DNA/RNA 시퀀싱 -PacBio 시퀀서
특징
PacBio 시퀀서의 두 가지 시퀀싱 모드: CLR(Continuous Long Read) 및 CCS(Circular Consensus Read)
| 시퀀싱 모드 | 라이브러리 크기 | 이론적인 데이터수율(셀당) | 단일 베이스정확성 | 응용 |
| CLR | 20Kb, 30Kb 등 | 80GB ~ 130GB | 대략.85% | 드 노보, SV 호출 등 |
| CCS | 15-20KB | 14~40Gb/셀(속편 II) 70~110Gb/셀(Revio) 샘플에 따라 다름 | 대략.99% | 드 노보, SNP/Indel/SV 호출, Iso-Seq, |
Revio와 Sequel II의 성능 및 기능 비교
| 자귀 | 속편 II 시스템 | 레비오 시스템 | 증가하다 |
| 더 높은 밀도 | 800만 ZMW | 2,500만 ZMW | 3x |
| 독립 스테이지 | 1 | 4 | 4x |
| 더 짧은 실행 시간 | 30시간 | 24 시간 | 1.25배 |
| 30X HiFi 인간 게놈/년 | 88 | 1,300 | 1전체 5배 |
서비스 장점
● 다양한 종을 대상으로 한 수천 건의 비공개 프로젝트를 통해 PacBio 시퀀싱 플랫폼에서 8년 이상의 경험을 보유하고 있습니다.
● 최신 PacBio 시퀀싱 플랫폼인 Revio를 완벽하게 갖추고 있어 충분한 시퀀싱 처리량을 보장합니다.
● 더 빠른 처리 시간, 더 높은 데이터 산출량, 더 정확한 데이터.
● 수백 개의 영향력 있는 PacBio 기반 출판물에 기고했습니다.
샘플 요구사항
| 샘플 유형 | 양 | 농도(Qubit®) | 용량 | 청정 | 기타 |
| 게놈 DNA | 데이터 요구 사항에 따라 다름 | ≥50ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230=1.8-2.5; 260nm에서 명확한 피크,오염 없음 | 농도는 Qubit 및 Qubit/Nanopore = 0.8-2.5로 측정해야 합니다. |
| 총 RNA | ≥1.2μg | ≥120ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5;오염 없음 | RIN 값 ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
서비스 워크플로
샘플 준비
도서관 건립
시퀀싱
데이터 분석
프로젝트 납품
1. 내부 데이터 수율
63개 CCS 세포(26종)에서 생성된 데이터
| 데이터-PacBio-CCS-15Kb | 평균 | 맥스 | 최소 | 중앙값 |
| 수율 - 하위 읽기(Gb) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| 일드 - CCS(Gb) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| 중합효소 N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| 하위 읽기 N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| 평균 길이-중합효소 | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| 평균 길이-하위 읽기 | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| 평균 길이-CCS | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
16개 CLR 세포(76종)에서 생성된 데이터
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | 평균 | 맥스 | 최소 | 중앙값 |
| 수율 - 하위 읽기(Gb) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| 중합효소 N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| 하위 읽기 N50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| 평균 길이-중합효소 | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| 평균 길이-하위 읽기 | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2.데이터 QC – 데모데이터 산출량 통계
| 견본 | ccs 읽기 수 | 총 ccs 베이스(bp) | ccs는 N50(bp)을 읽습니다. | ccs 평균 길이(bp) | ccs 최장 읽기(bp) | 하위 읽기 베이스(bp) | CCS율(%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
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