10x Genomics Visium 공간 전사체
기술 계획
특징
● 해상도: 100 µM
● 스팟 직경: 55 µM
● 모집 인원: 4992명
● 캡처 영역: 6.5 x 6.5 mm
● 각 바코드 지점에는 4개 부분으로 구성된 프라이머가 로딩되어 있습니다.
- mRNA 프라이밍 및 cDNA 합성을 위한 폴리(dT) 꼬리
- 증폭 편향을 보정하기 위한 고유 분자 식별자(UMI)
- 공간 바코드
- 부분 판독 1 시퀀싱 프라이머의 결합 서열
● 조직 절편의 H&E 염색
장점
●원스톱 서비스냉동 절편 제작, 염색, 조직 최적화, 공간 바코딩, 라이브러리 준비, 시퀀싱 및 생물정보학을 포함한 모든 경험 및 기술 기반 단계를 통합합니다.
● 고도로 숙련된 기술팀인간, 쥐, 포유류, 어류 및 식물을 포함하여 250가지 이상의 조직 유형과 100종 이상의 종에 대한 경험을 보유하고 있습니다.
●프로젝트 전체에 대한 실시간 업데이트실험 진행 상황을 완벽하게 통제하면서.
●종합 표준 생물정보학:이 패키지에는 29개의 분석 자료와 100개 이상의 고품질 그림이 포함되어 있습니다.
●맞춤형 데이터 분석 및 시각화다양한 연구 요청에 이용 가능합니다.
●단일 세포 mRNA 시퀀싱을 이용한 선택적 공동 분석
명세서
| 샘플 요구 사항 | 도서관 | 시퀀싱 전략 | 데이터 권장 사항 | 품질 관리 |
| OCT에 내장된 냉동 샘플 (최적 직경: 약 6x6x6 mm³) 샘플당 2개의 블록 | 10배 Visium cDNA 라이브러리 | 일루미나 PE150 | 스팟당 50K PE 판독값 (60GB) | 린 > 7 |
시료 준비 지침 및 서비스 절차에 대한 자세한 내용은 언제든지 문의해 주십시오.BMKGENE 전문가
서비스 워크플로우
시료 준비 단계에서는 고품질 RNA를 얻을 수 있는지 확인하기 위해 초기 대량 RNA 추출 시험을 수행합니다. 조직 최적화 단계에서는 조직 절편을 염색하고 시각화한 후, 조직에서 mRNA를 방출하기 위한 투과 조건을 최적화합니다. 최적화된 프로토콜은 라이브러리 구축에 적용되며, 이후 시퀀싱 및 데이터 분석이 진행됩니다.
전체 서비스 워크플로는 실시간 업데이트 및 고객 확인을 포함하여 신속한 피드백 루프를 유지하고 원활한 프로젝트 실행을 보장합니다.
다음 분석 내용이 포함됩니다.
데이터 품질 관리:
o 데이터 출력 및 품질 점수 분포
o 스팟별 유전자 검출
o 조직 커버리지
내부 샘플 분석:
o 유전자 풍부도
o 스팟 클러스터링(차원 축소 분석 포함)
클러스터 간 차등 발현 분석: 마커 유전자 식별
o 마커 유전자의 기능적 주석 및 풍부도 분석
그룹 간 분석
o 두 샘플(예: 병든 샘플과 대조 샘플)의 반점을 재조합하고 재군집화합니다.
각 클러스터에 대한 마커 유전자 식별
o 마커 유전자의 기능적 주석 및 풍부도 분석
o 그룹 간 동일 클러스터의 차등 발현
내부 샘플 분석
스팟 클러스터링
표지 유전자 식별 및 공간적 분포
그룹 간 분석
두 그룹의 데이터를 결합하고 재군집화합니다.
새로운 클러스터의 마커 유전자
BMKGene의 공간 전사체학 서비스가 10X Visium을 통해 이뤄낸 발전상을 다음 주요 논문에서 살펴보세요.
Chen, D. et al. (2023) '포유류 접착 GPCR의 잠재적 초파리 동족체인 mthl1은 초파리에 주입된 종양 세포에 대한 항종양 반응에 관여한다',미국 국립과학원 회보, 120(30), p. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) 'STEEL은 시공간적 전사체 데이터의 고해상도 구분을 가능하게 합니다',생물정보학 브리핑, 24(2), pp. 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al. (2022) '난초 꽃 발달 과정에서 기관 발생의 시공간적 지도',핵산 연구, 50(17), pp. 9724–9737. 도이: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al. (2023) '공간 전사체학과 단일 핵 RNA 시퀀싱의 통합을 통해 자궁근종에 대한 잠재적 치료 전략을 밝혀냄'국제 생물과학 저널, 19(8), pp. 2515–2530. 도이: 10.7150/IJBS.83510.
