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메타게놈 시퀀싱(NGS)
메타게놈은 환경 메타게놈, 인간 메타게놈 등 유기체가 혼합된 군집의 전체 유전 물질의 집합체를 의미합니다. 재배 가능한 미생물과 배양할 수 없는 미생물의 게놈을 모두 포함합니다.Metagenomic 시퀀싱은 환경 샘플에서 추출한 혼합 게놈 물질을 분석하는 데 사용되는 분자 도구로, 종의 다양성 및 풍부, 개체군 구조, 계통 발생 관계, 기능 유전자 및 환경 요인과의 상관 관계 네트워크에 대한 자세한 정보를 제공합니다.
플랫폼:일루미나 NovaSeq6000
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메타게놈 시퀀싱-나노포어
Metagenomics는 환경 샘플에서 추출한 혼합 게놈 물질을 분석하는 데 사용되는 분자 도구로, 종의 다양성 및 풍부, 개체군 구조, 계통발생적 관계, 기능 유전자 및 환경 요인과의 상관 네트워크 등에 대한 자세한 정보를 제공합니다. Nanopore 시퀀싱 플랫폼은 최근에 도입되었습니다. 메타게놈 연구에.읽기 길이의 뛰어난 성능은 다운스트림 메타게놈 분석, 특히 메타게놈 어셈블리를 크게 향상시켰습니다.read-length를 활용한 Nanopore 기반 메타게노믹스 연구는 샷건 메타게노믹스와 비교하여 더 연속적인 조립을 달성할 수 있습니다.나노포어 기반 메타유전체학이 마이크로바이옴으로부터 완전하고 폐쇄된 박테리아 게놈을 성공적으로 생성했다는 것이 발표되었습니다(Moss, EL, et. al,네이처바이오텍, 2020)
플랫폼:나노포어 프로메션 P48
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16S/18S/ITS Amplicon 시퀀싱-PacBio
고도로 보존된 영역과 초가변 영역을 모두 포함하는 16S 및 18S rRNA의 서브유닛은 원핵생물 및 진핵생물 식별을 위한 완벽한 분자 지문입니다.시퀀싱을 활용하여 이러한 앰플리콘은 보존된 부분을 기반으로 표적화될 수 있으며 초가변 영역은 미생물 식별을 위해 완전히 특성화될 수 있어 미생물 다양성 분석, 분류학, 계통 발생 등을 다루는 연구에 기여합니다. 단일 분자 실시간(SMRT) ) PacBio 플랫폼의 시퀀싱을 통해 전체 길이 앰플리콘(약 1.5Kb)을 포함할 수 있는 매우 정확한 긴 판독값을 얻을 수 있습니다.유전 분야에 대한 시야가 넓어짐에 따라 박테리아 또는 곰팡이 군집에서 종 주석의 해상도가 크게 향상되었습니다.
플랫폼:PacBio 속편 II
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16S/18S/ITS 앰플리콘 시퀀싱-NGS
16S/18S/ITS 앰플리콘 시퀀싱은 고도로 변환된 부분과 초가변적인 부분을 모두 포함하는 하우스키핑 유전자 마커의 PCR 산물을 조사하여 미생물 군집에서 계통, 분류 및 종의 풍부함을 밝히는 것을 목표로 합니다.Woese et al,(1977)에 의해 이러한 완벽한 분자 지문의 도입은 격리 없는 미생물군유전체 프로파일링을 가능하게 합니다.16S(박테리아), 18S(곰팡이) 및 내부 전사 스페이서(ITS, 곰팡이)의 시퀀싱을 통해 풍부한 종과 희귀 및 미확인 종을 모두 식별할 수 있습니다.이 기술은 인간의 입, 장, 대변 등과 같은 다양한 환경에서 차별적인 미생물 구성을 식별하는 데 널리 적용되고 주요 도구가 되었습니다.
플랫폼:일루미나 NovaSeq6000
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박테리아 및 곰팡이 전체 게놈 재배열
박테리아 및 곰팡이 전체 게놈 재배열은 알려진 박테리아 및 곰팡이의 게놈을 완성하고 여러 게놈을 비교하거나 새로운 유기체의 게놈을 매핑하는 데 중요한 도구입니다.미생물 식별 및 기타 비교 게놈 연구를 수행하기 위해서는 정확한 참조 게놈을 생성하기 위해 박테리아 및 곰팡이의 전체 게놈을 시퀀싱하는 것이 매우 중요합니다.
플랫폼: Illumina NovaSeq 6000
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곰팡이 게놈
Biomarker Technologies는 특정 연구 목표에 따라 곰팡이의 게놈 조사, 미세 게놈 및 pene-complete 게놈을 제공합니다.게놈 시퀀싱, 어셈블리 및 기능 주석은 차세대 시퀀싱 + 3세대 시퀀싱을 결합하여 높은 수준의 게놈 어셈블리를 달성함으로써 달성할 수 있습니다.Hi-C 기술은 염색체 수준에서 게놈 조립을 용이하게 하기 위해 사용될 수도 있습니다.
플랫폼:PacBio 속편 II
나노포어 프로메션 P48
일루미나 NovaSeq 6000
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박테리아 완전한 게놈
Biomarker Technologies는 제로 갭(zero gap)으로 박테리아의 완전한 게놈을 구축하는 시퀀싱 서비스를 제공합니다.박테리아 완전한 게놈 구성의 주요 워크플로우에는 3세대 시퀀싱, 조립, 기능 주석 및 특정 연구 목표를 달성하는 고급 생물정보학 분석이 포함됩니다.박테리아 게놈에 대한 보다 포괄적인 프로파일링은 생물학적 과정의 기초가 되는 기본 메커니즘을 밝히는 데 힘을 실어주며, 이는 고등 진핵생물 종의 게놈 연구에 귀중한 참고 자료를 제공할 수도 있습니다.
플랫폼:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio 속편 II
