식물/동물 전체 게놈 시퀀싱
1.서비스 장점
1000종 이상의 게놈 서열 분석에 대한 광범위한 경험.
누적 영향 계수가 4000이 넘는 800개 이상의 사례가 게시되었습니다.
변이 호출 및 기능 분석에 대한 종합적인 생물정보학 분석.
2. 서비스 사양
| 플랫폼 | 도서관 | 권장되는 서열 깊이 | |
| 일루미나 | 체육 150 | SNP의 경우 InDel 호출 ≥ 10x SV의 경우 CNY 통화 ≥ 30x
| |
| 나노기공
| 8kb | SV의 경우 CNY 통화 ≥ 20x | |
| 팩비오 | CCS | 15kb | SNP, InDel, SV, CNY 통화의 경우 ≥ 10x |
3. 샘플 요구 사항
| 플랫폼 | 농도(ng/μL)
| 금액(ng)
| 청정
| 아가로스겔
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. 메인 밴드가 없거나 제한되어 있음젤에서 분해가 관찰되었습니다. 2. RNA 또는 단백질 오염이 없거나 제한됨
| ||||
| 일루미나 | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| 나노기공
| ≥30 | 데이터 생산량에 따라 다름 10μg/세포 | 1.7-2.2 | ≥1.5 | ||
| 팩비오 | CCS | ≥50 | 1.7-2.2 | 1.8-2.5 | ||
4. 생물정보 분석
5. 서비스 작업 흐름
샘플 배송
DNA 추출
도서관 건립
시퀀싱
데이터 분석
데이터 전달
1) 게놈 매핑의 통계
표 1 매핑 결과 통계
그림 1 삽입 크기 및 읽기 범위 분포.
2) 변이 검출
그림 2 샘플 중 SNP/INDEL/SV의 통계 및 주석
그림 3 게놈 전체의 변이 분포
3) 변형의 기능적 주석
| 2019 | 자연소통 | 전체 게놈 재배열을 통해 브라시카 나푸스(Brassica napus) 기원과 개선에 관여하는 유전자좌가 밝혀졌습니다. |
| 2020 | PNAS | 금붕어(Carassius auratus)의 진화적 기원과 가축화 역사 |
| 2021 | 식물 생명공학 저널 | 재배된 두 황마 종의 참조 게놈 |
| 2021 | 식물 생명공학 저널 | 야채 및 유지종자 동배체 브라시카준세아(Brassicajuncea) 및 글루코시놀레이트 축적을 조절하는 유전자좌의 게놈 특징 |
| 2019 | 분자 식물 | 전 세계적으로 수집된 유채 수집품의 전체 게놈 재배열을 통해 생태형 차이의 유전적 기초가 밝혀졌습니다. |
| 2022년 | 원예 연구 | 게놈 전체 연관 분석은 수박 종자 크기의 자연적 변화에 대한 분자적 통찰력을 제공합니다. |
| 2021 | 실험 식물학 저널 | 게놈 차원의 연관성 연구를 통해 목화에 내한성을 부여하는 GhSAD1 변종 확인 |
| 2021 | 실험 식물학 저널 | 게놈 전체 연관 연구 및 전사체 비교를 통해 유채의 꽃잎 크기를 제어하는 새로운 QTL 및 후보 유전자가 밝혀졌습니다. |
