T2T ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ | ಅಲ್ಟ್ರಾ ಲಾಂಗ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್
ಸೇವಾ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು
•ಹೆಚ್ಚಿನ ನಿಖರತೆ, ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಾಮೀಪ್ಯ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಪೂರ್ಣತೆಯ ಟೆಲೋಮಿಯರ್-ಟು-ಟೆಲೋಮಿಯರ್ ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಗಳನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ.
•ಸೆಂಟ್ರೋಮೆರಿಕ್ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚು ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ಜೋಡಣೆ ಸವಾಲುಗಳನ್ನು ನಿವಾರಿಸುತ್ತದೆ.
•ಸೆಂಟ್ರೋಮೀರ್ಗಳು ಮತ್ತು ಟೆಲೋಮೀರ್ಗಳಂತಹ ಸಂಕೀರ್ಣ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿನ ರಚನಾತ್ಮಕ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸುತ್ತದೆ.
•ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಮೂಲ ಮತ್ತು ಪಳಗಿಸುವಿಕೆಯನ್ನು ಅನ್ವೇಷಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಪ್ರಮುಖ ಲಿಂಗ-ನಿರ್ಧರಿಸುವ ಜೀನ್ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸುತ್ತದೆ.
ಸೇವೆಯ ಅನುಕೂಲಗಳು
•ಬಹು ಜಾತಿಗಳಲ್ಲಿ ಯಶಸ್ವಿ ಅನುಭವದೊಂದಿಗೆ, ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆಯಿಂದ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ವೃತ್ತಿಪರ ಅಲ್ಟ್ರಾ-ಲಾಂಗ್ ತಂಡ.
•ಹೆಚ್ಚಿನ ಥ್ರೋಪುಟ್ ಮತ್ತು ಹೊಂದಿಕೊಳ್ಳುವ ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರಗಳೊಂದಿಗೆ ಪ್ಯಾಕ್ಬಯೋ ಮತ್ತು ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ದೀರ್ಘ-ಓದುವ ವೇದಿಕೆಗಳಿಗೆ ಪ್ರವೇಶ.
•ಜಿನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಮತ್ತು ಕಸ್ಟಮೈಸ್ ಮಾಡಿದ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಲ್ಲಿ ಅನುಭವಿ ತಂಡ, T2T ಜಿನೋಮ್ ಯೋಜನೆಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರವೀಣ.
•200 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಯಶಸ್ವಿ ಜೀನೋಮ್ ಯೋಜನೆಗಳು ಮತ್ತು 2000 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಸಂಗ್ರಹವಾದ ಪ್ರಭಾವದ ಅಂಶಗಳು.
•ಕೃತಿಸ್ವಾಮ್ಯ ಮತ್ತು ಪೇಟೆಂಟ್ಗಳಿಂದ ಬೆಂಬಲಿತವಾದ ಸಂಯೋಜಿತ ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ಮತ್ತು ಜೈವಿಕ ಮಾಹಿತಿ ಪರಿಹಾರಗಳು.
ಸೇವಾ ವಿಶೇಷಣಗಳು
| ಜೀನೋಮ್ ಸಮೀಕ್ಷೆ | ಜೀನೋಮ್ ಜೋಡಣೆ | ವರ್ಣತಂತು-ಮಟ್ಟ | ಅಂತರ ತುಂಬುವಿಕೆ | ಜೀನೋಮ್ ಟಿಪ್ಪಣಿ |
| 50X ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೋವಾಸೆಕ್ PE150 | 30X ಪ್ಯಾಕ್ಬಯೋ ಸಿಸಿಎಸ್ ಹೈಫೈ ಓದುವಿಕೆಗಳು | 100X ಹೈ-ಸಿ | 40-100X ONT ಅತಿ ದೀರ್ಘ ಓದುವಿಕೆಗಳು | RNA-seq ಇಲ್ಯುಮಿನಾ PE150 10 Gb + (ಐಚ್ಛಿಕ) ಪೂರ್ಣ ಉದ್ದದ RNA-seq PacBio 40 Gb ಅಥವಾ ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ 12 Gb |
ಸೇವಾ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು
ಸಮೀಕ್ಷೆ, ಪ್ಯಾಕ್ಬಯೋ ಸಿಸಿಎಸ್, ಹೈ-ಸಿ, ಮತ್ತು ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟ್ (ವಿವರಣೆಗಾಗಿ) ಅನುಕ್ರಮ ಮಾದರಿಗಳಿಗಾಗಿ, ದಯವಿಟ್ಟು “ವರ್ಣತಂತು-ಮಟ್ಟಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಮಾದರಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು”.
