식물/동물 전체 게놈 시퀀싱
서비스 특징
데 노보
이 기술은 이형접합성이 높거나, 반복 영역이 있거나, 다배수체 게놈이거나, 비정상적인 CG 함량을 가진 게놈과 같이 분석하기 어려운 게놈에 특히 유용합니다.
당사의 원스톱 솔루션은 통합 시퀀싱 서비스와 생물정보학 분석을 제공하여 고품질의 de novo 조립 게놈을 생성합니다. Illumina를 이용한 초기 게놈 조사에서 게놈 크기와 복잡성을 추정하고, 이 정보를 바탕으로 PacBio HiFi를 이용한 다음 단계의 장거리 시퀀싱을 진행합니다.데 노보컨티그를 조립합니다. 이후 HiC 어셈블리를 사용하여 컨티그를 게놈에 고정함으로써 염색체 수준의 어셈블리를 얻습니다. 마지막으로, 유전자 예측과 발현 유전자 시퀀싱을 통해 게놈에 주석을 달고, 짧은 리드와 긴 리드를 사용한 전사체 분석을 수행합니다.
-- 다양한 시퀀싱 및 생물정보학 서비스를 하나의 솔루션으로 통합소설 창작에 적합한 서비스
-- 관심 대상 종의 게놈 또는 기존 참조 게놈의 개선.
재서열화
라이브러리 준비는 표준 방식 또는 PCR 비의존적 방식으로 진행할 수 있습니다.
-- Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 또는 PacBio Revio 등 4가지 시퀀싱 플랫폼에서 이용 가능합니다.
-- 변이 검출에 초점을 맞춘 생물정보학 분석: SNP, InDel, SV 및 CNV
서비스 장점
●폭넓은 전문 지식과 출판 실적: 을 위한데 노보저희는 다양한 종의 고품질 게놈 조립, 특히 이배체 게놈부터 다배체 및 이배체 종의 고도로 복잡한 게놈에 이르기까지 폭넓은 경험을 축적해 왔습니다. 2018년 이후 300편 이상의 영향력 있는 논문 발표에 기여했으며, 그중 20편 이상이 Nature Genetics에 게재되었습니다. 게놈 재서열 분석을 통해 1000종 이상의 종을 확보했으며, 그 결과 1000건 이상의 연구 사례가 발표되었고, 누적 영향력 지수는 5000을 넘었습니다.
●원스톱 솔루션: 에데 노보염기서열 분석에 있어, 당사의 통합적 접근 방식은 여러 염기서열 분석 기술과 생물정보학 분석을 하나의 일관된 워크플로우로 결합하여 고품질의 조립된 게놈을 제공합니다.
●고객의 필요에 맞춘 맞춤형 서비스저희 서비스 워크플로는 맞춤 설정이 가능하여 다양한 특징을 가진 게놈과 특정 연구 요구 사항에 맞춰 조정할 수 있습니다.
●고도로 숙련된 생물정보학 및 실험실 팀: 그것이 무엇을 위한 것인지데 노보염기서열 분석이든 재분석이든, 저희 팀은 프로젝트 성공을 보장할 수 있는 숙련된 기술과 전문 지식을 보유하고 있습니다. 이는 저희 팀이 개발한 여러 특허 및 소프트웨어 저작권을 통해 입증될 수 있습니다.
● 판매 후 지원:저희는 프로젝트 완료 후에도 3개월간의 사후 관리 서비스를 제공하여 고객 만족을 최우선으로 생각합니다. 이 기간 동안 프로젝트 진행 상황 점검, 문제 해결 지원, 그리고 결과 관련 문의 사항에 대한 질의응답 시간을 제공합니다.
●종합적인 생물정보학 분석변형 호출 및 함수 주석을 포함합니다.
