ಸ್ಪ್ರೆಶನ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ: ಕ್ಲಸ್ಟರ್ಗಳಲ್ಲಿ ಡಿಇಜಿಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ
ಕ್ಲಸ್ಟರ್ DEG ಗಳ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮತ್ತು ಪುಷ್ಟೀಕರಣ
● ಅಂತರ-ಗುಂಪು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ:
ಡೇಟಾ ಸಂಯೋಜನೆ
ಡಿಫರೆನ್ಷಿಯಲ್ ಎಕ್ಸ್ಪ್ರೆಶನ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ: ಗುಂಪುಗಳಲ್ಲಿ ಡಿಇಜಿಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ
ಗುಂಪು DEG ಗಳ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮತ್ತು ಪುಷ್ಟೀಕರಣ
● ಸುಧಾರಿತ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ:
ಕೋಶ ಚಕ್ರ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಹುಸಿ-ಸಮಯದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಸೆಲ್ ಸಂವಹನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ (CellPhoneDB)
ಜೀನ್ ಸೆಟ್ ಪುಷ್ಟೀಕರಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ (GSEA)
ಒಳ-ಮಾದರಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಕೋಶಗಳ ಸಮೂಹೀಕರಣ:
ಡಿಫರೆನ್ಷಿಯಲ್ ಎಕ್ಸ್ಪ್ರೆಶನ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ: ಕ್ಲಸ್ಟರ್ DEG ಗಳು
ಅಂತರ-ಗುಂಪು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಭೇದಾತ್ಮಕ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ: ಗುಂಪು DEG ಗಳು
ಸುಧಾರಿತ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ:
ಹುಸಿ-ಸಮಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ:
ಕೋಶ ಚಕ್ರ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ:
10X Chromium ನಿಂದ BMKGene ನ ಏಕ-ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ RNA ಅನುಕ್ರಮ ಸೇವೆಗಳಿಂದ ಸುಗಮಗೊಳಿಸಲಾದ ಪ್ರಗತಿಗಳನ್ನು ಈ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗೊಳಿಸಿದ ಪ್ರಕಟಣೆಗಳಲ್ಲಿ ಅನ್ವೇಷಿಸಿ:
ವಾಂಗ್, ಎಲ್. ಮತ್ತು ಇತರರು (2021) 'ಸ್ಟಿರಾಯ್ಡ್-ನಿರೋಧಕ ಆಸ್ತಮಾ ಉಲ್ಬಣದಲ್ಲಿ ಶ್ವಾಸಕೋಶದ ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಭೂದೃಶ್ಯವನ್ನು ಏಕ-ಕೋಶ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ',ಅಮೆರಿಕ ಸಂಯುಕ್ತ ಸಂಸ್ಥಾನದ ರಾಷ್ಟ್ರೀಯ ವಿಜ್ಞಾನ ಅಕಾಡೆಮಿಯ ಕಾರ್ಯಕಲಾಪಗಳು, 118(2), ಪುಟ. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
ಝೆಂಗ್, ಹೆಚ್. ಮತ್ತು ಇತರರು (2022) 'ಗ್ರೇವ್ಸ್ ಕಾಯಿಲೆ ಮತ್ತು ಹಶಿಮೊಟೊ ಥೈರಾಯ್ಡಿಟಿಸ್ನ ಸೂಕ್ಷ್ಮ ಪರಿಸರದಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಕೋಶಗಳಲ್ಲಿ ಅನಿಯಂತ್ರಿತ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಮತ್ತು ಅಸಹಜ ಚಯಾಪಚಯ ಸಂಕೇತಕ್ಕಾಗಿ ಜಾಗತಿಕ ನಿಯಂತ್ರಕ ಜಾಲ',ರೋಗನಿರೋಧಕ ಶಾಸ್ತ್ರದಲ್ಲಿ ಗಡಿನಾಡುಗಳು, 13, ಪು. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
ಟಿಯಾನ್, ಹೆಚ್. ಮತ್ತು ಇತರರು (2023) 'ಫ್ಲೌಂಡರ್ (ಪ್ಯಾರಾಲಿಚ್ತಿಸ್ ಆಲಿವೇಸಿಯಸ್) ನಲ್ಲಿ ನಿಷ್ಕ್ರಿಯಗೊಂಡ ಎಡ್ವರ್ಡ್ಸಿಯೆಲ್ಲಾ ಟಾರ್ಡಾದೊಂದಿಗೆ ಲಸಿಕೆ ಹಾಕಿದ ನಂತರ ಏಕ-ಕೋಶ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಲ್ಯುಕೋಸೈಟ್ಗಳ ವೈವಿಧ್ಯತೆ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ',ಜಲಚರ ಸಾಕಣೆ, 566, ಪುಟ 739238. doi: 10.1016/J.AQUALTURE.2023.739238.
ಯು, ವೈ. ಮತ್ತು ಇತರರು (2023) 'ಗ್ಯಾಸ್ಟ್ರಿಕ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ರೋಗಿಗಳಲ್ಲಿ ಆಂಟಿ-ಟ್ಯೂಮರ್ ಪ್ರತಿರಕ್ಷೆಯನ್ನು ಮರುರೂಪಿಸುವ ಮೂಲಕ ಫೋಟೊಡೈನಾಮಿಕ್ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯು ರೋಗನಿರೋಧಕ ಚೆಕ್ಪಾಯಿಂಟ್ ಇನ್ಹಿಬಿಟರ್ಗಳ ಫಲಿತಾಂಶವನ್ನು ಸುಧಾರಿಸುತ್ತದೆ',ಗ್ಯಾಸ್ಟ್ರಿಕ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್, 26(5), ಪುಟಗಳು 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/ಮೆಟ್ರಿಕ್ಸ್.
