긴 비코딩 시퀀싱 -Illumina
서비스 장점
● 서비스 장점
● 세포 및 조직 특이적
● 특정 무대에서는 역동적인 표정 변화를 표현하고 제시합니다.
● 시공간 표현의 정확한 패턴
● mRNA 데이터와의 공동 분석.
● BMKCloud 기반 결과 전달: 플랫폼에서 맞춤형 데이터 마이닝이 가능합니다.
● 애프터서비스는 프로젝트 완료 후 3개월 동안 유효합니다.
샘플 요구 사항 및 배송
| 도서관 | 플랫폼 | 권장 데이터 | 데이터 QC |
| rRNA 고갈 | 일루미나 PE150 | 10GB | Q30≥85% |
| 농도(ng/μl) | 양(μg) | 청정 | 진실성 |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 젤에 단백질이나 DNA 오염이 제한되거나 전혀 표시되지 않습니다. | 식물의 경우: RIN≥6.5; 동물의 경우: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; 기준선 고도가 제한되거나 없음 |
뉴클레오티드:
조직: 무게(건조): ≥1g
*5mg 미만의 조직의 경우, 급속 냉동(액체질소)된 조직 샘플을 보내는 것이 좋습니다.
세포 현탁액: 세포 수 = 3×107
*냉동된 세포 용해물을 배송하는 것이 좋습니다.셀 개수가 5×10보다 작은 경우5, 액체 질소로 급속 냉동하는 것이 좋습니다.
혈액 샘플:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol 및 2mL 혈액(TRIzol:혈액=3:1)
권장 샘플 배송
용기: 2 ml 원심분리 튜브 (Tin Foil은 권장하지 않음)
샘플 라벨링: 그룹+복제(예: A1, A2, A3);B1, B2, B3... ...
선적:
1.드라이아이스: 샘플을 가방에 포장하고 드라이아이스에 묻어야 합니다.
2.RNAstable 튜브: RNA 샘플은 RNA 안정화 튜브(예: RNAstable®)에서 건조되고 실온에서 배송될 수 있습니다.
서비스 작업 흐름
실험 설계
샘플 배송
RNA 추출
도서관 건립
시퀀싱
데이터 분석
판매 후 서비스
생물정보학
1.LncRNA 분류
위의 4가지 소프트웨어로 예측된 LncRNA는 lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA의 4가지 범주로 분류되었습니다.센스-LncRNA.LncRNA 분류는 아래 히스토그램에 표시되어 있습니다.
LncRNA 분류
2. DE-lncRNA 농축 분석의 Cis 표적 유전자
ClusterProfiler는 생물학적 과정, 분자 기능 및 세포 구성 요소 측면에서 차별적으로 발현된 lncRNA(DE-lncRNA)의 cis 표적 유전자에 대한 GO 농축 분석에 사용되었습니다.GO 농축 분석은 전체 게놈에 비해 DEG 방향으로 상당히 농축된 GO 용어를 식별하는 프로세스입니다.강화된 용어는 아래와 같이 히스토그램, 버블 차트 등으로 표시되었습니다.
DE-lncRNA 농축 분석의 Cis 표적 유전자 - 버블 차트
3. mRNA와 lncRNA의 길이, 엑손 수, ORF 및 발현량을 비교함으로써 이들 간의 구조, 서열 등의 차이를 이해할 수 있으며, 또한 우리가 예측한 새로운 lncRNA가 일반적인 특성을 따르는지 여부도 검증할 수 있습니다.
BMK 케이스
KRAS‐G12D 돌연변이 및 P53 녹아웃이 있는 마우스 폐 선암종에서 조절되지 않은 lncRNA 발현 프로파일
게시된 날짜:세포 및 분자 의학 저널,2019
시퀀싱 전략
일루미나
샘플 수집
NONMMUT015812-녹다운 KP(shRNA-2) 세포와 음성 대조군(sh-Scr) 세포는 특정 바이러스 감염 6일째에 얻어졌습니다.
주요 결과
이 연구는 P53 녹아웃 및 KrasG12D 돌연변이가 있는 마우스 폐 선암종에서 비정상적으로 발현된 lncRNA를 조사합니다.
1.6424개의 lncRNA가 차등적으로 발현되었습니다(≥ 2배 변화, P < 0.05).
2. 일차 KP 세포에서 총 210개의 lncRNA(FC≥8) 중 11개의 lncRNA의 발현은 P53에 의해, 33개의 lncRNA는 KRAS에 의해, 13개의 lncRNA는 저산소증에 의해 조절되었다.
3.NONMMUT015812는 마우스 폐 선암종에서 현저하게 상향조절되고 P53 재발현에 의해 음성적으로 조절되는 것을 검출하여 세포 기능을 분석했습니다.
4. shRNA에 의한 NONMMUT015812의 녹다운은 KP 세포의 증식 및 이동 능력을 감소시켰습니다.NONMMUT015812는 잠재적인 종양유전자였습니다.
 NONMMUT015812-knockdown KP 세포에서 차별적으로 발현되는 유전자의 KEGG 경로 분석 |  NONMMUT015812-knockdown KP 세포에서 차별적으로 발현된 유전자의 유전자 온톨로지 분석 |
참조
KRAS‐G12D 돌연변이 및 P53 녹아웃이 있는 마우스 폐 선암종에서 lncRNA 발현 프로파일의 조절이 완화되었습니다[J].세포 및 분자 의학 저널, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