●시퀀싱을 위한 종합적인 주석저희는 여러 데이터베이스를 활용하여 식별된 변이를 가진 유전자에 기능적 주석을 달고 해당 유전자의 기능적 풍부도 분석을 수행함으로써 연구 프로젝트에 대한 통찰력을 제공합니다.
서비스 사양
| 식별해야 할 변종 | 시퀀싱 전략 | 권장 수심 |
| SNP 및 InDel | 일루미나 노바시크 PE150 또는 MGI T7 | 10배 |
| SV 및 CNV(정확도 낮음) | 30배 | |
| SV 및 CNV(더 정확함) | 나노포어 프롬 P48 | 20배 |
| SNP, Indel, SV 및 CNV | PacBio Revio | 10배 |
샘플 요구 사항
| 조직 또는 추출된 핵산 | 일루미나/MGI | 나노포어(8KB 라이브러리) | PacBio (15KB 라이브러리)
| ||
| 동물의 내장 | 0.2g 이상 | 0.5g 이상 | 1g 이상
| ||
| 동물 근육 | |||||
| 포유류 혈액 | ≥ 0.3mL | ≥ 0.5mL
| 1mL 이상
| ||
| 가금류/생선 피 | ≥ 0.05mL | ≥ 0.1mL
| ≥ 0.1mL
| ||
| 식물 - 신선한 잎 | 0.5g 이상 | 1g 이상
| 2g 이상
| ||
| 배양 세포 | ≥ 1x106 | ≥ 5x106 | ≥ 5x106
| ||
| 곤충 연조직/개체 | 0.2g 이상 | 0.3g 이상
| 1g 이상
| ||
| 수생 생물 - 근육 조직 | 0.3g 이상 | 1g 이상 | 1.5g 이상 | ||
| 수생 생물 - 조류 | 0.5g 이상 | 1.5g 이상 | 3g 이상 | ||
| 추출된 DNA
| 농도: ≥ 1 ng/µL 양: 30ng 이상 변질이나 오염이 거의 없거나 전혀 없음
| 집중 양
OD260/280
OD260/230
변질이나 오염이 거의 없거나 전혀 없음
| ≥ 40 ng/µL 2 µg/플로우셀/샘플
1.7 - 2.2
1.5 - 3.0 | 집중 양
OD260/280
OD260/230
변질이나 오염이 거의 없거나 전혀 없음 | ≥ 50 ng/µL 8 µg/플로우셀/샘플
1.7 - 2.2
1.8 - 2.5 |
| PCR을 사용하지 않는 라이브러리 준비: 농도 ≥ 40 ng/µL 양 ≥ 500 ng | |||||
서비스 워크플로우
샘플 배송
DNA 추출
도서관 건설
시퀀싱
데이터 분석
데이터 전송
데 노보생물정보학 파이프라인
조립에 사용되는 다양한 파이프라인에 대한 개요를 보려면 다음을 참조하십시오.
생물정보학 분석 전체 과정 (4단계로 구분):
1. NGS 판독값을 이용한 k-mer 분석 기반의 게놈 조사.이를 통해 다음과 같은 정보를 얻을 수 있습니다.
- 게놈 크기 추정
- 이형접합성 추정
- 반복 영역 추정
2. PacBio HiFi를 이용한 게놈 조립.긴 리드를 사용하면 다음과 같은 결과를 얻을 수 있습니다.
- 데 노보집회
- 어셈블리 평가: 게놈 완전성 확인을 위한 BUSCO 분석 및 NGS와 PacBio HiFi 리드의 매핑을 포함합니다.
3. 하이씨 조립.일단 조립이 완료되면, 게놈의 3D 구조에 대한 정보를 얻게 되어 우리가 구축하고 있는 참조 게놈에 대한 지식이 심화되고 더욱 풍부해질 것입니다.
- Hi-C 라이브러리 QC를 통해 유효한 Hi-C 상호작용을 추정합니다.
- Hi-C 어셈블리를 수행합니다. 먼저 컨티그를 그룹으로 클러스터링하고, 각 그룹 내에서 컨티그 순서를 정하고, 컨티그 방향을 지정합니다.
