전체 길이 mRNA 시퀀싱 - PacBio
특징
● 폴리-A mRNA로부터 cDNA 합성 후 라이브러리 준비
● CCS 모드 시퀀싱을 통해 HiFi 리드 생성
● 전체 길이 전사본의 시퀀싱
● 이 분석에는 참조 게놈이 필수적이지는 않지만, 필요에 따라 사용할 수 있습니다.
● 생물정보학 분석을 통해 전사체 이형체, lncRNA, 유전자 융합, 폴리아데닐화 및 유전자 구조를 분석할 수 있습니다.
서비스 장점
●높은 정확도HiFi 판독값은 99.9% 이상의 정확도(Q30)를 제공하며, NGS와 유사한 수준입니다.
● 대체 스플라이싱 분석전체 전사본의 염기서열 분석을 통해 아이소폼을 식별하고 특성을 규명할 수 있다.
●폭넓은 전문 지식1,100건 이상의 PacBio 전체 길이 전사체 프로젝트를 완료하고 2,300개 이상의 샘플을 처리한 실적을 보유한 저희 팀은 모든 프로젝트에 풍부한 경험을 제공합니다.
●판매 후 지원저희는 프로젝트 완료 후에도 3개월간의 사후 서비스 기간을 제공하여 고객 만족을 최우선으로 생각합니다. 이 기간 동안 프로젝트 진행 상황 점검, 문제 해결 지원, 그리고 결과 관련 문의 사항에 대한 질의응답 시간을 제공합니다.
샘플 요구사항 및 납품
| 도서관 | 시퀀싱 전략 | 데이터 권장 사항 | 품질 관리 |
| 폴리A가 풍부한 mRNA CCS 라이브러리 | PacBio 속편 II PacBio Revio | 20/40GB 5/10 M CCS | Q30≥85% |
샘플 요구 사항:
뉴클레오티드:
● 식물:
뿌리, 줄기 또는 꽃잎: 450mg
잎 또는 씨앗: 300mg
과일: 1.2g
● 동물:
심장 또는 장: 300mg
내장 또는 뇌: 240mg
근육: 450mg
뼈, 머리카락 또는 피부: 1g
● 절지동물:
곤충: 6g
갑각류: 300mg
● 전혈: 튜브 1개
● 세포: 106 세포
| 농도(ng/μl) | 양(μg) | 청정 | 진실성 |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 젤 분석 결과 단백질이나 DNA 오염이 거의 또는 전혀 나타나지 않았습니다. | 식물의 경우: RIN≥7.5; 동물의 경우: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; 기저선 상승이 제한적이거나 없음 |
권장 샘플 배송
컨테이너: 2ml 원심분리 튜브 (알루미늄 호일은 권장하지 않습니다)
샘플 라벨링: 그룹+반복 샘플 (예: A1, A2, A3; B1, B2, B3).
선적:
1. 드라이아이스: 시료는 봉투에 담아 드라이아이스 속에 묻어야 합니다.
2. RNA 안정화 튜브: RNA 샘플은 RNA 안정화 튜브(예: RNAstable®)에 넣어 건조시킨 후 실온에서 운송할 수 있습니다.
서비스 워크플로우
실험 설계
샘플 배송
RNA 추출
도서관 건설
시퀀싱
데이터 분석
판매 후 서비스
다음 분석 내용이 포함됩니다.
● 원시 데이터 품질 관리
● 대체 폴리아데닐화 분석(APA)
● 융합 전사체 분석
● 대체 스플라이싱 분석
● 범용 단일 복제 오르토로그(BUSCO) 분석 벤치마킹
● 새로운 전사체 분석: 코딩 서열(CDS) 예측 및 기능 주석
● lncRNA 분석: lncRNA 및 표적 예측
● 마이크로위성 식별(SSR)
BUSCO 분석
대체 스플라이싱 분석
대체 폴리아데닐화 분석(APA)
새로운 전사본의 기능적 주석
본 특집 기사에서는 BMKGene의 나노포어 전장 mRNA 시퀀싱 서비스가 가능하게 한 발전 사항들을 살펴보세요.
Ma, Y. et al. (2023) 'Nemopilema Nomurai 독 식별을 위한 PacBio 및 ONT RNA 시퀀싱 방법의 비교 분석', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) '포플러 줄기 전사체의 발달 역학', Plant Biotechnology Journal, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Actinidia latifolia(아스코르브산이 풍부한 과일 작물)의 과일 발달 및 숙성 중 아스코르브산 함량의 동적 변화 및 관련 분자 메커니즘', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. 등(2022) 'Paris polyphylla의 생리활성 폴리필린에 관련된 생합성 경로 유전자의 효과적인 예측', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Tuta absoluta (Meyrick) 전사체 및 시토크롬 P450 유전자의 PacBio Iso-Seq 및 Illumina RNA-Seq 결합 분석', 곤충, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'PacBio 단일 분자 실시간 분석과 Illumina RNA 시퀀싱을 결합하여 Ricinus communis의 리시놀산 생합성을 더 잘 이해하기 위한 전사체 복잡성 조사', BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
