비교유전체학
서비스 장점
● 가장 일반적으로 필요한 8가지 분석이 포함된 종합 분석 패키지
● 결과에 대한 상세하고 이해하기 쉬운 해석으로 분석의 신뢰도가 높습니다.
● 잘 디자인된 즉시 출판 가능한 피규어
● 고도로 숙련된 생물정보학 팀이 다양한 맞춤형 분석 요구 사항을 충족합니다.
● 처리 시간 단축 및 분석 정확도 향상
● 누적 출판 영향력 지수가 900이 넘는 90건 이상의 성공 사례에 대한 풍부한 경험
서비스 사양
| 예상 처리 시간 | 종의 수 | 복수 |
| 근무일 기준 30일 | 6 - 12 | 유전자 가족 클러스터링 유전자 가족 확장 및 수축 계통발생수 구축 발산시간 추정(화석보정 필요) LTR 삽입 시간(식물의 경우) 전체 게놈 복제(식물용) 선택적 압력 신테니 분석 |
생물정보학 분석
● 유전자 가족
● 계통발생학
● 발산 시간
● 선택적 압력
● 신테니 분석
샘플 요구 사항 및 배송
샘플 요구사항:
게놈 서열 분석 및 조립을 위한 조직 또는 DNA
조직용
| 종 | 조직 | 조사 | 팩바이오 CCS |
| 동물 | 내장 조직 | 0.5~1g | ≥ 3.5g |
| 근육 조직 | |||
| ≥ 5.0g | |||
| ≥ 5.0mL | |||
| 포유류 혈액 | |||
| ≥ 0.5mL | |||
| 가금류/생선 혈액 | |||
| 식물 | 신선한 잎 | 1~2g | ≥ 5.0g |
| 꽃잎/줄기 | 1~2g | ≥ 10.0g | |
| 뿌리/씨앗 | 1~2g | ≥ 20.0g | |
| 세포 | 배양된 세포 | - | ≥ 1x108 |
데이터
밀접하게 관련된 종의 게놈 서열 파일(.fasta) 및 주석 파일(.gff3)
서비스 작업 흐름
실험 설계
샘플 배송
도서관 건립
시퀀싱
데이터 분석
판매 후 서비스
*여기에 표시된 데모 결과는 모두 Biomarker Technologies를 통해 게시된 게놈에서 나온 것입니다.
1. LTR 삽입 시간 추정: 이 그림은 다른 종과 비교하여 Weining 호밀 게놈에서 LTR-RT 삽입 시간의 독특한 이중 모드 분포를 보여줍니다.가장 최근의 정점은 약 50만년 전에 나타났다.
Li Guang et al.,자연 유전학, 2021
2.차요테(Sechium edule)의 계통발생 및 유전자군 분석 : 차요테와 관련 유전자군 관련 13종을 분석한 결과, 차요테는 뱀 조롱박(Trichosanthes anguina)과 가장 밀접한 관련이 있는 것으로 밝혀졌습니다.약 27~45백만년에 뱀 조롱박에서 유래한 차요테와 전체 게놈 복제(WGD)가 25±4백만년에 차요테에서 관찰되었는데, 이는 쿠쿠이비타과에서 세 번째 WGD 사건입니다.
Fu Aet al.,원예 연구, 2021
3.신테니(Synteny) 분석: 과일 발달에 있어 식물호르몬과 관련된 일부 유전자가 차요테(chayote), 뱀박(snake gourd) 및 스쿼시(squash)에서 발견되었습니다.chayote와 스쿼시 사이의 상관관계는 chayote와 스네이크 조롱박 사이의 상관관계보다 약간 높습니다.
Fu Aet al.,원예 연구, 2021
4. 유전자군 분석: G.thurberi 및 G.davidsonii 게놈의 유전자군 확장 및 수축에 대한 KEGG 농축은 스테로이드 생합성 및 브라시노스테로이드 생합성 관련 유전자가 확장되었음을 보여줍니다.
양 Z 외.,BMC 생물학, 2021
5. 전체 게놈 복제 분석: 4DTV 및 Ks 분포 분석은 전체 게놈 복제 이벤트를 보여줍니다.종내 피크는 복제 이벤트를 나타냅니다.종간 피크는 종분화 사건을 보여줍니다.분석 결과, 밀접하게 관련된 다른 세 종과 비교할 때 O. europaea는 최근에 대규모 유전자 복제를 겪었음을 나타냅니다.
Rao Get al.,원예 연구, 2021
BMK 케이스
가시 없는 장미: 수분 적응과 관련된 게놈 통찰력
게시된 날짜: 국립 과학 검토, 2021
시퀀싱 전략:
'바시'가시가 없는' (R.위추라이난) 게놈:
대략.93 X PacBio + 약.90 X 나노포어 + 267 X 일루미나
주요 결과
1. 고품질 R.wichuraiana 게놈은 장기 판독 시퀀싱 기술을 사용하여 구성되었으며 530.07Mb의 어셈블리를 생성했습니다(추정 게놈 크기는 유세포 분석에 따르면 약 525.9Mb이고 게놈 조사에 따르면 525.5이며 이형접합성은 약 1.03%였습니다).BUSCO 예상 점수는 93.9%였습니다."Old blush"(haploOB)와 비교하여 이 게놈의 품질과 완전성은 기본 단일 염기 정확도와 LTR 어셈블리 지수(LAI=20.03)로 확인되었습니다.R.wichuraiana 게놈에는 32,674개의 단백질 코딩 유전자가 포함되어 있습니다.
2. 비교 유전체학, 전사체학, 유전자 집단의 QTL 분석으로 구성된 다중 오믹스 공동 분석을 통해 R. wichuraiana와 Rosa chinensis 사이의 중요한 종분화를 밝혀냈습니다.또한 QTL에서 관련 유전자의 발현 변이는 줄기 가시 패턴과 관련이 있을 가능성이 높습니다.
신테니 분석, 유전자군 클러스터, 확장 및 수축 분석을 포함하여 Basye의 Thornless와 Rosa chinensis 간의 비교 유전체학 분석을 통해 장미의 중요한 특성과 관련된 많은 변이가 밝혀졌습니다.NAC 및 FAR1/FRS 유전자 계열의 독특한 확장은 흑점에 대한 저항성과 관련이 있을 가능성이 매우 높습니다.
BT와 haploOB 게놈 간의 비교 유전체학 분석.
Zhong, M., et al.“가시 없는 장미: 수분 적응과 관련된 게놈 통찰력”국립 과학 검토, 2021;, nwab092.
