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BMKMANU S3000에서 생성된 데이터는 BMKGENE에서 자체 개발한 소프트웨어 "BSTMatrix"를 사용하여 분석되며, 이를 통해 세포 수준 및 다단계 해상도의 유전자 발현 매트릭스가 생성됩니다. 이후 데이터 품질 관리, 샘플 내 분석 및 그룹 간 분석 결과를 포함하는 표준 보고서가 생성됩니다.

- 데이터 품질 관리:

- 데이터 출력 및 품질 점수 분포

- 스팟별 유전자 검출

- 조직 커버리지

- 내부 샘플 분석:

- 유전자 풍부도

- 스팟 클러스터링(차원 축소 분석 포함)

- 클러스터 간 차등 발현 분석: 마커 유전자 식별

- 마커 유전자의 기능적 주석 및 풍부도 분석

- 그룹 간 분석

- 두 샘플(예: 병든 샘플과 대조 샘플)의 반점들을 재조합하여 재군집화합니다.

- 각 클러스터에 대한 마커 유전자 식별

- 마커 유전자의 기능적 주석 및 풍부도 분석

- 그룹 간 동일 클러스터의 차등 발현

또한 BMKGene이 개발한 "BSTViewer"는 사용자가 다양한 해상도에서 유전자 발현과 스팟 클러스터링을 시각화할 수 있도록 해주는 사용자 친화적인 도구입니다.

BMKGene은 100μm에서 3.5μm까지의 셀 빈 또는 다단계 사각형 빈을 기반으로 하는 정밀한 단일 세포 해상도의 공간 프로파일링 서비스를 제공합니다.

S3000 슬라이드의 조직 단면에서 얻은 공간 프로파일링 데이터는 아래와 같이 우수한 성능을 보였습니다.

사례 연구 1: 쥐의 뇌

S3000을 이용한 마우스 뇌 단면 분석 결과 약 94,000개의 세포가 확인되었으며, 세포당 평균 약 2,000개의 유전자가 시퀀싱되었다. 3.5μM로 향상된 해상도를 통해 전사 패턴을 기반으로 세포를 매우 상세하게 클러스터링할 수 있었으며, 이러한 세포 클러스터는 뇌의 분화된 구조를 모방했다. 이는 회백질에 거의 전적으로 분포하는 희소돌기세포와 백질에 거의 전적으로 분포하는 미세아교세포로 클러스터링된 세포들의 분포를 시각화함으로써 쉽게 확인할 수 있다.

사례 연구 2: 쥐 배아

S3000을 이용한 마우스 배아 단면 분석 결과 약 220만 개의 세포가 확인되었으며, 세포당 평균 약 1600개의 유전자가 시퀀싱되었다. 3.5μM로 향상된 해상도를 통해 전사 패턴을 기반으로 세포를 매우 상세하게 클러스터링할 수 있었으며, 눈 영역에서 12개, 뇌 영역에서 28개의 클러스터가 관찰되었다.

내부 샘플 분석 셀 클러스터링:

표지 유전자 식별 및 공간 분포:

- 더 높은 세포 소기관 해상도: S1000 슬라이드와 비교했을 때, S3000의 각 캡처 영역에는 직경 2.5µm, 스팟 중심 간 거리 3.5µm의 공간 바코드 스팟이 4백만 개 이상 포함되어 있어, 더 높은 세포 소기관 해상도(정사각형 빈: 3.5µm)로 공간 전사체 분석이 가능합니다.

- 향상된 포획 효율: S1000 슬라이드와 비교했을 때, Median_UMI는 30%에서 70%로, Median_Gene은 30%에서 60%로 증가했습니다.

S1000 칩의 구성도:

S3000 칩의 구성도: