10x Genomics Visium 공간 전사체
기술 계획
특징
● 분해능: 100 µM
● 스팟 직경: 55 µM
● 좌석 수 : 4992개
● 촬영 영역 : 6.5 x 6.5 mm
● 각 바코드가 찍힌 지점에는 4개 섹션으로 구성된 프라이머가 로드됩니다.
- mRNA 프라이밍 및 cDNA 합성을 위한 폴리(dT) 테일
- 증폭 편향을 교정하기 위한 고유 분자 식별자(UMI)
- 공간 바코드
- 부분 읽기 1 시퀀싱 프라이머의 결합 시퀀스
● 단면의 H&E 염색
장점
●원스톱 서비스: 극저온 절편, 염색, 조직 최적화, 공간 바코딩, 라이브러리 준비, 시퀀싱 및 생물정보학을 포함한 모든 경험과 기술 기반 단계를 통합합니다.
● 고도로 숙련된 기술팀: 인간, 쥐, 포유류, 어류, 식물을 포함하여 250개 이상의 조직 유형과 100개 이상의 종에 대한 경험이 있습니다.
●전체 프로젝트에 대한 실시간 업데이트: 실험 진행 상황을 완벽하게 통제합니다.
●포괄적 표준 생물정보학:패키지에는 29개의 분석과 100개 이상의 고품질 수치가 포함되어 있습니다.
●맞춤형 데이터 분석 및 시각화: 다양한 연구 요청에 사용 가능.
●단일 세포 mRNA 시퀀싱을 통한 선택적 공동 분석
명세서
| 샘플 요구 사항 | 도서관 | 시퀀싱 전략 | 추천 데이터 | 품질 관리 |
| OCT 내장 크라이오 샘플 (최적 직경: 약 6x6x6 mm³) 샘플당 2개의 블록 | 10X Visium cDNA 라이브러리 | 일루미나 PE150 | 스팟당 50K PE 읽기 ( 60GB ) | 린 > 7 |
샘플 준비 지침 및 서비스 워크플로에 대한 자세한 내용은 언제든지 문의해 주세요.BMKGENE 전문가
서비스 워크플로
샘플 준비 단계에서는 고품질 RNA를 확보하기 위해 초기 대량 RNA 추출 시험을 수행합니다. 조직 최적화 단계에서는 절편을 염색하고 시각화하며, 조직에서 mRNA가 방출되도록 투과 조건을 최적화합니다. 최적화된 프로토콜은 라이브러리 구축 과정에 적용되며, 이후 시퀀싱 및 데이터 분석이 진행됩니다.
전체 서비스 워크플로에는 실시간 업데이트와 클라이언트 확인이 포함되어 있어 반응성 있는 피드백 루프를 유지하고 원활한 프로젝트 실행을 보장합니다.
다음 분석이 포함됩니다.
데이터 품질 관리:
o 데이터 출력 및 품질 점수 분포
o 지점별 유전자 검출
o 조직 커버리지
내부 표본 분석:
o 유전자 풍부도
o 축소 차원 분석을 포함한 스팟 클러스터링
o 클러스터 간 차등 발현 분석: 마커 유전자 식별
o 마커 유전자의 기능적 주석 및 풍부화
집단 간 분석
o 두 샘플(예: 질병 샘플 및 대조군)의 스팟 재결합 및 재클러스터링
o 각 클러스터에 대한 마커 유전자 식별
o 마커 유전자의 기능적 주석 및 풍부화
o 그룹 간 동일 클러스터의 차등적 표현
내부 표본 분석
스팟 클러스터링
마커 유전자 식별 및 공간 분포
집단 간 분석
두 그룹의 데이터 결합 및 재클러스터링
새로운 클러스터의 마커 유전자
10X Visium이 제공하는 BMKGene의 공간 전사체학 서비스를 통해 이루어진 발전을 살펴보세요. 다음 출판물에서:
Chen, D. et al. (2023) '포유류 접착 GPCR의 잠재적인 초파리 동족체인 mthl1은 파리의 주입된 종양 세포에 대한 항종양 반응에 관여합니다.'미국 국립과학원 회보, 120(30), p. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) 'STEEL은 시공간 전사체 데이터의 고해상도 묘사를 가능하게 합니다',생물정보학 브리핑, 24(2), pp. 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al. (2022) '난초 꽃 발달의 기관 형성에 대한 시공간적 지도',핵산 연구, 50(17), pp. 9724–9737. 도이: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al. (2023) '공간 전사체학과 단일핵 RNA 시퀀싱을 통합하면 자궁근종에 대한 잠재적 치료 전략이 밝혀진다',국제생물과학저널, 19(8), pp. 2515–2530. 도이: 10.7150/IJBS.83510.