ONT ಅಲ್ಟ್ರಾ-ಲಾಂಗ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ಗಾಗಿ, ಅಲ್ಟ್ರಾ-HMW DNA ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆಯನ್ನು ಬೆಂಬಲಿಸಲು ಉತ್ತಮ ಗುಣಮಟ್ಟದ ಮಾನದಂಡಗಳೊಂದಿಗೆ ಅಂಗಾಂಶ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ.
ವಿವರವಾದ ಮಾದರಿ ತಯಾರಿಕೆ ಸೂಚನೆಗಳು ಮತ್ತು ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳಿಗಾಗಿ, ದಯವಿಟ್ಟು ಜಾತಿಯ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಕಸ್ಟಮೈಸ್ ಮಾಡಿದ ಪರಿಹಾರಕ್ಕಾಗಿ ನಮ್ಮ ಮಾರಾಟ ತಂಡವನ್ನು ಸಂಪರ್ಕಿಸಿ.
ಸೇವಾ ಕೆಲಸದ ಹರಿವು
ಪ್ರಯೋಗ ವಿನ್ಯಾಸ
ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ
ಡಿಎನ್ಎ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆ
ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣ
ಅನುಕ್ರಮ
ಡೇಟಾ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವೆಗಳು
ಮುಖ್ಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳು ಸೇರಿವೆ:
1) T2T ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ
● T2T ಜೀನೋಮ್ ಎಂದರೆ "0 ಅಂತರ" ಹೊಂದಿರುವ ಜೀನೋಮ್, ಇದರಲ್ಲಿ ಕನಿಷ್ಠ ಒಂದು ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಟೆಲೋಮಿಯರ್ನಿಂದ ಟೆಲೋಮಿಯರ್ಗೆ ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ಜೋಡಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿರುತ್ತದೆ.
● ಹೆಚ್ಚಿನ ನಿಖರತೆಯ CCS ರೀಡ್ಗಳು ಮತ್ತು ONT ಅಲ್ಟ್ರಾ-ಲಾಂಗ್ ರೀಡ್ಗಳನ್ನು ಬಳಸುವುದು:
* ಹೈಫಿಯಾಸಮ್ (v0.25.0) ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಹೈಬ್ರಿಡ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಯ ಮೂಲಕ ಕಾಂಟಿಗ್ v1 ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸಿ.
* NT ಡೇಟಾಬೇಸ್ ವಿರುದ್ಧ BLAST ಮೂಲಕ ಪ್ಲಾಸ್ಟಿಡ್ ಮತ್ತು ಕಲುಷಿತ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಿ.
* 3D-DNA ಯೊಂದಿಗೆ ಹೈ-ಸಿ ಡೇಟಾವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸ್ಕ್ಯಾಫೋಲ್ಡ್ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್-ಸ್ಕೇಲ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಯಲ್ಲಿ ಸೇರುತ್ತದೆ.
* ಅಂತಿಮ T2T ಜೀನೋಮ್ ಪಡೆಯಲು ಸ್ಥಳೀಯ ಜೋಡಣೆಯ ಮೂಲಕ ಕಾಣೆಯಾದ ಟೆಲೋಮಿಯರ್ಗಳನ್ನು ONT ರೀಡ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ತುಂಬಿಸಿ.
2) ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ
● ಬುಸ್ಕೋ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ
BUSCO v5.2.1 (ಬೆಂಚ್ಮಾರ್ಕಿಂಗ್ ಯೂನಿವರ್ಸಲ್ ಸಿಂಗಲ್-ಕಾಪಿ ಆರ್ಥೋಲಾಗ್ಸ್) OrthoDB 10 ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಅನ್ನು ಆಧರಿಸಿ ಪ್ರಮುಖ ವಿಕಸನೀಯ ವಂಶಾವಳಿಗಳಿಗೆ ಏಕ-ಕಾಪಿ ಜೀನ್ ಸೆಟ್ಗಳನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸುತ್ತದೆ. ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯ ಅನುಪಾತ ಮತ್ತು ಸಮಗ್ರತೆಯ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಜೋಡಿಸಲಾದ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಈ ಜೀನ್ ಸೆಟ್ ವಿರುದ್ಧ ಜೋಡಣೆಯ ಮೂಲಕ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ.
"ಸಂಪೂರ್ಣ BUSCO ಗಳ" ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಮಾಣವು ಹೆಚ್ಚಿನ ಜೀನೋಮ್ ಜೋಡಣೆಯ ಸಂಪೂರ್ಣತೆಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.
● ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಓದುತ್ತದೆ
ಮುಂದಿನ ಪೀಳಿಗೆಯ ಅನುಕ್ರಮದಿಂದ (ಉದಾ. ಇಲ್ಯುಮಿನಾ) ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತ ಓದುಗಳನ್ನು bwa ಬಳಸಿ ಜೋಡಿಸಲಾದ ಜೀನೋಮ್ಗೆ ಜೋಡಿಸಿ. Minimap2 ಬಳಸಿ ಜೋಡಿಸಲಾದ ಜೀನೋಮ್ಗೆ ಮೂರನೇ ಪೀಳಿಗೆಯ ದೀರ್ಘ ಓದುಗಳನ್ನು ಜೋಡಿಸಿ.
ಜೋಡಿಸಲಾದ ಜೀನೋಮ್ನ ಸಂಪೂರ್ಣತೆ ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯ ಏಕರೂಪತೆಯನ್ನು ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ದರ, ಜೀನೋಮ್ ಕವರೇಜ್ ಅನುಪಾತ ಮತ್ತು ಆಳ ವಿತರಣೆಯ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ.
● ಜೀನೋಮ್ QC ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ
ಒಮ್ಮತದ ಗುಣಮಟ್ಟ (QV) ಪಡೆಯಲು ಹೆಚ್ಚಿನ ನಿಖರತೆಯ ಅನುಕ್ರಮ ಓದುವಿಕೆಗಳು k-mers ಅನ್ನು ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಯೊಂದಿಗೆ ಹೋಲಿಸುವ ಮೂಲಕ Merqury ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಅಸೆಂಬ್ಲಿಯನ್ನು ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡಿ.
ಹೆಚ್ಚಿನ ಗುಣಮಟ್ಟದ ಮೌಲ್ಯಗಳು ಜೋಡಿಸಲಾದ ಜೀನೋಮ್ನ ಹೆಚ್ಚಿನ ನಿಖರತೆಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ.
● ಜೀನೋಮ್ LAI ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ
LAI (LTR ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಸೂಚ್ಯಂಕ) ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಸಮಗ್ರತೆಯನ್ನು ಒಟ್ಟು LTR ಅನುಕ್ರಮಗಳಿಗೆ ಅಖಂಡ LTR ರೆಟ್ರೋಟ್ರಾನ್ಸ್ಪೋಸನ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಅನುಪಾತವಾಗಿ ನಿರ್ಣಯಿಸುತ್ತದೆ. ಅಭ್ಯರ್ಥಿ LTR-RT ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು LTR_FINDER (v1.0.7) ಮತ್ತು LTRharvest (v1.5.9) ಬಳಸಿ ಗುರುತಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ನಂತರ ಹೆಚ್ಚಿನ ವಿಶ್ವಾಸದ LTR ರೆಟ್ರೋಟ್ರಾನ್ಸ್ಪೋಸನ್ಗಳನ್ನು ಪಡೆಯಲು ಮತ್ತು LAI ಅನ್ನು ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡಲು LTR_retriever (v2.8) ಬಳಸಿ ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡಿ ಸಂಯೋಜಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.
