고처리량 시퀀싱을 이용한 전이효소 접근 가능 염색질 분석법(ATAC-seq)
서비스 특징
● 이 서비스는 DNA-단백질 상호작용을 보존하기 위해 추출된 핵산이 아닌 조직 샘플을 필요로 합니다.
● ATAC 방법은 조직 분리, 핵 분리, Tn5 처리 및 정제, PCR 증폭, 크기 선택 및 시퀀싱을 포함합니다.
● Illumina NovaSeq를 이용한 시퀀싱
서비스 장점
●높은 감도:적은 초기 세포 수로도 라이브러리 준비 및 시퀀싱에 충분합니다.
●매우 유익한 기법이는 열린 크로마틴과 전사 인자 결합 부위와 같은 활성 조절 요소의 유전체 위치를 동시에 밝혀냅니다.
●우수한 실험 재현성기술적 반복 실험 결과 우수한 재현성을 보였습니다.
●폭넓은 전문 지식BMKGENE은 수백 건의 ATAC 시퀀싱 프로젝트를 성공적으로 완료한 10년 이상의 경험, 고도로 숙련된 분석팀, 포괄적인 콘텐츠 및 탁월한 사후 지원을 제공합니다.
●전사체 분석과의 결합 가능성ATAC 시퀀싱 데이터를 RNA 시퀀싱과 같은 다른 오믹스 데이터와 통합적으로 분석할 수 있도록 합니다.
● 종합적인 생물정보학 분석이는 크로마틴의 열린 영역과 그에 상응하는 기능(프로모터, UT, 엑손, 인트론)을 식별할 뿐만 아니라 샘플 간의 크로마틴 열린 영역의 차이를 분석할 수 있게 해줍니다.
서비스 사양
| 도서관 | 시퀀싱 전략 | 권장 데이터 출력 | 품질 관리 |
| ATAC-seq | 일루미나 PE150 | 2천만 개 이상의 읽기 게놈 크기에 따라 다릅니다 (인간: 5천만 개의 리드). | Q30≥85% |
샘플 요구 사항
검체 종류: 조직, 생세포 또는 냉동세포, 혈액
● 세포 수: 10개 이상6세포
● 조직 중량: 신선 조직 200mg 이상
● 혈액: 4mL 이상
서비스 워크플로우
실험 설계
샘플 배송
DNA 추출
도서관 건설
시퀀싱
데이터 분석
판매 후 서비스
다음 분석 내용이 포함됩니다.
● 원시 데이터 품질 관리;
● 참조 게놈에 대한 매핑을 기반으로 한 피크 검출;
● 피크 위치에 대한 유전자 주석;
● 모티프 분석: 전사 인자 결합 부위(TFBS) 식별;
● 차등 피크 분석 및 주석.
1. TSS 및 인접 영역(±3kb)에서의 ATAC 리드 분포에 대한 히트맵
2. 다양한 게놈 구성 요소에서 개방형 크로마틴 영역의 분포
3. 그룹 간 차별적인 피크 호출
BMKGene의 ATAC 시퀀싱 서비스를 통해 이루어진 연구 발전을 엄선된 논문 모음을 통해 살펴보세요.
푸, 에이.등(2023) '쓴멜론(Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.)의 텔로미어 간 게놈 조립을 통해 과일 발달, 구성 및 숙성 유전적 특성을 밝혀냈다'원예 연구, 10(1). 도이: 10.1093/HR/UHAC228.
공, B.등(2023) '교종에서 종양유전자로서의 분비 키나아제 FAM20C의 후성유전학적 및 전사적 활성화'유전학 및 유전체학 저널, 50(6), 422-433페이지. 도이: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
여기요.등(2023) '부티레이트는 c-Fos 의존성 xCT 억제를 유도하여 대장암에서 페로프토시스 저항성을 역전시킨다'산화환원 생물학, 65, p. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
