PacBio 2+3 전장 mRNA 용액
특징
● 연구 설계:
풀링된 샘플을 PacBio를 사용하여 시퀀싱하여 전사체 동형체를 식별했습니다.
별도의 샘플(반복 샘플 및 테스트 조건)을 시퀀싱했습니다.NGS를 이용한 전사체 발현량 정량화
● CCS 모드에서 PacBio 시퀀싱을 통해 HiFi 리드를 생성합니다.
● 전체 길이 전사본의 시퀀싱
● 분석에 참조 게놈이 반드시 필요한 것은 아니지만, 필요에 따라 사용할 수 있습니다.
● 생물정보학적 분석에는 유전자 및 이소형 수준에서의 발현뿐만 아니라 lncRNA, 유전자 융합, 폴리아데닐화 및 유전자 구조 분석도 포함됩니다.
장점
● 높은 정확도HiFi 판독값은 99.9% 이상의 정확도(Q30)를 제공하며, NGS와 유사한 수준입니다.
● 대체 스플라이싱 분석모든 전사본의 염기서열을 분석하면 이형 단백질을 식별하고 특성을 파악할 수 있습니다.
● PacBio와 NGS의 강점 결합이 방법은 아이소폼 수준에서 발현량을 정량화할 수 있게 해 주어, 전체 유전자 발현 분석 시 가려질 수 있는 변화를 밝혀낼 수 있습니다.
● 폭넓은 전문 지식저희는 2300개 이상의 샘플을 처리했으며, 저희 팀은 모든 프로젝트에 풍부한 경험을 제공합니다.
● 판매 후 지원저희는 프로젝트 완료 후에도 3개월간의 사후 서비스 기간을 제공하여 고객 만족을 최우선으로 생각합니다. 이 기간 동안 프로젝트 진행 상황 점검, 문제 해결 지원, 그리고 결과 관련 문의 사항에 대한 질의응답 시간을 제공합니다.
샘플 요구사항 및 납품
| 도서관 | 시퀀싱 전략 | 데이터 권장 사항 | 품질 관리 |
| 폴리A가 풍부한 mRNA CCS 라이브러리 | PacBio 속편 II PacBio Revio | 20/40GB 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| 폴리 A 강화 | 일루미나 PE150 | 6-10GB | Q30≥85% |
뉴클레오티드
|
| 농도(ng/μl) | 양(μg) | 청정 | 진실성 |
| 일루미나 라이브러리 | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 젤 분석 결과 단백질이나 DNA 오염이 거의 또는 전혀 나타나지 않았습니다. | 식물의 경우: RIN≥4.0; 동물의 경우: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; 기저선 상승이 제한적이거나 없음 |
| PacBio 라이브러리 | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 젤 분석 결과 단백질이나 DNA 오염이 거의 또는 전혀 나타나지 않았습니다. | 식물: RIN≥7.5 동물: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; 기저선 상승이 제한적이거나 없음 |
권장 샘플 배송
용기: 2ml 원심분리 튜브 (알루미늄 호일은 권장하지 않습니다)
샘플 라벨링: 그룹+반복 샘플 (예: A1, A2, A3; B1, B2, B3).
선적:
1. 드라이아이스:시료는 봉투에 담아 드라이아이스에 묻어야 합니다.
2. RNA 안정화 튜브: RNA 샘플은 RNA 안정화 튜브(예: RNAstable®)에 넣어 건조시킨 후 실온에서 운송할 수 있습니다.
다음 분석 내용이 포함됩니다.
- 원시 데이터
- 품질 관리
- 대체 폴리아데닐화 분석(APA)
- 융합 전사체 분석
- 대체 스플라이싱 분석
- 범용 단일 복제 오르토로그(BUSCO) 분석 벤치마킹
- 새로운 전사체 분석: 코딩 서열(CDS) 예측 및 기능 주석
- lncRNA 분석: lncRNA 및 표적 예측
- 마이크로위성 식별(SSR)
- 차등 발현 전사체(DET) 분석
- 차등 발현 유전자(DEGs) 분석
- 차등 발현 유전자(DEGs) 및 차등 발현 유전자(DETs)의 기능적 주석
BUSCO 분석
대체 스플라이싱 분석
대체 폴리아데닐화 분석(APA)
차등 발현 유전자(DEGs) 및 전사체(DETs9 분석)
차등 발현 유전자(DET)와 차등 발현 유전자(DEG)의 단백질-단백질 상호작용 네트워크
BMKGene의 PacBio 2+3 전장 mRNA 시퀀싱 기술이 가져온 발전상을 엄선된 논문 모음을 통해 살펴보세요.
Chao, Q. et al. (2019) '포플러스 줄기 전사체의 발달 역학',식물생명공학저널, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) '아스코르브산이 풍부한 과일 작물인 Actinidia latifolia의 과일 발달 및 숙성 과정 중 아스코르브산 함량의 동적 변화 및 관련 분자 메커니즘'국제 분자 과학 저널, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Paris polyphylla의 생리활성 폴리필린에 관여하는 생합성 경로 유전자의 효과적인 예측',커뮤니케이션 생물학2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Tuta absoluta (Meyrick) 전사체 및 시토크롬 P450 유전자의 PacBio Iso-Seq 및 Illumina RNA-Seq 결합 분석',곤충, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun 외 (2019) 'PacBio 단일 분자 실시간 분석과 Illumina RNA 시퀀싱을 결합하여 Ricinus communis의 리시놀레산 생합성을 더 잘 이해하기 위한 전사체 복잡성 조사'BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
