식물/동물 De Novo 게놈 시퀀싱
서비스 장점
시퀀싱 플랫폼 및 생물정보학 개발드 노보게놈 조립
(Amarasinghe SL 등,게놈 생물학, 2020)
● 관심 종에 대한 새로운 게놈 구축 및 기존 참조 게놈 개선.
● 조립의 정확성, 연속성 및 완전성 향상
● 서열다형성, QTL, 유전자 편집, 육종 등 연구를 위한 기초자원 구축
● 3세대 염기서열 분석 플랫폼의 모든 스펙트럼을 갖추고 있습니다: 원스톱 게놈 조립 솔루션
● 다양한 특징을 지닌 다양한 게놈을 충족하는 유연한 시퀀싱 및 조립 전략
● 배수체, 거대 게놈 등 복잡한 게놈 어셈블리에 대한 경험이 풍부한 고도로 숙련된 생물정보학자 팀.
● 누적 공개 영향력 지수가 900이 넘는 100개 이상의 성공적인 사례
● 염색체 수준 게놈 조립에 소요되는 시간은 3개월 정도로 빠릅니다.
● 실험 측면과 생물정보학 분야 모두에서 일련의 특허 및 소프트웨어 저작권을 통한 견고한 기술 지원.
서비스 사양
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콘텐츠
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플랫폼
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읽기 길이
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적용 범위
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| 게놈 조사
| 일루미나 NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
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| 게놈 시퀀싱
| 팩바이오 레비오
| 15kb HiFi 읽기
| ≥ 30X
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| 하이씨
| 일루미나 NovaSeq
| PE150
| ≥100X
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작업 흐름
샘플 요구 사항 및 배송
샘플 요구사항:
| 종 | 조직 | 팩바이오의 경우 | 나노기공용 |
| 동물 | 내장기관(간, 비장 등) | ≥ 1.0g | ≥ 3.5g |
| 근육 | ≥ 1.5g | ≥ 5.0g | |
| 포유류의 혈액 | ≥ 1.5mL | ≥ 5.0mL | |
| 물고기나 새의 피 | ≥ 0.2mL | ≥ 0.5mL | |
| 식물 | 신선한 잎 | ≥ 1.5g | ≥ 5.0g |
| 꽃잎이나 줄기 | ≥ 3.5g | ≥ 10.0g | |
| 뿌리 또는 씨앗 | ≥ 7.0g | ≥ 20.0g | |
| 세포 | 세포 배양 | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
권장 샘플 배송
용기: 2 ml 원심분리 튜브 (Tin Foil은 권장하지 않음)
대부분의 샘플은 에탄올에 보존하지 않는 것이 좋습니다.
샘플 라벨링: 샘플에는 명확하게 라벨이 붙어 있어야 하며 제출된 샘플 정보 양식과 동일해야 합니다.
배송: 드라이아이스: 샘플을 먼저 가방에 포장한 후 드라이아이스에 묻어야 합니다.
서비스 작업 흐름
실험 설계
샘플 배송
DNA 추출
도서관 건립
시퀀싱
데이터 분석
판매 후 서비스
*여기 표시된 데모 결과는 모두 Biomarker Technologies를 통해 게시된 게놈에서 나온 것입니다.
1. 염색체 수준의 게놈 조립에 대한 CircosG. 로툰디폴리움Nanopore 시퀀싱 플랫폼을 통해
왕 M 외.,분자생물학과 진화, 2021
2.Weining 호밀 게놈 조립 및 주석 통계
리 G 외.,자연 유전학, 2021
3.유전자 예측세치움 에듀레세 가지 예측 방법으로 파생된 게놈:드 노보예측, 상동성 기반 예측, RNA-Seq 데이터 기반 예측
Fu Aet al.,원예 연구, 2021
4. 3개의 목화 게놈에서 손상되지 않은 긴 말단 반복의 식별
왕 M 외.,분자생물학과 진화, 2021
5.Hi-C 히트맵C. 아쿠미나타게놈 전체에 걸쳐 전체적인 상호 작용을 보여주는 게놈.Hi-C 상호작용의 강도는 콘티그 사이의 선형 거리에 비례합니다.이 히트맵의 깨끗한 직선은 염색체에 콘티그가 매우 정확하게 고정되어 있음을 나타냅니다.(컨티그 앵커링 비율: 96.03%)
강엠 외,네이처 커뮤니케이션즈,2021
BMK 케이스
고품질 게놈 어셈블리는 호밀 게놈 특성과 농업학적으로 중요한 유전자를 강조합니다.
게시된 날짜: 자연 유전학, 2021
시퀀싱 전략:
게놈 어셈블리: 20kb 라이브러리가 포함된 PacBio CLR 모드(497Gb, 약 63×)
서열 수정: Illumina 플랫폼에서 270bp DNA 라이브러리(430Gb, 약 54×)를 갖춘 NGS
Contigs 앵커링: Illumina 플랫폼의 Hi-C 라이브러리(560Gb, 약 71×)
광학 맵: Bionano Irys의 (779.55Gb, 약 99×)
주요 결과
1. 전체 게놈 크기가 7.74Gb(유세포 분석에 의해 추정된 게놈 크기의 98.74%)인 Weining 호밀 게놈 어셈블리가 공개되었습니다.이 어셈블리의 비계 N50은 1.04Gb를 달성했습니다.콘티그의 93.67%가 7개의 유사염색체에 성공적으로 고정되었습니다.본 어셈블리는 Linkage Map, LAI, BUSCO 등의 평가를 통해 모든 평가에서 높은 점수를 받았습니다.
2. 이 게놈을 기반으로 비교 유전체학, 유전적 연관 지도, 전사체학 연구에 대한 추가 연구가 수행되었습니다.게놈 전체의 유전자 중복과 전분 생합성 유전자에 미치는 영향을 포함하여 일련의 특성 관련 게놈 특징이 밝혀졌습니다.복잡한 프롤라민 유전자좌의 물리적 조직, 초기 표제 특성의 기본이 되는 유전자 발현 특징, 추정되는 가축화 관련 염색체 영역 및 호밀의 유전자좌.
 Weining 호밀 게놈의 게놈 특징에 대한 Circos 다이어그램 |  호밀 게놈의 진화 및 염색체 신테니 분석 |
리, G., 왕, L., 양, J.외.고품질 게놈 어셈블리는 호밀 게놈 특성과 농업학적으로 중요한 유전자를 강조합니다.냇 제넷 53,574–584(2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