LAI ಡೆವಲಪರ್ಗಳ ಪ್ರಕಟಣೆಯ ಪ್ರಕಾರ, LAI ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು ಮೂರು ಹಂತಗಳಾಗಿ ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ:
ಡ್ರಾಫ್ಟ್ (0 ≤ LAI < 10), ಉಲ್ಲೇಖ (10 ≤ LAI < 20), ಮತ್ತು ಚಿನ್ನ (LAI ≥ 20).
● ಟೆಲೋಮಿಯರ್ಗಳು ಮತ್ತು ಸೆಂಟ್ರೋಮಿಯರ್ಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ
TIDK ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಸಂಭಾವ್ಯ ಟೆಲೋಮಿಯರ್ ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಘಟಕಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಿ. ಟೆಲೋಮಿಯರ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆ ಮಾಡಿ ಮತ್ತು ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಲಕ್ಷಣಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ FindTelomeres ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸ್ಥಾನಿಕ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಪಡೆಯಿರಿ.
ಮೂರನೇ ತಲೆಮಾರಿನ ದೀರ್ಘ ಓದುವಿಕೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಸೆಂಟ್ರೋಮಿಕ್ಸ್ ಬಳಸಿ ಸಂಭಾವ್ಯ ಸೆಂಟ್ರೋಮೆರಿಕ್ ಪುನರಾವರ್ತನೆಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಿ, ನಂತರ ಸೆಂಟ್ರೋಮಿಯರ್ ಸ್ಥಾನಗಳು ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಪಡೆಯಲು ಜೀನೋಮ್ಗೆ ಮರು ನಕ್ಷೆ ಮಾಡಿ.
1) ಜೀನೋಮ್ ವರ್ಣತಂತು ನಕ್ಷೆ
2)ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಟೆಲೋಮಿಯರ್ಗಳ ಸ್ಥಾನಗಳು
| ಕ್ರಿಶ್ಚಿಯನ್ | ಕ್ರೋ. ಉದ್ದ (ಬಿಪಿ) | ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್_ಸ್ಟಾರ್ಟ್(bp) | ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್_ಎಂಡ್(bp) | ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್_ಉದ್ದ(bp) | ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್_ಸ್ಟಾರ್ಟ್(bp) | ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್_ಎಂಡ್(bp) | ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್_ಉದ್ದ(bp) |
| ಚ01 | 55,340,768 | 53 | 2,036 (ಇಂಗ್ಲೆಂಡ್) | 1,984 | 55,338,794 | 55,340,768 | 1,975 |
| ಚ02 | 56,588,289 | 1 | 2,760 | 2,760 | 56,584,191 | 56,588,289 | 4,099 |
| ಚ03 | 46,886,733 | 20 | 3,001 | 2,982 | 46,881,994 | 46,886,733 | 4,740 |
| ಚ04 | 49,401,798 | 1 | 2,143 | 2,143 | 49,399,160 | 49,401,798 | 2,639 |
| ಚ05 | 45,855,317 | 10 | 3,043 | 3,034 | 45,852,809 | 45,855,317 | 2,509 |
| ಚ06 | 45,285,625 | 1 | 3,268 | 3,268 | 45,283,427 | 45,285,625 | 2,199 |
| ಚ07 | 48,122,726 | 1 | 2,317 | 2,317 | 48,120,519 | 48,122,726 | 2,208 |
Nಓಟ್:
Chr: ವರ್ಣತಂತು ID
Chr_ಉದ್ದ (bp): ವರ್ಣತಂತುವಿನ ಉದ್ದ
ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್_ಸ್ಟಾರ್ಟ್ (bp): ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಟೆಲೋಮಿಯರ್ನ ಆರಂಭಿಕ ಸ್ಥಾನ.
ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್_ಎಂಡ್ (bp): ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಟೆಲೋಮಿಯರ್ನ ಅಂತ್ಯದ ಸ್ಥಾನ.
ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್_ಉದ್ದ (bp): ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಟೆಲೋಮಿಯರ್ನ ಉದ್ದ
ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್_ಸ್ಟಾರ್ಟ್ (ಬಿಪಿ): ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಟೆಲೋಮಿಯರ್ನ ಆರಂಭಿಕ ಸ್ಥಾನ.
ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್_ಎಂಡ್ (ಬಿಪಿ): ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಟೆಲೋಮಿಯರ್ನ ಅಂತ್ಯದ ಸ್ಥಾನ.
ಕೆಳಮುಖ_ಉದ್ದ (bp): ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಕೆಳಮುಖ ಟೆಲೋಮಿಯರ್ನ ಉದ್ದ
3)ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಸೆಂಟ್ರೊಮೀರ್ಗಳ ಸ್ಥಾನಗಳು
| ಕ್ರಿಶ್ಚಿಯನ್ | ಕ್ರೋ_ಉದ್ದ(bp) | ಸೆಂಟ್ರೋಮಿಕ್ಸ್_ಸ್ಟಾರ್ಟ್(ಬಿಪಿ) | ಸೆಂಟ್ರೋಮಿಕ್ಸ್_ಎಂಡ್(bp) |
| ಚ01 | 55,340,768 | 18,943,204 | 23,005,555 |
| ಚ02 | 56,588,289 | 28,114,720 | 30,677,916 |
| ಚ03 | 46,886,733 | 24,487,558 | 24,929,326 |
| ಚ04 | 49,401,798 | 20,976,875 | 22,563,388 |
| ಚ05 | 45,855,317 | 18,578,095 | 19,715,924 |
| ಚ06 | 45,285,625 | 19,398,436 | ೧೯೯೫೦,೧೭೩ |
| ಚ07 | 48,122,726 | 26,390,720 | 27,913,284 |
ಸೂಚನೆ:
Chr: ವರ್ಣತಂತು ID
Chr_ಉದ್ದ (bp): ವರ್ಣತಂತುವಿನ ಉದ್ದ
ಸೆಂಟ್ರೋಮಿಯರ್_ಪ್ರಾರಂಭ (bp): ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಸೆಂಟ್ರೋಮಿಯರ್ನ ಆರಂಭಿಕ ಸ್ಥಾನ
ಸೆಂಟ್ರೋಮಿಯರ್_ಎಂಡ್ (bp): ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಸೆಂಟ್ರೋಮಿಯರ್ನ ಅಂತ್ಯದ ಸ್ಥಾನ
4) ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಫಲಿತಾಂಶಗಳ ಅಂತರ ಅಂಕಿಅಂಶಗಳು
| ಗುಂಪು | ಅಂತರ_ಸಂಖ್ಯೆ | ಲೆನ್ |
| ಚ01 | 0 | 55,340,768 |
| ಚ02 | 0 | 56,588,289 |
| ಚ03 | 0 | 46,886,733 |
| ಚ04 | 0 | 49,401,798 |
| ಚ05 | 0 | 45,855,317 |
| ಚ06 | 0 | 45,285,625 |
| ಚ07 | 0 | 48,122,726 |
| ಒಟ್ಟು (ಅನುಪಾತ %) | 0 | 347,481,256(100.00) |
Nಓಟ್:
ಗುಂಪು: ವರ್ಣತಂತು ID
ಅಂತರ_ಸಂಖ್ಯೆ: ವರ್ಣತಂತುವಿನ ಮೇಲಿನ ಅಂತರಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ
ಲೆನ್ (bp): ವರ್ಣತಂತುವಿನ ಉದ್ದ
5) ಜೀನೋಮ್ LAI ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ
| ಕ್ರಿಶ್ಚಿಯನ್ | ಕ್ರೋಮ್ ಉದ್ದ (bp) | ಅಖಂಡ | ಒಟ್ಟು | ಕಚ್ಚಾ_LAI | ಎಲ್ಎಐ |
| ಸಂಪೂರ್ಣ_ಜೀನೋಮ್ | 347,481,256 | 0.046 (ಆಹಾರ) | 0.36 (ಅನುಪಾತ) | 12.94 (12.94) | 15.18 |
ಗಮನಿಸಿ: LAI ಡೆವಲಪರ್ಗಳ ಪ್ರಕಟಣೆಯ ಪ್ರಕಾರ, LAI ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು ಮೂರು ವರ್ಗಗಳಾಗಿ ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ: ಡ್ರಾಫ್ಟ್ (0 ≤ LAI < 10), ಉಲ್ಲೇಖ (10 ≤ LAI < 20), ಮತ್ತು ಚಿನ್ನ (LAI ≥ 20).
ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಉದ್ದ (bp): ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಉದ್ದ
ಅಖಂಡ: ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಅಖಂಡ LTR-RT ಗಳ ಅನುಪಾತ.
ಒಟ್ಟು: ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಒಟ್ಟು LTR ಗಳ ಅನುಪಾತ
raw_LAI = ಸಂಪೂರ್ಣ / ಒಟ್ಟು × 100
LAI: ಸರಿಪಡಿಸಲಾದ LAI ಮೌಲ್ಯ
BMKGene ನ ಡಿ ನೊವೊ ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಸೇವೆಗಳಿಂದ ಸುಗಮಗೊಳಿಸಲಾದ ಪ್ರಗತಿಗಳನ್ನು ಪ್ರಕಟಣೆಗಳ ಸಂಗ್ರಹದ ಮೂಲಕ ಅನ್ವೇಷಿಸಿ:
T2T Gಎನೋಮ್
ಲಿಯು, ಶೌಚೆಂಗ್ ಮತ್ತು ಇತರರು.“ಟೆಲೋಮಿಯರ್-ಟು-ಟೆಲೋಮಿಯರ್ ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಮತ್ತು ಮಲ್ಟಿ-ಓಮಿಕ್ ಡೇಟಾ ಹೆಕ್ಸಾಪ್ಲಾಯ್ಡ್ ಬ್ರೆಡ್ ಗೋಧಿಯ ವಿಕಾಸದ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ.”ಪ್ರಕೃತಿ ತಳಿಶಾಸ್ತ್ರ ಸಂಪುಟ 57,4 (2025): 1008-1020. doi:10.1038/s41588-025-02137-x
ಯಾವೋ, ಕ್ಸು-ಫೆಂಗ್ ಮತ್ತು ಇತರರು.“ಜಪೋನಿಕಾ ಅಕ್ಕಿ ತಳಿಯ ಝೊಂಗ್ಹುವಾ 11 ರ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ಜೋಡಣೆ.”ಸಸ್ಯ ಸಂವಹನ ಸಂಪುಟ. 6,10 (2025): 101463. doi:10.1016/j.xplc.2025.101463
ಎಲ್ವಿ, ಝಿಯುವಾನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು.“ಕ್ಯಾಮೆಲಿಯಾ ಪಿಟಾರ್ಡಿಯ ಹತ್ತಿರದ ಟೆಲೋಮಿಯರ್-ಟು-ಟೆಲೋಮಿಯರ್ ಜೀನೋಮ್ ಜೋಡಣೆ.”ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ದತ್ತಾಂಶ ಸಂಪುಟ 12,1 1422. 14 ಆಗಸ್ಟ್. 2025, doi:10.1038/s41597-025-05764-5
ಡು, ಹೈಯುವಾನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು.“ಫ್ರಗೇರಿಯ ಐನುಮೇಯ ಬಹುತೇಕ ಪೂರ್ಣಗೊಂಡ ಜೀನೋಮ್ ಜೋಡಣೆ.”BMC ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ಸಂಪುಟ 26,1 253. 14 ಮಾರ್ಚ್. 2025, doi:10.1186/s12864-025-11440-0
