Hi-C 기반 크로마틴 상호작용
서비스 특징
● Illumina NovaSeq PE150 장비를 이용한 시퀀싱.
● 이 서비스는 추출된 핵산 대신 조직 샘플을 사용하여 포름알데히드로 가교시켜 DNA-단백질 상호작용을 보존합니다.
● Hi-C 실험은 점착성 말단의 제한 및 비오틴을 이용한 말단 복구 과정을 포함하며, 그 결과 생성된 무딘 말단을 상호작용을 유지하면서 원형화합니다. 그런 다음 스트렙타비딘 비드를 이용하여 DNA를 침전시키고 정제하여 후속 라이브러리 준비를 진행합니다.
서비스 장점
●최적의 제한 효소 설계다양한 종에 대해 최대 93%의 유효 상호작용 쌍을 확보하여 높은 Hi-C 효율을 보장합니다.
●풍부한 전문 지식과 출판 실적:BMKGene은 800여 종에 걸쳐 2000건 이상의 Hi-C 시퀀싱 프로젝트를 수행한 풍부한 경험과 다양한 특허를 보유하고 있습니다. 또한 100건 이상의 연구 사례를 발표했으며, 누적 영향력 지수는 900을 넘습니다.
●고도로 숙련된 생물정보학 팀:Hi-C 실험 및 데이터 분석에 대한 사내 특허 및 소프트웨어 저작권과 자체 개발한 시각화 데이터 소프트웨어를 보유하고 있습니다.
●판매 후 지원:저희는 프로젝트 완료 후에도 3개월간의 사후 관리 서비스를 제공하여 고객 만족을 최우선으로 생각합니다. 이 기간 동안 프로젝트 진행 상황 점검, 문제 해결 지원, 그리고 결과 관련 문의 사항에 대한 질의응답 시간을 제공합니다.
●종합 주석우리는 여러 데이터베이스를 활용하여 식별된 변이를 가진 유전자에 기능적 주석을 달고 해당 풍부도 분석을 수행함으로써 다양한 연구 프로젝트에 대한 통찰력을 제공합니다.
서비스 사양
| 도서관 | 시퀀싱 전략 | 권장 데이터 출력 | Hi-C 신호 해상도 |
| Hi-C 라이브러리 | 일루미나 PE150 | 크로마틴 루프: 150배 TAD: 50배 | 크로마틴 루프: 10Kb TAD: 40KB |
서비스 요구사항
| 샘플 유형 | 필요한 금액 |
| 동물 조직 | 2g 이상 |
| 전혈 | 2mL 이상 |
| 진균류 | 1g 이상 |
| 식물의 어린 조직 | 1g씩 1회 분량으로, 2~4회 분량으로 나누어 사용하는 것을 권장합니다. |
| 배양 세포 | ≥1x107 |
다음 분석 내용이 포함됩니다.
● 원시 데이터 품질 관리;
● 매핑 및 Hi-C 라이브러리 품질 관리: 유효한 상호 작용 쌍 및 상호 작용 감쇠 지수(IDE);
● 게놈 전체 상호작용 프로파일링: 시스/트랜스 분석 및 Hi-C 상호작용 지도;
● A/B 구획 분포 분석;
● TAD 및 크로마틴 루프 식별;
● 샘플 간 3D 크로마틴 구조 요소의 차이 분석 및 관련 유전자의 기능적 주석.
시스 및 트랜스 비율 분포
샘플 간 염색체 상호작용의 히트맵
게놈 전체에 걸친 A/B 구획의 분포
크로마틴 루프의 게놈 전체 분포
TAD 시각화
BMKGene의 Hi-C 시퀀싱 서비스를 통해 이루어진 연구 발전을 엄선된 논문 모음을 통해 살펴보세요.
Meng, T. et al. (2021) '비교 통합 다중 오믹스 분석을 통해 CA2가 척삭종의 새로운 표적임을 확인했습니다',신경종양학, 23(10), pp. 1709–1722. 도이: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. et al. (2021) '통합 Hi-C, 나노포어 및 RNA 시퀀싱을 통해 게놈의 3D 해체 및 재배열은 NAFLD의 병인에 대한 통찰력을 제공합니다',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), pp. 3150–3164. 도이: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
