16S/18S/ITS 앰플리콘 시퀀싱(NGS)
서비스 특징
● 시퀀싱 플랫폼: Illumina NovaSeq.
● 16S, 18S 및 ITS를 비롯한 여러 증폭 대상의 짧은 영역 증폭.
● 다양한 증폭산물 선택이 가능합니다.
● 여러 증폭 대상을 다룬 이전 프로젝트 경험.
서비스 장점
●격리 없는:환경 시료의 미생물 구성 성분을 신속하게 식별합니다.
●고해상도환경 시료에서 저농도로 존재하는 성분들.
●널리 적용 가능다양한 미생물 군집 연구.
●종합적인 생물정보학 분석최신 QIIME2 패키지(미생물 생태에 대한 정량적 분석)는 데이터베이스, 주석, OTU/ASV 측면에서 다양한 분석 기능을 제공합니다.
●폭넓은 전문 지식BMKGENE은 연간 15만 건의 앰플리콘 시퀀싱 프로젝트를 수행하며 10년 이상의 경험, 고도로 숙련된 분석팀, 포괄적인 콘텐츠 및 탁월한 사후 지원을 제공합니다.
서비스 사양
| 도서관 | 시퀀싱 전략 | 데이터 권장 사항 |
| 앰플리콘 | 일루미나 PE250 | 50/100/300K 태그(읽기 쌍) |
서비스 요구사항
| 농도(ng/µL) | 총량(ng) | 부피(µL) |
| ≥1 | 200 이상 | 20세 이상 |
● 토양/슬러지: 1-2g
● 장 내용물(동물 기준): 0.5~2g
● 곤충의 장 내용물: 0.1-0.25g
● 식물 표면(부영양 침전물): 0.1-0.5g
● 발효액 농축 침전물): 0.1-0.5g
● 대변 (대형 동물): 0.5-2g
● 대변(쥐): 3-5 그레인
● 폐포 세척액: 여과지
● 질 분비물 검사: 5~6개
● 피부/생식기 면봉/타액/구강 연조직/인두 면봉/직장 면봉: 2-3개
● 표면 미생물: 여과지
● 수역/공기/생물막: 여과지
● 내생균: 1-2g
● 치태: 0.5-1g
서비스 워크플로우
샘플 배송
도서관 건설
시퀀싱
데이터 분석
판매 후 서비스
다음 분석 내용이 포함됩니다.
- 원시 데이터 품질 관리
- OTU 클러스터링/잡음 제거(ASV)
- OTU 주석
- 알파 다양성 분석: 섀넌, 심슨, ACE를 포함한 다양한 지표.
- 베타 다양성 분석
- 그룹 간 분석
- 환경 요인과 OUT 구성 및 다양성 간의 상관관계 분석
- 16S 기능 유전자 예측
분류학적 분포 히스토그램
분류학적 풍부도 클러스터링 히트맵
알파 다양성 분석: 희석 곡선
베타 다양성 분석: NMDS
그룹 간 분석: LEFSE 바이오마커 발굴
BMKGene의 Illumina 앰플리콘 시퀀싱 서비스가 가져온 발전상을 엄선된 논문 모음을 통해 살펴보세요.
Dong, C. et al. (2022) 'Eucommia ulmoides의 근권 토양 및 수피 미생물군집의 구성, 핵심 미생물군집 및 기능', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) '생쥐에서 Gardnerella vaginalis 유발 세균성 질염 치료를 위한 합성 세균 컨소시엄 이식', Microbiome, 11(1), pp. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. 및 Liu, H. (2022) '지상 기반 폐쇄 생물재생 생명 지원 실험 "Lunar Palace 365" 동안 수집된 공기 먼지의 미생물군', 환경 미생물군, 17(1), pp. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) '퇴비화 과정에서 질소 손실을 제어하는 질소 변환 관련 기능 유전자의 원료 의존적 풍부도', 생물자원기술, 361, p. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
