10x Genomics Visium 공간 전사체
특징
● 분해능: 100μM
● 스폿 직경: 55 µM
● 스팟 수: 4992
● 캡처 영역: 6.5 x 6.5mm
● 각 바코드 지점에는 4개 섹션으로 구성된 프라이머가 로드됩니다.
- mRNA 프라이밍 및 cDNA 합성을 위한 폴리(dT) 꼬리
- 증폭 편향을 교정하기 위한 고유 분자 식별자(UMI)
- 공간 바코드
- 부분 리드 1 시퀀싱 프라이머의 결합 순서
● 절편의 H&E 염색
장점
●원스톱 서비스: 냉동 절편, 염색, 조직 최적화, 공간 바코드, 라이브러리 준비, 시퀀싱 및 생물정보학을 포함한 모든 경험과 기술 기반 단계를 통합합니다.
● 고도로 숙련된 기술팀: 인간, 생쥐, 포유류, 어류 및 식물을 포함하여 250개 이상의 조직 유형과 100개 이상의 종에 대한 경험을 보유하고 있습니다.
●전체 프로젝트에 대한 실시간 업데이트: 실험 진행을 완벽하게 제어합니다.
●포괄적인 표준 생물정보학:패키지에는 29개의 분석과 100개 이상의 고품질 수치가 포함되어 있습니다.
●맞춤형 데이터 분석 및 시각화: 다양한 연구 요청에 사용할 수 있습니다.
●단일 세포 mRNA 염기서열 분석을 통한 선택적 공동 분석
명세서
| 샘플 요구사항 | 도서관 | 시퀀싱 전략 | 권장되는 데이터 | 품질 관리 |
| OCT 내장 극저온 샘플, FFPE 샘플 (최적 직경: 약 6x6x6 mm3) 샘플당 블록 3개 | 10X Visium cDNA 라이브러리 | 일루미나 PE150 | 스팟당 PE 읽기 50,000개 (60GB) | 린>7 |
샘플 준비 지침 및 서비스 워크플로에 대한 자세한 내용은 언제든지 담당자에게 문의하세요.BMKGENE 전문가
서비스 워크플로
샘플 준비 단계에서는 고품질 RNA를 얻을 수 있는지 확인하기 위해 초기 벌크 RNA 추출 시험이 수행됩니다.조직 최적화 단계에서는 섹션이 염색되고 시각화되며 조직에서 mRNA 방출을 위한 투과성 조건이 최적화됩니다.그런 다음 라이브러리 구성 중에 최적화된 프로토콜이 적용된 다음 시퀀싱 및 데이터 분석이 수행됩니다.
전체 서비스 워크플로우에는 응답 피드백 루프를 유지하기 위한 실시간 업데이트 및 클라이언트 확인이 포함되어 원활한 프로젝트 실행을 보장합니다.
다음 분석이 포함됩니다.
데이터 품질 관리:
o 데이터 출력 및 품질 점수 분포
o 스팟별 유전자 검출
o 조직 적용 범위
내부 샘플 분석:
o 유전자 풍부함
o 축소된 차원 분석을 포함한 스팟 클러스터링
o 클러스터 간 차등 발현 분석: 마커 유전자 식별
o 마커 유전자의 기능적 주석 및 농축
그룹 간 분석
o 두 샘플(예: 질병에 걸린 샘플과 대조 샘플)의 반점과 재클러스터의 재결합
o 각 클러스터에 대한 마커 유전자 식별
o 마커 유전자의 기능적 주석 및 농축
o 그룹 간 동일한 클러스터의 차등 표현
내부표본 분석
스팟 클러스터링
마커 유전자 식별 및 공간 분포
그룹 간 분석
그룹과 재클러스터의 데이터 결합
새로운 클러스터의 마커 유전자
10X Visium을 통해 BMKgene의 공간 전사체학 서비스를 통해 촉진된 발전을 살펴보세요. 주요 간행물에서:
Chen, D. et al.(2023) '포유류 부착 GPCR의 잠재적인 초파리 동족체인 mthl1은 파리에 주입된 발암성 세포에 대한 항종양 반응에 관여합니다', Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), p.e2303462120.도이: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) 'STEEL은 시공간 전사체 데이터의 고해상도 묘사를 가능하게 합니다', Briefings in Bioinformatics, 24(2), pp. 1–10.도이: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C.et al.(2022) '난초 꽃 발달의 기관발생에 대한 시공간 지도책', Nucleic Acids Research, 50(17), pp. 9724-9737.도이: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) '공간 전사체학 및 단일 핵 RNA 시퀀싱 통합으로 자궁 평활근종에 대한 잠재적인 치료 전략 공개', 국제 생물학 저널, 19(8), pp. 2515–2530.도이: 10.7150/IJBS.83510.