- Hi-C 평가
4. 게놈 주석:
- 비코딩 RNA 예측
- 반복 서열 식별(전이인자 및 탠덤 반복)
- 유전자 예측
- 데 노보: ab initio 알고리즘
- 상동성을 기반으로
- 전사체 기반, 장문 및 단문 판독값 포함: 판독값은 다음과 같습니다.데 노보조립되었거나 초안 게놈에 매핑되었습니다.
- 다중 데이터베이스를 이용한 예측 유전자 주석
재서열화생물정보학 파이프라인
다음 분석 내용이 포함됩니다.
- 원시 데이터 품질 관리
- 참조 게놈에 대한 정렬 통계
- 변이 식별: SNP, InDel, SV 및 CNV
- 변이체의 기능적 주석
참조 게놈과의 정렬 통계 - 시퀀싱 깊이 분포
여러 샘플 간의 SNP 호출
삽입/결실(InDel) 식별 – CDS 영역 및 게놈 전체 영역에서의 InDel 길이 통계
게놈 전체에 걸친 변이 분포 – Circos 플롯
식별된 변이체를 이용한 유전자의 기능적 주석 – 유전자 온톨로지
Chai, Q. et al. (2023) '글루타티온 S-트랜스퍼라제 GhTT19는 목화의 안토시아닌 축적 조절을 통해 꽃잎 색소 침착을 결정한다',식물생명공학저널, 21(2), p. 433. 도이: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) '염색체 수준의 야생 Hevea brasiliensis 게놈은 게놈 기반 육종을 위한 새로운 도구와 고무 생산량 증대를 위한 유용한 유전자좌를 제공합니다',식물생명공학저널, 21(5), pp. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, C. et al. (2021) '게놈 서열은 전 세계적인 분산 경로를 밝히고 해마 진화에서 수렴적인 유전적 적응을 시사한다',네이처 커뮤니케이션즈, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) '대규모 염색체 변화는 가얄(Bos frontalis)의 게놈 수준 발현 변화, 환경 적응 및 종 분화로 이어진다',분자생물학과 진화, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. 외 (2023) '주요 가뭄 저항성 옥수수 유전자원의 게놈 조립 및 유전적 분석',네이처 제네틱스 202355:3, 55(3), 496~506면. 도이: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) '가지과 식물의 두 게놈 분석을 통해 트로판 알칼로이드 생합성의 진화를 밝히다',네이처 커뮤니케이션즈2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zeng, T. 외 (2022) '시간 경과에 따른 중국 토종닭의 게놈 및 메틸화 변화 분석을 통해 종 보존에 대한 통찰력을 얻을 수 있음'커뮤니케이션 생물학, 5(1), pp. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
도전적인 사례 연구:
텔로미어 간 조립:Fu, A. et al. (2023) '쓴멜론(Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.)의 텔로미어 간 게놈 조립을 통해 과일 발달, 구성 및 숙성 유전적 특성을 밝혀냄',원예 연구, 10(1). 도이: 10.1093/HR/UHAC228.
하플로타입 조립:Hu, W. et al. (2021) '대립유전자 정의 게놈은 카사바 진화 과정에서 이중대립유전자 분화를 밝혀낸다',분자 식물, 14(6), pp. 851–854. 도이: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
거대 게놈 조립:Yuan, J. et al. (2022) '목단꽃(Paeonia ostii)의 기가염색체 및 기가게놈의 유전체적 기초',네이처 커뮤니케이션즈2022 13:1, 13(1), pp. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
다배수체 게놈 조립:Zhang, Q. et al. (2022) '자가배수체 사탕수수 Saccharum spontaneum의 최근 염색체 감소에 대한 유전체학적 통찰',네이처 제네틱스 202254:6, 54(6), 885~896면. 도이: 10.1038/s41588-022-01084-1.