ಚೆನ್, ವೈಕೈ ಮತ್ತು ಇತರರು.“ನಿಕೋಟಿಯಾನಾ ಬೆಂಥಾಮಿಯಾನಾದ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ಜೋಡಣೆಯು ಸೆಂಟ್ರೋಮೀರ್ಗಳ ಆನುವಂಶಿಕ ಮತ್ತು ಎಪಿಜೆನೆಟಿಕ್ ಭೂದೃಶ್ಯವನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ.”ಪ್ರಕೃತಿ ಸಸ್ಯಗಳು ಸಂಪುಟ 10,12 (2024): 1928-1943. doi:10.1038/s41477-024-01849-y
ಹ್ಯಾಪ್ಲೋಟೈಪ್-ಪರಿಹರಿಸಿದ T2T ಜೀನೋಮ್
ಖಾನ್, ಫಲಕ್ ಶೇರ್ ಮತ್ತು ಇತರರು "ವೈನ್ಗ್ರೇಪ್ ತಳಿ ಕ್ಯಾಬರ್ನೆಟ್ ಸುವಿಗ್ನಾನ್ನ ಹ್ಯಾಪ್ಲೋಟೈಪ್-ಪರಿಹರಿಸಿದ T2T ಅಂತರ-ಮುಕ್ತ ಜೀನೋಮ್ಗಳು."ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ದತ್ತಾಂಶ, 10.1038/s41597-026-06910-3. 26 ಫೆಬ್ರವರಿ 2026, ದೂ:10.1038/s41597-026-06910-3
T2T ಜೀನೋಮ್ + ತುಲನಾತ್ಮಕ ಜೀನೋಮ್
ಹಾಂಗ್, ಲಿನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. "2 ಸಿಹಿ ಕಿತ್ತಳೆಗಳಿಗೆ ಟೆಲೋಮಿಯರ್-ಟು-ಟೆಲೋಮಿಯರ್ ಜೀನೋಮ್ಗಳ ನಿರ್ಮಾಣ ಮತ್ತು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ: ಲಾಂಗ್ಹುಯಿಹಾಂಗ್ ಮತ್ತು ನ್ಯೂಹಾಲ್ (ಸಿಟ್ರಸ್ ಸಿನೆನ್ಸಿಸ್)."ಗಿಗಾಸೈನ್ಸ್ಸಂಪುಟ 13 (2024): giae084. doi:10.1093/gigascience/giae084
ಲಿ, ಕ್ಸಿಯಾವೋ-ಜೀ ಮತ್ತು ಇತರರು. "ಕೆಂಪು ಕ್ಯಾರೆಟ್ TXH4 ನ ಟೆಲೋಮಿಯರ್-ಟು-ಟೆಲೋಮಿಯರ್ ಜೀನೋಮ್ನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಕ್ಯಾರೆಟ್ನಲ್ಲಿ ಲೈಕೋಪೀನ್ ಸಂಗ್ರಹಣೆಯಲ್ಲಿ DcLCYE ಮತ್ತು DcLCYB1 ಪಾತ್ರವನ್ನು ಸ್ಪಷ್ಟಪಡಿಸುತ್ತದೆ."ತೋಟಗಾರಿಕೆ ಸಂಶೋಧನೆಸಂಪುಟ 12,11 uhaf192. 29 ಜುಲೈ 2025, doi:10.1093/hr/uhaf192
T2T ಜೀನೋಮ್ + ಪ್ಯಾಂಜೆನೋಮ್
ವಾಂಗ್, ಕ್ಸಿಯಾಜಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಇತರರು "ರೋಡೋಡೆಂಡ್ರಾನ್ ಪ್ರಭೇದಗಳಲ್ಲಿ T2T ಜೀನೋಮ್, ಪ್ಯಾನ್-ಜೀನೋಮ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಮತ್ತು ಶಾಖ ಒತ್ತಡ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆ ಜೀನ್ಗಳು."ಐಮೆಟಾಸಂಪುಟ 4,2 e70010. 5 ಮಾರ್ಚ್. 2025, doi:10.1002/imt2.70010
