16S/18S/ITS 앰플리콘 시퀀싱-NGS
서비스 장점
● 환경 시료 내 미생물 성분을 분리할 필요 없이 신속하게 식별
● 환경 시료에 존재하지 않는 성분의 높은 분해능
● 데이터베이스, 주석, OTU/ASV 측면에서 다양한 분석이 가능한 최신 QIIME2 분석 흐름.
● 높은 처리량, 더 높은 정확도
● 다양한 미생물 군집 연구에 적용 가능
● BMK는 토양, 물, 가스, 슬러지, 대변, 내장, 피부, 발효액, 곤충, 식물 등을 포괄하는 연간 100,000개 이상의 샘플에 대한 광범위한 경험을 보유하고 있습니다.
● BMKCloud는 45개의 개인화된 분석 도구를 포함하여 데이터 해석을 촉진했습니다.
서비스 사양
| 시퀀싱플랫폼 | 도서관 | 권장 데이터 수율 | 예상 처리 시간 |
| Illumina NovaSeq 플랫폼 | PE250 | 50K/100K/300K 태그 | 30 일 |
생물정보학 분석
● 원시 데이터 품질 관리
● OTU 클러스터링/잡음 제거(ASV)
● OTU 주석
● 알파 다양성
● 베타 다양성
● 그룹 간 분석
● 실험적 요인과의 연관성 분석
● 기능 유전자 예측
샘플 요구 사항 및 배송
샘플 요구사항:
을 위한DNA 추출물:
| 샘플 유형 | 양 | 집중 | 청정 |
| DNA 추출물 | ＞ 30ng | ＞ 1ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
환경 샘플의 경우:
| 샘플 유형 | 권장 샘플링 절차 |
| 토양 | 샘플링 양: 약.5g;표면에 남아있는 시든 물질을 제거해야 합니다.큰 조각을 갈아서 2mm 필터를 통과시킵니다.예약을 위해 멸균 EP-튜브 또는 사이로튜브에 샘플을 나누어 담습니다. |
| 대변 | 샘플링 양: 약.5g;예약을 위해 멸균 EP-튜브 또는 저온튜브에서 샘플을 수집하고 분취합니다. |
| 장 내용물 | 샘플은 무균 상태에서 처리되어야 합니다.수집된 조직을 PBS로 세척합니다.PBS를 원심분리하고 EP-튜브에서 침전물을 수집합니다. |
| 진흙 | 샘플링 양: 약.5g;예약을 위해 멸균 EP-튜브 또는 저온튜브에서 슬러지 샘플을 수집하고 분취합니다. |
| 수역 | 수돗물, 우물물 등 미생물 양이 제한된 시료의 경우 최소 1L의 물을 수집하고 0.22μm 필터를 통과하여 막에 있는 미생물을 농축합니다.멤브레인을 멸균 튜브에 보관하십시오. |
| 피부 | 멸균된 면봉이나 수술용 칼날로 피부 표면을 조심스럽게 긁어낸 후 멸균 튜브에 넣습니다. |
권장 샘플 배송
샘플을 액체질소에서 3~4시간 동안 동결시킨 후 액체질소 또는 장기 보관을 위해 영하 80도에 보관하세요.드라이아이스를 이용한 샘플 배송이 필요합니다.
서비스 작업 흐름
샘플 배송
도서관 건립
시퀀싱
데이터 분석
판매 후 서비스
1.종분포
2. 히트맵: 종 풍부도 클러스터링
3.희귀 세력 곡선
4.NMDS 분석
5.Lefse 분석
BMK 케이스
제2형 당뇨병이 있는 비만인과 없는 비만인은 장내 미생물의 기능적 능력과 구성이 서로 다릅니다.
게시된 날짜:세포숙주와 미생물, 2019
시퀀싱 전략:
마른 비당뇨병(n=633);비만 비당뇨병(n=494);비만-2형 당뇨병(n=153);
대상 영역: 16S rDNA V1-V2
플랫폼: Illumina Miseq(NGS 기반 앰플리콘 시퀀싱)
DNA 추출물의 하위 집합을 Illumina Hiseq에서 메타게놈 시퀀싱에 적용했습니다.
주요 결과
이러한 대사 질환의 미생물 프로파일링은 성공적으로 구별되었습니다.
16S 시퀀싱에 의해 생성된 미생물 특성을 비교한 결과 비만은 미생물 구성, 개별 특성의 변화, 특히 Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes 등의 현저한 감소와 관련이 있는 것으로 나타났습니다. 또한 T2D는 Escherichia/shigella의 증가와 관련이 있는 것으로 나타났습니다. .
참조
Thinholm, LB 등."제2형 당뇨병이 있는 비만인과 없는 비만인은 장내 미생물의 기능적 능력과 구성이 서로 다릅니다."세포 숙주 및 미생물26.2(2019).
