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*여기에 표시된 데모 결과는 모두 Biomarker Technologies에서 발표한 게놈 데이터를 기반으로 합니다.

1. LTR 삽입 시기 추정: 그림은 다른 종과 비교했을 때 호밀 게놈에서 LTR-RT 삽입 시기가 독특한 이중 분포를 보임을 나타냅니다. 가장 최근의 피크는 약 50만 년 전에 나타났습니다.

리광 외,네이처 제네틱스2021년

2. 차요테(Sechium edule)의 계통 발생 및 유전자 패밀리 분석: 차요테와 관련 13종의 유전자 패밀리를 분석한 결과, 차요테는 뱀오이(Trichosanthes anguina)와 가장 밀접한 관련이 있는 것으로 나타났습니다. 차요테는 약 2700만~4500만 년 전에 뱀오이에서 유래했으며, 차요테에서는 약 2500만~400만 년 전에 전체 게놈 중복(WGD)이 관찰되었는데, 이는 박과(Cucuibitaceae)에서 세 번째 WGD 사건입니다.

푸 A 등,원예 연구2021년

3. 유전자 배열 분석: 차요테, 뱀오이, 호박에서 과일 발달에 관여하는 식물 호르몬 관련 유전자들이 일부 발견되었다. 차요테와 호박 사이의 상관관계가 차요테와 뱀오이 사이의 상관관계보다 약간 더 높다.

푸 A 등,원예 연구2021년

4. 유전자 패밀리 분석: G.thurberi 및 G.davidsonii 게놈에서 유전자 패밀리 확장 및 축소에 대한 KEGG 농축 분석 결과 스테로이드 생합성 및 브라시노스테로이드 생합성 관련 유전자가 확장된 것으로 나타났습니다.

양 Z 외,BMC 생물학2021년

5. 전체 게놈 복제 분석: 4DTV 및 Ks 분포 분석 결과 전체 게놈 복제 사건이 나타났습니다. 종내 복제 피크는 복제 사건을, 종간 복제 피크는 종 분화 사건을 나타냅니다. 이 분석은 다른 세 근연종과 비교했을 때 O. europaea가 더 최근에 대규모 유전자 복제를 겪었음을 시사합니다.

Rao G 등,원예 연구2021년

BMK 사건

가시 없는 장미: 수분 적응과 관련된 유전체학적 통찰

게시됨: 국립과학리뷰2021년

시퀀싱 전략:

'바세의가시 없는' (R.위추라이난) 게놈:
PacBio 약 93배 + Nanopore 약 90배 + Illumina 약 267배

주요 결과

1. 고품질 R. wichuraiana 게놈은 장거리 시퀀싱 기법을 이용하여 구축되었으며, 이를 통해 530.07 Mb의 어셈블리 크기를 얻었습니다(유세포 분석법으로 추정한 게놈 크기는 약 525.9 Mb, 게놈 조사법으로 추정한 크기는 약 525.5 Mb였으며, 이형접합성은 약 1.03%였습니다). BUSCO 추정 점수는 93.9%였습니다. "Old blush"(haploOB)와 비교하여, 염기 단일 정확도와 LTR 어셈블리 지수(LAI=20.03)를 통해 이 게놈의 품질과 완전성이 확인되었습니다. R. wichuraiana 게놈은 32,674개의 단백질 코딩 유전자를 포함합니다.

2. 비교 유전체학, 전사체학, 유전 집단의 QTL 분석으로 구성된 다중 오믹스 통합 분석을 통해 R. wichuraiana와 Rosa chinensis 사이의 결정적인 종 분화가 밝혀졌습니다. 또한, QTL 내 관련 유전자의 발현 변이는 줄기 가시 패턴과 연관될 가능성이 높습니다.

바세우스 가시장미(Basye's Thornless)와 로사 치넨시스(Rosa chinensis) 간의 비교 유전체 분석(유전자 배열 분석, 유전자 패밀리 클러스터 분석, 확장 및 축소 분석 포함)을 통해 장미의 주요 형질과 관련된 수많은 변이가 밝혀졌습니다. 특히 NAC 및 FAR1/FRS 유전자 패밀리의 독특한 확장은 검은점병 저항성과 관련이 있을 가능성이 매우 높습니다.

Zhong, M. 외. "가시 없는 장미: 수분 적응과 관련된 유전체학적 통찰"국립과학리뷰, 2021;, nwab092.