16S/18S/ITS 앰플리콘 시퀀싱-PacBio
서비스 장점
● 16S/18S/ITS의 전체 길이 시퀀스를 나타내는 긴 판독
● PacBio CCS 모드 시퀀싱을 통한 매우 정확한 베이스 콜링
● OTU/ASV 주석의 종 수준 해상도
● 데이터베이스, 주석, OTU/ASV 측면에서 다양한 분석이 가능한 최신 QIIME2 분석 흐름.
● 다양한 미생물 군집 연구에 적용 가능
● BMK는 토양, 물, 가스, 슬러지, 대변, 내장, 피부, 발효액, 곤충, 식물 등을 포괄하는 연간 100,000개 이상의 샘플에 대한 광범위한 경험을 보유하고 있습니다.
● BMKCloud는 45개의 개인화된 분석 도구를 포함하여 데이터 해석을 촉진했습니다.
서비스 사양
| 시퀀싱플랫폼 | 도서관 | 권장 데이터 | 처리 시간 |
| PacBio 속편 II | SMRT-벨 | 5K/10K/20K 태그 | 44 근무일 |
생물정보학 분석
● 원시 데이터 품질 관리
● OTU 클러스터링/잡음 제거(ASV)
● OTU 주석
● 알파 다양성
● 베타 다양성
● 그룹 간 분석
● 실험적 요인과의 연관성 분석
● 기능 유전자 예측
샘플 요구 사항 및 배송
샘플 요구사항:
을 위한DNA 추출물:
| 샘플 유형 | 양 | 집중 | 청정 |
| DNA 추출물 | ＞ 1μg | ＞ 20ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
환경 샘플의 경우:
| 샘플 유형 | 권장 샘플링 절차 |
| 토양 | 샘플링 양: 약.5g;표면에 남아있는 시든 물질을 제거해야 합니다.큰 조각을 갈아서 2mm 필터를 통과시킵니다.예약을 위해 멸균 EP-튜브 또는 사이로튜브에 샘플을 나누어 담습니다. |
| 대변 | 샘플링 양: 약.5g;예약을 위해 멸균 EP-튜브 또는 저온튜브에서 샘플을 수집하고 분취합니다. |
| 장 내용물 | 샘플은 무균 상태에서 처리되어야 합니다.수집된 조직을 PBS로 세척합니다.PBS를 원심분리하고 EP-튜브에서 침전물을 수집합니다. |
| 진흙 | 샘플링 양: 약.5g;예약을 위해 멸균 EP-튜브 또는 저온튜브에서 슬러지 샘플을 수집하고 분취합니다. |
| 수역 | 수돗물, 우물물 등 미생물 양이 제한된 시료의 경우 최소 1L의 물을 수집하고 0.22μm 필터를 통과하여 막에 있는 미생물을 농축합니다.멤브레인을 멸균 튜브에 보관하십시오. |
| 피부 | 멸균된 면봉이나 수술용 칼날로 피부 표면을 조심스럽게 긁어낸 후 멸균 튜브에 넣습니다. |
권장 샘플 배송
샘플을 액체질소에서 3~4시간 동안 동결시킨 후 액체질소 또는 장기 보관을 위해 영하 80도에 보관하세요.드라이아이스를 이용한 샘플 배송이 필요합니다.
서비스 작업 흐름
샘플 배송
도서관 건립
시퀀싱
데이터 분석
판매 후 서비스
1. V3+V4(Illumina) 기반 미생물 군집 프로파일링과 전체 길이(PacBio) 기반 프로파일링의 주석 비율.
(무작위로 선정된 30개 프로젝트의 데이터를 통계에 적용함)
2. 다양한 샘플 유형의 종 수준에서 전체 길이 앰플리콘 시퀀싱의 주석 속도
3.종분포
4.계통발생수
BMK 케이스
비소 노출은 장 장벽 손상을 유발하고 결과적으로 장-간 축이 활성화되어 오리의 간 염증 및 발열증을 유발합니다.
게시된 날짜:종합환경과학,2021
시퀀싱 전략:
샘플: 대조군 대 8 mg/kg ATO 노출 그룹
시퀀싱 데이터 수율: 총 102,583개의 원시 CCS 시퀀스
제어: 54,518 ± 747 유효 CCS
ATO 노출: 45,050 ± 1675 유효 CCS
주요 결과
알파 다양성:ATO 노출은 오리의 장내 미생물 풍부도와 다양성을 크게 변화시켰습니다.
전이 분석:
문 수준: 대조군에서만 2개의 박테리아 문이 검출됨
속 수준: 6개 속은 상대적 풍부도가 크게 다른 것으로 나타났습니다.
종 수준: 총 36종이 확인되었으며, 그 중 6종은 상대적 풍부도가 크게 다릅니다.
참조
Thinholm, LB 등."제2형 당뇨병이 있는 비만인과 없는 비만인은 장내 미생물의 기능적 능력과 구성이 서로 다릅니다."세포 숙주 및 미생물26.2(2019).
